基本情報

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阿部 貴志

ABE Takashi


学系

自然科学系

系列

電気情報工学系列

職名

准教授

取得学位 【 表示 / 非表示

  • 博士(理学),生命・健康・医療情報学,総合研究大学院大学,論文,2004年03月

学内職務経歴 【 表示 / 非表示

  • 新潟大学 工学部 情報工学科 コンピュータサイエンス,准教授,2011年10月 ~ 2017年03月

  • 新潟大学 自然科学研究科 電気情報工学専攻,准教授,2011年10月 ~ 継続中

  • 新潟大学 自然科学研究科 電気情報工学専攻,准教授,2011年10月 ~ 継続中

  • 新潟大学 工学部 工学科,准教授,2017年04月 ~ 継続中

学外略歴 【 表示 / 非表示

  • 協和発酵工業株式会社,研究員,2001年04月 ~ 2004年03月

  • 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJセンター,助教,2004年04月 ~ 2007年03月

  • 総合研究大学院大学 生命科学研究科遺伝学専攻 (併任),助教,2004年04月 ~ 2007年03月

  • 長浜バイオ大学,助教,2007年04月 ~ 2011年09月

所属学会・委員会 【 表示 / 非表示

  • 日本バイオインフォマティクス学会,1999年12月 ~ 継続中,日本国

  • 日本遺伝学会,2002年06月 ~ 継続中,日本国

  • 日本ゲノム微生物学会,2007年03月 ~ 継続中,日本国

  • 日本RNA学会,2009年06月 ~ 継続中,日本国

  • 日本進化学会,2009年07月 ~ 継続中,日本国

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専門分野(科研費分類) 【 表示 / 非表示

  • 生命・健康・医療情報学

  • ゲノム生物学

 

論文 【 表示 / 非表示

  • Non-autotrophic methanogens dominate in anaerobic digesters.,Atsushi Kouzuma, Maho Tsutsumi, Shun’ichi Ishii, Yoshiyuki Ueno, Takashi Abe and Kazuya Watanabe.,Scientific Reports,Vol.7, p.1510,2017年05月,英語

    DOI:10.1038/s41598-017-01752-x,研究論文(学術雑誌),共著

  • An artificial intelligence approach fit for tRNA gene studies in the era of big sequence data.,Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada and Toshimichi Ikemura.,Genes & Genetic Systems,Vol.in press.,2017年03月,英語

    研究論文(学術雑誌),共著

  • Horizontally Transferred Genetic Elements in the Tsetse Fly Genome: An Alignment-Free Clustering Approach Using Batch Learning Self-Organising Map (BLSOM).,Ryo Nakao*, Takashi Abe*, Shunsuke Funayama, and Chihiro Sugimoto. (*equal contribution).,BioMed Research International,Vol.2016, p.3164624,2016年11月,英語

    DOI:10.1155/2016/3164624,研究論文(学術雑誌),共著

  • Genomic features of uncultured methylotrophs in activated-sludge microbiomes grown under different enrichment procedures.,Kazuki Fujinawa, Yusuke Asai, Morio Miyahara, Atsushi Kouzuma, Takashi Abe and Kazuya Watanabe.,Scientific Reports,Vol.6, p.26650,2016年05月,英語

    DOI:10.1038/srep26650,研究論文(学術雑誌),共著

  • Development of Self-Compressing BLSOM for Comprehensive Analysis of Big Sequence Data,Akihito Kikuchi, Toshimichi Ikemura, and Takashi Abe.,BioMed Research International,Vol.2015, p.506052,2015年07月,英語

    研究論文(学術雑誌),共著

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著書 【 表示 / 非表示

  • バイオインフォマティクス入門,日本バイオインフォマティクス学会編集,慶応義塾大学出版会,2015年08月,日本語

    教科書,第3章 配列解析,分担執筆

  • 生命のビックデータ利用の最前線. 3.2 一括学習型自己組織化マップ(BLSOM)を用いた大量メタゲノム解析,植田充美 監修. 阿部貴志, 金谷重彦, 池村淑道.,シーエムシー出版,2014年04月,日本語

    単行本(学術書),分担執筆

  • Advances in Viral Genomes Research; Novel bioinformatics method to analyze more than 10,000 influenza virus strains easily at once: Batch-Learning Self Organizing Map (BLSOM).,Yuki Iwasaki, Toshimichi Ikemura, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Takashi Abe.,Nova Science Publishers, Inc.,2013年12月,英語

    単行本(学術書),分担執筆

  • ベーシックマスター分子生物学; 16章 ゲノミクス,東中川徹, 大山隆, 清水光弘共編. 池村淑道, 阿部貴志,オーム社,2013年10月,日本語

    教科書,分担執筆

  • Encyclopedia of Metagenomics; tRNADB-CE and use of tRNAs as phylogenetic markers for metagenomic sequences.,Karen E. Nelson (Ed.) Takashi Abe, Hachiro Inokuchi, Yuko Yamada, Akira Muto, Yuki Iwasaki, Toshimichi Ikemura.,Springer,2013年03月,英語

