自然科学研究科 電気情報工学専攻 教授
工学部 工学科 教授
2024/12/21 更新
博士(理学) ( 2004年3月 総合研究大学院大学 )
情報通信 / 生命、健康、医療情報学
ライフサイエンス / ゲノム生物学
国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター 特命教授
2021年6月 - 2024年3月
国名:日本国
新潟大学 工学部 工学科 教授
2020年10月 - 現在
新潟大学 大学院自然科学研究科 電気情報工学専攻 教授
2020年10月 - 現在
新潟大学 工学部 工学科 准教授
2017年4月 - 2020年9月
新潟大学 自然科学研究科 電気情報工学専攻 准教授
2011年10月 - 2020年9月
新潟大学 工学部 情報工学科 コンピュータサイエンス 准教授
2011年10月 - 2017年3月
長浜バイオ大学 助教
2007年4月 - 2011年9月
国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJセンター 助教
2004年4月 - 2007年3月
総合研究大学院大学 School of Life Science, Department of Genetics 助教
2004年4月 - 2007年3月
協和発酵工業株式会社 研究員
2001年4月 - 2004年3月
新潟大学 工学部 工学科 教授
2020年10月 - 現在
新潟大学 工学部 工学科 准教授
2017年4月 - 2020年9月
新潟大学 自然科学研究科 電気情報工学専攻 准教授
2011年10月 - 現在
新潟大学 自然科学研究科 電気情報工学専攻 准教授
2011年10月 - 現在
新潟大学 コンピュータサイエンス 准教授
2011年10月 - 2017年3月
日本遺伝学会
日本分子生物学会
日本進化学会
日本RNA学会
日本ゲノム微生物学会
電子情報通信学会
日本バイオインフォマティクス学会
Tohru Abe, Haruna Shiratori, Kosuke Kashiwazaki, Kazuma Hiasa, Daijiro Ueda, Tohru Taniguchi, Hajime Sato, Takashi Abe, Tsutomu Sato
Chemical Science 2024年6月
SARS-CoV-2 HaploGraph: visualization of SARS-CoV-2 haplotype spread in Japan
So Nakagawa, Toshiaki Katayama, Lihua Jin, Jiaqi Wu, Kirill Kryukov, Rise Oyachi, Junko S Takeuchi, Takatomo Fujisawa, Satomi Asano, Momoka Komatsu, Jun-ichi Onami, Takashi Abe, Masanori Arita
Genes & Genetic Systems 2023年10月
Oligonucleotide usage in coronavirus genomes mimics that in exon regions in host genomes. 査読 国際誌
Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Toshimichi Ikemura
Virology journal 20 ( 1 ) 39 - 39 2023年3月
Identification of microbes coexisting with Legionella spp. in bathwaters 査読
Masaki Okunaga, Kenta Kushiro, Ryohei Horie, Akihiro Kondo, Takashi Abe
NPJ CLEAN WATER 5 ( 1 ) 2022年12月
Yuki Iwasaki, Toshimichi Ikemura, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Takashi Abe
BMC Genomics 23 ( 1 ) 2022年12月
Toshimichi Ikemura, Yuki Iwasaki, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Takashi Abe
PLOS ONE 17 ( 8 ) e0273860 - e0273860 2022年8月
Unsupervised explainable AI for molecular evolutionary study of forty thousand SARS-CoV-2 genomes. 査読 国際誌
Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Toshimichi Ikemura
BMC microbiology 22 ( 1 ) 73 - 73 2022年3月
Epidemiology and Genetic Analysis of SARS-CoV-2 in Myanmar during the Community Outbreaks in 2020. 査読 国際誌
Wint Wint Phyu, Reiko Saito, Keita Wagatsuma, Takashi Abe, Htay Htay Tin, Eh Htoo Pe, Su Mon Kyaw Win, Nay Chi Win, Lasham Di Ja, Sekizuka Tsuyoshi, Kuroda Makoto, Yadanar Kyaw, Irina Chon, Shinji Watanabe, Hideki Hasegawa, Hisami Watanabe
Viruses 14 ( 2 ) 2022年1月
AI for the collective analysis of a massive number of genome sequences: various examples from the small genome of pandemic SARS-CoV-2 to the human genome. 査読
Toshimichi Ikemura, Yuki Iwasaki, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Takashi Abe
Genes & genetic systems 96 ( 4 ) 165 - 176 2021年12月
Time-Series Trend of Pandemic SARS-CoV-2 Variants Visualized Using Batch-Learning Self-Organizing Map for Oligonucleotide Compositions 査読
Takashi Abe, Ryuki Furukawa, Yuki Iwasaki, Toshimichi Ikemura
Data Science Journal 20 ( 1 ) 29 - 29 2021年9月
Human cell-dependent, directional, time-dependent changes in the mono- and oligonucleotide compositions of SARS-CoV-2 genomes. 査読 国際誌
Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Toshimichi Ikemura
BMC microbiology 21 ( 1 ) 89 - 89 2021年3月
An African tick flavivirus forming an independent clade exhibits unique exoribonuclease-resistant RNA structures in the genomic 3'-untranslated region. 査読 国際誌
Hayato Harima, Yasuko Orba, Shiho Torii, Yongjin Qiu, Masahiro Kajihara, Yoshiki Eto, Naoya Matsuta, Bernard M Hang'ombe, Yuki Eshita, Kentaro Uemura, Keita Matsuno, Michihito Sasaki, Kentaro Yoshii, Ryo Nakao, William W Hall, Ayato Takada, Takashi Abe, Michael T Wolfinger, Martin Simuunza, Hirofumi Sawa
Scientific reports 11 ( 1 ) 4883 - 4883 2021年3月
Genomic Epidemiology Reveals Multiple Introductions of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 in Niigata City, Japan, Between February and May 2020. 査読 国際誌
Keita Wagatsuma, Ryosuke Sato, Satoru Yamazaki, Masako Iwaya, Yoshiki Takahashi, Akiko Nojima, Mitsuru Oseki, Takashi Abe, Wint Wint Phyu, Tsutomu Tamura, Tsuyoshi Sekizuka, Makoto Kuroda, Haruki H Matsumoto, Reiko Saito
Frontiers in microbiology 12 749149 - 749149 2021年
Takashi Abe, Yu Akazawa, Atsushi Toyoda, Hironori Niki, Tomoya Baba
Frontiers in Microbiology 11 1486 - 1486 2020年7月
Behavioral and brain- transcriptomic synchronization between the two opponents of a fighting pair of the fish Betta splendens. 査読 国際誌
Trieu-Duc Vu, Yuki Iwasaki, Shuji Shigenobu, Akiko Maruko, Kenshiro Oshima, Erica Iioka, Chao-Li Huang, Takashi Abe, Satoshi Tamaki, Yi-Wen Lin, Chih-Kuan Chen, Mei-Yeh Lu, Masaru Hojo, Hao-Ven Wang, Shun-Fen Tzeng, Hao-Jen Huang, Akio Kanai, Takashi Gojobori, Tzen-Yuh Chiang, H Sunny Sun, Wen-Hsiung Li, Norihiro Okada
PLoS genetics 16 ( 6 ) e1008831 2020年6月
A strategy for predicting gene functions from genome and metagenome sequences on the basis of oligopeptide frequency distance. 査読
Takashi Abe, Ryo Ikarashi, Masaya Mizoguchi, Masashi Otake, Toshimichi Ikemura
Genes & genetic systems 95 ( 1 ) 11 - 19 2020年4月
The complete mitochondrial genome of Sarcoptes scabiei var. nyctereutis from the Japanese raccoon dog: Prediction and detection of two transfer RNAs (tRNA-A and tRNA-Y) 査読
Takafumi Ueda, Hiroshi Tarui, Nobuhide Kido, Keitaro Imaizumi, Kenji Hikosaka, Takashi Abe, Daisuke Minegishi, Yoshifumi Tada, Masataka Nakagawa, Sohei Tanaka, Tomoko Omiya, Kouki Morikaku, Minori Kawahara, Takane Kikuchi-Ueda, Teruo Akuta, Yasuo Ono
Genomics 111 ( 6 ) 1183 - 1191 2019年12月
Viral population analysis of the taiga tick, Ixodes persulcatus, by using Batch Learning Self-Organizing Maps and BLAST search. 査読
Yongjin Qiu, Takashi Abe, Ryo Nakao, Kenro Satoh, Chihiro Sugimoto
The Journal of veterinary medical science 81 ( 3 ) 401 - 410 2019年3月
Phylogeographic analysis of human influenza A and B viruses in Myanmar, 2010-2015. 査読 国際誌
Khin Thu Zar Htwe, Clyde Dapat, Yugo Shobugawa, Takashi Odagiri, Akinobu Hibino, Hiroki Kondo, Ren Yagami, Takehiko Saito, Nobuhiro Takemae, Tsutomu Tamura, Hisami Watanabe, Yadanar Kyaw, Nay Lin, Yi Yi Myint, Htay Htay Tin, Win Thein, Latt Latt Kyaw, Pan Ei Soe, Makoto Naito, Hassan Zaraket, Hiroshi Suzuki, Takashi Abe, Reiko Saito
PloS one 14 ( 1 ) e0210550 2019年
Complete Genome Sequence of Acidithiobacillus ferridurans JCM 18981. 査読
Tomoko Miyauchi, Atsushi Kouzuma, Takashi Abe, Kazuya Watanabe
Microbiology Resource Announcements 7 e01028018 2018年8月
Discovery of Mwinilunga alphavirus: A novel alphavirus in Culex mosquitoes in Zambia. 査読 国際誌
Shiho Torii, Yasuko Orba, Bernard M Hang'ombe, Aaron S Mweene, Yuji Wada, Paulina D Anindita, Wallaya Phongphaew, Yongjin Qiu, Masahiro Kajihara, Akina Mori-Kajihara, Yoshiki Eto, Hayato Harima, Michihito Sasaki, Michael Carr, William W Hall, Yuki Eshita, Takashi Abe, Hirofumi Sawa
Virus research 250 31 - 36 2018年5月
Methylomusa anaerophila gen. nov., sp. nov., an anaerobic methanol-utilizing bacterium isolated from a microbial fuel cell. 査読
Nanako Amano, Ayaka Yamamuro, Morio Miyahara, Atsushi Kouzuma, Takashi Abe, Kazuya Watanabe
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 68 1118 - 1122 2018年2月
IntroMap: a signal analysis based method for the detection of genomic introgressions 査読
Daniel J. Shea, Motoki Shimizu, Namiko Nishida, Eigo Fukai, Takashi Abe, Ryo Fujimoto, Keiichi Okazaki
BMC GENETICS 18 ( 101 ) 2017年12月
Non-autotrophic methanogens dominate in anaerobic digesters 査読
Atsushi Kouzuma, Maho Tsutsumi, Shun'ichi Ishii, Yoshiyuki Ueno, Takashi Abe, Kazuya Watanabe
SCIENTIFIC REPORTS 7 1510 2017年5月
An artificial intelligence approach fit for tRNA gene studies in the era of big sequence data 査読
Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Toshimichi Ikemura
Genes and Genetic Systems 92 ( 1 ) 43 - 54 2017年
Genomic features of uncultured methylotrophs in activated-sludge microbiomes grown under different enrichment procedures 査読
Kazuki Fujinawa, Yusuke Asai, Morio Miyahara, Atsushi Kouzuma, Takashi Abe, Kazuya Watanabe
SCIENTIFIC REPORTS 6 26650 2016年5月
Understanding skin color variations as an adaptation by detecting gene-environment interactions 査読
Sumiko Anno, Kazuhiko Ohshima, Takashi Abe
Gene-Environment Interaction Analysis: Methods in Bioinformatics and Computational Biology 1 - 37 2016年4月
Horizontally Transferred Genetic Elements in the Tsetse Fly Genome: An Alignment-Free Clustering Approach Using Batch Learning Self-Organising Map (BLSOM) 査読
Ryo Nakao, Takashi Abe, Shunsuke Funayama, Chihiro Sugimoto
BIOMED RESEARCH INTERNATIONAL 2016 3164624 2016年
CG-containing oligonucleotides and transcriptionfactor-binding motifs are enrichedin human pericentric regions 査読
Yoshiko Wada, Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Kennosuke Wada, Ikuo Tooyama, Toshimichi Ikemura
Genes and Genetic Systems 90 ( 1 ) 43 - 53 2015年6月
Multi-Pathway Cellular Analysis on Crude Natural Drugs/Herbs from Japanese Kampo Formulations 査読
Shizuka Eshima, Satoru Yokoyama, Takashi Abe, Yoshihiro Hayakawa, Ikuo Saiki
PLOS ONE 10 ( 6 ) e0128872 2015年6月
Potential Small Guide RNAs for tRNase Z(L) from Human Plasma, Peripheral Blood Mononuclear Cells, and Cultured Cell Lines 査読
Sho Ninomiya, Mitsuoki Kawano, Takashi Abe, Tatsuya Ishikawa, Masayuki Takahashi, Masato Tamura, Yoshiaki Takahashi, Masayuki Nashimoto
PLOS ONE 10 ( 3 ) e0118631 2015年3月
Development of Self-Compressing BLSOM for Comprehensive Analysis of Big Sequence Data 招待 査読
Akihito Kikuchi, Toshimichi Ikemura, Takashi Abe
BIOMED RESEARCH INTERNATIONAL 2015 506052 2015年
Metagenomic approaches to identify potential pathogens in ticks 査読
Ryo Nakao, Qiu Yongjin, Takashi Abe, Toshimichi Ikemura, Chihiro Sugimoto
GENES & GENETIC SYSTEMS 89 ( 6 ) 277 - 277 2014年12月
Evolutionary Changes in Vertebrate Genome Signatures with Special Focus on Coelacanth 査読
Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Norihiro Okada, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Toshimichi Ikemura
DNA RESEARCH 21 ( 5 ) 459 - 467 2014年10月
Metagenomic Analyses Reveal the Involvement of Syntrophic Consortia in Methanol/Electricity Conversion in Microbial Fuel Cells 査読
Ayaka Yamamuro, Atsushi Kouzuma, Takashi Abe, Kazuya Watanabe
PLOS ONE 9 ( 5 ) e98425 2014年5月
TRNADB-CE: TRNA gene database well-timed in the era of big sequence data 査読
Takashi Abe, Hachiro Inokuchi, Yuko Yamada, Akira Muto, Yuki Iwasaki, Toshimichi Ikemura
Frontiers in Genetics 5 ( MAY ) 114 2014年
