2024/03/28 更新

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リヨウ イチイ
凌 一葦
RIYO Ichii
所属
教育研究院 医歯学系 医学系列 助教
医歯学総合研究科 助教
職名
助教
外部リンク

学位

  • 医学博士 ( 2013年9月   新潟大学 )

研究キーワード

  • 医療情報学

  • バイオインフォーマティクス

研究分野

  • 情報通信 / 生命、健康、医療情報学

  • ライフサイエンス / ゲノム生物学

経歴(researchmap)

  • 新潟大学医学部メディカルAIセンター   助教

    2021年4月 - 現在

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  • 新潟大学超域学術院   テニュアトラック助教

    2020年4月 - 2021年3月

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経歴

  • 新潟大学   医歯学総合研究科   助教

    2021年4月 - 現在

  • 新潟大学   教育研究院 医歯学系 医学系列   助教

    2021年4月 - 現在

  • 新潟大学   医学部メディカルAIセンター   助教

    2021年4月 - 2021年3月

  • 新潟大学   研究推進機構 超域学術院   助教

    2020年4月 - 2021年3月

  • 新潟大学   医歯学総合研究科   特任助教

    2018年4月 - 2020年3月

所属学協会

 

論文

  • Mucin phenotype and genetic alterations in non-V600E BRAF-mutated colorectal cancer

    Hikaru Ozeki, Yoshifumi Shimada, Mae Nakano, Shuhei Kondo, Riuko Ohashi, Yamato Miwa, Daisuke Yamai, Akio Matsumoto, Kaoru Abe, Yosuke Tajima, Hiroshi Ichikawa, Jun Sakata, Yasumasa Takii, Mika Sugai, Takahiro Nagai, Yiwei Ling, Shujiro Okuda, Toshifumi Wakai

    Human Pathology   2024年2月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Elsevier BV  

    DOI: 10.1016/j.humpath.2024.02.009

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  • Recent trends and perspectives in reconstruction and regeneration of intra/extra-oral wounds using tissue-engineered oral mucosa equivalents

    Kenji Izumi, Witsanu Yortchan, Yuka Aizawa, Ryota Kobayashi, Emi Hoshikawa, Yiwei Ling, Ayako Suzuki

    Japanese Dental Science Review   59   365 - 374   2023年12月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Elsevier BV  

    DOI: 10.1016/j.jdsr.2023.10.002

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  • Clinical significance of metastatic tumor deposit foci in rectal cancer in the lateral pelvic lymph node area.

    Daisuke Yamai, Yoshifumi Shimada, Masato Nakano, Hikaru Ozeki, Akio Matsumoto, Kaoru Abe, Yosuke Tajima, Mae Nakano, Hiroshi Ichikawa, Jun Sakata, Takahiro Nagai, Yiwei Ling, Shujiro Okuda, Gen Watanabe, Hitoshi Nogami, Satoshi Maruyama, Yasumasa Takii, Toshifumi Wakai

    International journal of clinical oncology   28 ( 10 )   1388 - 1397   2023年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    BACKGROUND: Although previous studies have demonstrated that tumor deposits (TDs) are associated with worse prognosis in colon cancer, their clinical significance in rectal cancer has not been fully elucidated, especially in the lateral pelvic lymph node (LPLN) area. This study aimed to clarify the clinical significance of TDs, focusing on the number of metastatic foci, including lymph node metastases (LNMs) and TDs, in the LPLN area. METHODS: This retrospective study involved 226 consecutive patients with cStage II/III low rectal cancer who underwent LPLN dissection. Metastatic foci, including LNM and TD, in the LPLN area were defined as lateral pelvic metastases (LP-M) and were evaluated according to LP-M status: presence (absence vs. presence), histopathological classification (LNM vs. TD), and number (one to three vs. four or more). We evaluated the relapse-free survival of each model and compared them using the Akaike information criterion (AIC) and Harrell's concordance index (c-index). RESULTS: Forty-nine of 226 patients (22%) had LP-M, and 15 patients (7%) had TDs. The median number of LP-M per patient was one (range, 1-9). The best risk stratification power was observed for number (AIC, 758; c-index, 0.668) compared with presence (AIC, 759; c-index, 0.665) and histopathological classification (AIC, 761; c-index, 0.664). The number of LP-M was an independent prognostic factor for both relapse-free and overall survival, and was significantly associated with cumulative local recurrence. CONCLUSION: The number of metastatic foci, including LNMs and TDs, in the LPLN area is useful for risk stratification of patients with low rectal cancer.

    DOI: 10.1007/s10147-023-02391-1

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  • Impact of Heavy Snowfall on Emergency Transport and Prognosis of Out-of-Hospital Cardiac Arrest Patients: A Nation-Wide Cohort Study. 国際誌

    Kentaro Omatsu, Mieko Uchiyama, Utako Shimizu, Yiwei Ling, Shujiro Okuda, Yu Koyama

    Prehospital and disaster medicine   1 - 8   2023年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    BACKGROUND: Out-of-hospital cardiac arrest (OHCA) is a significant global cause of mortality, and Emergency Medical Services (EMS) response interval is critical for survival and a neurologically-favorable outcome. Currently, it is unclear whether EMS response interval, neurologically-intact survival, and overall survival differ between snowy and non-snowy periods at heavy snowfall areas. METHODS: A nation-wide population-based cohort of OHCA patients, registered from 2017 through 2019 in the All-Japan Utstein Registry, was divided into four groups according to areas (heavy snowfall area or other area) and seasons (winter or non-winter): heavy snowfall-winter, heavy snowfall-non-winter, other area-winter, and other area-non-winter. The first coprimary outcome was EMS response interval, and the secondary coprimary outcome was one-month survival and a neurologically-favorable outcome at one month. RESULTS: A total of 337,781 OHCA patients were divided into four groups: heavy snowfall-winter (N = 15,627), heavy snowfall-non-winter (N = 97,441), other area-winter (N = 32,955), and other area-non-winter (N = 191,758). Longer EMS response intervals (>13 minutes) were most likely in the heavy snowfall-winter group (OR = 1.86; 95% CI, 1.76 to 1.97), and also more likely in heavy snowfall areas in non-winter (OR = 1.44; 95% CI, 1.38 to 1.50). One-month survival in winter was worse not only in the heavy snowfall area (OR = 0.86; 95% CI, 0.78 to 0.94) but also in other areas (OR = 0.91; 95% CI, 0.87 to 0.94). One-month neurologically-favorable outcomes were also comparable between heavy snowfall-winter and other area-non-winter groups. CONCLUSIONS: This study showed OHCA in heavy snowfall areas in winter resulted in longer EMS response intervals. However, heavy snowfall had little effect on one-month survival or neurologically-favorable outcome at one month.

    DOI: 10.1017/S1049023X23006040

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  • Development of a lip vermilion epithelium reconstruction model using keratinocytes from skin and oral mucosa. 国際誌

    Eri Kobayashi, Yiwei Ling, Ryota Kobayashi, Emi Hoshikawa, Eriko Itai, Osamu Sakata, Shujiro Okuda, Eiji Naru, Kenji Izumi

    Histochemistry and cell biology   2023年6月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Lip vermilion is unique and can be distinguished from the adjacent skin and oral mucosa. However, because of the lack of appropriate evaluation tools, skin and/or oral mucosa substitutes such as in vitro vermilion epithelial models have been used for lip product testing. We aimed to develop and characterize a lip vermilion epithelium reconstruction model (LVERM) using skin and oral keratinocytes. LVERM was manufactured by co-culturing primary skin and oral keratinocytes, using a device that allowed the separation of cell seeding, and created an intercalated cell-free zone, referred to as the vermilion part. After removing the device, LVERM construction was completed in 8 days, in a submerged condition. Subsequently, they were placed in an air-liquid interface for 7 days. To determine the epithelial characteristics of LVERM, keratin 2e (KRT2) and small proline-rich protein 3 (SPRR3) expression patterns were examined. The in vivo expression profiles of KRT2 and SPRR3 genes in vermilion were also examined. We found that a continuous multi-layered epithelium was generated in the LVERM that exhibited ortho- and para-keratinization in the skin and oral mucosa parts, respectively. Although an intermediate keratinization pattern was observed in the vermilion part, KRT2 and SPRR3 were co-expressed in the suprabasal layer, consistent with the expression pattern of a single vermilion epithelial model. Clustering analysis revealed that KRT2 and SPRR3 gene expression in vermilion was location-dependent within the sample. Therefore, LVERM can be used as an evaluation tool for lip products and has great importance in innovative approaches for cosmetic testing.