    事典・辞書,分担執筆

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総説・解説記事 【 表示 / 非表示

  • メタゲノム解析による微生物群集構造の解明への 一括学習型自己組織化マップ(BLSOM)の活用,阿部貴志, 中尾亮, 杉本千尋,生物工学会,生物工学会誌,Vol.90,No.12, pp.765-768,2012年12月,日本語

    総説・解説(その他),共著

  • 新規情報学的手法を用いたインフルエンザウイルスのゲノム塩基配列の変化の方向性の予測,岩崎裕貴, 阿部貴志, 和田健之介, 池村淑道,生物工学会,生物工学会誌,Vol.90,No.12, pp.769-772,2012年12月,日本語

    総説・解説(その他),共著

  • インフルエンザウイルスゲノム配列の変化方向の予測,岩崎裕貴, 和田健之介, 阿部貴志, 池村淑道,アドバンスソフト,アドバンスシミュレーション,Vol.12, pp.56-57,2012年06月,日本語

    総説・解説(商業誌),共著

  • 遺伝分野の教育における高校と大学の連携の可能性,上原啓史, 阿部貴志, 池村淑道,エヌ・ティー・エス,遺伝,Vol.63,No.1, pp.92-96,2009年01月,日本語

    総説・解説(商業誌),共著

  • エキスパートがキュレートしたtRNAデータベース,井口八郎, 小原康雄, 武藤あきら, 山田優子, 木ノ内誠, 前野聖, 金谷重彦, 池村淑道, 阿部貴志,日本化学会情報化学部会,日本化学会情報化学部会誌,Vol.26,No.1, pp.11-16,2008年04月,日本語

    総説・解説(その他),共著

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工業所有権 【 表示 / 非表示

  • 特許,塩基配列の分類システムおよびオリゴヌクレオチド出現頻度の解析システム,池村淑道, 阿部貴志, 中川智, 上月登喜男, 金谷重彦, 木ノ内誠

    登録番号( 3928050,2007年03月16日 ) ,日本国

学術関係受賞 【 表示 / 非表示

  • 日本ゲノム微生物学会研究奨励賞,2011年03月,日本国,国内学会・会議・シンポジウム等の賞,日本ゲノム微生物学会,阿部貴志

  • 日本生理人類学会優秀論文賞,2008年06月,日本国,国内学会・会議・シンポジウム等の賞,日本生理人類学会,安納住子、阿部貴志、西良浩一、工藤奨、山本卓志、緒方是嗣、Vijay K. Goel

  • 日本進化学会第5回大会最優秀ポスター賞,2003年08月,日本国,国内学会・会議・シンポジウム等の賞,日本進化学会,阿部貴志

  • 第22回情報科学討論会ポスター賞,1999年11月,日本国,国内学会・会議・シンポジウム等の賞,社団法人日本化学会情報化学部会,阿部貴志、金谷重彦、工藤喜弘、木ノ内誠、大平賢

科研費(文科省・学振)獲得実績 【 表示 / 非表示

  • 基盤研究(A),2015年04月 ~ 2019年03月,電気共生を利用した革新的嫌気消化プロセスに関する基盤研究

  • 研究成果公開促進費・データベース,2015年04月 ~ 2017年03月,エキスパートがキュレートしたtRNA遺伝子データベース

  • 基盤研究(C),2014年04月 ~ 2017年03月,ゲノムビックデータ解析のための高速データマイニングシステムの開発

  • 基盤研究(B),2012年04月 ~ 2016年03月,東南極の湖沼におけるコケ坊主生物圏のゲノム解析

  • 基盤研究(A),2011年04月 ~ 2014年03月,次世代シークエンス技術導入によるアフリカを中心としたダニ媒介性感染症研究の新展開

    東部・南部アフリカ諸国においてタイレリア原虫とそれらを媒介する節足動物の試料を収集する。
    また国際的ネットワークも活用して過去の代表的保存株の試料収集を展開する。収集試料について、超高速DNA シークエンス技術により解析し、得られる大量のゲノム情報を用いて、野外株の遺伝的多様性に基づいた解析、特に野生動物から家畜への伝播、ワクチン株導入に伴う感染拡大、また、個
    体内での原虫集団の存在と感染過程での選択についての解析を実施する。並行してマダニの採取も行い、マダニ保有微生物叢の網羅的解析を超高速DNA シークエンサーを用いて実施し、未知の節足動物媒介性病原体の検索を行う。これらの研究成果に立脚し、東南アジアでのマダニ媒介性疾患の調査
    研究も展開する。得られる大量のシークエンスデータをゲノムアーカイブとして活用を図り、節足動物媒介性感染症の制御に活用する。