Visualization of Genome Signatures of Eukaryote Genomes by Batch-Learning Self-Organizing Map with a Special Emphasis on Drosophila Genomes 査読
Takashi Abe, Yuta Hamano, Toshimichi Ikemura
BIOMED RESEARCH INTERNATIONAL 2014 985706 2014年
A Novel Bioinformatics Strategy to Analyze Microbial Big Sequence Data for Efficient Knowledge Discovery: Batch-Learning Self-Organizing Map (BLSOM). 査読
Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Toshimichi Ikemura
Microorganisms 1 ( 1 ) 137 - 157 2013年11月
Comparative Metagenomics of Anode-Associated Microbiomes Developed in Rice Paddy-Field Microbial Fuel Cells 査読
Atsushi Kouzuma, Takuya Kasai, Gen Nakagawa, Ayaka Yamamuro, Takashi Abe, Kazuya Watanabe
PLOS ONE 8 ( 11 ) e77443 2013年11月
Approaches to Detecting Gene-Environment Interactions in Human Variation Using Genetic Engineering, Remote Sensing and GIS. 査読
Sumiko Anno, Kazuhiko Ohshima, Takashi Abe, Takeo Tadono, Aya Yamamoto, Tamotsu Igarashi
Journal of Earth Science and Engineering 3 371 - 378 2013年11月
Novel bioinformatics strategies for prediction of directional sequence changes in influenza virus genomes and for surveillance of potentially hazardous strains 査読
Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Yoshiko Wada, Kennosuke Wada, Toshimichi Ikemura
BMC INFECTIOUS DISEASES 13 2013年8月
Notable clustering of transcription-factor-binding motifs in human pericentric regions and its biological significance. 査読
Yuki Iwasaki, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Takashi Abe, Toshimichi Ikemura
Chromosome Research in press 2013年7月
Systematization of the Protein Sequence Diversity in Enzymes Related to Secondary Metabolic Pathways in Plants, in the Context of Big Data Biology Inspired by the KNApSAcK Motorcycle Database 査読
Shun Ikeda, Takashi Abe, Yukiko Nakamura, Nelson Kibinge, Aki Hirai Morita, Atsushi Nakatani, Naoaki Ono, Toshimichi Ikemura, Kensuke Nakamura, Md. Altaf-Ul-Amin, Shigehiko Kanaya
PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 54 ( 5 ) 711 - 727 2013年5月
Whole-genome sequencing of Theileria parva strains provides insight into parasite migration and diversification in the African continent. 査読
Kyoko Hayashida, Takashi Abe, William Weir, Ryo Nakao, Kimihito Ito, Kiichi Kajino, Yutaka Suzuki, Frans Jongejan, Dirk Geysen, Chihiro Sugimoto
DNA Research 20 ( 3 ) 209 - 220 2013年2月
Rice annotation project database (RAP-DB): An integrative and interactive database for rice genomics 査読
Hiroaki Sakai, Sung Shin Lee, Tsuyoshi Tanaka, Hisataka Numa, Jungsok Kim, Yoshihiro Kawahara, Hironobu Wakimoto, Ching-Chia Yang, Masao Iwamoto, Takashi Abe, Yuko Yamada, Akira Muto, Hachiro Inokuchi, Toshimichi Ikemura, Takashi Matsumoto, Takuji Sasaki, Takeshi Itoh
Plant and Cell Physiology 54 ( 2 ) e6 - 11 2013年2月
A novel approach, based on BLSOMs (Batch Learning Self-Organizing Maps), to the microbiome analysis of ticks 査読
Ryo Nakao, Takashi Abe, Ard M. Nijhof, Seigo Yamamoto, Frans Jongejan, Toshimichi Ikemura, Chihiro Sugimoto, co
ISME Journal 7 1003 - 1015 2013年1月
Kyoko Hayashida, Yuichiro Hara, Takashi Abe, Chisato Yamasaki, Atsushi Toyoda, Takehide Kosuge, Yutaka Suzuki, Yoshiharu Sato, Shuichi Kawashima, Toshiaki Katayama, Hiroyuki Wakaguri, Noboru Inoue, Keiichi Homma, Masahito Tada-Umezaki, Yukio Yagi, Yasuyuki Fujii, Takuya Habara, Minoru Kanehisa, Hidemi Watanabe, Kimihito Ito, Takashi Gojobori, Hideaki Sugawara, Tadashi Imanishi, William Weir, Malcolm Gardner, Arnab Pain, Brian Shiels, Masahira Hattori, Vishvanath Nene, Chihiro Sugimoto
MBIO 3 ( 5 ) e00204-12 2012年9月
Diverse RuBisCO genes responsible for CO2 fixation in an Antarctic moss pillar. 査読
Ryosuke Nakai, Takashi Abe, Tomoya Baba, Satoshi Imura, Hiroshi Kagoshima, Hiroshi Kanda, Yuji Kohara, Akiko Koi, Hironori Niki, Katsuhiko Yanagihara, Takeshi Naganuma
Polar Biology 35 ( 11 ) 1641 - 1650 2012年6月
Eukaryotic phylotypes in aquatic moss pillars inhabiting a freshwater lake in East Antarctica, based on 18S rRNA gene analysis. 査読
Ryosuke Nakai, Takashi Abe, Tomoya Baba, Satoshi Imura, Hiroshi Kagoshima, Hiroshi Kanda, Yuji Kohara, Akiko Koi, Hironori Niki, Katsuhiko Yanagihara, Takeshi Naganuma
Polar Biology 35 1495 - 1504 2012年5月
Microflorae of aquatic moss pillars in a freshwater lake, East Antarctica, based on fatty acid and 16S rRNA gene analyses. 査読
Ryosuke Nakai, Takashi Abe, Tomoya Baba, Satoshi Imura, Hiroshi Kagoshima, Hiroshi Kanda, Atsuko Kanekiyo, Yuji Kohara, Akiko Koi, Keiko Nakamura, Takanori Narita, Hironori Niki, Katsuhiko Yanagihara, Takeshi Naganuma
Polar Biology 35 425 - 433 2012年1月
Metagenomic analysis of 0.2-μm-passable microorganisms in deep-sea hydrothermal fluid. 査読
Ryosuke Nakai, Takashi Abe, Haruko Takeyama, Takeshi Naganuma
Marine Biotechnology 13 900 - 908 2011年8月
SNP解析によって明らかにされたハプロタイプ構造に基づくヒト皮膚色候補遺伝子の自然選択検出の可能性 査読
安納住子, 大島一彦, 阿部貴志
日本生理人類学会誌 16 ( 2 ) 99 - 102 2011年5月
Prediction of Directional Changes of influenza A Virus Genome Sequences with Emphasis on Pandemic H1N1/09 as a Model Case 査読
Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Kennosuke Wada, Masae Itoh, Toshimichi Ikemura
DNA RESEARCH 18 ( 2 ) 125 - 136 2011年4月
tRNADB-CE 2011: tRNA gene database curated manually by experts 査読
Takashi Abe, Toshimichi Ikemura, Junichi Sugahara, Akio Kanai, Yasuo Ohara, Hiroshi Uehara, Makoto Kinouchi, Shigehiko Kanaya, Yuko Yamada, Akira Muto, Hachiro Inokuchi
NUCLEIC ACIDS RESEARCH 39 D210 - D213 2011年1月
A Novel Bioinformatics Strategy to Predict Directional Changes of Influenza A Virus Genome Sequences 査読
Yuki Iwasaki, Kennosuke Wada, Masae Itoh, Toshimichi Ikemura, Takashi Abe
ADVANCES IN SELF-ORGANIZING MAPS, WSOM 2011 6731 198 - 206 2011年
A novel bioinformatics strategy for searchingindustrially useful genome resources frommetagenomic sequence libraries 査読
Hiroshi Uehara, Yuki Iwasaki, Chieko Wada, Toshimichi Ikemura, Takashi Abe
Genes and Genetic Systems 86 ( 1 ) 53 - 66 2011年
Approaches to understanding adaptations of skin color variation by detecting gene-environment interactions 査読
Sumiko Anno, Kazuhiko Ohshima, Takashi Abe
EXPERT REVIEW OF MOLECULAR DIAGNOSTICS 10 ( 8 ) 987 - 991 2010年11月
Sequences from Prokaryotic, Eukaryotic, and Viral Genomes Available Clustered According to Phylotype on a Self-Organizing Map 査読
Takashi Abe, Shigehiko Kanaya, Toshimichi Ikemura
Knowledge-Based Bioinformatics: From Analysis to Interpretation 233 - 249 2010年7月
Preliminary Evaluation of Batch-Learning Self-Organizing Map Algorithm on a Graphic Processor. 査読
Akihiro Shitara, Yuri Nishikawa, Masato Yoshimi, Takashi Abe, Toshimichi Ikemura, Hideharu Amano
Proceedings of Parallel and Distributed Computing and Networks 676 - 689 2010年2月
A Novel Bioinformatics Strategy for Function Prediction of Poorly-Characterized Protein Genes Obtained from Metagenome Analyses 査読
Takashi Abe, Shigehiko Kanaya, Hiroshi Uehara, Toshimichi Ikemura
DNA RESEARCH 16 ( 5 ) 287 - 297 2009年10月
Intra-Species Diversity between Seven Bifidobacterium adolescentis Strains Identified by Genome-Wide Tiling Array Analysis 査読
Kazumasa Yasui, Mototsugu Tabata, Satoki Yamada, Takashi Abe, Toshimichi Ikemura, Ro Osawa, Tohru Suzuki
BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY 73 ( 6 ) 1422 - 1424 2009年6月
Relationships between replication timing and GC content of cancer-related genes on human chromosomes 11q and 21q 査読
Yoshihisa Watanabe, Takashi Abe, Toshimichi Ikemura, Masato Maekawa
GENE 433 ( 1-2 ) 26 - 31 2009年3月
tRNADB-CE: tRNA gene database curated manually by experts 査読
Takashi Abe, Toshimichi Ikemura, Yasuo Ohara, Hiroshi Uehara, Makoto Kinouchi, Shigehiko Kanaya, Yuko Yamada, Akira Muto, Hachiro Inokuchi
NUCLEIC ACIDS RESEARCH 37 D163 - D168 2009年1月
Novel bioinformatics for inter- and intraspecies comparison of genome signatures in plant genomes 査読
Takashi Abe, Kennosuke Wada, Yuki Iwasaki, Toshimichi Ikemura
PLANT BIOTECHNOLOGY 26 ( 5 ) 469 - 477 2009年
Batch-Learning Self-Organizing Map for Predicting Functions of Poorly-Characterized Proteins Massively Accumulated 査読
Takashi Abe, Shigehiko Kanaya, Toshimichi Ikemura
ADVANCES IN SELF-ORGANIZING MAPS, PROCEEDINGS 5629 1 - + 2009年
A Large-Scale Genomics Studies Conducted with Batch-Learning SOM Utilizing High-Performance Supercomputers 査読
Takashi Abe, Yuta Hamano, Shigehiko Kanaya, Kennosuke Wada, Toshimichi Ikemura
BIO-INSPIRED SYSTEMS: COMPUTATIONAL AND AMBIENT INTELLIGENCE, PT 1 5517 829 - + 2009年
Construction of tRNA database curated by experts 査読
Takashi Abe, Toshimichi Ikemura, Yasuo Ohara, Akira Muto, Yuko Yamada, Uehara Hiroshi, Makoto Kinouchi, Shigehiko Kanaya, Hachiro Inokuchi
GENES & GENETIC SYSTEMS 83 ( 6 ) 482 - 482 2008年12月
A novel bioinformatics strategy for unveiling microbial diversity of uncultured environmental microbe mixtures on the basis of Batch Learning Self-Organizing Map (BLSOM) 査読
Takashi Abe, Shigehiko Kanaya, Toshimichi Ikemura
GENES & GENETIC SYSTEMS 83 ( 6 ) 483 - 483 2008年12月
The genome of Pelotomaculum thermopropionicum reveals niche-associated evolution in anaerobic microbiota. 査読 国際誌
Tomoyuki Kosaka, Souichiro Kato, Takefumi Shimoyama, Shunichi Ishii, Takashi Abe, Kazuya Watanabe
Genome research 18 ( 3 ) 442 - 8 2008年3月
Interactions between SNP alleles at multiple loci contribute to skin color differences between Caucasoid and Mongoloid subjects 査読
Sumiko Anno, Takashi Abe, Takushi Yamamoto
INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL SCIENCES 4 ( 2 ) 81 - 86 2008年
A large-scale Batch-learning self-organizing map for function prediction of poorly-characterized proteins progressively accumulating in sequence databases 査読
Takashi Abe, Shigehiko Kanaya, Toshimichi Ikemura
GENES & GENETIC SYSTEMS 82 ( 6 ) 517 - 517 2007年12月
Characterization of Genetic Signal Sequences with Batch-Learning SOM. 査読
Takashi Abe, Shun Ikeda, Shigehiko Kanaya, Kennosuke Wada, Toshimichi Ikemura
Proceedings of the 6th International Workshop on Self-Organizing Maps 2007年9月
多遺伝子座におけるSNP対立遺伝子の相互作用が及ぼすヒトの皮膚色の多様性について. 査読
安納住子, 阿部貴志, 西良浩一, 工藤奨, 山本卓志, 緒方是嗣, Vijay K. Goel
日本生理人類学会誌 12 ( 1 ) 1 - 10 2007年2月
Genome Information Broker for Viruses (GIB-V): database for comparative analysis of virus genomes 査読
Masaki Hirahata, Takashi Abe, Naoto Tanaka, Yoshikazu Kuwana, Yasumasa Shigemoto, Satoru Miyazaki, Yoshiyuki Suzuki, Hideaki Sugawara
NUCLEIC ACIDS RESEARCH 35 D339 - D342 2007年1月
DDBJ working on evaluation and classification of bacterial genes in INSDC 査読
Hideaki Sugawara, Takashi Abe, Takashi Gojobori, Yoshio Tateno
NUCLEIC ACIDS RESEARCH 35 D13 - D15 2007年1月
Interactions Between SNP Alleles at Multiple Loci and Variation in Skin Pigmentation in 122 Caucasians 査読