    DOI: 10.1007/s00418-023-02206-4

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  • Copy number alteration is an independent prognostic biomarker in triple-negative breast cancer patients.

    Masayuki Nagahashi, YiWei Ling, Chie Toshikawa, Tetsu Hayashida, Yuko Kitagawa, Manabu Futamura, Takashi Kuwayama, Seigo Nakamura, Hideko Yamauchi, Teruo Yamauchi, Koji Kaneko, Chizuko Kanbayashi, Nobuaki Sato, Junko Tsuchida, Kazuki Moro, Masato Nakajima, Yoshifumi Shimada, Hiroshi Ichikawa, Stephen Lyle, Yasuo Miyoshi, Kazuaki Takabe, Shujiro Okuda, Toshifumi Wakai

    Breast cancer (Tokyo, Japan)   30 ( 4 )   584 - 595   2023年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    BACKGROUND: Next-generation sequencing (NGS) has enabled comprehensive genomic profiling to identify gene alterations that play important roles in cancer biology. However, the clinical significance of these genomic alterations in triple-negative breast cancer (TNBC) patients has not yet been fully elucidated. The aim of this study was to clarify the clinical significance of genomic profiling data, including copy number alterations (CNA) and tumor mutation burden (TMB), in TNBC patients. METHODS: A total of 47 patients with Stage I-III TNBC with genomic profiling of 435 known cancer genes by NGS were enrolled in this study. Disease-free survival (DFS) and overall survival (OS) were evaluated for their association to gene profiling data. RESULTS: CNA-high patients showed significantly worse DFS and OS than CNA-low patients (p = 0.0009, p = 0.0041, respectively). TMB was not associated with DFS or OS in TNBC patients. Patients with TP53 alterations showed a tendency of worse DFS (p = 0.0953) and significantly worse OS (p = 0.0338) compared with patients without TP53 alterations. Multivariable analysis including CNA and other clinicopathological parameters revealed that CNA was an independent prognostic factor for DFS (p = 0.0104) and OS (p = 0.0306). Finally, multivariable analysis also revealed the combination of CNA-high and TP53 alterations is an independent prognostic factor for DFS (p = 0.0005) and OS (p = 0.0023). CONCLUSIONS: We revealed that CNA, but not TMB, is significantly associated with DFS and OS in TNBC patients. The combination of CNA-high and TP53 alterations may be a promising biomarker that can inform beyond standard clinicopathologic factors to identify a subgroup of TNBC patients with significantly worse prognosis.

    DOI: 10.1007/s12282-023-01449-2

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  • Escherichia coli‐derived outer‐membrane vesicles induce immune activation and progression of cirrhosis in mice and humans 国際誌

    Kazuki Natsui, Atsunori Tsuchiya, Risa Imamiya, Mayuko Osada‐Oka, Yui Ishii, Yohei Koseki, Nobutaka Takeda, Kei Tomiyoshi, Fusako Yamazaki, Yuki Yoshida, Riuko Ohashi, Yiwei Ling, Koji Ueda, Nobuko Moritoki, Kazuhiro Sato, Takahiro Nakajima, Yoshinori Hasegawa, Shujiro Okuda, Shinsuke Shibata, Shuji Terai

    Liver International   43 ( 5 )   1126 - 1140   2023年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Wiley  

    Abstract

    Background and Aims

    Decompensated cirrhosis with fibrosis progression causes portal hypertension followed by an oedematous intestinal tract. These conditions weaken the barrier function against bacteria in the intestinal tract, a condition called leaky gut, resulting in invasion by bacteria and bacterial components. Here, we investigated the role of outer‐membrane vesicles (OMVs) of Escherichia coli, which is the representative pathogenic gut‐derived bacteria in patients with cirrhosis in the pathogenesis of cirrhosis.

    Methods

    We investigated the involvement of OMVs in humans using human serum and ascites samples and also investigated the involvement of OMVs from E. coli in mice using mouse liver‐derived cells and a mouse cirrhosis model.

    Results

    In vitro, OMVs induced inflammatory responses to macrophages and neutrophils, including the upregulation of C‐type lectin domain family 4 member E (Clec4e), and induced the suppression of albumin production in hepatocytes but had a relatively little direct effect on hepatic stellate cells. In a mouse cirrhosis model, administration of OMVs led to increased liver inflammation, especially affecting the activation of macrophages, worsening fibrosis and decreasing albumin production. Albumin administration weakened these inflammatory changes. In addition, multiple antibodies against bacterial components were increased with a progressing Child‐Pugh grade, and OMVs were detected in ascites of patients with decompensated cirrhosis.

    Conclusions

    In conclusion, OMVs induce inflammation, fibrosis and suppression of albumin production, affecting the pathogenesis of cirrhosis. We believe that our study paves the way for the future prevention and treatment of cirrhosis.

    DOI: 10.1111/liv.15539

    PubMed

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    その他リンク: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full-xml/10.1111/liv.15539

  • Unveiling microbiome profiles in human inner body fluids and tumor tissues with pancreatic or biliary tract cancer

    Shujiro Okuda, Yuki Hirose, Hayato Takihara, Akiko Okuda, Yiwei Ling, Yosuke Tajima, Yoshifumi Shimada, Hiroshi Ichikawa, Kazuyasu Takizawa, Jun Sakata, Toshifumi Wakai

    Scientific Reports   12 ( 1 )   2022年12月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Springer Science and Business Media LLC  

    Abstract

    With the discovery of bacterial symbiosis in the tissues of various cancers, the study of the tumor microbiome is attracting a great deal of attention. Anatomically, since the gastrointestinal tract, liver, and pancreas form a continuous ductal structure, the microbiomes in the digestive juices of these organs may influence each other. Here, we report a series of microbiome data in tumor-associated tissues such as tumor, non-tumor, and lymph nodes, and body fluids such as saliva, gastric juice, pancreatic juice, bile, and feces of patients with pancreatic or biliary tract cancers. The results show that the microbiome of tumor-associated tissues has a very similar bacterial composition, but that in body fluids has different bacterial composition which varies by location, where some bacteria localize to specific body fluids. Surprisingly, Akkermansia was only detected in the bile of patients with biliary tract cancer and its presence was significantly associated with the performance of external biliary drainage (P = 0.041). Furthermore, we found that tumor-associated tissues and body fluids in deep inner body are mostly inhabited by unidentified and uncharacterized bacteria, suggesting that such bacteria may be potential targets for precision therapy in the future.

    DOI: 10.1038/s41598-022-12658-8

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    その他リンク: https://www.nature.com/articles/s41598-022-12658-8

  • NKp44-based chimeric antigen receptor effectively redirects primary T cells against synovial sarcoma 国際誌

    Yudai Murayama, Yasushi Kasahara, Nobuhiro Kubo, Chansu Shin, Masaru Imamura, Naoki Oike, Takashi Ariizumi, Akihiko Saitoh, Minori Baba, Tomohiro Miyazaki, Yuko Suzuki, Yiwei Ling, Shujiro Okuda, Keichiro Mihara, Akira Ogose, Hiroyuki Kawashima, Chihaya Imai

    Translational Oncology   25   101521 - 101521   2022年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Elsevier BV  

    BACKGROUND: T-cell receptor-engineered T-cell therapies have achieved promising response rates against synovial sarcoma in clinical trials, but their applicability is limited owing to the HLA matching requirement. Chimeric antigen receptor (CAR) can redirect primary T cells to tumor-associated antigens without requiring HLA matching. However, various obstacles, including the paucity of targetable antigens, must be addressed for synovial sarcoma. Ligands for natural killer (NK) cell-activating receptors are highly expressed by tumor cells. METHODS: The surface expression of ligands for NK cell-activating receptors in synovial sarcoma cell lines was analyzed. We analyzed RNA sequencing data deposited in a public database to evaluate NKp44-ligand expression. Primary T cells retrovirally transduced with CAR targeting NKp44 ligands were evaluated for their functions in synovial sarcoma cells. Alterations induced by various stimuli, including a histone deacetylase inhibitor, a hypomethylating agent, inflammatory cytokines, and ionizing radiation, in the expression levels of NKp44 ligands were investigated. RESULTS: Ligands for NKp44 and NKp30 were expressed in all cell lines. NKG2D ligands were barely expressed in a single cell line. None of the cell lines expressed NKp46 ligand. Primary synovial sarcoma cells expressed the mRNA of the truncated isoform of MLL5, a known cellular ligand for NKp44. NKp44-based CAR T cells specifically recognize synovial sarcoma cells, secrete interferon-γ, and exert suppressive effects on tumor cell growth. No stimulus altered the expression of NKp44 ligands. CONCLUSION: NKp44-based CAR T cells can redirect primary human T cells to synovial sarcoma cells. CAR-based cell therapies may be an option for treating synovial sarcomas.