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その他競争的資金獲得実績 【 表示 / 非表示

  • 北海道大学 人獣共通感染症リサーチセンター 一般共同研究,2015年04月 ~ 2016年03月,マダニ保有ウイルス叢の網羅的解明に向けた情報学的手法の開発

    北海道大学 人獣共通感染症リサーチセンター 一般共同研究

  • 富山大学和漢医薬学総合研究所(S)特定研究,2015年04月 ~ 2016年03月,Kampo Signal Panelの構築

    富山大学和漢医薬学総合研究所(S)特定研究

  • 国立遺伝学研究所共同研究(A),2015年04月 ~ 2016年03月,シニア専門家との協働作業による遺伝学関係 データベースのアノテーションの高品質化

    国立遺伝学研究所共同研究(A)

  • 国立遺伝学研究所共同研究(A),2014年04月 ~ 2015年03月,シニア専門家との協働作業による遺伝学関係 データベースのアノテーションの高品質化

    国立遺伝学研究所

  • 北海道大学 人獣共通感染症リサーチセンター 一般共同研究,2014年04月 ~ 2015年03月,水平伝播遺伝子から探る節足動物内での異種共生関係の解明

    北海道大学 人獣共通感染症リサーチセンター 一般共同研究

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研究発表 【 表示 / 非表示

  • 第35回日本分子生物学会年会,阿部貴志, 金谷重彦, 池村淑道,国内会議,2012年12月,一括学習型自己組織化マップ(BLSOM)を用いたメタゲノム配列に対する系統推定法の開発,ポスター(一般)

  • 第35回日本分子生物学会年会,岩崎裕貴, 阿部貴志, 和田健之介, 伊藤正恵, 池村淑道,国内会議,2012年12月,宿主適応に関係したインフルエンザウイルスゲノムの連続塩基組成の解析,ポスター(一般)

  • Biocuration 2010,Hiroshi Uehara, Toshimichi Ikemura, Hachiro Inokuchi, Chieko Wada, Yuko Yamada, Akira Muto, Yasuo Ohara,Takashi Abe,国際会議,2012年08月,Knowledge discovery and database construction for Genes Contributing to "Sustainable World" and "Human Health" & tRNA Gene Database Curated manually by Experts under collaboration with undergraduate students and senior scientists.,ポスター(一般)

  • 第14回日本RNA学会年会,岩崎裕貴, 秋葉太貴, 小倉歩, 阿部貴志, 和田健之介, 伊藤正恵, 池村淑道,国内会議,2012年07月,RNAウイルスの宿主依存機構を知るための宿主RNAとの類似領域の検出,ポスター(一般)

  • 第14回日本RNA学会年会,阿部貴志, 井口八郎, 木ノ内誠, 金谷重彦, 菅原潤一, 金井明夫, 山田優子, 武藤昱, 池村淑道,国内会議,2012年07月,tRNADB-CE: エキスパートがキュレートしたtRNA遺伝子データベース,ポスター(一般)

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担当授業科目 【 表示 / 非表示

  • 2017年度,情報工学基礎実習I,2017年04月 ~ 2017年08月,専任

  • 2017年度,プログラミングII,2017年04月 ~ 2017年08月,専任

  • 2017年度,プログラミング実習II,2017年04月 ~ 2017年08月,専任

  • 2016年度,ゲノム情報解析概論,2016年10月 ~ 2017年03月,専任

  • 2016年度,情報工学基礎実習II,2016年10月 ~ 2017年03月,専任

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学会・委員会等活動 【 表示 / 非表示

  • 電子情報通信学会,信越支部庶務幹事,2016年06月 ~ 2018年05月

  • 電子情報通信学会,代議員,2015年05月 ~ 2016年04月

  • 電子情報通信学会,信越支部委員,2013年05月 ~ 2015年04月

  • 日本バイオインフォマティクス学会,平成25年度バイオインフォマティクス技術者認定試験 試験問題作成協力者,2013年04月 ~ 2014年12月

  • 日本ゲノム微生物学会,若手の会世話人,2011年10月 ~ 2016年12月

学外の社会活動(高大・地域連携等) 【 表示 / 非表示

  • 第1回新潟大学シーズプレゼンテーション,2017年04月

  • 名古屋大学大学院医学系研究科 非常勤講師,2016年11月

  • 平成28年度 新潟大学高度技術研修 「統計ソフトウェア「R」を活用したデータ分析コース」,2016年11月

  • 出前講義(福島県立白河高等学校) ,2016年09月

  • 出前講義(長野県松本蟻ケ崎高等学校),2013年10月

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