Sumiko Anno, Takashi Abe, Koichi Sairyo, Susumu Kudo, Takushi Yamamoto, Koretsugu Ogata, Vijay K. Goel
EVOLUTIONARY BIOINFORMATICS 3 169 - 178 2007年
Studies of closely related genomes such as human and chimpanzee genomes using Self-Organizing Map 査読
Takashi Abe, Hideaki Sugawara, Shigehiko Kanaya, Hijiri Maeno, Toshimichi Ikemura
GENES & GENETIC SYSTEMS 81 ( 6 ) 457 - 457 2006年12月
Takashi Abe, Hideaki Sugawara, Shigehiko Kanaya, Toshimichi Ikemura
Polar Bioscience 20 103 - 112 2006年12月
Exploration and grading of possible genes from 183 bacterial strains by a common protocol to identification of new genes: Gene Trek in Prokaryote Space (GTPS) 査読
Takehide Kosuge, Takashi Abe, Toshihisa Okido, Naoto Tanaka, Masaki Hirahata, Yutaka Maruyama, Jun Mashima, Aki Tomiki, Motoyoshi Kurokawa, Ryutaro Himeno, Satoshi Fukuchi, Satoru Miyazaki, Takashi Gojobori, Yoshio Tateno, Hideaki Sugawara
DNA RESEARCH 13 ( 6 ) 245 - 254 2006年12月
Sequences from almost all prokaryotic, eukaryotic, and viral genomes available could be classified according to genomes on a large-scale Self-Organizing Map constructed with the Earth Simulator. 査読
Takashi Abe, Hideaki Sugawara, Shigehiko Kanaya, Toshimichi Ikemura
Journal of the Earth Simulator 6 17 - 23 2006年10月
A useful bioinformatics suite for retrieving and analyzing microbial genome data (G-InforBIO). 査読
Naoto Tanaka, Takashi Abe, Satoru Miyazaki, Hideaki Sugawara
Journal of Computer Aided Chemistry 7 87 - 93 2006年9月
G-InforBIO: integrated system for microbial genomics 査読
Naoto Tanaka, Takashi Abe, Satoru Miyazaki, Hideaki Sugawara
BMC BIOINFORMATICS 7 368 2006年8月
Self-Organizing Map (SOM) unveils and visualizes hidden sequence characteristics of a wide range of eukaryote genomes 査読
T Abe, H Sugawara, S Kanaya, M Kinouchi, T Ikemura
GENE 365 27 - 34 2006年1月
Bisulfite sequencing and dinucleotide content analysis of 15 imprinted mouse differentially methylated regions (DMRs): paternally methylated DMRs contain less CpGs than maternally methylated DMRs 査読
H Kobayashi, C Suda, T Abe, Y Kohara, T Ikemura, H Sasaki
CYTOGENETIC AND GENOME RESEARCH 113 ( 1-4 ) 130 - 137 2006年
Escherichia coli K-12: a cooperatively developed annotation snapshot - 2005 査読
M Riley, T Abe, MB Arnaud, MKB Berlyn, FR Blattner, RR Chaudhuri, JD Glasner, T Horiuchi, IM Keseler, T Kosuge, H Mori, NT Perna, G Plunkett, KE Rudd, MH Serres, GH Thomas, NR Thomson, D Wishart, BL Wanner
NUCLEIC ACIDS RESEARCH 34 ( 1 ) 1 - 9 2006年
Characterization of transcriptional regulatory signals with novel bioinformatics tools 査読
Takashi Abe, Hideaki Sugawara, Shigehiko Kanaya, Yoko Kosaka, Toshimichi Ikemura
DNA STRUCTURE, CHROMATIN AND GENE EXPRESSION, 2006 1 - 16 2006年
Biological Data Analysis using DDBJ Web services. 査読
Hideaki Sugawara, Satoru Miyazaki, Takashi Abe, Yasumasa Shigemoto
Proceedings of BIOINFO2005 379 - 382 2005年9月
A novel bioinformatics strategy for phylogenetic study of genomic sequence fragments: self-organizing map (SOM) of oligonucleotide frequencies. 査読
Takashi Abe, Toshimichi Ikemura, Shigehiko Kanaya, Makoto Kinouchi, Hideaki Sugawara
Proceedings of Workshop 2005 on Self-Organizing Maps 669 - 676 2005年9月
A large-scale Self-Organizing Map (SOM) constructed with the Earth Simulator unveils sequence characteristics of a wide range of eukaryotic genomes. 査読
Takashi Abe, Hideaki Sugawara, Shigehiko Kanaya, Makoto Kinouchi, Yasaburo Matsuura, Heizo Tokutaka, Toshimichi Ikemura
Proceedings of Workshop 2005 on Self-Organizing Maps 187 - 194 2005年9月
Direct cloning of genes encoding novel xylanases from the human gut 査読
H Hayashi, T Abe, M Sakamoto, H Ohara, T Ikernura, K Sakka, Y Benno
CANADIAN JOURNAL OF MICROBIOLOGY 51 ( 3 ) 251 - 259 2005年3月
Substrate-induced gene-expression screening of environmental metagenome libraries for isolation of catabolic genes 査読
T Uchiyama, T Abe, T Ikemura, K Watanabe
NATURE BIOTECHNOLOGY 23 ( 1 ) 88 - 93 2005年1月
Novel phylogenetic studies of genomic sequence fragments derived from uncultured microbe mixtures in environmental and clinical samples 査読
Takashi Abe, Hideaki Sugawara, Makoto Kinouchi, Shigehiko Kanaya, Toshimichi Ikemura
DNA Research 12 ( 5 ) 281 - 290 2005年
Johannes Vastermark, Yasumasa Shigemoto, Takashi Abe, Hideaki Sugawara
Genome Informatics 15 ( 2 ) 13 - 20 2004年12月
Novel genome informatics for unveiling hidden signatures in genome sequences: self-organizing map (SOM) of oligonucleotide frequencies. 査読
Takashi Abe, Toshimichi Ikemura, Shigehiko Kanaya, Makoto Kinouchi, Hideaki Sugawara
Proceedings of 2004 Workshop on Information-Based Induction Sciences 94 - 99 2004年9月
Gene classification based on expression profile using BL-SOM: Suitability assessment of multivariate gene expression data to spherical and plain SOM by N-measure 査読
H Nishio, M Altaf-Ul-Amin, Y Nakamura, K Kurokawa, Y Sinbo, T Abe, M Kinouchi, T Ikemura, K Kobayashi, N Ogasawara, S Kanaya
8TH WORLD MULTI-CONFERENCE ON SYSTEMICS, CYBERNETICS AND INFORMATICS, VOL VII, PROCEEDINGS 189 - 192 2004年
A novel bioinformatics strategy for unveiling hidden characteristics in genome sequences and searching in silico for genetic signal sequences 査読
T Abe, S Kanaya, M Kinouchi, Y Kosaka, T Ikemura
8TH WORLD MULTI-CONFERENCE ON SYSTEMICS, CYBERNETICS AND INFORMATICS, VOL VII, PROCEEDINGS 105 - 112 2004年
Self-organizing map reveals sequence characteristics of 90 prokaryotic and eukaryotic genomes on a single map. 査読
Takashi Abe, Tokio Kozuki, Yoko Kosaka, Atsushi Fukushima, Satoshi Nakagawa, Toshimichi Ikemura
Proceedings of Workshop 2003 on Self-Organizing Maps 95 - 100 2003年9月
Dinucleosome DNA of human K562 cells: Experimental and computational characterizations 査読
M Kato, Y Onishi, Y Wada-Kiyama, T Abe, T Ikemura, S Kogan, A Bolshoy, EN Trifonov, R Kiyama
JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 332 ( 1 ) 111 - 125 2003年9月
Informatics for unveiling hidden genome signatures 査読
T Abe, S Kanaya, M Kinouchi, Y Ichiba, T Kozuki, T Ikemura
GENOME RESEARCH 13 ( 4 ) 693 - 702 2003年4月
Takashi Abe, Shigehiko Kanaya, Makoto Kinouchi, Yuta Ichiba, Tokio Kozuki, Toshimichi Ikemura
Genome Informatics 13 12 - 20 2002年12月
Analysis of codon usage diversity of bacterial genes with a self-organizing map (SOM): characterization of horizontally transferred genes with emphasis on the E. coli O157 genome 査読
S Kanaya, M Kinouchi, T Abe, Y Kudo, Y Yamada, T Nishi, H Mori, T Ikemura
GENE 276 ( 1-2 ) 89 - 99 2001年10月
Self-organizing mapping in codon usage diversity of bacterial genes. 査読
Makoto Kinouchi, Takashi Abe, Yoshihiro Kudo
Proceedings of Joint Symposium on Bio-Sensing and Bio-Imaging 243 - 246 2001年8月
Gene classification method based on batch-learning SOM. 査読
Takashi Abe, Shigehiko Kanaya, Makoto Kinouchi, Yoshihiro Kudo, Hirotada Mori, Hideo Matsuda, Carlos D. Carpio, Toshimichi Ikemura
Genome Informatics 10 314 - 315 1999年12月
Shigehiko Kanaya, Yoshihiro Kudo, Takashi Abe, Takanori Okazaki, Carlos D. Carpio, Toshimichi Ikemura
Genome Informatics 9 369 - 371 1998年12月
バイオインフォマティクス入門
日本バイオインフォマティクス学会編集( 担当: 分担執筆 , 範囲: 第3章 配列解析)
慶応義塾大学出版会 2015年8月 ( ISBN:9784766422511 )
生命のビッグデータ利用の最前線. 3.2 一括学習型自己組織化マップ(BLSOM)を用いた大量メタゲノム解析
植田充美, 監修, 阿部貴志, 金谷重彦, 池村淑道( 担当: 分担執筆)
シーエムシー出版 2014年4月 ( ISBN:9784781305370 )
Advances in Viral Genomes Research; Novel bioinformatics method to analyze more than 10,000 influenza virus strains easily at once: Batch-Learning Self Organizing Map (BLSOM).
Yuki Iwasaki, Toshimichi Ikemura, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Takashi Abe( 担当: 分担執筆)
Nova Science Publishers, Inc. 2013年12月
ベーシックマスター分子生物学; 16章 ゲノミクス
東中川徹, 大山隆, 清水光弘共編, 池村淑道, 阿部貴志( 担当: 分担執筆)
オーム社 2013年10月
Encyclopedia of Metagenomics; tRNADB-CE and use of tRNAs as phylogenetic markers for metagenomic sequences.
Karen E. Nelson, Takashi Abe, Hachiro Inokuchi, Yuko Yamada, Akira Muto, Yuki Iwasaki, Toshimichi Ikemura( 担当: 分担執筆)
Springer 2013年3月
Knowledge-Based Bioinformatics; 10 Sequences from prokaryotic, eukaryotic and viral genomes currently available clustered according to phylotype on a large-scale Self-Organizing Map.
Gil Alterovitz, Marco Ramoni (Eds, Takashi Abe, Shigehiko Kanaya, Toshimichi Ikemura( 担当: 分担執筆 , 範囲: 233-249)
Wiley & Sons, Ltd. 2010年9月 ( ISBN:4781301142 )
マリンメタゲノムの有効利用 第17章 環境由来大量DNA配列を利用した難培養性生物群の系統推定のための新規情報学手法
松永是, 竹山春子, 阿部貴志, 上原啓史, 金谷重彦, 池村淑道( 担当: 共著 , 範囲: 228-239)
シーエムシー出版 2009年8月 ( ISBN:4781301142 )
Computational Biology: New Research; A Linkage Disequilibrium-based Statistical Approach to Discovering Interractions among SNP Alleles at Multiple Loci Contributing to Human Skin Pigmentation Variation.
Alona S. Russe, Sumiko Anno, Takashi Abe( 担当: 共著 , 範囲: 19-27)
Nova Science Publishers 2008年10月 ( ISBN:1606920405 )
自己組織化マップとその応用 第7章 SOMの医学・生物学からバイオ産業への応用まで;第8章 球面SOMによるゲノム解析
徳高平蔵, 第, 章 阿部貴志, 池村淑道, 木ノ内誠, 中村由紀子, 前野聖, 金谷重彦, 第8章 松浦弥三郎, 阿部貴志, 池村淑道, 徳高平蔵, 大北正昭( 担当: 共著 , 範囲: 87-103)
シュプリンガー・ジャパン株式会社 2007年7月 ( ISBN:4431723153 )
DNAチップ活用テクノロジーと応用 第3章2節 自己組織化法のバイオインフォマティクスへの応用-メタボロームおよびトランスクリプトデータの統合解析に向けて
久原哲, 編, 中村由紀子, 真保陽子, 矢野美弦, モハマド・アルタフル・アミン, 黒川顕, 阿部貴志, 木ノ内誠, 斉藤和季, 池村淑道, 金谷重彦( 担当: 共著 , 範囲: 191-200)
シーエムシー出版 2006年10月 ( ISBN:4882315904 )
DNA structure, Chromatin and Gene Expression; Characterization of transcriptional regulatory signals with novel bioinformatics tools.
Ryoichi Kiyama, Misuhiro Shimizu (Eds, Takashi Abe, Hideaki Sugawara, Shigehiko Kanaya, Yoko Kosaka, Toshimichi Ikemura( 担当: 共著 , 範囲: 1-16)
Transworld Research Network. 2006年1月 ( ISBN:8178952289 )
生物工学ハンドブック I編2.5.4〔4〕(d) コドン使用頻度と生産収量との関連
日本生物工学会, 阿部貴志, 金谷重彦, 木ノ内誠, 池村淑道( 担当: 共著 , 範囲: 131-132)
コロナ社 2005年6月 ( ISBN:4339067342 )
DDBJの利用法 5.1章 マルチプルアラインメント、5.2章 進化系統解析
五條堀孝, 菅原秀明, 編, 阿部貴志( 担当: 共著 , 範囲: 107-127)
共立出版 2005年5月 ( ISBN:4320056299 )
ゲノミクス・プロテオミクスの新展開 第3編第2章第4節 自己組織化マップ(SOM):比較ゲノムと生物多様性研究への新規な情報学的手法
今中忠行, 阿部貴志, 金谷重彦, 木ノ内誠, 池村淑道( 担当: 共著 , 範囲: 890-896)
エヌ・ティ・エス 2004年4月 ( ISBN:4860430492 )
ゲノムからみた生物の多様性と進化 8. ゲノム配列にひそむ特徴的なサインからみた生物多様性
五條堀孝, 金谷重彦, 阿部貴志, 木ノ内誠, 池村淑道( 担当: 共著 , 範囲: 58-64)
シュプリンガー・フェアラーク東京. 2003年6月 ( ISBN:4431710221 )
病原体媒介節足動物と共生微生物間の遺伝子水平伝播
中尾亮, 阿部貴志, 杉本千尋
日本遺伝学会大会プログラム・予稿集 92nd 2020年
松本光司, 菊池亮仁, 中尾亮, 杉本千尋, 池村淑道, 阿部貴志
日本ゲノム微生物学会年会要旨集 11th 95 2017年
一括学習型自己組織化マップに基づく水平伝播候補遺伝子の探索法の開発
阿部貴志, 中尾亮, 杉本千尋
日本生化学会大会(Web) 90th ROMBUNNO.4AT27‐02(3P‐1460) (WEB ONLY) 2017年
超高速遺伝子解析技術によるマダニ保有微生物の探索
中尾亮, 中尾亮, QIU Yongjin, 木下豪太, THU May June, 阿部貴志, 片倉賢, 杉本千尋
日本寄生虫学会大会プログラム・抄録集 85th 83 2016年2月
相対エントロピーによる水平伝播候補領域検出法の開発
舩山俊介, 中尾亮, 杉本千尋, 阿部貴志
日本ゲノム微生物学会年会要旨集 9th 81 2015年
Unsupervised data mining suitable for evolutionary and genomic studies in the era of big data
Hiroki Iwasaki, Takashi Abe, Yoshiko Wada, Kennosuke Wada, Toshimichi Ikemura