    DOI: 10.1016/j.tranon.2022.101521

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  • Gene panel testing detects important genetic alterations in ulcerative colitis‑associated colorectal neoplasia

    Yoshifumi Shimada, Mae Nakano, Ken-Ichi Mizuno, Junji Yokoyama, Akio Matsumoto, Kana Tanaka, Hidehito Oyanagi, Masato Nakano, Yuki Hirose, Hiroshi Ichikawa, Jun Sakata, Hitoshi Kameyama, Yasumasa Takii, Mika Sugai, Yiwei Ling, Shiho Takeuchi, Shujiro Okuda, Shuji Terai, Yoichi Ajioka, Toshifumi Wakai

    Oncology Letters   24 ( 6 )   2022年10月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Spandidos Publications  

    DOI: 10.3892/ol.2022.13562

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  • Putrescine Production by Latilactobacillus curvatus KP 3-4 Isolated from Fermented Foods 査読

    Rika Hirano, Aiko Kume, Chisato Nishiyama, Ryosuke Honda, Hideto Shirasawa, Yiwei Ling, Yuta Sugiyama, Misaki Nara, Hiromi Shimokawa, Hiroki Kawada, Takashi Koyanagi, Hisashi Ashida, Shujiro Okuda, Mitsuharu Matsumoto, Hiroki Takagi, Shin Kurihara

    Microorganisms   10 ( 4 )   697 - 697   2022年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.3390/microorganisms10040697

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  • Detection of Potential Markers for Lip Vermilion Epithelium in Japanese Macaques Based on the Results of Gene Expression Profile 査読

    Hiroko Kato, Yiwei Ling, Emi Hoshikawa, Ayako Suzuki, Kenta Haga, Eriko Naito, Atsushi Uenoyama, Shujiro Okuda, Kenji Izumi

    Anatomia   1 ( 1 )   3 - 13   2022年1月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:MDPI AG  

    Development of effective in vitro human lip models, specific to the vermilion epithelium, has not progressed as much as that of skin and oral mucosa/gingiva models in vitro. Our histologic examination demonstrated that a Japanese macaque (male, 7 years and 9 months old) had vermilion in the lip distinct from adjacent skin and oral mucosa, resembling histological characteristics of the human lip. Therefore, in this study, we examined the gene expression profile of the three distinct epithelia (skin/vermilion/oral mucosa) within the lip of a Japanese macaque to explore a single potential marker of human vermilion epithelium. Six pairwise comparisons in the skin/vermilion/oral mucosa epithelium in vitro and in vivo revealed 69 differentially up-regulated genes in vermilion epithelium in vivo, in which a few unique genes were highly expressed when compared with both skin and oral mucosa epithelium in vivo using clustering analysis. However, we could not detect a single marker specific to vermilion epithelium supported by the gene expression profile of a Japanese macaque. Instead, the pair of keratin 10 and small proline-rich protein 3 resulted in a potential marker of vermilion epithelium in the human lip (female, 53-year-old) via a double-immunostaining technique. Nonetheless, our result may provide further clues leading to other potential markers of the vermilion epithelium.

    DOI: 10.3390/anatomia1010002

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  • Loss of Atg2b and Gskip Impairs the Maintenance of the Hematopoietic Stem Cell Pool Size. 査読 国際誌

    Shun-Suke Sakai, Atsushi Hasegawa, Ryosuke Ishimura, Naoki Tamura, Shun Kageyama, Satoko Komatsu-Hirota, Manabu Abe, Yiwei Ling, Shujiro Okuda, Manabu Funayama, Mika Kikkawa, Yoshiki Miura, Kenji Sakimura, Ichiei Narita, Satoshi Waguri, Ritsuko Shimizu, Masaaki Komatsu

    Molecular and cellular biology   42 ( 1 )   e0002421   2022年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    A germ line copy number duplication of chromosome 14q32, which contains ATG2B and GSKIP, was identified in families with myeloproliferative neoplasm (MPN). Here, we show that mice lacking both Atg2b and Gskip, but not either alone, exhibited decreased hematopoiesis, resulting in death in utero accompanied by anemia. In marked contrast to MPN patients with duplication of ATG2B and GSKIP, the number of hematopoietic stem cells (HSCs), in particular long-term HSCs, in double-knockout fetal livers was significantly decreased due to increased cell death. Although the remaining HSCs still had the ability to differentiate into hematopoietic progenitor cells, the differentiation efficiency was quite low. Remarkably, mice with knockout of Atg2b or Gskip alone did not show any hematopoietic abnormality. Mechanistically, while loss of both genes had no effect on autophagy, it increased the expression of genes encoding enzymes involved in oxidative phosphorylation. Taken together, our results indicate that Atg2b and Gskip play a synergistic effect in maintaining the pool size of HSCs.

    DOI: 10.1128/MCB.00024-21

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  • Plasma Sphingosine-1-Phosphate Levels Are Associated with Progression of Estrogen Receptor-Positive Breast Cancer. 国際誌

    Mayuko Ikarashi, Junko Tsuchida, Masayuki Nagahashi, Shiho Takeuchi, Kazuki Moro, Chie Toshikawa, Shun Abe, Hiroshi Ichikawa, Yoshifumi Shimada, Jun Sakata, Yu Koyama, Nobuaki Sato, Nitai C Hait, Yiwei Ling, Shujiro Okuda, Kazuaki Takabe, Toshifumi Wakai

    International journal of molecular sciences   22 ( 24 )   2021年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Although numerous experiments revealed an essential role of a lipid mediator, sphingosine-1-phosphate (S1P), in breast cancer (BC) progression, the clinical significance of S1P remains unclear due to the difficulty of measuring lipids in patients. The aim of this study was to determine the plasma concentration of S1P in estrogen receptor (ER)-positive BC patients, as well as to investigate its clinical significance. We further explored the possibility of a treatment strategy targeting S1P in ER-positive BC patients by examining the effect of FTY720, a functional antagonist of S1P receptors, on hormone therapy-resistant cells. Plasma S1P levels were significantly higher in patients negative for progesterone receptor (PgR) expression than in those positive for expression (p = 0.003). Plasma S1P levels were also significantly higher in patients with larger tumor size (p = 0.012), lymph node metastasis (p = 0.014), and advanced cancer stage (p = 0.003), suggesting that higher levels of plasma S1P are associated with cancer progression. FTY720 suppressed the viability of not only wildtype MCF-7 cells, but also hormone therapy-resistant MCF-7 cells. Targeting S1P signaling in ER-positive BC appears to be a possible new treatment strategy, even for hormone therapy-resistant patients.