GENES & GENETIC SYSTEMS 89 ( 6 ) 285 - 285 2014年12月
Allele-specific gene expression analysis by mouse inter-subspecific genome divergence
Toyoyuki Takada, Shinji Kondo, Takashi Abe, Hidenori Kiyosawa, Atsushi Toyoda, Asao Fujiyama, Toshihiko Shiroishi
GENES & GENETIC SYSTEMS 89 ( 6 ) 327 - 327 2014年12月
一括学習型自己組織化マップ(BLSOM)法を用いたマダニ保有ウイルス叢の網羅的解析
邱永晋, 中尾亮, 阿部貴志, 杉本千尋
日本獣医学会学術集会講演要旨集 157th 406 2014年8月
A novel approach, based on BLSOMs (Batch Learning Self-Organizing Maps), to the microbiome analysis of ticks (vol 7, pg 1003, 2013)
Ryo Nakao, Takashi Abe, Ard M. Nijhof, Seigo Yamamoto, Frans Jongejan, Toshimichi Ikemura, Chihiro Sugimoto
ISME JOURNAL 8 ( 8 ) 1752 - 1752 2014年8月
遺伝子工学・リモートセンシング・地理情報システムの技術を応用したヒトの環境適応能における遺伝‐環境の相互作用解明への新研究法
安納住子, 大島一彦, 阿部貴志, 田殿武雄, 山本彩, 五十嵐保
日本生理人類学会誌 19 ( 1 ) 13 - 18 2014年2月
Evolutionary changes of vertebrate genome signatures with special focus on coelacanth
Yuki Iwasaki, Norihiro Okada, Takashi Abe, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Toshimichi Ikemura
GENES & GENETIC SYSTEMS 88 ( 6 ) 381 - 381 2013年12月
遺伝子工学・リモートセンシング・地理情報システムの技術を応用したヒトの環境適応能における遺伝‐環境の相互作用解明への新研究法
安納住子, 大島一彦, 阿部貴志
日本生理人類学会誌 18 206 - 207 2013年6月
BLSOM解析を活用したマダニ媒介性病原体の検索
中尾亮, 阿部貴志, 山本正悟, ARD Nijhof, FRANS Jongejan, 池村淑道, 杉本千尋
日本ゲノム微生物学会年会要旨集 7th 57 2013年
PJ-002 メタノールを基質とする発電微生物群の集積とメタゲノム解析(ゲノミクス・メタゲノミクス,ポスター発表)
山室 彩香, 高妻 篤史, 阿部 貴志, 渡邉 一哉
日本微生物生態学会講演要旨集 ( 29 ) 134 - 134 2013年
OJ-001 水田土壌を利用した微生物発電に関連する微生物群集の比較メタゲノム解析(ゲノミクス・メタゲノミクス,口頭発表)
高妻 篤史, 阿部 貴志, 渡邉 一哉
日本微生物生態学会講演要旨集 ( 29 ) 92 - 92 2013年
PJ-003 酢酸微生物燃料電池中の微生物群集のメタゲノム解析(ゲノミクス・メタゲノミクス,ポスター発表)
月田 匠二, 高妻 篤史, 阿部 貴志, 渡邉 一哉
日本微生物生態学会講演要旨集 ( 29 ) 134 - 134 2013年
新規情報学的手法を用いたインフルエンザウイルスのゲノム塩基配列の変化の方向性の予測
岩崎裕貴, 阿部貴志, 和田健之介, 池村淑道
生物工学会誌 90 ( 12 ) 769 - 772 2012年12月
メタゲノム解析による微生物群集構造の解明への 一括学習型自己組織化マップ(BLSOM)の活用
阿部貴志, 中尾亮, 杉本千尋
生物工学会誌 90 ( 12 ) 765 - 768 2012年12月
次世代ゲノム解析技術により明らかとなりつつあるマダニ保有微生物叢の多様性
中尾亮, 杉本千尋, 阿部貴志, 山本正悟, ARD Nijhof, FRANS Jongejan, 池村淑道
大原綜合病院年報 52 107 2012年12月
ヒトの環境適応能のメカニズムの解明および地球環境変動が及ぼす健康環境影響評価
安納住子, SURENDRAN Sinnathamby Noble, RAMASAMY Ranjan, 阿部貴志, 大島一彦
芝浦工業大学特別教育・研究報告集(CD-ROM) 2011 187 - 190 2012年12月
Vertebrate genome signatures and its causative factors unveiled by novel bioinformatics strategies
Toshimichi Ikemura, Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Kennosuke Wada
GENES & GENETIC SYSTEMS 87 ( 6 ) 383 - 383 2012年12月
Detection of viral segments with oligonucleotide compositions similar with host RNAs for studies of viral adaptation to host
Yuki Iwasaki, Kennosuke Wada, Taiki Akiba, Ayumi Ogura, Takashi Abe, Toshimichi Ikemura
GENES & GENETIC SYSTEMS 87 ( 6 ) 428 - 428 2012年12月
インフルエンザウイルスゲノム配列の変化方向の予測
岩崎裕貴, 和田健之介, 阿部貴志, 池村淑道
アドバンスシミュレーション 12 56 - 57 2012年6月
メタゲノム解析によるマダニ保有微生物叢の検索
中尾亮, 阿部貴志, 阿部貴志, 山本正悟, NIJHOF Ard, JONGEJAN Frans, 池村淑道, 杉本千尋
日本獣医学会学術集会講演要旨集 153rd 239 2012年3月
マダニ保有微生物叢の解明へ向けたメタゲノム解析技術の応用
中尾亮, 阿部貴志, 阿部貴志, 山本正悟, NIJHOF Ard, JONGEJAN Frans, 池村淑道, 杉本千尋
日本寄生虫学会大会プログラム・抄録集 81st 85 2012年2月
次世代ゲノム解析によるタイレリアパルバ原虫遺伝的多様性の解明
林田京子, 阿部貴志, 中尾亮, 伊藤公人, 梶野喜一, 鈴木穣, JONGEJAN Frans, GEYSEN Dirk, WEIR William, 杉本千尋
日本寄生虫学会大会プログラム・抄録集 81st 2012年
A novel bioinformatics strategy to investigate characteristics of influenza virus genomes related with their host adaptation
Yuki Iwasaki, Toshimichi Ikemura, Kennosuke Wada, Masae Itoh, Takashi Abe
GENES & GENETIC SYSTEMS 86 ( 6 ) 419 - 419 2011年12月
In Silico analyses of the constant bases of tRNA utilizing "tRNA Gene Database, tRNADB-CE 2011"
Hachiro Inokuchi, Toshimichi Ikemura, Akira Muto, Yuko Yamada, Takashi Abe
GENES & GENETIC SYSTEMS 86 ( 6 ) 428 - 428 2011年12月
Prediction of directional changes of influenza virus genome sequences using by a novel bioinformatics strategy
Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Kennosuke Wada, Masae Itoh, Toshimichi Ikemura
GENES & GENETIC SYSTEMS 85 ( 6 ) 397 - 397 2010年12月
Phylotype prediction of metagenomic sequences using tRNA gene sequences compiled by tRNADB-CE
Takashi Abe, Hachiro Inokuchi, Hiroshi Uehara, Yuko Yamada, Akira Muto, Toshimichi Ikemura
GENES & GENETIC SYSTEMS 85 ( 6 ) 411 - 411 2010年12月
A bioinformatics strategy to clarify microbial community structures by analyzing metagenomic sequences from an environmental sample
Manabu Ohi, Yuki Iwasaki, Kennosuke Wada, Ikemura Toshimichi, Takashi Abe
GENES & GENETIC SYSTEMS 85 ( 6 ) 410 - 410 2010年12月
A novel bioinformatics strategy of searching for useful protein genes for environmental improvement from unexplored genome resources
Hiroshi Uehara, Chieko Wada, Yuki Nakaizumi, Yuki Iwasaki, Toshimichi Ikemura, Takashi Abe
GENES & GENETIC SYSTEMS 85 ( 6 ) 411 - 411 2010年12月
ハプロタイプ構造に基づいたヒト皮膚色候補遺伝子の自然選択の検出
安納住子, 大島一彦, 阿部貴志
日本生理人類学会誌 15 70 - 71 2010年10月
The hunting Genes contributing to "Human Health" and "Sustainable World" as the educational program for undergraduate and high-school students
Hiroshi Uehara, Takashi Abe, Yuki Nakaizumi, Chieko Wada, Hachiro Inokuchi, Toshimichi Ikemura
GENES & GENETIC SYSTEMS 84 ( 6 ) 482 - 482 2009年12月
A novel informatics and visualization method to analyze all influenza A virus genomes on one plane
Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Masae Itoh, Toshimichi Ikemura
GENES & GENETIC SYSTEMS 84 ( 6 ) 447 - 447 2009年12月
オリゴヌクレオチド組成を用いた一括学習型自己組織化地図法によるA型インフルエンザウイルスの俯瞰的な特徴解明
岩崎 裕貴, 池村 淑道, 伊藤 正恵, 阿部 貴志
研究報告バイオ情報学(BIO) 2009 ( 5 ) 1 - 6 2009年9月
上原啓史, 阿部貴志, 池村淑道
遺伝 63 ( 1 ) 92 - 96 2009年1月
公的データベースからの有用遺伝子の発掘: 持続可能型社会への貢献遺伝子データベースの構築と世界最高水準スーパーコンピュータの利用
池村淑道, 上原啓史, 棚橋佳世, 阿部貴志
日本化学会情報化学部会誌 26 ( 2 ) 40 - 44 2008年4月
エキスパートがキュレートしたtRNAデータベース
井口八郎, 小原康雄, 武藤あきら, 山田優子, 木ノ内誠, 前野聖, 金谷重彦, 池村淑道, 阿部貴志
日本化学会情報化学部会誌 26 ( 1 ) 11 - 16 2008年4月
持続可能型社会への貢献遺伝子データベース
上原啓史, 棚橋佳世, 阿部貴志, 池村淑道
日本化学会情報化学部会誌 26 ( 1 ) 17 - 19 2008年4月
ゲノム配列情報からの効率的な知識発見のための情報学的手法の確立
阿部貴志, 金谷重彦, 池村淑道
日本化学会情報化学部会誌 26 ( 1 ) 20 - 22 2008年4月
データベースに蓄積の著しい機能未知のタンパク質類の機能推定のための自己組織化マップ法による新規情報学的手法の開発
阿部貴志, 金谷重彦, 池村淑道
日本化学会情報化学部会誌 26 ( 2 ) 31 - 33 2008年4月
Database for genes contributing sustainable world constructed by undergraduate students
Uehara Hiroshi, Abe Takashi, Tanahashi Kayo, Nakahara Taku, Ohshima Kazuhiko, Ikemura Toshimichi
GENES & GENETIC SYSTEMS 82 ( 6 ) 553 - 553 2007年12月
学部教育としての持続可能型社会への貢献遺伝子データベース構築
上原啓史, 阿部貴志, 棚橋佳世, 中原拓, 中原拓, 大島一彦, 池村淑道
情報化学討論会講演要旨集 30th 51 - 52 2007年11月
学部教育としての持続可能型社会への貢献遺伝子データベース構築
上原啓史, 阿部貴志, 棚橋佳世, 中原拓, 大島一彦, 池村淑道
日本遺伝学会大会プログラム・予稿集 79th 86 - J13 2007年9月
持続可能型社会への貢献遺伝子データベースの構築
棚橋佳世, 上原啓史, 中原拓, 大島一彦, 阿部貴志, 池村淑道
生化学 1P-1058 2007年
微生物学とデータ科学の接近 –ポストゲノムシークエンシングといわれるフェーズを迎えて
菅原秀明, 阿部貴志, 田中尚人, 宮崎智
土と微生物 58 ( 2 ) 57 - 67 2004年5月
ゲノムDNA配列に潜んでいる生物種の個性を明らかにする新規な統計数理的手法
阿部貴志, 金谷重彦, 木ノ内誠, 池村淑道
統計数理 52 ( 1 ) 207 - 215 2004年1月
微生物ゲノムとメタゲノムからの効率的な知識発見に向けて
阿部 貴志
木村資生記念 第2回進化学セミナー 2018年9月
ウイルスゲノムの連続塩基組成を活用した効率的な知識発見 招待
阿部 貴志
進化学会第20回大会 2018年8月
ゲノムアノテーション
阿部 貴志
統合データベース講習会AJACS越後 2018年6月
ビッグデータ時代のデータ分析の実践 ~統計分析や機械学習を上手く活用しよう~
阿部 貴志
新潟大学産学連携協力会IoT/ビッグデータ研修会 2017年11月
ゲノムデータからの効率的な知識発見に向けた一括学習型自己組織化マップの活用 招待
阿部 貴志
第27回日本数理生物学会年会 2017年10月
シニア研究者の専門知識を活用したtRNA遺伝子データベースtRNADB-CEの運用
阿部 貴志
日本遺伝学会第89回大会 2017年9月
機械学習を活用したゲノムビッグデータからの知識発見
阿部 貴志
第1回新潟大学シーズプレゼンテーション 2017年4月
連続塩基組成に基づくウイルスゲノムの多様性の解明 招待
阿部 貴志
第1回内在性ウイルス様エレメント研究会 2016年12月
「統計ソフトウェア「R」を活用したデータ分析コース」
阿部 貴志
平成28年度 新潟大学高度技術研修 2016年11月
A bioinformatics analysis for efficient knowledge discovery from big sequence data with BLSOM 招待
阿部 貴志
第89回日本細菌学会総会 2016年3月
メタゲノム解析を活用した新規微生物群の効率的な探索 招待
阿部 貴志
第157回日本獣医学会学術集会 2014年9月
ゲノムアノテーション
阿部 貴志
統合データベース講習会:AJASC琉球 2013年7月
Metagenomic analysis for unveiling of microbial diversities within tick guts 招待 国際会議
阿部 貴志
International Union of Microbiological Societies 2011 Congress 2011年9月
全地球レベルの環境微生物多様性を把握・俯瞰するための新規情報学的手法の開発 招待
阿部 貴志
静岡大学GPLバイオサイエンスセミナー 2011年6月
学部教育における DDBJ の活用について
阿部 貴志
DDBJing講習会 2008年6月
自己組織化マップ(SOM)によるゲノムとタンパク質配列からの効率的な知識発見 招待
阿部 貴志
化学と生物学を統合する情報学に関するシンポジウム 2007年12月
レジオネラ属菌による汚染度の評価方法
近藤 昭宏, 阿部 貴志
「塩基配列の分類システムおよびオリゴヌクレオチド出現頻度の解析システム」
池村淑道, 金谷重彦, 阿部貴志, 木ノ内誠, 中川智, 上月登喜男
阿部 貴志, 柳田 駿介
阿部 貴志, 馬場 一郎
PEMS (Phylogenetic Estimation of Metagenomic sequence using BLSOM)
阿部貴志, 和田健之介, 金谷重彦, 池村淑道
上原 啓史, 阿部 貴志, 池村 淑道
Takashi Abe, Toshimichi Ikemura, Junichi Sugahara, Akio Kanai, Yasuo Ohara, Hiroshi Uehara, Makoto Kinouchi, Shigehiko Kanaya, Yuko Yamada, Akira Muto, Hachiro Inokuchi
GGS PRIZE 2024
2024年9月 日本遺伝学会 SARS-CoV-2 HaploGraph: visualization of SARS-CoV-2 haplotype spread in Japan
So Nakagawa, Toshiaki Katayama, Lihua Jin, Jiaqi Wu, Kirill Kryukov, Rise Oyachi, Junko S Takeuchi, Takatomo Fujisawa, Satomi Asano, Momoka Komatsu, Jun-ichi Onami, Takashi Abe, Masanori Arita
2019年(第81巻)JVMS優秀論文賞
2020年9月 日本獣医学会 Viral population analysis of the taiga tick, Ixodes persulcatus, by using Batch Learning Self-Organizing Maps and BLAST search. The Journal of Veterinary Medical Science 81(3)401-410, 2019
Yongjin Qiu, Takashi Abe, Ryo Nakao, Kenro Satoh, Chihiro Sugimoto
日本ゲノム微生物学会研究奨励賞
2011年3月 日本ゲノム微生物学会
阿部貴志
日本生理人類学会優秀論文賞
2008年6月 日本生理人類学会
安納住子, 阿部貴志, 西良浩一, 工藤奨, 山本卓志, 緒方是嗣, Vijay K. Goel
日本進化学会第5回大会最優秀ポスター賞
2003年8月 日本進化学会
阿部貴志
第22回情報科学討論会ポスター賞
1999年11月 社団法人日本化学会情報化学部会
阿部貴志, 金谷重彦, 工藤喜弘, 木ノ内誠, 大平賢
下水ゲノム疫学による新型コロナ変異株と薬剤耐性の国際比較と越境移動要因分析
研究課題/領域番号:21KK0073
2021年10月 - 2025年3月
制度名:科学研究費助成事業
研究種目:国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))
提供機関:日本学術振興会
本多 了, 阿部 貴志, 松浦 哲久, 沈 尚
配分額:19110000円 ( 直接経費:14700000円 、 間接経費:4410000円 )
当初の計画では,初年度は,現地に渡航して対象の下水処理場の視察と採水箇所の選定を行う予定であったが,新型コロナウイルス流行により渡航が困難であったため,タイ・インド・スリランカの海外共同研究者とオンラインでの打ち合わせを行い,各国での具体的な採水計画を策定した。海外共同研究者による現地視察と採水許可を得ることによって,タイでは,バンコクの3箇所の下水処理場(Din Daeng, Jatujak, Bang Sue),インドでは,ガンディナガール州とグワハティ州の2箇所の下水処理場,スリランカではゴール市の1箇所の下水処理場として,毎月採水を行うこととした。また,国内の共同研究者と打ち合わせを行って,本プロジェクトのための薬剤耐性およびウイルス遺伝子分析の統一マニュアルを策定し,海外共同研究者との共有と説明を行った。また,各国での試料採取と前処理に必要な消耗品の調達を行い,海外共同研究者に送付した。
また,新型コロナウイルス変異株解析手法の検討を開始した。まず,変異株配列解析の精度を担保するために必要なウイルス遺伝子量の検討と,逆転写反応に用いるプライマーの選定を行った。不活化済のSARS-CoV-2株をリン酸緩衝液に異なる濃度で添加してRNA
抽出を行った後,ランダムプライマーと配列解析対象PCRプライマーの2種類で逆転写反応を行った。それぞれのcDNAに対して異なるサイクル数でPCRによる増幅を行った。増幅が見られたものに対して配列解析を行い,最も精度良く配列が解析できた条件を明らかにした。
汎フィロウイルス治療薬開発に向けたドライ-ウェット融合型研究基盤の構築
研究課題/領域番号:20H03140
2020年4月 - 2023年3月
制度名:科学研究費助成事業
研究種目:基盤研究(B)
提供機関:日本学術振興会
五十嵐 学, 広川 貴次, 阿部 貴志, 松野 啓太
配分額:17680000円 ( 直接経費:13600000円 、 間接経費:4080000円 )
細胞膜自動透過性DNAアプタマーの分子基盤解明とポスト抗体医薬への展開
研究課題/領域番号:19H03512
2019年4月 - 2022年3月
制度名:科学研究費助成事業 基盤研究(B)
研究種目:基盤研究(B)
提供機関:日本学術振興会
中馬 吉郎, 寺尾 豊, 東元 祐一郎, 阿部 貴志
配分額:17290000円 ( 直接経費:13300000円 、 間接経費:3990000円 )
抗体医薬は,細胞膜を透過できないことから細胞膜透過型の抗体様分子開発が強く望まれている.研究代表者らは,一本鎖核酸により形成されるDNAアプタマー分子に着目し,イオン刺激によりキューブ型構造を形成し,発がん原因タンパク質に対して高い親和性と選択性を示す刺激応答性DNA分子”IRDAptamer”を開発した.本研究では,IRDAptamerの構造最適化を実施するとともに,本分子が有する細胞膜透過機構を明らかにした.加えて,生体環境下における機能解析,ならびに生体マウスを用いた研究から,本分子が細胞内発がんタンパク質を標的としたポスト抗体薬として展開できる可能性が示唆された.