    DOI: 10.3390/ijms222413367

    PubMed

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  • Profiling of host genetic alterations and intra-tumor microbiomes in colorectal cancer

    Shujiro Okuda, Yoshifumi Shimada, Yosuke Tajima, Kizuki Yuza, Yuki Hirose, Hiroshi Ichikawa, Masayuki Nagahashi, Jun Sakata, Yiwei Ling, Nobuaki Miura, Mika Sugai, Yu Watanabe, Shiho Takeuchi, Toshifumi Wakai

    Computational and Structural Biotechnology Journal   19   3330 - 3338   2021年

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Elsevier BV  

    DOI: 10.1016/j.csbj.2021.05.049

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  • Gallincin ameliorates colitis-associated inflammation and barrier function in mice based on network pharmacology prediction 国際誌

    De-Jun Cui, Xiao-Lan Yang, Shujiro Okuda, Yi-Wei Ling, Zhu-Xue Zhang, Qi Liu, Wen-Qiang Yuan, Fang Ya

    Journal of International Medical Research   48 ( 12 )   1 - 14   2020年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1177/0300060520951023

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  • Genetic profiling for diffuse type and genomically stable subtypes in gastric cancer 招待 査読 国際誌

    Yiwei Ling, Yu Watanabe, Mayuki Nagahashi, Yoshifumi Shimada, Hiroshi Ichikawa, Toshifumi Wakai, Shujiro Okuda

    Computational and Structural Biotechnology Journal   18   3301 - 3308   2020年11月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.csbj.2020.10.021

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  • Verification of the Japanese Staging System for Rectal Cancer, Focusing on Differences with the TNM classification 査読

    Arabiki M, Shimada Y, Nakano M, Tanaka K, Oyanagi H, Nakano M, Ling Y, Okuda S, Takii Y, Wakai T

    Surgery Today   50   1443 - 1451   2020年5月

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  • RNF43 mutation is associated with aggressive tumor biology along with BRAF V600E mutation in right-sided colorectal cancer 査読

    43   1853 - 1862   2020年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

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  • Identification of potential biomarker genes in ulcerative colitis-associated colorectal cancer using a bioinformatics approach 査読

    Dejun Cui, Shujiro Okuda, Yiwei Ling

    International Journal of Clinical and Experimental Medicine   2020年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

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  • The human gut microbiome is structured to optimize molecular interaction networks 査読 国際誌

    Ling Y, Watanabe Y, Okuda S

    Computational and Structural Biotechnology Journal   17   1040 - 1046   2019年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.csbj.2019.07.011

    PubMed

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  • SMAD4 alteration associates with invasive-front pathological markers and poor prognosis in colorectal cancer 査読 国際誌

    Oyanagi H, Shimada Y, Nagahashi M, Ichikawa H, Tajima Y, Abe K, Nakano M, Kameyama H, Takii Y, Kawasaki T, Homma K, Ling Y, Okuda S, Takabe K, Wakai T

    Histopathology   74 ( 5 )   873 - 882   2019年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1111/his.13805

    PubMed

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  • BRAF V600E and SRC mutations as molecular markers for predicting prognosis and conversion surgery in Stage IV colorectal cancer. 査読 国際誌

    Shimada Y, Muneoka Y, Nagahashi M, Ichikawa H, Tajima Y, Hirose Y, Ando T, Nakano M, Sakata J, Kameyama H, Takii Y, Ling Y, Okuda S, Takabe K, Wakai T

    Scientific reports   9 ( 1 )   2466 - 2466   2019年2月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1038/s41598-019-39328-6

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  • Impact of Concurrent Genomic Alterations Detected by Comprehensive Genomic Sequencing on Clinical Outcomes in East-Asian Patients with EGFR-Mutated Lung Adenocarcinoma 査読

    Seijiro Sato, Masayuki Nagahashi, Terumoto Koike, Hiroshi Ichikawa, Yoshifumi Shimada, Satoshi Watanabe, Toshiaki Kikuchi, Kazuki Takada, Ryota Nakanishi, Eiji Oki, Tatsuro Okamoto, Kouhei Akazawa, Stephen Lyle, Yiwei Ling, Kazuaki Takabe, Shujiro Okuda, Toshifumi Wakai, Masanori Tsuchida

    Scientific Reports   8 ( 1 )   1005   2018年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Nature Publishing Group  

    Next-generation sequencing (NGS) has enabled comprehensive detection of genomic alterations in lung cancer. Ethnic differences may play a critical role in the efficacy of targeted therapies. The aim of this study was to identify and compare genomic alterations of lung adenocarcinoma between Japanese patients and the Cancer Genome Atlas (TCGA), which majority of patients are from the US. We also aimed to examine prognostic impact of additional genomic alterations in patients harboring EGFR mutations. Genomic alterations were determined in Japanese patients with lung adenocarcinoma (N = 100) using NGS-based sequencing of 415 known cancer genes, and correlated with clinical outcome. EGFR active mutations, i.e., those involving exon 19 deletion or an L858R point mutation, were seen in 43% of patients. Some differences in driver gene mutation prevalence were observed between the Japanese cohort described in the present study and the TCGA. Japanese cohort had significantly more genomic alterations in cell cycle pathway, i.e., CDKN2B and RB1 than TCGA. Concurrent mutations, in genes such as CDKN2B or RB1, were associated with worse clinical outcome in patients with EGFR active mutations. Our data support the utility of comprehensive sequencing to detect concurrent genomic variations that may affect clinical outcomes in this disease.

    DOI: 10.1038/s41598-017-18560-y

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  • Novel gene fusions found in cervical cancer 査読

    Ling Y, Okuda S

    EBioMedicine   38   13 - 14   2018年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

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  • Identification of TRA-1-60-positive cells as a potent refractory population in follicular lymphomas. 査読 国際誌

    Katsuyoshi Takata, Ken Saito, Satoshi Maruyama, Tomoko Miyata-Takata, Hidekazu Iioka, Shujiro Okuda, Yiwei Ling, Kennosuke Karube, Yukari Miki, Yoshinobu Maeda, Tadashi Yoshino, Christian Steidl, Eisaku Kondo

    Cancer science   110 ( 1 )   443 - 457   2018年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Despite receiving rituximab-combined chemotherapy, follicular lymphoma (FL) patients often suffer tumor recurrence and understand that the cause of relapse in FL would thus significantly ameliorate the tumor therapeutics. In the present study, we show that TRA-1-60-expressing cells are a unique population in FL, converge to the conventional stem cell marker Oct3/4 and ALDH1-positive population, and resist current B-lymphoma agents. TRA-1-60 expression was observed in scattered lymphoma cells in FL tissues only as well as in resting B-lymphocytes inside germinal centers. Retrospective comparison between recurrent and cognate primary tissues showed that the number of TRA-1-60-positive cells from rituximab, cyclophosphamide, hydroxydaunorubicin, vincristine, and prednisone (R-CHOP)-treated FL had increased relative to primary tissue, a finding corroborated by assays on different rituximab-treated FL cell lines, FL-18 and DOHH2, wherein TRA-positive cell numbers increased over 10-fold compared to the untreated sample. Concordantly, scanty TRA-1-60-positive FL-18 cells implanted s.c. into mice evinced potent tumor-initiating capacity in vivo, where tumors were 12-fold larger in volume (P = 0.0021 < 0.005) and 13-fold heavier in weight (P = 0.0015 < 0.005) compared to those xenografted from TRA-negative cells. To explain these results, gene expression profiling and qPCR analysis indicated that TRA-1-60-positive cells defined a distinct population from that of TRA-negative cells, with upregulation of multiple drug transporters and therapeutic resistance genes. Hence, TRA-1-60-expressing cells in FL are considered to be vigorously intractable against conventional therapeutic agents, which may explain its refractory recurrence.

    DOI: 10.1111/cas.13870

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  • Sharing of human milk oligosaccharides degradants within bifidobacterial communities in faecal cultures supplemented with Bifidobacterium bifidum. 査読 国際誌

    Aina Gotoh, Toshihiko Katoh, Mikiyasu Sakanaka, Yiwei Ling, Chihaya Yamada, Sadaki Asakuma, Tadasu Urashima, Yusuke Tomabechi, Ayako Katayama-Ikegami, Shin Kurihara, Kenji Yamamoto, Gaku Harata, Fang He, Junko Hirose, Motomitsu Kitaoka, Shujiro Okuda, Takane Katayama

    Scientific reports   8 ( 1 )   13958 - 13958   2018年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Gut microbiota of breast-fed infants are generally rich in bifidobacteria. Recent studies show that infant gut-associated bifidobacteria can assimilate human milk oligosaccharides (HMOs) specifically among the gut microbes. Nonetheless, little is known about how bifidobacterial-rich communities are shaped in the gut. Interestingly, HMOs assimilation ability is not related to the dominance of each species. Bifidobacterium longum susbp. longum and Bifidobacterium breve are commonly found as the dominant species in infant stools; however, they show limited HMOs assimilation ability in vitro. In contrast, avid in vitro HMOs consumers, Bifidobacterium bifidum and Bifidobacterium longum subsp. infantis, are less abundant in infant stools. In this study, we observed altruistic behaviour by B. bifidum when incubated in HMOs-containing faecal cultures. Four B. bifidum strains, all of which contained complete sets of HMO-degrading genes, commonly left HMOs degradants unconsumed during in vitro growth. These strains stimulated the growth of other Bifidobacterium species when added to faecal cultures supplemented with HMOs, thereby increasing the prevalence of bifidobacteria in faecal communities. Enhanced HMOs consumption by B. bifidum-supplemented cultures was also observed. We also determined the complete genome sequences of B. bifidum strains JCM7004 and TMC3115. Our results suggest B. bifidum-mediated cross-feeding of HMOs degradants within bifidobacterial communities.

    DOI: 10.1038/s41598-018-32080-3

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  • Actionable gene mutations in Asian populations with triple negative breast cancer 査読 国際誌

    Nagahashi M, Ling Y, Hayashida T, Kitagawa Y, Futamura M, Yoshida K, Kuwayama T, Nakamura S, Toshikawa C, Yamauchi H, Kaneko K, Kanbayashi C, Sato N, Miyoshi Y, Tsuchida J, Nakajima M, Shimada Y, Ichikawa H, Lyle S, Takabe K, Okuda S, Wakai T

    JCO Precision Oncoloty   36   e131111   2018年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1200/po.17.00211

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  • AldB controls persister formation in Escherichia coli depending on environmental stress 査読

    Yuto Kawai, Shinya Matsumoto, Yiwei Ling, Shujiro Okuda, Satoshi Tsuneda

    Microbiology and Immunology   62 ( 5 )   299 - 309   2018年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Blackwell Publishing Asia  

    Persisters are multidrug-tolerant cells that are present within antibiotic-sensitive populations. Persister formation is not induced by genetic mutations, but rather by changes in the degree of expression of some genes. High redundancy has been observed among the pathways that have been hypothesized to respond to specific stresses. In this study, we conducted RNA sequencing of Escherichia coli persisters under various stress conditions to identify common mechanisms. We induced stresses such as glucose or amino acid exhaustion, acid stress and anaerobic conditions, all of which are encountered during bacterial pathogenesis. We found that most genes are differentially expressed depending on the specific stress condition
    however, some genes were commonly expressed in persisters in most stress conditions. Commonly expressed genes are expected to be promising therapeutic targets for combating persistent infections. We found that knockdown of aldehyde dehydrogenase (aldB), which was expressed in every condition except for acid stress, decreased persisters in the non-stressed condition. However, the same strain unexpectedly showed an increased number of persisters in the amino acid-limited condition. Because the increase in persister number is glycolytic metabolite-dependent, metabolic flow may play a crucial role in aldB-mediated persister formation. These data suggest that environmental stresses alter persister mechanisms. Identification of environmental influences on persister formation during pathogenesis is therefore necessary to enabling persister eradication.

    DOI: 10.1111/1348-0421.12587

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  • 【遠隔転移を有する大腸癌に対する治療戦略】癌遺伝子変異解析パネルを用いた大腸癌Precision medicineへの取り組み

    亀山 仁史, 島田 能史, 永橋 昌幸, 八木 亮磨, 田島 陽介, 岡村 拓磨, 中野 雅人, 市川 寛, 坂田 純, 小林 隆, 瀧井 康公, 丸山 聡, 野上 仁, 凌 一葦, 奥田 修二郎, 若井 俊文

    癌の臨床   63 ( 6 )   505 - 510   2018年3月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:(株)篠原出版新社  

    Stage IV大腸癌109例を対象とし、次世代シークエンサーを用いた癌遺伝子変異解析パネル(415遺伝子)で遺伝子変異を解析した。RAS変異群26例(23.9%)、RAS変異+PTEN欠失群16例(14.7%)、PTEN欠失+ERBB2増幅群16例(14.7%)、PTEN欠失+SRC増幅/欠失群8例(7.3%)、A11野生型群27例(24.8%)、BRAF変異+RNF43変異群9例(7.3%)、その他8例(7.3%)にカテゴリー分類された。実際に抗EGFR抗体薬を使用した40例の検討では、A11野生型群は、RASKETで判定できるKRAS/NRAS遺伝子以外の遺伝子に変異のある群に比べて、無増悪生存率(PFS)が有意に良好であった。

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  • 変異頻度に基づくガンゲノムデータの新規クラスタリング手法とその臨床応用 査読

    凌 一葦, 渡辺 由, 永橋 昌幸, 島田 能史, 市川 寛, 若井 俊文, 奥田 修二郎

    日本情報学   38 ( 5 )   305 - 312   2018年

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

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  • Comprehensive genomic sequencing detects important genetic differences between right-sided and left-sided colorectal cancer 査読

    Yoshifumi Shimada, Hitoshi Kameyama, Masayuki Nagahashi, Hiroshi Ichikawa, Yusuke Muneoka, Ryoma Yagi, Yosuke Tajima, Takuma Okamura, Masato Nakano, Jun Sakata, Takashi Kobayashi, Hitoshi Nogami, Satoshi Maruyama, Yasumasa Takii, Tetsu Hayashida, Hiromasa Takaishi, Yuko Kitagawa, Eiji Oki, Tsuyoshi Konishi, Fumio Ishida, Shin-ei Kudo, Jennifer E. Ring, Alexei Protopopov, Stephen Lyle, Yiwei Ling, Shujiro Okuda, Takashi Ishikawa, Kohei Akazawa, Kazuaki Takabe, Toshifumi Wakai

    ONCOTARGET   8 ( 55 )   93567 - 93579   2017年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:IMPACT JOURNALS LLC  

    Objectives: Anti-epidermal growth factor receptor (EGFR) therapy has been found to be more effective against left-sided colorectal cancer (LCRC) than right-sided colorectal cancer (RCRC). We hypothesized that RCRC is more likely to harbor genetic alterations associated with resistance to anti-EGFR therapy and tested this using comprehensive genomic sequencing.
    Materials and methods: A total of 201 patients with either primary RCRC or LCRC were analyzed. We investigated tumors for genetic alterations using a 415-gene panel, which included alterations associated with resistance to anti-EGFR therapy: TK receptors (ERBB2, MET, EGFR, FGFR1, and PDGFRA), RAS pathway (KRAS, NRAS, HRAS, BRAF, and MAPK2K1), and PI3K pathway (PTEN and PIK3CA). Patients whose tumors had no alterations in these 12 genes, theoretically considered to respond to anti-EGFR therapy, were defined as "all wild-type", while remaining patients were defined as "mutant-type".
    Results: Fifty-six patients (28%) and 145 patients (72%) had RCRC and LCRC, respectively. Regarding genetic alterations associated with anti-EGFR therapy, only 6 of 56 patients (11%) with RCRC were "all wild-type" compared with 41 of 145 patients (28%) with LCRC (P = 0.009). Among the 49 patients who received anti-EGFR therapy, RCRC showed significantly worse progression-free survival (PFS) than LCRC (P = 0.022), and "mutant-type" RCRC showed significantly worse PFS compared with "all wild-type" LCRC (P = 0.004).
    Conclusions: RCRC is more likely to harbor genetic alterations associated with resistance to anti-EGFR therapy compared with LCRC. Furthermore, our data shows primary tumor sidedness is a surrogate for the non-random distribution of genetic alterations in CRC.