神経回路網アルゴリズムを用いた非結核性抗酸菌の統合的オミックス解析と病態予測
研究課題/領域番号:18KT0019
2018年7月 - 2021年3月
制度名:科学研究費助成事業 基盤研究(B)
研究種目:基盤研究(B)
提供機関:日本学術振興会
菊地 利明, 阿部 貴志
資金種別:競争的資金
配分額:18460000円 ( 直接経費:14200000円 、 間接経費:4260000円 )
非結核性抗酸菌 (NTM) は環境中に広く生息しており、その吸入曝露によって、慢性呼吸器感染症であるNTM症を発症する。このNTM症の臨床上課題は、病態分類が不明確な点である。感染症は一般に、病原微生物と宿主との相互関係によって成立する。そこで「NTM症患者の起因菌の性状は、菌株固有の性状に加え、患者の病態も反映しており、起因菌から病態を分類できるのではないか?さらに、その分類された患者群から病態的特徴を明らかにし、起因菌から病態を予測できるようになるのではないか?」という問いを掲げる。これに対する答えを求めて、本研究では、一括学習型自己組織化マップ (BLSOM) と深層学習の二種類の神経回路網アルゴリズムを用いて、NTM症患者からの病態と起因菌のバイオデータを解析し、NTM症の病態分類群とその特徴を明らかにして、その病態を起因菌から予測する数理モデルを構築する。研究初年度は、患者病態データの収集を主に行った。NTM症患者の起因菌とその病態との関連を明らかにしていくために、NTM症の患者を集積し、その患者病態データを収集した。対象は、新潟大学医歯学総合病院でNTM症と診断された18歳以上の成人例である。所属研究機関 (新潟大学) の倫理委員会で承認を受けた研究計画(承認番号:2016-0106)に従って、診療情報 (年齢、性別、生活歴、既往歴、現病歴、臨床検査値、X線/CT画像、治療経過、予後) に加え、炎症性因子 (38種類のサイトカインと鉄代謝マーカー) の血中濃度を、患者病態データとして収集を進めた。
RSウイルスはなぜ夏に流行るようになったか?温暖化とウイルス変異の多角的解析
研究課題/領域番号:18K10043
2018年4月 - 2021年3月
制度名:科学研究費助成事業
研究種目:基盤研究(C)
提供機関:日本学術振興会
齋藤 玲子, 菖蒲川 由郷, 阿部 貴志
配分額:4420000円 ( 直接経費:3400000円 、 間接経費:1020000円 )
RSVの流行が全国的に冬から夏に大きく変化してきている原因について検討した。疫学的な条件検討からは近年の日本における海外からの渡航客数の大幅な増加がRSVの流行時期の変化を引き起こしている可能性が強く示唆された。北海道から沖縄までの臨床医に協力を得て検体採取調査を行ったところ、973件の検体から、A型RSV193件、B型RSV290件が検出された。2018年と2019年は、全国に1、2ヶ月先んじて、沖縄でRSVが流行しており、遺伝子解析の結果も沖縄のウイルスが全国より早い傾向にあった。2020年は、10-11月に沖縄でのみRSVの流行が見られ、新型コロナ対策の影響と考えられた。
エキスパートがキュレートしたtRNA遺伝子データベース
2017年4月 - 2022年3月
制度名:科学研究費助成事業
研究種目:研究成果公開促進費・データベース
提供機関:日本学術振興会
阿部 貴志
担当区分:研究代表者 資金種別:競争的資金
水平伝播遺伝子予測システムの開発と環境適応と共進化過程の解明
研究課題/領域番号:17K00401
2017年4月 - 2020年3月
制度名:科学研究費助成事業 基盤研究(C)
研究種目:基盤研究(C)
提供機関:日本学術振興会
阿部 貴志, 池村 淑道
担当区分:研究代表者 資金種別:競争的資金
配分額:4550000円 ( 直接経費:3500000円 、 間接経費:1050000円 )
生物の進化や環境適応には生物種間での遺伝子の水平伝播が大きな役割を果たしていると考えられている.しかしながら,従来の配列相同性検索では水平伝播遺伝子の検出は限界があり,ゲノム全体における水平伝播遺伝子の全容解明には新規解析手法の開発が求められている.
今年度は,これまで開発してきた水平伝播予測手法のさらなる改良を行った.従来の連続塩基組成のみに着目してゲノム配列断片を生物種別に高精度に分類可能な一括学習型自己組織化マップ(BLSOM)による水平伝播の候補ゲノム領域の検出に加え,近縁種ゲノム間での保存遺伝子の双方向ベストヒット解析を組み合わせる手法を開発した.よりそのゲノムが持つ固有の機能に特化した水平伝播の候補遺伝子検出と由来生物系統の推定が可能となった.南極コケ坊主由来のSphingomonas属細菌2種で評価したところ,水平伝播の由来は大きく異なったが,膜タンパク質など獲得した遺伝子機能に共通性が示唆された.また,アミノ酸組成でも南極株と近縁の他の大陸由来株の遺伝子で差異が認められ,遺伝子の水平伝播に基づく南極細菌の種固有な低温適応戦略の一端を明らかにすることができた.
さらに,真核生物の共生関係解明のための予測システムとして開発したBLSOMを高速化した自己圧縮型BLSOMを用いた予測システムを用いて,植物と微生物の共生関係下における水平伝播遺伝子の検出を行うべく,7種のモデル植物と微生物ゲノムを対象にした解析を行った.その結果,植物ゲノムと共生細菌である全既知微生物で明瞭な分離が見られたが,各植物ゲノムの1%前後のゲノム配列断片が原核生物由来の領域に分類されていた.
今後,植物共生細菌などのさらなる実課題での解析を行い,開発手法の更なる改良と活用を目指す.
中枢神経系で働くマウス新規摂食行動制御遺伝子の機能解明
研究課題/領域番号:16H04686
2016年4月 - 2019年3月
制度名:科学研究費助成事業 基盤研究(B)
研究種目:基盤研究(B)
提供機関:日本学術振興会
高田 豊行, 阿部 貴志
配分額:17810000円 ( 直接経費:13700000円 、 間接経費:4110000円 )
我々は、実験動物マウスのコンソミック系統を使用して、肥満表現型を対象にした遺伝子探索研究を行い、脳で発現する機能未知の遺伝子Aobs1を同定した。本申請研究により、Aobs1は、マウス脳内の摂食に関わる神経核を含む領域で、摂餌の内容で遺伝子発現量が変化し、それに伴い特定の摂食行動制御関連遺伝子の発現が変動することを見出した。この結果を活用して、さらに解析を進めた結果、マウスのAobs1は中枢で機能して、摂食行動における脳内の特定の神経核で、レプチンなどによる栄養シグナルの伝達に関わる可能性が示唆された。また、Aobs1変異マウスは、過食による肥満研究のための実験動物になりうることも確認した。
電気共生を利用した革新的嫌気消化プロセスに関する基盤研究
研究課題/領域番号:15H01753
2015年4月 - 2019年3月
制度名:科学研究費助成事業 基盤研究(A)
研究種目:基盤研究(A)
提供機関:日本学術振興会
渡辺 一哉, 阿部 貴志, 上野 嘉之, 高妻 篤史
資金種別:競争的資金
配分額:44850000円 ( 直接経費:34500000円 、 間接経費:10350000円 )
導電性微物質を嫌気微生物群集に添加することにより微生物間の還元力のやりとり(電気共生)を促進し、メタン発酵を高効率化する検討を行った。その結果、酸化鉄微粒子を添加した場合にメタン発酵が顕著に促進され、またこの促進効果は静置条件および撹拌条件の両者で観察された。この2条件において形成される菌叢を解析したところ、静置条件においてはGeobacterとMethanosarcinaの増加が確認され、電気共生によりメタン発酵が促進されたと考えらえる。一方撹拌条件においては、Methanosarcinaのみが増加した。メタゲノム解析により、酸化鉄微粒子が酢酸分解メタン生成経路を促進する可能性が示された。
遺伝子の水平伝播ワールドにおける細菌分類の指標探索
研究課題/領域番号:15K14595
2015年4月 - 2019年3月
制度名:科学研究費助成事業 挑戦的萌芽研究
研究種目:挑戦的萌芽研究
提供機関:日本学術振興会
馬場 知哉, 阿部 貴志
配分額:3510000円 ( 直接経費:2700000円 、 間接経費:810000円 )
南極湖沼の生態系から分離された細菌のゲノム解析から、他の大陸の近縁種と比較して、南極細菌は遺伝子の水平伝播を多用し、遺伝子の水平伝播ワールドを形成する特殊な進化が示唆された。これら南極細菌のゲノム情報から、生命情報学的な手法により、細菌分類の指標探索を試みた。水平伝播遺伝子の推定方法として、連続塩基組成から配列断片を生物種ごとに高精度にクラスタリングする一括学習型自己組織化マップ(BLSOM)に基づいた推定を適用した。その結果、菌株によって水平伝播遺伝子の由来は大きく異なるにも関わらず、水平伝播される遺伝子群の機能には共通性が示唆されるなど、新たな分類指標の基盤となる知見が得られた。
病原体媒介節足動物の共生微生物ライブラリーの構築と病原体制御への応用
研究課題/領域番号:15H05633
2015年4月 - 2019年3月
制度名:科学研究費助成事業 若手研究(A)
研究種目:若手研究(A)
提供機関:日本学術振興会
中尾 亮, 阿部 貴志, 田仲 哲也
配分額:23790000円 ( 直接経費:18300000円 、 間接経費:5490000円 )
マダニなどの節足動物は、病気を引き起こす病原体を体内に保有して、人や動物に伝播する。本研究では、そのような病原体媒介節足動物が他にどのような微生物の集団を保有するかを明らかにすることを目的とした。国内外で採集されたマダニを材料に、微生物由来の遺伝子を解析したところ、コクシエラやリケッチア等の特定の細菌群が優占して存在することが分かった。マダニとそれら優占細菌群の遺伝子型を比較したところ、親から子へ垂直伝播するものと、個体間で水平伝播するものの両方の存在が示された。
病原微生物の潜伏環境としての原生生物の役割
研究課題/領域番号:15K14850
2015年4月 - 2018年3月
制度名:科学研究費助成事業 挑戦的萌芽研究
研究種目:挑戦的萌芽研究
提供機関:日本学術振興会
中尾 亮, 阿部 貴志
配分額:3900000円 ( 直接経費:3000000円 、 間接経費:900000円 )
本研究では、環境中に生息するアメーバ等の原生生物が感染症の流行に重要な役割を担うのではないかとの仮説を立て、原生生物が保有する微生物叢を解析した。タイ王国ナコーンナーヨック県で環境水および土壌を採取し解析に供した。その結果、各サンプルで約200属を超える細菌群を検出したが、当地で流行する感染症の病原体は検出されなかった。真核生物叢解析では得られた配列のほとんどが藻類由来のものとなった。ペプチド核酸を用いて、優占する生物由来の配列の増幅を抑制する解析系の開発に成功した。
エキスパートがキュレートしたtRNA遺伝子データベース
2015年4月 - 2017年3月
制度名:科学研究費助成事業
研究種目:研究成果公開促進費・データベース
提供機関:日本学術振興会
阿部 貴志
担当区分:研究代表者 資金種別:競争的資金
シニア専門家との協働作業による遺伝学関係 データベースのアノテーションの高品質化
2015年4月 - 2016年3月
制度名:国立遺伝学研究所共同研究(A)
提供機関:国立遺伝学研究所共同研究(A)
阿部 貴志
担当区分:研究代表者 資金種別:競争的資金
Kampo Signal Panelの構築
2015年4月 - 2016年3月
制度名:富山大学和漢医薬学総合研究所(S)特定研究
提供機関:富山大学和漢医薬学総合研究所(S)特定研究
阿部 貴志
担当区分:研究代表者 資金種別:競争的資金
マダニ保有ウイルス叢の網羅的解明に向けた情報学的手法の開発
2015年4月 - 2016年3月
制度名:北海道大学 人獣共通感染症リサーチセンター 一般共同研究
提供機関:北海道大学 人獣共通感染症リサーチセンター 一般共同研究
阿部 貴志
担当区分:研究代表者 資金種別:競争的資金
ゲノムビックデータ解析のための高速データマイニングシステムの開発
研究課題/領域番号:26330327
2014年4月 - 2017年3月
制度名:科学研究費助成事業 基盤研究(C)
研究種目:基盤研究(C)
提供機関:日本学術振興会
阿部 貴志
資金種別:競争的資金
配分額:4810000円 ( 直接経費:3700000円 、 間接経費:1110000円 )
ゲノムビックデータからの効率的な知識発見に向け、より高速化した解析手法の開発が求められている。一括学習型自己組織化マップ(BLSOM)の可視化や分離能などの特長は損なわず、爆発的な増加に対応できる新手法として、自己圧縮型BLSOMを開発した。本手法を中心に、メタゲノム配列に対する生物系統推定法、ならびに、機能未知タンパク質アミノ酸配列に対する機能推定システムに適応し、超大量データからの効率的なデータマイニングシステムの確立を行った。
水平伝播遺伝子から探る節足動物内での異種共生関係の解明
2014年4月 - 2015年3月
制度名:北海道大学 人獣共通感染症リサーチセンター 一般共同研究
提供機関:北海道大学 人獣共通感染症リサーチセンター 一般共同研究
阿部 貴志
担当区分:研究代表者 資金種別:競争的資金
シニア専門家との協働作業による遺伝学関係 データベースのアノテーションの高品質化
2014年4月 - 2015年3月
制度名:国立遺伝学研究所共同研究(A)
提供機関:国立遺伝学研究所
阿部 貴志
担当区分:研究代表者 資金種別:競争的資金
Kampo Signal Panelの構築
2014年4月 - 2015年3月
制度名:富山大学和漢医薬学総合研究所(S)特定研究
提供機関:富山大学和漢医薬学総合研究所(S)特定研究
阿部 貴志
担当区分:研究代表者 資金種別:競争的資金
RNA編集様式の亜種間差を利用したエネルギー代謝関連・量的形質遺伝子の探索
研究課題/領域番号:25430097
2013年4月 - 2016年3月
制度名:科学研究費助成事業 基盤研究(C)
研究種目:基盤研究(C)
提供機関:日本学術振興会
高田 豊行, 阿部 貴志, 矢坂 拓
配分額:5200000円 ( 直接経費:4000000円 、 間接経費:1200000円 )
本研究は、マウス亜種由来系統およびこれらから樹立されたコンソミック(染色体置換)系統群を利用した遺伝子発現解析を行い、生体エネルギー代謝に関わる表現型多様性に関与する「遺伝子発現量差」と「RNA編集塩基の亜種間差」の探索を行い、各種の解析を通してエネルギー代謝に関わる量的形質遺伝子多型の検出を行うことを目的とした。本研究により、マウス亜種系統間の遺伝子発現差およびRNA編集受容候補塩基の座標情報を得た。また、各種の情報解析から、エネルギー代謝調節などに関する遺伝子群に系統間差を観察した。表現型の差に関わる可能性のある複数の遺伝子多型については、各種の検証による関連性の調査を継続して行っている。
メタゲノム解析による新興病原細菌の網羅的探索
2013年4月 - 2014年3月
制度名:北海道大学 人獣共通感染症リサーチセンター 一般共同研究
提供機関:北海道大学 人獣共通感染症リサーチセンター 一般共同研究
阿部 貴志
担当区分:研究代表者 資金種別:競争的資金
東南極の湖沼におけるコケ坊主生物圏のゲノム解析
研究課題/領域番号:24310150
2012年4月 - 2017年3月
制度名:科学研究費助成事業 基盤研究(B)
研究種目:基盤研究(B)
提供機関:日本学術振興会
馬場 知哉, 阿部 貴志, 松浦 俊一, 伊村 智, 豊田 敦, 長沼 毅
配分額:20540000円 ( 直接経費:15800000円 、 間接経費:4740000円 )