    DOI: 10.18632/oncotarget.20510

    Web of Science

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  • Actionable gene-based classification toward precision medicine in gastric cancer 査読

    Hiroshi Ichikawa, Masayuki Nagahashi, Yoshifumi Shimada, Takaaki Hanyu, Takashi Ishikawa, Hitoshi Kameyama, Takashi Kobayashi, Jun Sakata, Hiroshi Yabusaki, Satoru Nakagawa, Nobuaki Sato, Yuki Hirata, Yuko Kitagawa, Toshiyuki Tanahashi, Kazuhiro Yoshida, Ryota Nakanishi, Eiji Oki, Dana Vuzman, Stephen Lyle, Kazuaki Takabe, Yiwei Ling, Shujiro Okuda, Kohei Akazawa, Toshifumi Wakai

    GENOME MEDICINE   9 ( 1 )   93   2017年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:BIOMED CENTRAL LTD  

    Background: Intertumoral heterogeneity represents a significant hurdle to identifying optimized targeted therapies in gastric cancer (GC). To realize precision medicine for GC patients, an actionable gene alteration-based molecular classification that directly associates GCs with targeted therapies is needed.& para;& para;Methods: A total of 207 Japanese patients with GC were included in this study. Formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tum or tissues were obtained from surgical or biopsy specimens and were subjected, to DMA extraction. We generated comprehensive genomic profiling data using a 435-gene panel including 69 actionable genes paired, with US Food and Drug Administration-approved targeted therapies, and the evaluation o f Epstein-Barr virus (EBV) infection and microsatellite instability (MSI) status.& para;& para;Results: Comprehensive genomic sequencing detected at least one alteration o f 435 cancer-related genes in 194 GCs (93.7%) and o f 69 actionable genes in 141 GCs (68.1%). We classified the 207 GCs into four The Cancer Genome Atlas (TCGA) subtypes using the genomic profiling data; EBV (N = 9), MSI (N = 17), chromosomal instability (N = 119), and genomicaliy stable subtype (N = 62). Actionable gene alterations were not specific and were widely observed throughout all TCGA subtypes. To discover a novel classification which more precisely selects candidates for targeted therapies, 207 GCs were classified using hypermutated. phenotype and the mutation profile of 69 actionable genes. We identified a hypermutated group (N = 32), while the others (N = 175) were sub-divided into six dusters including five with actionable gene alterations: ERBB2 (N = 25), CDKN2A, and CDKN2B (N = 10), KRAS (N = 10), BRCA2 (N = 9), and ATM duster (N = 12). The clinical utility of this classification was demonstrated by a case of unresectable GC. with a remarkable response to anti-HER2 therapy in the ERBB2 duster.& para;& para;Conclusions: This actionable gene-based classification creates a framework for further studies for realizing precision medicine in GC.

    DOI: 10.1186/s13073-017-0484-3

    Web of Science

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  • Genome-Wide Target Analyses of Otx2 Homeoprotein in Postnatal Cortex. 査読 国際誌

    Akiko Sakai, Ryuichiro Nakato, Yiwei Ling, Xubin Hou, Norikazu Hara, Tomoya Iijima, Yuchio Yanagawa, Ryozo Kuwano, Shujiro Okuda, Katsuhiko Shirahige, Sayaka Sugiyama

    Frontiers in neuroscience   11   307 - 307   2017年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Juvenile brain has a unique time window, or critical period, in which neuronal circuits are remodeled by experience. Mounting evidence indicates the importance of neuronal circuit rewiring in various neurodevelopmental disorders of human cognition. We previously showed that Otx2 homeoprotein, essential for brain formation, is recaptured during postnatal maturation of parvalbumin-positive interneurons (PV cells) to activate the critical period in mouse visual cortex. Cortical Otx2 is the only interneuron-enriched transcription factor known to regulate the critical period, but its downstream targets remain unknown. Here, we used ChIP-seq (chromatin immunoprecipitation sequencing) to identify genome-wide binding sites of Otx2 in juvenile mouse cortex, and interneuron-specific RNA-seq to explore the Otx2-dependent transcriptome. Otx2-bound genes were associated with human diseases such as schizophrenia as well as critical periods. Of these genes, expression of neuronal factors involved in transcription, signal transduction and mitochondrial function was moderately and broadly affected in Otx2-deficient interneurons. In contrast to reported binding sites in the embryo, genes encoding potassium ion transporters such as KV3.1 had juvenile cortex-specific binding sites, suggesting that Otx2 is involved in regulating fast-spiking properties during PV cell maturation. Moreover, transcripts of oxidative resistance-1 (Oxr1), whose promoter has Otx2 binding sites, were markedly downregulated in Otx2-deficient interneurons. Therefore, an important role of Otx2 may be to protect the cells from the increased oxidative stress in fast-spiking PV cells. Our results suggest that coordinated expression of Otx2 targets promotes PV cell maturation and maintains its function in neuronal plasticity and disease.

    DOI: 10.3389/fnins.2017.00307

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  • Genomic landscape of colorectal cancer in Japan: clinical implications of comprehensive genomic sequencing for precision medicine 査読

    Masayuki Nagahashi, Toshifumi Wakai, Yoshifumi Shimada, Hiroshi Ichikawa, Hitoshi Kameyama, Takashi Kobayashi, Jun Sakata, Ryoma Yagi, Nobuaki Sato, Yuko Kitagawa, Hiroyuki Uetake, Kazuhiro Yoshida, Eiji Oki, Shin-ei Kudo, Hiroshi Izutsu, Keisuke Kodama, Mitsutaka Nakada, Julie Tse, Meaghan Russell, Joerg Heyer, Winslow Powers, Ruobai Sun, Jennifer E. Ring, Kazuaki Takabe, Alexei Protopopov, Yiwei Ling, Shujiro Okuda, Stephen Lyle

    GENOME MEDICINE   8 ( 1 )   136   2016年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:BIOMED CENTRAL LTD  

    Background: Comprehensive genomic sequencing (CGS) has the potential to revolutionize precision medicine for cancer patients across the globe. However, to date large-scale genomic sequencing of cancer patients has been limited to Western populations. In order to understand possible ethnic and geographic differences and to explore the broader application of CGS to other populations, we sequenced a panel of 415 important cancer genes to characterize clinically actionable genomic driver events in 201 Japanese patients with colorectal cancer (CRC).
    Methods: Using next-generation sequencing methods, we examined all exons of 415 known cancer genes in Japanese CRC patients (n = 201) and evaluated for concordance among independent data obtained from US patients with CRC (n = 108) and from The Cancer Genome Atlas-CRC whole exome sequencing (WES) database (n = 224). Mutation data from non-hypermutated Japanese CRC patients were extracted and clustered by gene mutation patterns. Two different sets of genes from the 415-gene panel were used for clustering: 61 genes with frequent alteration in CRC and 26 genes that are clinically actionable in CRC.
    Results: The 415-gene panel is able to identify all of the critical mutations in tumor samples as well as WES, including identifying hypermutated tumors. Although the overall mutation spectrum of the Japanese patients is similar to that of the Western population, we found significant differences in the frequencies of mutations in ERBB2 and BRAF. We show that the 415-gene panel identifies a number of clinically actionable mutations in KRAS, NRAS, and BRAF that are not detected by hot-spot testing. We also discovered that 26% of cases have mutations in genes involved in DNA double strand break repair pathway. Unsupervised clustering revealed that a panel of 26 genes can be used to classify the patients into eight different categories, each of which can optimally be treated with a particular combination therapy.
    Conclusions: Use of a panel of 415 genes can reliably identify all of the critical mutations in CRC patients and this information of CGS can be used to determine the most optimal treatment for patients of all ethnicities.

    DOI: 10.1186/s13073-016-0387-8

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  • [New Classification for Advanced Colorectal Cancer Using CancerPlex®Genomic Tests]. 査読

    Kameyama H, Shimada Y, Ichikawa H, Nagahashi M, Sakata J, Kobayashi T, Nogami H, Maruyama S, Takii Y, Okuda S, Ling Y, Izutsu H, Kodama K, Nakada M, Wakai T

    Gan to kagaku ryoho. Cancer & chemotherapy   43 ( 11 )   1361 - 1365   2016年11月

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

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  • The association between self-monitored reproductive parameters, pregnancy outcomes and acupuncture treatment 査読

    Watanabe M, Nakamura Y, Tomiyama C, Fu H, Shimaya M, Ling Y, Abo T

    Health   8 ( 8 )   730 - 736   2016年5月

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    記述言語:英語  

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  • Characteristics linked to the reduction of stigma towards schizophrenia: a pre-and-post study of parents of adolescents attending an educational program 査読

    Yiwei Ling, Mayumi Watanabe, Hatsumi Yoshii, Kouhei Akazawa

    BMC PUBLIC HEALTH   14   258   2014年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:BIOMED CENTRAL LTD  

    Background: The stigma of schizophrenia constitutes a major barrier to early detection and treatment of this illness. Anti-stigma education has been welcomed to reduce stigma among the general public. This study examined the factors associated with the effectiveness of a web-based educational program designed to reduce the stigma associated with schizophrenia.
    Methods: Using Link's Devaluation-Discrimination Scale to measure stigma, the effect of the program was measured by the difference in pre-and post-program tests. In the present study, we focused on program participants whose stigma towards schizophrenia had considerably improved (a reduction of three points or more between pre-and post-program tests) or considerably worsened (an increase of three points or more). The study participants were 1,058 parents of middle or high school students across Japan, including 508 whose stigma had significantly decreased after the program and 550 whose stigma had significantly increased. We used multiple logistic regression analysis to predict a considerable reduction in stigma (by three or more points) using independent variables measured before exposure to the program. In these models, we assessed the effects of demographic characteristics of the participants and four measures of knowledge and views on schizophrenia (basic knowledge, Link's Devaluation-Discrimination Scale, ability to distinguish schizophrenia from other conditions, and social distance).
    Results: Participants' employment status, occupation, basic knowledge of schizophrenia, pre-program Link's Devaluation-Discrimination Scale score, and social distance were significant factors associated with a considerable decrease in the stigma attached to schizophrenia following the educational program. Specifically, full-time and part-time employees were more likely to experience reduced stigma than parents who were self-employed, unemployed, or had other employment status. Considerable decreases in stigma were more likely among parents working in transportation and communication or as homemakers than among other occupational groups. In addition, parents with higher pre-program levels of stigma, lower basic knowledge, or lower social distance were more likely to have reduced levels of stigma.
    Conclusions: Based on the regression analysis results presented here, several possible methods of reducing stigma were suggested, including increasing personal contact with people with schizophrenia and the improvement of law and insurance systems in primary and secondary industries.

    DOI: 10.1186/1471-2458-14-258

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  • 中学生・高校生の母親が持つ統合失調症へのスティグマの決定要因に関する研究 査読

    凌一葦

    新潟医学会雑誌   127 ( 12 )   670 - 680   2013年12月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:新潟医学会  

    統合失調症の初期症状は20歳前の中学生・高校生に出現する場合がある. 初期症状を見逃さないためには, 中学生・高校生の親たちが彼らの心身の状態やその変化に細心の注意を払う必要がある. 一方, 本人もしくは親たちが持つ統合失調症に対するスティグマ(社会的烙印)は, この初期症状の否認と受診回避の1つの原因となりうる. 日本の家庭では, 父親に比べて母親が子供の育児にかかる時間が長いことが知られている. そこで, 本研究は中学生・高校生をもつ母親を対象として, 統合失調症へのスティグマの高低に影響する因子の探索を統計学的に行った. 本研究のアンケート調査の対象は, 中学生・高校生を持つ38歳から57歳までの母親1,225例である. 本研究の解析に用いた人口統計学的な因子は11因子である. すなわち, 母親のアンケート時の年齢, 子供の学籍, 母親の学歴, アンケート時の居住地, 配偶者の有無, 家族構成, 職業, 雇用形態, 世帯年収, 統合失調症の人との接触経験の有無, および, 精神保健福祉活動に参加した経験の有無である. 中学生・高校生を持つ母親が統合失調症に対して抱くスティグマの程度を計測するために, Linkスティグマ尺度修正版を用いた. データ解析は単一因子解析と多変量解析の両方が行われた. 複数の群間での平均値の有意差検定は, Welchのt検定, Studentのt検定および分散分析(ANOVA)により行われた. Linkスティグマ尺度のスコアの高低に有意な影響を及ぼす因子の抽出には, 逐次変数増加法による重回帰分析を用いた. この重回帰分析における従属変数はLinkスティグマ尺度のスコアであり, 説明変数の候補因子としてすべての人口統計学的な因子を用いた. 対象者1,225名のうち89.7%の母親は年齢が50歳未満であり, 大学卒業以上の最終学歴を持つ母親は全体の22.1%であった. また, 就労形態が常勤以外である母親は全体の83.3%, 世帯年収が500万円以上である母親は全体の69.5%であった. 統合失調症の人との接触経験をもつ母親は3.2%, 精神保健福祉活動に参加した経験がある母親は8.3%であった. スティグマの程度に影響を与える因子を抽出する多変量解析を行った結果, スティグマを高める因子として, 居住地(東海・近畿地方以外の地域), 配偶者なし, 職業(医療従事者・教育関係者・公務員), 統合失調症の人との接触経験あり, であった. 本研究の結果より, 日本における中学生・高校生の母親が持つ統合失調症へのスティグマの特徴が明らかとなった. スティグマを高める因子の中で, 配偶者なしの母親や職業として医療従事者, 教育関係者および公務員である母親に対して, 適切な啓発活動を行うことによりスティグマを下げる可能性があると考える.

    CiNii Article

    CiNii Books

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    その他リンク: http://hdl.handle.net/10191/36218

  • Can the early bird catch the worm? Effects of the early rising on leukocyte subsets via modification of autonomic nervous system and the effect on glucose levels 査読

    Watanabe M, Ling Y, Tomiyama C, Adachi K, Mori H, Nishijo K, Abo T, Akazawa K

    Natural Science   5 ( 11 )   1133 - 1138   2013年11月

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    記述言語:英語  

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  • Heavy alcohol intake is a risk factor for esophageal squamous cell carcinoma among middle-aged men: A case-control and simulation study. 査読

    Kumagai N, Wakai T, Akazawa K, Ling Y, Wang S, Shan B, Okuhara Y, Hatakeyama Y, Kataoka H

    Molecular and clinical oncology   1 ( 5 )   811 - 816   2013年9月

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    記述言語:英語  

    DOI: 10.3892/mco.2013.142

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  • Social Distance toward schizophrenia among parents of adolescents 査読

    Yoshii H, Watanabe Y, Kitamura H, Ling Y, Akazawa K

    Health   4 ( 7 )   386 - 391   2012年7月

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    記述言語:英語   出版者・発行元:Scientific Research Publishing  

    Social distance toward schizophrenia is a reason for delays in receiving early treatment for the disorder. This study attempted to identify the factors underlying social distance. The participants were 2690 parents of adolescents. Factor analysis using a social distance scale identified two factors: private relationship and social relationship. Regression analysis revealed that gender, age, and participation in welfare activities for people with mental illnesses had independent effects on the factor private relationship (p < 0.05). These results suggest that women aged 40 - 49 years should be targeted for activities that attempt to counteract social distance and that they would benefit from taking part in public welfare activities for individuals with mental illnesses.

    DOI: 10.4236/health.2012.47061

    CiNii Article

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  • Cost-effectiveness achieved through changing the composition of renal replacement therapy in Japan 査読

    Utako Shimizu, Shota Saito, Yiwei Lings, Noriaki Iino, Junichirou James Kazama, Kohei Akazawa

    Journal of Medical Economics   15 ( 3 )   444 - 453   2012年6月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Objective: The cost-effectiveness of renal replacement therapy (RRT) is affected by the composition of treatment. This study aimed to estimate the costs and outcomes associated with changing the composition of RRT modality over time. Methods: By using clinical and cost data from a systematic review, a Markov model was developed to assess the costs and benefits of the four main treatments available for RRT in Japan. The model included direct health service costs and quality-adjusted life years (QALY). Sensitivity analyses were performed to assess the robustness of the results. Results: Over the 15-year period of the model, the current composition of RRT (i.e., the base composition of RRT) was $84,008/QALY. The most cost-effective treatment was when the likelihood of a living donor transplant was increased by 2.4-times ($70,581/QALY). Compared with the base composition of RRT, dominant treatments with respect to cost-effectiveness were when the likelihood of a deceased donor transplant was increased by 22-times and when the likelihood of a pre-emptive living donor transplant was increased by 2.4-times. Little difference was found between these two treatments. One-way sensitivity analysis did not change the cost effectiveness except for costs of chronic hemodialysis and a living donor transplant in subsequent years. Limitations: It is difficult to increase the rate of transplant overall in the shorter term nationally and internationally. Conclusions: Appropriate distribution of all transplant options and hemodialysis is necessary to achieve the most cost-effective solution. © 2012 Informa UK Ltd All rights reserved.