日本の南極観測により発見された南極大陸東部の湖沼底に生息する“コケ坊主”と呼ばれる水棲化したコケの生態系の構成細菌を多数分離し、それらのゲノム解析を行った結果、他の大陸における近縁種と比較して水平伝播により獲得された遺伝子が顕著に多い傾向を明らかにした。これは1 億5 千万年前のジュラ紀には温暖な超巨大大陸ゴンドワナの一部であり、大陸移動に伴い他の大陸から分離し、極寒の環境へと変容した南極大陸の生態系における極限環境(低温・凍結、貧栄養、白夜/極夜による極端な日長変化など)への独自の適応進化の一端を反映している可能性を示唆しているものと考えられた。
東南極の湖沼におけるコケ坊主生物圏のゲノム解析
2012年4月 - 2016年3月
制度名:科学研究費助成事業
研究種目:基盤研究(B)
提供機関:日本学術振興会
資金種別:競争的資金
次世代シーケンサを活用した病原因子探索、ならびに、病原性獲得機構解明のための情報学的手法の開発
2012年4月 - 2013年3月
制度名:北海道大学 人獣共通感染症リサーチセンター 一般共同研究
提供機関:北海道大学 人獣共通感染症リサーチセンター 一般共同研究
阿部 貴志
担当区分:研究代表者 資金種別:競争的資金
メタゲノム配列を活用した全地球レベルでの微生物生態系の全体把握のための情報学的手法の開発
2012年4月 - 2013年3月
制度名:内田エネルギー科学振興財団試験研究費
提供機関:民間財団等
資金種別:競争的資金
新規情報学的手法によるインフルエンザを含む人獣共通感染症ウイルスゲノム配列の解析
研究課題/領域番号:23500371
2011年4月 - 2015年3月
制度名:科学研究費助成事業 基盤研究(C)
研究種目:基盤研究(C)
提供機関:日本学術振興会
池村 淑道, 阿部 貴志
配分額:5330000円 ( 直接経費:4100000円 、 間接経費:1230000円 )
インフルエンザウイルスは人獣共通感染症ウイルスであり、トリ由来株のヒトでの大流行が危惧されている。このウイルスの全ゲノム配列を対象に、連続塩基組成のBLSOM解析を行い、この組成が宿主ごとに明確に異なることを見出した。直接にトリから、あるいはブタを経由してヒト集団へ侵入した株に注目すると、ヒトでの流行を繰り返す過程で、連続塩基組成が方向性のある変化をしていた。この知見を基に、トリ由来株のヒト集団での流行のリスク評価法を開発し、全トリ由来株についての危険株の予測を行った。
昨年から西アフリカで流行しているエボラウイルスについても、週単位で観察出来る、方向性のある連続塩基組成の変化を見出した。
メタゲノム資源からの新規微生物探索とその代謝経路予測による環境浄化システムの解明
2011年4月 - 2014年3月
制度名:科学研究費助成事業
研究種目:若手研究(B)
提供機関:日本学術振興会
資金種別:競争的資金
配分額:3400000円 ( 直接経費:2380000円 、 間接経費:1020000円 )
環境メタゲノム資源から、地球環境改善に役立つ新規微生物ゲノムや、それらが持つ環境浄化システムに関与する有用遺伝子候補の探索手法を開発する。新規性の高いゲノム断片配列を微生物ゲノム別に再構成するためのアノテーション手法が開発できれば、環境が保有する環境浄化システムを構成する微生物や代謝遺伝子セットの全体像が把握できる。既知微生物による浄化に関与する酵素群をカタログ化することによって、様々な微生物が持つ環境浄化システムの全体像把握に向けた情報学的スクリーニング法としての活用も期待できる。
新規情報学的手法によるインフルエンザを含む人獣共通感染症ウイルスゲノム配列の解析
2011年4月 - 2014年3月
制度名:科学研究費助成事業
研究種目:基盤研究(C)
提供機関:日本学術振興会
資金種別:競争的資金
我々が開発した「一括学習型自己組織化マップ法BLSOM」を用いて、世界各地で採取された全てのA型インフルエンザ株について、各株の塩基配列の特徴を指標に一枚のマップ上で分類・可視化を可能にする。インフルエンザウィルスの塩基配列は速い速度で変化しているが、BLSOMを用いた予備的な解析は、新型インフルエンザの塩基配列が変化して行く方向が、一部ではあるが予測可能なことを示している。変化方向を予測出来れば、事前準備や予防措置に関して貴重な情報を提供できる。更には、ヒトで流行を起こす可能性のある高病原性の鳥インフルエンザ株について、地球規模での危険地域予測にも貴重な情報を提供できる。多様な宿主から分離されるウィルス株の多量な配列情報の全体を対象に、申請者らが開発したゲノム情報解析手法を用い、宿主との適合性に関しての新規視点での解析を行い、宿主を変えたことで起きるウィルスのゲノム配列の変化方向の予測法を確立する。
網羅的な比較ゲノム解析による病原体の生態と病原性獲得機構の解明
2011年4月 - 2012年3月
制度名:北海道大学 人獣共通感染症リサーチセンター 一般共同研究
提供機関:北海道大学 人獣共通感染症リサーチセンター 一般共同研究
資金種別:競争的資金
次世代シークエンス技術導入によるアフリカを中心としたダニ媒介性感染症研究の新展開
研究課題/領域番号:23255016
2011年 - 2014年
制度名:科学研究費助成事業 基盤研究(A)
研究種目:基盤研究(A)
提供機関:日本学術振興会
杉本 千尋, 梶野 喜一, 中村 一郎, 阿部 貴志, 桜井 達也
資金種別:競争的資金
配分額:12870000円 ( 直接経費:9900000円 、 間接経費:2970000円 )
国内(宮崎県、北海道)、オランダ、ガンビアでマダニ7種を採取し、メタゲノム解析を実施した。手法は、虫体を洗浄、破砕後、界面活性剤処理し、2種の孔径のフィルターでろ過し、細菌を濃縮した画分をDNA分解酵素処理して、宿主ゲノムDNAを除去した。その画分からDNAを精製し、全ゲノム増幅後、次世代シークエンサー(454FLX)で塩基配列を決定した。そのうち、300bp以上の断片を自己組織化マップ(BLSOM)法により分析し、DNA断片が由来する細菌の分類群の同定を行った。その結果、50%以上の配列が細菌由来と同定され、属レベルまでの帰属を明らかにすることができた。これと並行して、マダニホモジネートから精製したDNAを用いて細菌16Sリボソーム遺伝子の一部をPCRで増幅し、その産物を次世代シークエンサーで解析し、細菌16Sリボソーム遺伝子データベースに対してBLAST検索し、種同定を行った。
いずれの解析結果においても、保有細菌叢が1)種間、2)同一種の雌雄間、3)採取地域で差があることが明らかとなった。また、BLSOM解析で人に対して病原性を有すると考えられる種を含む細菌属(Rickettsia, Chlamydia, Francilella, Leptospira等)が検出された。今後、どのような病原体が含まれるのか種レベルまで同定する必要がある。
また、ザンビア、マレーシアの動物血液ならびにマダニDNAを用いてQ熱病原体(Coxiella burnettii)の保有状況を調査した結果、高率に本病原体の遺伝子が検出できた。その他のマダニ媒介性病原体のスクリーニングでは、人獣共通感染症の病原体となる種は検出できていない。
メタゲノム資源からの新規微生物探索とその代謝経路予測による環境浄化システムの解明
研究課題/領域番号:23710242
2011年 - 2013年
制度名:科学研究費助成事業 若手研究(B)
研究種目:若手研究(B)
提供機関:日本学術振興会
阿部 貴志
配分額:4420000円 ( 直接経費:3400000円 、 間接経費:1020000円 )
環境メタゲノム資源から、連続塩基・アミノ酸組成に基づく一括学習型自己組織化マップ(BLSOM)を基に、環境中の微生物叢のための生物系統推定ソフトウェア、地球環境改善に役立つ新規微生物ゲノムの検出手法、ならびに、それらが持つ環境浄化システムに関与する有用遺伝子候補の探索手法を開発した。新規性の高いゲノム断片配列を微生物ゲノム別に再構成するための手法が開発でき、環境が保有する環境浄化システムを構成する微生物や代謝遺伝子セットの全体像が把握でき、様々な微生物が持つ環境浄化システムの全体像把握に向けた情報学的スクリーニング法としての活用も期待できる。
高性能スーパーコンピュータによるタンパク質の機能推定と一般利用のための公開
2008年4月 - 2011年3月
制度名:科学研究費助成事業
研究種目:基盤研究(C)
提供機関:日本学術振興会
資金種別:競争的資金
ゲノムが解読された際のタンパク質遺伝子の機能を推定する際には、配列相同性検索が重要な技術となるが、この方法で機能が推定できるタンパク質遺伝子は半数程度にとどまる。我々が開発した一括学習型自己組織化マップ法(BLSOM)を、オリゴペプチドの使用頻度に適用したところ、タンパク質が機能により分離(自己組織化)する傾向を示した。2?4連アミノ酸の頻度パターンの類似度を基礎にした機能推定法であり、多次元ベクトル空間の大量情報解析で、高性能なスーパーコンピュータの使用が重要となる。前年度までは、第一世代の地球シミュレータ(ES1)を用いたBLSOM解析を行い、20のアミノ酸を物理化学的な性質の類似度で、11ヘグループ化した3連アミノ酸頻度解析が機能を反映した高い分離(自己組織化)能を与えること、さらには、200アミノ酸のwindowを設けて50アミノ酸のstepで移動させることで、大型タンパク質の機能推定も可能なことを見出し、2009年度に論文として発表した(DNA Res.
環境由来塩基配列による微生物群集ゲノムシステム解明に向けた新規情報学的手法の開発
2008年4月 - 2011年3月
制度名:科学研究費助成事業
研究種目:若手研究(B)
提供機関:日本学術振興会
資金種別:競争的資金
メタゲノム解析によって取得された塩基配列は、非常に新規性の高い微生物種を多く含み、これまで解読されてきたゲノムとは異なった特徴を有する場合が多い。新規性の高い生物種由来のゲノム断片配列を連続塩基頻度の特徴のみで生物種ゲノムごとに再構築するための解析手法の開発を行った。ヒト腸内細菌由来の混合メタゲノム解析由来配列を対象に、メタゲノム解析由来配列の塩基組成を反映させたランダム配列を数倍量混在させたBLSOMを作成したところ、同一生物種由来のゲノム配列ごとに分類でき、ゲノム再構築が可能であった。本手法の確立により、構成するゲノムの種数を明らかにでき、生物種別の代謝経路の概要を理解可能となる。様々な環境に対するメタゲノム解析由来配列を対象に検証を実施し、断片化サイズや連続塩基頻度などの最適な解析条件の検討を実施している。
メタゲノム解析由来配列には、新規性の高い微生物種のみならず、ウイルスゲノムも豊富に
有用環境ゲノム資源発掘のシステム開発
2008年4月 - 2009年3月
制度名:JSTシーズ発掘試験研究
提供機関:JST
資金種別:競争的資金
未利用な環境ゲノム資源を対象に、大量なゲノム断片の配列決定を行うメタゲノム解析として、産業的に有用な遺伝子を発掘する技術が開発されたが、大半の遺伝子情報は既存の情報学手法での機能推定が困難であった。異なった原理での遺伝子機能推定法の確立が急務である。我々が開発した一括学習型自己組織化マップ(BLSOM)法を技術の核に、「環境由来微生物ゲノムからの有用遺伝子発掘システム」の確立と製品化を目指す。
高性能スーパーコンピュータによるタンパク質の機能推定と一般利用のための公開
研究課題/領域番号:20510194
2008年 - 2010年
制度名:科学研究費助成事業 基盤研究(C)
研究種目:基盤研究(C)
提供機関:日本学術振興会
池村 淑道, 阿部 貴志
配分額:4810000円 ( 直接経費:3700000円 、 間接経費:1110000円 )
データベース中の大量な機能未知なタンパク質について、機能既知の全タンパク質と混合し、3~5連アミノ酸のBLSOMを作成して、機能既知タンパク質と共に自己組織化する機能未知のタンパク質を検索した。200アミノ酸のwindowを設けて50アミノ酸のstepで移動させることで、大型タンパク質も解析可能となった。スパコンで作成した大規模BLSOM上に、各研究者がPCレベルの計算機を用いて、着目する機能未知のタンパク質をマップして機能を推定する方法を確立した。
環境由来塩基配列による微生物群集ゲノムシステム解明に向けた新規情報学的手法の開発
研究課題/領域番号:20700273
2008年 - 2010年
制度名:科学研究費助成事業 若手研究(B)
研究種目:若手研究(B)
提供機関:日本学術振興会
阿部 貴志
配分額:4160000円 ( 直接経費:3200000円 、 間接経費:960000円 )
一括学習型自己組織化地図法(BLSOM)をゲノム解析用に開発し、環境微生物ゲノムの多様性を推定する新規な系統分類法、ならびに新規性の高い未知微生物ゲノムを効率的に探索する手法を確立した。連続アミノ酸頻度に着目したBLSOM解析を行い、メタゲノム配列に対するタンパク質の機能推定法を確立した。極限環境を含む異なる環境間での微生物群集の比較解析が可能となり、環境中の微生物システムの全体像の把握や新規感染症の病原微生物の探索を可能にしている。
全ゲノム情報に基づいた病原微生物と常在菌の多様性と病原遺伝子に関する情報学的研究
2006年4月 - 2008年3月
制度名:科学研究費助成事業
研究種目:特定領域研究
提供機関:文部科学省
資金種別:競争的資金
少なくとも10kb以上の断片ゲノム配列がテータベースに存在する2000種を超える既知原核生物種に加えて、約1100種類のウイルス、配列解析の進んでいる約50種類の真核生物、約700種類のオルガネラ配列の全体を5kbに断片化し、地球シミュレータを用いて、4連塩基頻度に関するBLSOM解析を行った。真核と原核生物については96%の高精度で分離していた。オルガネラとウイルス相互や、これらと核ゲノムとの分離も80%レベルと高い。2000種を超える既知原核生物種に関して、25の系統群への分離の度合いを調べると、85%レベルで正しい系統群を反映して分離していた。体内環境や共生生物系を含む環境由来の大半のゲノム断片の系統推定を可能にできた。原核生物で系統群を間違えて分離した15%の配列上には、水平伝播をした外来性的な配列が多く見出され、病原性と関係する遺伝子群が濃縮されている可能性が高い。これらのカタログ化を行った。
ヒトやマウスの腸内試料を対象にしたメタゲノ
配列相同性検索に依存しない生物系統と機能推定法の確立と分子進化学への応用
2006年4月 - 2008年3月
制度名:科学研究費助成事業
研究種目:基盤研究(C)
提供機関:日本学術振興会
資金種別:競争的資金
塩基やアミノ酸配列の相同性検索は解読されたゲノムの、生物系統や遺伝子機能推定に不可欠の技術として利用されゲノム解析の基本手法となった。しかしながら、新規性の高いゲノムが解読された際には、配列相同性検索でタンパク質の機能が推定できない遺伝子は半数近くに及ぶ。タンパク質の機能については機能部品類の3次元上での配置が重要であり、同一ないしは類似の機能を持つタンパク質間でも1次元配列上での有意な相同性を見付けられない例が見られる。異なった原理に基づくタンパク質の機能推定法の確立が急務と言える。タンパク質の連続アミノ酸頻度を対象にしたBLSOM法を開発した。機能カテゴリー別のデータベースであるCOGに収録されたタンパク質を解析に用いた。2連アミノ酸頻度、アミノ酸を物理化学的な類似性で11のカテゴリーに集約した上での3連アミノ酸頻度、ならびに6カテゴリーに集約した上での4連アミノ酸頻度に着目したBLSOMを行った。地球シミュレー
地球温暖化による人類の生存環境および環境適応能に関する研究
2006年4月 - 2008年3月
制度名:科学研究費助成事業
研究種目:萌芽研究
資金種別:競争的資金
本研究は,人類の"環境適応能"を明らかにすることにより、地球温暖化やオゾン層破壊による紫外線照射量の増加等の地球環境変動が及ぼすヒトへの健康リスク評価および予測モデルの構築を行うことを目的とし、また、アメリカ・オハイオ州に居住する白人122名を対象に実施した『大気環境の物理化学的要因がヒトの"環境適応能"に及ぼす影響について』(文部科学省科学研究費補助今基盤研究(B))の研究をさらに発展させる研究でもある。
この人類の環境適応の本態解明に向けて、2局面のアプローチから行う。第1は、リモートセンシング(以下RS)の技術によって人工衛星が収集する大気、植生、水等に関するRSデータを解析することにより、自然生態系の物理的・化学的・生物的資源の特性と機能を明らかにする。第2は、ヒトの環境への適応結果の1つである多様化した皮膚色の形成に関する分子基盤について調べるため、SNP解析を行う。
日本人100名を対象にデータ収集および試料採取、DNA
環境由来DNA配列を用いた難培養性微生物類の多様性解明と系統推定法の確立
2006年4月 - 2008年3月
制度名:科学研究費助成事業
研究種目:若手研究(B)
提供機関:日本学術振興会
資金種別:競争的資金
今年度は、我々が開発してきた一括学習型自己組織化地図マップ法(Batch-Learning Self-Organizing Map, BLSOM)によるオリゴヌクレオチド組成を用いたゲノム断片配列の高精度な生物系統分類法を、実際のメタゲノム解析により取得された環境由来DNA断片配列に適用した。培養が困難な微生物混合試料に由来する配列を対象にした系統分類、異なる環境間での微生物群集の比較解析を可能にするためのワークフローを構築し、ワークフローを実施するためのソフトウェアのプロトタイプの開発を実施した。開発したソフトウェアでは、原核生物・ウイルス・オルガネラ・プラスミドの全配列を用いた大規模なBLSOM上へ、環境由来のゲノム断片配列類をマップし、次に各生物系統群で作成したBLSOMへ、最後は系統群内の微生物種ごとのBLSOM上ヘマップするといった、大分類から逐次的に絞込みを行うことにより、より高精度な微生物種の系統推定が可能となり、合わせて新規性の高いゲノム配列の探索も可
地球温暖化による人類の生存環境および環境適応能に関する研究
研究課題/領域番号:18657083
2006年 - 2007年
制度名:科学研究費助成事業 萌芽研究
研究種目:萌芽研究
提供機関:日本学術振興会
安納 住子, 緒方 是嗣, 阿部 貴志
配分額:3300000円 ( 直接経費:3300000円 )
本研究は,人類の"環境適応能"を明らかにすることにより、地球温暖化やオゾン層破壊による紫外線照射量の増加等の地球環境変動が及ぼすヒトへの健康リスク評価および予測モデルの構築を行うことを目的とし、また、アメリカ・オハイオ州に居住する白人122名を対象に実施した『大気環境の物理化学的要因がヒトの"環境適応能"に及ぼす影響について』(文部科学省科学研究費補助今基盤研究(B))の研究をさらに発展させる研究でもある。
この人類の環境適応の本態解明に向けて、2局面のアプローチから行う。第1は、リモートセンシング(以下RS)の技術によって人工衛星が収集する大気、植生、水等に関するRSデータを解析することにより、自然生態系の物理的・化学的・生物的資源の特性と機能を明らかにする。第2は、ヒトの環境への適応結果の1つである多様化した皮膚色の形成に関する分子基盤について調べるため、SNP解析を行う。
日本人100名を対象にデータ収集および試料採取、DNA抽出、PCR、SNP解析を行った。前述の白色人種のSNP解析結果および今回の黄色人種のSNP解析結果を用い、連鎖不平衡解析を行った結果、皮膚色の人種差に影響を及ぼすハプロタイプを発見した。
ヒトに影響を及ぼす外的要因には、NASA Goddard Space Flight Center提供の単波長の紫外線放射に関する大気リモートセンシングデータを用いることとし、それらのデータの加工を行っている。
上記のデータおよび解析結果を用い、自然界の動態とヒトの環境適応の結果に代表される皮膚色の形態的・機能的多様性との関係を地球科学的および分子生物学的の2つアプローチから人類の"環境適応能"を解明することにより、地球温暖化やオゾン層破壊による紫外線照射量の増加等の地球環境変動が及ぼすヒトへの健康リスク評価および予測モデルの構築を行う。
環境由来DNA配列を用いた難培養性微生物類の多様性解明と系統推定法の確立
研究課題/領域番号:18710176
2006年 - 2007年
制度名:科学研究費助成事業 若手研究(B)
研究種目:若手研究(B)
提供機関:日本学術振興会
阿部 貴志
配分額:3500000円 ( 直接経費:3500000円 )
今年度は、我々が開発してきた一括学習型自己組織化地図マップ法(Batch-Learning Self-Organizing Map, BLSOM)によるオリゴヌクレオチド組成を用いたゲノム断片配列の高精度な生物系統分類法を、実際のメタゲノム解析により取得された環境由来DNA断片配列に適用した。培養が困難な微生物混合試料に由来する配列を対象にした系統分類、異なる環境間での微生物群集の比較解析を可能にするためのワークフローを構築し、ワークフローを実施するためのソフトウェアのプロトタイプの開発を実施した。開発したソフトウェアでは、原核生物・ウイルス・オルガネラ・プラスミドの全配列を用いた大規模なBLSOM上へ、環境由来のゲノム断片配列類をマップし、次に各生物系統群で作成したBLSOMへ、最後は系統群内の微生物種ごとのBLSOM上ヘマップするといった、大分類から逐次的に絞込みを行うことにより、より高精度な微生物種の系統推定が可能となり、合わせて新規性の高いゲノム配列の探索も可能にした。プロトタイプを用いて詳細な条件検討を行った後に、公開を予定している。
また、環境由来ゲノム断片配列を対象に、共通の手法で遺伝子を探索し、機能等のアノテーション情報の付与を行うための情報基盤の作成を目的に、ゲノム配列の系統分類用に開発したBLSOMをオリゴペプチド頻度に適用し、その頻度パターンの類似度を基にした遺伝子機能の推定法の開発を実施した。機能既知なタンパク質を対象に解析を実施したところ、タンパク質の機能を反映したクラスタリングが可能であり、相同性検索に依存しないタンパク質の機能推定法として確立できる可能性が示された。メタゲノム解析で得られた機能未知タンパク質遺伝子候補類に適用し、メタゲノム解析で得られた多数のタンパク質の大規模な機能推定を行い、公開する予定である。
全ゲノム情報に基づいた病原微生物と常在菌の多様性と病原遺伝子に関する情報学的研究
研究課題/領域番号:18018015
2006年 - 2007年
制度名:科学研究費助成事業 特定領域研究
研究種目:特定領域研究
提供機関:日本学術振興会
池村 淑道, 阿部 貴志, 洞田 慎一
配分額:3900000円 ( 直接経費:3900000円 )
少なくとも10kb以上の断片ゲノム配列がテータベースに存在する2000種を超える既知原核生物種に加えて、約1100種類のウイルス、配列解析の進んでいる約50種類の真核生物、約700種類のオルガネラ配列の全体を5kbに断片化し、地球シミュレータを用いて、4連塩基頻度に関するBLSOM解析を行った。真核と原核生物については96%の高精度で分離していた。オルガネラとウイルス相互や、これらと核ゲノムとの分離も80%レベルと高い。2000種を超える既知原核生物種に関して、25の系統群への分離の度合いを調べると、85%レベルで正しい系統群を反映して分離していた。体内環境や共生生物系を含む環境由来の大半のゲノム断片の系統推定を可能にできた。原核生物で系統群を間違えて分離した15%の配列上には、水平伝播をした外来性的な配列が多く見出され、病原性と関係する遺伝子群が濃縮されている可能性が高い。これらのカタログ化を行った。
ヒトやマウスの腸内試料を対象にしたメタゲノム解析が進行しており、データベースに登録された配列は1Gb分に達している。これらの大量断片配列についてのBLSOM解析を行なっているが、ヒトやマウスの腸内試料で見出された生物多様性は、サルガッソ海を代表とする海洋試料やミネソタの土壌試料に比べれば遥かに低かったが、個体差とその特徴が特定できた。BLSOMを用いると比較的少量しか存在しない生物種由来のゲノム配列についてもゲノム別での再集合が可能になる。
機能未知タンパク質類の機能推定法を確立する目的で、機能が特定された2853種類のCOGカテゴリーへ分類がなされている、微生物ゲノム由来の約11万個のタンパク質類のアミノ酸配列をテストデータとして用いた。2〜4連アミノ酸頻度を対象に地球シミュレータを用いて大規模BLSOMを作成し、精度高くCOGへの分類を再現する計算条件を見出した。
配列相同性検索に依存しない生物系統と機能推定法の確立と分子進化学への応用
研究課題/領域番号:18570216
2006年 - 2007年
制度名:科学研究費助成事業 基盤研究(C)
研究種目:基盤研究(C)
提供機関:日本学術振興会
池村 淑道, 阿部 貴志, 洞田 慎一
配分額:4020000円 ( 直接経費:3600000円 、 間接経費:420000円 )
塩基やアミノ酸配列の相同性検索は解読されたゲノムの、生物系統や遺伝子機能推定に不可欠の技術として利用されゲノム解析の基本手法となった。しかしながら、新規性の高いゲノムが解読された際には、配列相同性検索でタンパク質の機能が推定できない遺伝子は半数近くに及ぶ。タンパク質の機能については機能部品類の3次元上での配置が重要であり、同一ないしは類似の機能を持つタンパク質間でも1次元配列上での有意な相同性を見付けられない例が見られる。異なった原理に基づくタンパク質の機能推定法の確立が急務と言える。タンパク質の連続アミノ酸頻度を対象にしたBLSOM法を開発した。機能カテゴリー別のデータベースであるCOGに収録されたタンパク質を解析に用いた。2連アミノ酸頻度、アミノ酸を物理化学的な類似性で11のカテゴリーに集約した上での3連アミノ酸頻度、ならびに6カテゴリーに集約した上での4連アミノ酸頻度に着目したBLSOMを行った。地球シミュレータを用いてBLSOMを試みたところ、タンパク質がCOG別に自己組織化する傾向を示し、特にアミノ酸を11カテゴリーヘグループ化した3連アミノ酸のBLSOMは機能に基づく分離の度合いが最も高かった。
難培養性微生物類のゲノム混合物のメタゲノム解析由来の配列は新規性が高く、生物系統や遺伝子機能に関するアノテーションもほとんどついておらず、利用価値が低いままにデータベースに登録されている。機能既知の大量なCOGタンパク質とメタゲノム解析で得られた多数の機能未知のタンパク質を混合したデータを対象に、大規模BLSOM解析を行いメタゲノム解析で得られた多数のタンパク質の機能推定を行った。2連アミノ酸頻度、11に集約した3連アミノ酸頻度、6に集約した4連アミノ酸頻度の解析で同じ機能が推定できた機能未知タンパク質から、生物系統推定の結果と合わせて、推定機能を公開する予定である。
Theileria orientalisゲノム完全解読と機能分子の比較解析
2005年4月 - 2008年3月
制度名:科学研究費助成事業
研究種目:基盤研究(A)
提供機関:日本学術振興会
資金種別:競争的資金
牛小型ピロプラズマ原虫、Theileria orientalisの全ゲノムを解読する目的で研究を行った。Whole Genome Shotgun Analysisにより111,954リードのゲノムDNA断片情報を得て、これを整列させ、最終的に80のコンティグとした。さらにギャップクロージングの結果、4本の染色体の完全解読に至った。ゲノムサイズ全長は8,983,596bp(染色体1:2,746,313bp,染色体2:2,216,979bp,染色体3:2,19,511bp,染色体4:2,0,793bp)であった。また、ピロプラズマステージに発現するmRNAについてOligo-capping法、V-Trapper法により完全長cDNAライブラリーを作製、解析し、27,478リードのEST情報を得た。さらに、ESTをゲノム上にマッピングし、3種類の遺伝子予測ソフトで染色体上に存在する遺伝子を予測、それに基づいたオートアノテーションとマニュアルでの校正を実施した。その結果、約3,900の遺伝子領域を確定させた。またゲノム構造比較ソフトによりTheileria parva,T.annulataとのゲノム構造の比較を行った結果、前2者で複数遺伝子コピーが存在する遺伝
全ゲノム情報に基づいた病原微生物と常在菌の多様性と病原遺伝子に関する情報学的研究
2005年4月 - 2006年3月
制度名:科学研究費助成事業
研究種目:特定領域研究
提供機関:文部科学省
資金種別:競争的資金
難培養性の常在ならびに病原微生物類の多様性と系統推定のための、既知の全ゲノム配列を対象にしたSOMの作成。広範囲の病原微生物類ならびに常在微生物を対象として考えているので原核生物にとどまらず、カビや原虫等の下等真核生物に加えて高等動植物、オルガネラやウイルスやプラスミド等の大量な既知配列を対象にした大規模SOMの作成を行なった。現時点で10kb以上の断片配列が存在する約1500種の原核生物に加えて、約1100種類のウイルス、配列解析の進んでいる約50種類の真核生物、約650種類のミトコンドリア、約50種類の葉緑体の塩基配列の全体を、地球シミュレータを用いて一括して解析した。真核生物と原核生物については96%の高精度で分離されている。オルガネラとウイルス相互や、これらと核ゲノムとの分離も80%レベルと高い。1500の既知原核生物に関して、25の系統群への分離の度合いを調べると、85%レベルで正しい系統群を反映した領域に分離(自己組織化)していた。
Theileria orientalisゲノム完全解読と機能分子の比較解析
研究課題/領域番号:17208026
2005年 - 2007年
制度名:科学研究費助成事業 基盤研究(A)
研究種目:基盤研究(A)
提供機関:日本学術振興会
杉本 千尋, 井上 昇, 服部 正平, 菅原 秀明, 阿部 貴志, 渡辺 純一, 玄 学南, 服部 雅一
配分額:48750000円 ( 直接経費:37500000円 、 間接経費:11250000円 )
牛小型ピロプラズマ原虫、Theileria orientalisの全ゲノムを解読する目的で研究を行った。Whole Genome Shotgun Analysisにより111,954リードのゲノムDNA断片情報を得て、これを整列させ、最終的に80のコンティグとした。さらにギャップクロージングの結果、4本の染色体の完全解読に至った。ゲノムサイズ全長は8,983,596bp(染色体1:2,746,313bp,染色体2:2,216,979bp,染色体3:2,19,511bp,染色体4:2,0,793bp)であった。また、ピロプラズマステージに発現するmRNAについてOligo-capping法、V-Trapper法により完全長cDNAライブラリーを作製、解析し、27,478リードのEST情報を得た。さらに、ESTをゲノム上にマッピングし、3種類の遺伝子予測ソフトで染色体上に存在する遺伝子を予測、それに基づいたオートアノテーションとマニュアルでの校正を実施した。その結果、約3,900の遺伝子領域を確定させた。またゲノム構造比較ソフトによりTheileria parva,T.annulataとのゲノム構造の比較を行った結果、前2者で複数遺伝子コピーが存在する遺伝子がT.orientalisではシングルコピーであること、サブテロメア領域の構造に大きな違いがあることが明らかにできた。
これと並行してT.aparva,T.annulataとのシンテニー解析により、T.orientalisのシゾント、スポロゾイト表面抗原遺伝子を同定した。また、相同性解析の結果見出されたT.orientalis赤血球バンド3結合性タンパク質相同遺伝子(TpSCOP)の機能解析を実施し、本分子がリンパ球アクチンに結合すること、またアポトーシス抵抗性に関与することを見出した。
全ゲノム情報に基づいた病原微生物と常在菌の多様性と病原遺伝子に関する情報学的研究
研究課題/領域番号:17019018
2005年
制度名:科学研究費助成事業 特定領域研究
研究種目:特定領域研究
提供機関:日本学術振興会
池村 淑道, 洞田 慎一, 阿部 貴志
配分額:1300000円 ( 直接経費:1300000円 )
難培養性の常在ならびに病原微生物類の多様性と系統推定のための、既知の全ゲノム配列を対象にしたSOMの作成。広範囲の病原微生物類ならびに常在微生物を対象として考えているので原核生物にとどまらず、カビや原虫等の下等真核生物に加えて高等動植物、オルガネラやウイルスやプラスミド等の大量な既知配列を対象にした大規模SOMの作成を行なった。現時点で10kb以上の断片配列が存在する約1500種の原核生物に加えて、約1100種類のウイルス、配列解析の進んでいる約50種類の真核生物、約650種類のミトコンドリア、約50種類の葉緑体の塩基配列の全体を、地球シミュレータを用いて一括して解析した。真核生物と原核生物については96%の高精度で分離されている。オルガネラとウイルス相互や、これらと核ゲノムとの分離も80%レベルと高い。1500の既知原核生物に関して、25の系統群への分離の度合いを調べると、85%レベルで正しい系統群を反映した領域に分離(自己組織化)していた。このSOM上へ、難培養性の混合ゲノム試料由来の断片配列をマップすることで、どの生物系統に属する配列類がどのような量比で混在していたのかを推定できる。従来の系統推定法とは異なって、オルソロガスな配列セットやそれらとの配列アラインメントが不必要である。従来からの研究の進んでいない生物種に由来する、新規性の高い遺伝子配列類にも適用が可能である。Venterらが報告している、Sargasso海由来の約100万本の断片配列をマップしたところ、86%が原核生物、8%が真核生物、1%がミトコンドリア,1.5%が葉緑体,3.5%がウィルスの領域へ帰属した。原核生物に帰属した配列のうち75%は新規性の高いゲノム由来の配列と推定され、残りの配列ついては、96の属へ帰属できている(DNA Res.,2006)。
大気環境の物理化学的要因がヒトの環境適応能に及ぼす影響について
2004年4月 - 2007年3月
制度名:科学研究費助成事業
研究種目:基盤研究(B)
提供機関:日本学術振興会
資金種別:競争的資金
本研究では、大気環境中にあるUV等の物理化学的諸要因による環境の違いに対し、反応・適応等を経て表れるヒトの形質(肌色)およびそれに関わる遺伝子多型の違いがどのように関連しているかについて明らかにするために、異なる環境下にあるヒトの遺伝情報、ヒトの適応能に関わる身体的形態および機能に関するデータ、文化的要因に関するデータ、大気リモートセンシングデータの解析結果を収集し、これらすべてのデータを統合・データベースを構築し、特定の時空間における大気環境の物理化学的諸要因とヒトの遺伝的・形態的・機能的多型性との関係について解明することを目的とする。
白色人種に関するデータとして、アメリカ・オハイオ州在住の白人122名を対象に、遺伝的に支配される生来の皮膚色として背部のメラニン値を、また、環境により修飾される皮膚色として頬中央下部のメラニン値を測定、試料採取、DNA抽出、全ゲノム増幅を行い、メラニン色素が合成・沈着
ゲノム塩基配列に潜む生物種の個性の情報学的探索と生物進化多様性の研究
2004年4月 - 2006年3月
制度名:科学研究費助成事業
研究種目:基盤研究(C)
提供機関:日本学術振興会
資金種別:競争的資金
教師なしニューラルネットワークアルゴリズムの自己組織化マップ(SOM)は大量情報の全体像と部分情報の両方を効率的に把握し、2次元上に可視化できる。ゲノム配列の解読の進んだ真核生物種、ならびにゲノム配列の完全に解読された原核生物の総計約300種のゲノム由来の10と100kbの断片化配列全体に関して、3~5連塩基頻度のSOM解析を行い、各ゲノムを特徴付ける連文字配列の出現パターンを明らかにした。4連や5連塩基頻度のSOM解析には長時間を必要とするが、地球シュミレータを使用できるようになったことで、大規模SOMが可能になった。1kb程度のヒトやマウスの断片配列をSOM解析すると、単一のゲノム内においても、遺伝子上流の転写制御領域、5'と3'UTR、CDS、イントロン領域の相互間で明瞭に分離する傾向を示した。また、これらの各グループ内でも複数のクラスターに分離する傾向を示した。機能と関係するシグナル配列類の候補を探索する新規な情報学的な手段を提供できた。
ゲノムに潜むシグナル・モチーフ部品の網羅的探索のための自己組織化地図
2004年4月 - 2005年3月
制度名:科学研究費助成事業
研究種目:特定領域研究
提供機関:文部科学省
資金種別:競争的資金
ゲノム配列が解読された真核生物種を対象に、4~8連塩基頻度のSOMマップを作成した。高次元ベクトルの大量情報を対象にするので、地球シミュレータを用いた大規模計算を行った。8連塩基については回文型配列にのみ着目した。各生物種で特徴的な出現頻度を持つオリゴヌクレオチドを網羅的に探索することを可能にした。マウスの完全長cDNAをSOM解析したところ、protein-codingとnoncoding cDNA(ncRNA)で分離する傾向にあった。前者については5'と3'UTR、CDSの3領域に分割し、ncRNAを含めた4カテゴリーについてSOMを行ったところ、カテゴリーによる分離が起きており、SOMが各機能領域の配列上の特徴を識別すること判明し、各機能領域を特徴付けるシグナル配列類を抽出できた。
SOM解析で得られた特徴的な連文字配列の生物学的な意味を知るためには、各連文字配列について、実験的な研究を報告した文献類を組織的に参照することが重要になる。この文献検索の過程で蓄積する検索情報を「GenomeWo
大気環境の物理化学的要因がヒトの環境適応能に及ぼす影響について
研究課題/領域番号:16370108
2004年 - 2006年
制度名:科学研究費助成事業 基盤研究(B)
研究種目:基盤研究(B)
提供機関:日本学術振興会
安納 住子, 沖 一雄, 緒方 是嗣, 阿部 貴志, 山本 卓志, 北川 博之, 森嶋 厚行
配分額:14700000円 ( 直接経費:14700000円 )
本研究では、大気環境中にあるUV等の物理化学的諸要因による環境の違いに対し、反応・適応等を経て表れるヒトの形質(肌色)およびそれに関わる遺伝子多型の違いがどのように関連しているかについて明らかにするために、異なる環境下にあるヒトの遺伝情報、ヒトの適応能に関わる身体的形態および機能に関するデータ、文化的要因に関するデータ、大気リモートセンシングデータの解析結果を収集し、これらすべてのデータを統合・データベースを構築し、特定の時空間における大気環境の物理化学的諸要因とヒトの遺伝的・形態的・機能的多型性との関係について解明することを目的とする。
白色人種に関するデータとして、アメリカ・オハイオ州在住の白人122名を対象に、遺伝的に支配される生来の皮膚色として背部のメラニン値を、また、環境により修飾される皮膚色として頬中央下部のメラニン値を測定、試料採取、DNA抽出、全ゲノム増幅を行い、メラニン色素が合成・沈着されるまでの経路に関与する7つの遺伝子領域近傍に存在する20の一塩基多型(SNP)を選択し、PCR法を用いてSNPを含む特定領域の遺伝子を増幅し、続いてMasscode^<TM> systemによるSNP解析を行った。
SNP解析結果のデータを用い、遺伝的に支配される生来の皮膚色である背部のメラニン値をもとにメラニン値の高低2つのグループに分け、白色人種内においてメラニンの高低値に関与している複数の遺伝子座のSNPおよびハプロタイプを調べた。遺伝統計解析の結果から、メラニン高低値に関与する複数の遺伝子座のSNPの非独立性が統計学的にみとめられ、連鎖不平衡の可能性が高いということが示唆された。完全に連鎖があることを証明するために、引き続き黄色および黒色人種においても今回の白色人種同様のデータを収集・解析を行い、量的形質の表現型としての皮膚色に関係する遺伝子座位を同定するための遺伝統計学的手法を用いた解析を行うなど、原因遺伝子の解明へ向けた試みが今後の課題である。
ゲノム塩基配列に潜む生物種の個性の情報学的探索と生物進化多様性の研究
研究課題/領域番号:16570190
2004年 - 2005年
制度名:科学研究費助成事業 基盤研究(C)
研究種目:基盤研究(C)
提供機関:日本学術振興会
池村 淑道, 洞田 慎一, 阿部 貴志, 深川 竜郎
配分額:3600000円 ( 直接経費:3600000円 )
教師なしニューラルネットワークアルゴリズムの自己組織化マップ(SOM)は大量情報の全体像と部分情報の両方を効率的に把握し、2次元上に可視化できる。ゲノム配列の解読の進んだ真核生物種、ならびにゲノム配列の完全に解読された原核生物の総計約300種のゲノム由来の10と100kbの断片化配列全体に関して、3〜5連塩基頻度のSOM解析を行い、各ゲノムを特徴付ける連文字配列の出現パターンを明らかにした。4連や5連塩基頻度のSOM解析には長時間を必要とするが、地球シュミレータを使用できるようになったことで、大規模SOMが可能になった。1kb程度のヒトやマウスの断片配列をSOM解析すると、単一のゲノム内においても、遺伝子上流の転写制御領域、5'と3'UTR、CDS、イントロン領域の相互間で明瞭に分離する傾向を示した。また、これらの各グループ内でも複数のクラスターに分離する傾向を示した。機能と関係するシグナル配列類の候補を探索する新規な情報学的な手段を提供できた。
各生物のゲノムを特徴付ける連文字配列は、変異やその修復機構の性質を反映するだけでなく、機能的に重要なシグナルに対応する連文字配列が特徴的な出現頻度と分布を持つことにも関連していた。例えば、転写因子に対して高い配列依存性を示し、安定に結合するシグナル配列類は、ランダム配列からの予想値よりも低頻度に出現する傾向にあった。塩基配列が解読されるが、他の分子生物学の実験データに乏しいゲノムが急増する傾向にある。実験的な研究をin silicoで代行することが必須になる。塩基配列のみを用いて重要なシグナルが推定可能なSOMは、この目的に合致している。分子生物学の研究の進んだゲノムについて、SOM解析の知見を十分に集積しておけば、それらを基礎知識とすることで、新規なゲノムについてもシグナルの候補配列のin silico探索が可能となる。環境中の難培養性微生物類由来のゲノム断片の系統推定と生物多様性の解析も可能にした。
ゲノムに潜むシグナル・モチーフ部品の網羅的探索のための自己組織化地図
研究課題/領域番号:16014225
2004年
制度名:科学研究費助成事業 特定領域研究
研究種目:特定領域研究
提供機関:日本学術振興会
池村 淑道, 高野 敏行, 阿部 貴志
配分額:3600000円 ( 直接経費:3600000円 )
ゲノム配列が解読された真核生物種を対象に、4〜8連塩基頻度のSOMマップを作成した。高次元ベクトルの大量情報を対象にするので、地球シミュレータを用いた大規模計算を行った。8連塩基については回文型配列にのみ着目した。各生物種で特徴的な出現頻度を持つオリゴヌクレオチドを網羅的に探索することを可能にした。マウスの完全長cDNAをSOM解析したところ、protein-codingとnoncoding cDNA(ncRNA)で分離する傾向にあった。前者については5'と3'UTR、CDSの3領域に分割し、ncRNAを含めた4カテゴリーについてSOMを行ったところ、カテゴリーによる分離が起きており、SOMが各機能領域の配列上の特徴を識別すること判明し、各機能領域を特徴付けるシグナル配列類を抽出できた。
SOM解析で得られた特徴的な連文字配列の生物学的な意味を知るためには、各連文字配列について、実験的な研究を報告した文献類を組織的に参照することが重要になる。この文献検索の過程で蓄積する検索情報を「GenomeWordDictionary」と呼ぶ新規なデータベースとして構築した。4連続塩基は完成し、5連続塩基を編纂中である。
Venterらはバーミューダ沖の海中微生物群の混合ゲノムDNAを回収し、80万本の断片配列を決定し約120万の遺伝子の候補を推定した。SOMは新規性の高い配列類の系統分類に最適な方法である。10kb以上の配列がデータベースに収録されている約1500種の既知原核生物種の総計1Gbの配列を5kbに断片化し、4連続塩基頻度のSOMを行い25の系統群への分類を解析したところ、約85%の配列が正しい系統を反映して分離していた。Venterらの環境由来の大量な断片配列を、そのSOM上へマップすることで、約12,000の新規配列を92の属へ帰属できた。
情報工学特定研究Ⅱ
機関名:新潟大学
情報工学文献詳読Ⅱ
機関名:新潟大学
情報工学研究発表(外部発表)
機関名:新潟大学
情報工学セミナーⅡ
機関名:新潟大学
プログラミングII
機関名:新潟大学
ゲノム情報解析特論
機関名:新潟大学
バイオインフォマティクス概論
機関名:新潟大学
プログラミング実習II
機関名:新潟大学
プログラミング基礎Ⅰ
機関名:新潟大学
プログラミング基礎Ⅱ
機関名:新潟大学
プログラミング基礎実習
機関名:新潟大学
情報システム基礎実習
機関名:新潟大学
工学リテラシー入門(情報電子分野)
機関名:新潟大学
情報工学基礎実習II
機関名:新潟大学
ゲノム情報解析概論
機関名:新潟大学
情報工学発表演習(中間発表)
機関名:新潟大学
情報工学文献詳読Ⅰ
機関名:新潟大学
自然科学総論Ⅲ
機関名:新潟大学
バイオインフォマティクス入門
機関名:新潟大学
情報工学セミナーⅠ
機関名:新潟大学
情報工学特定研究Ⅰ
機関名:新潟大学
情報工学基礎実習I
機関名:新潟大学
情報数理演習III
機関名:新潟大学
形式言語とオートマトン
機関名:新潟大学
総合技術科学演習
データベース
研究室体験実習
卒業研究
卒業研修
論文輪講
人工知能特論
データ工学
知能情報システム概論
情報工学演習
情報工学実験II
情報工学実験I
工学リテラシー入門(情報電子分野)
情報システム基礎実習
プログラミング基礎Ⅱ
プログラミング基礎Ⅰ
プログラミング基礎実習
情報数理演習III
形式言語とオートマトン
自然科学総論Ⅲ
情報工学研究発表(外部発表)
情報工学セミナーⅡ
情報工学特定研究Ⅱ
情報工学文献詳読Ⅱ
ゲノム情報解析特論
ゲノム情報解析概論
情報工学基礎実習II
プログラミング実習II
バイオインフォマティクス入門
プログラミングII
情報工学基礎実習I
情報工学文献詳読Ⅰ
情報工学セミナーⅠ
情報工学発表演習(中間発表)
情報工学特定研究Ⅰ
バイオインフォマティクス概論
電子情報通信学会信越支部主催 100周年記念フォーラム
役割:企画, 運営参加・支援
電子情報通信学会信越支部 2017年9月
JSTイノベーションジャパン
役割:実演
2017年8月
出前講義(新潟明訓高等学校)
役割:講師
2017年6月
日本寄生虫学会主催 サイエンスカフェ「観て, 触って, 知ろう 身近な微生物 と その研究者!」
役割:実演
日本寄生虫学会 2017年5月
第1回新潟大学シーズプレゼンテーション
役割:講師
新潟大学 2017年4月
平成28年度 新潟大学高度技術研修 「統計ソフトウェア「R」を活用したデータ分析コース」
役割:講師
新潟大学 2016年11月
名古屋大学大学院医学系研究科 非常勤講師
役割:講師
2016年11月
出前講義(福島県立白河高等学校)
役割:講師
2016年9月
文部科学省 科学技術・学術政策研究所 NISTEP専門調査員
役割:学術調査立案・実施
2019年4月 - 現在