    DOI: 10.3111/13696998.2011.653512

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  • Association of Nitrogen Compounds in Drinking Water with Incidence of Esophageal Squamous Cell Carcinoma in Shexian, China 査読

    Nan Zhang, Cao Yu, Denggui Wen, Jun Chen, Yiwei Ling, Kenshi Terajima, Kohei Akazawa, Baoen Shan, Shijie Wang

    TOHOKU JOURNAL OF EXPERIMENTAL MEDICINE   226 ( 1 )   11 - 17   2012年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:TOHOKU UNIV MEDICAL PRESS  

    The incidence of esophageal squamous cell carcinoma (ESCC), which is the eighth most common malignancy worldwide, is highest in China. The purpose of this study was to investigate the association between nitrogen compounds in drinking water with the incidence of ESCC by geographical spatial analysis. The incidence of ESCC is high in Shexian county, China, and environmental factors, particularly nitrogen-contaminated drinking water, are the main suspected risk factors. This study focuses on three nitrogen compounds in drinking water, namely, nitrates, nitrites, and ammonia, all of which are derived mainly from domestic garbage and agricultural fertilizer. The study surveyed 48 villages in the Shexian area with a total population of 54,716 (661 adults with ESCC and 54,055 non-cancer subjects). Hot-spot analysis was used to identify spatial clusters with a high incidence of ESCC and a high concentration of nitrogen compounds. Logistic regression analysis was used to detect risk factors for ESCC incidence. Most areas with high concentrations of nitrate nitrogen in drinking water had a high incidence of ESCC. Correlation analysis revealed a significant positive relationship between nitrate concentration and ESCC (P = 0.01). Logistic regression analysis also confirmed that nitrate nitrogen has a significantly higher odds ratio. The results indicate that nitrate nitrogen is associated with ESCC incidence in Shexian county. In conclusion, high concentrations of nitrate nitrogen in drinking water may be a significant risk factor for the incidence of ESCC.

    DOI: 10.1620/tjem.226.11

    Web of Science

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  • 腎代替療法の構成の違いに基づく費用対効果の比較 査読

    清水詩子, 齋藤翔太, 凌一葦, 飯野則昭, 風間順一郎, 赤澤宏平

    医療情報学連合大会論文集   32   328 - 330   2012年

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    記述言語:日本語  

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  • 災害時における医療情報・診療情報の活用に関する可能性の検討 査読

    赤澤宏平, 寺島健史, 萬代望, 凌一葦, 伊藤貞寿

    新潟大学災害・復興科学研究所年報   1   133 - 134   2012年

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(大学,研究機関等紀要)   出版者・発行元:新潟大学災害・復興科学研究所  

    CiNii Article

    CiNii Books

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    その他リンク: http://hdl.handle.net/10191/29605

  • Alcohol Consumption as a Risk Factor for Esophageal Adenocarcinoma in North China 査読

    Jun Chen, Nan Zhang, Yiwei Ling, Toshifumi Wakai, Yutong He, Lizhen Wei, Shijie Wang, Kouhei Akazawa

    TOHOKU JOURNAL OF EXPERIMENTAL MEDICINE   224 ( 1 )   21 - 27   2011年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:TOHOKU UNIV MEDICAL PRESS  

    The incidence of esophageal adenocarcinoma has been rising in many countries, while esophageal squamous cell carcinoma has remained stable or even declined in the same populations over the identical periods. These differences in trends indicate that these cancer subtypes may have a different etiology, which may be caused by lifestyle factors such as alcohol consumption and cigarette smoking. Therefore, a matched case-control study to clarify the risk factors of alcohol and tobacco intake on the development of esophageal adenocarcinoma was collected in Hebei Province of China. The life expectancy of the study area was around 70 years old. In the present study, 98 patients younger than 65 years who were diagnosed with esophageal adenocarcinoma and had initial surgeries (cases) were matched with 294 healthy adults (controls) at a ratio of 1:3 according to sex and age. We found the proportions of drinkers and smokers among cases were 48.0% and 60.2%, respectively, versus 21.2% and 43.5% among controls. Univariate conditional logistic regression analyses revealed that the odds ratios (ORs) showed a nearly monotonic increase for the duration of alcohol consumption and duration of tobacco smoking. Multivariate conditional logistic regression analysis indicated that only alcohol consumption was a significant risk factor for esophageal adenocarcinoma. Additional analysis of the combination of amount and duration of alcohol consumption indicated that heavy drinkers (&gt; 30 ml/day) had significantly higher ORs, irrespective of the duration of alcohol consumption. In conclusion, heavy alcohol consumption increases the risk for esophageal adenocarcinoma independent of the duration of such consumption.

    DOI: 10.1620/tjem.224.21

    Web of Science

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  • 臨床研究における統計学的解析ー推定と検定の正しい使い方 査読

    赤澤宏平, Md. Aminul Hoque, 張楠, 凌一葦, 齋藤翔太

    脈管学   51 ( 4 )   167 - 173   2011年

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    記述言語:日本語  

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書籍等出版物

  • 「成功・失敗の傾向、各疾患の特徴からつかむ 臨床試験計画とデザインの設定」

    赤澤宏平, 凌一葦, 萬代望( 担当: 共著 ,  範囲: 第2章 統計から考える適切な結果を出すための臨床試験計画:第1節 実践的な症例数の設定)

    技術情報協会  2012年6月 

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MISC

  • バイオインフォマティクスの世界(第18回)(最終回) プレシジョン・メディシンII がんゲノミクスの応用 査読

    凌一葦

    医学のあゆみ   282 ( 11 )   1017 - 1022   2022年9月

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    記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)  

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  • バイオインフォマティクスの世界(第16回)やってみようバイオインフォマティクス : エンリッチメント解析編

    凌 一葦, 永井 貴大, 奥田 修二郎

    医学のあゆみ   282 ( 7・8 )   767 - 774   2022年8月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:医歯薬出版  

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  • バイオインフォマティクスの世界(第17回) プレシジョン・メディシン がんゲノム医療 査読

    凌一葦

    医学のあゆみ   282 ( 9 )   837 - 842   2022年8月

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    記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)  

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  • バイオインフォマティクスの世界(第14回)やってみようバイオインフォマティクス : RNA-seq解析編—Let's try bioinformatics : RNA-seq analysis

    永井 貴大, 凌 一葦, 奥田 修二郎

    医学のあゆみ   282 ( 3 )   228 - 235   2022年7月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:医歯薬出版  

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  • バイオインフォマティクスの世界(第13回)やってみようバイオインフォマティクス : SNP解析編—Let's try bioinformatics : SNP analysis 招待 査読

    永井 貴大, 凌 一葦, 奥田 修二郎

    医学のあゆみ   282 ( 2 )   158 - 168   2022年7月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:医歯薬出版  

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  • かぶらずし由来Latilactobacillus curvatus KP3-4のプトレッシン産生機構の解明を目的とした全ゲノム解析

    平野 里佳, 本田 涼将, 西山 知里, 白澤 秀斗, 下川 ひろみ, 河田 明輝, 凌 一葦, 小柳 喬, 芦田 久, 奥田 修二郎, 高木 宏樹, 栗原 新

    日本乳酸菌学会誌   32 ( 2 )   69 - 69   2021年6月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本乳酸菌学会  

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  • Tumor mutation burden in triple negative breast cancer patients in Japan.

    Masayuki Nagahashi, Yiwei Ling, Tetsu Hayashida, Yuko Kitagawa, Manabu Futamura, Kazuhiro Yoshida, Takashi Kuwayama, Seigo Nakamura, Chie Toshikawa, Hideko Yamauchi, Teruo Yamauchi, Koji Kaneko, Chizuko Kanbayashi, Nobuaki Sato, Yasuo Miyoshi, Junko Tsuchida, Stephen Lyle, Kazuaki Takabe, Shujiro Okuda, Toshifumi Wakai

    JOURNAL OF CLINICAL ONCOLOGY   36 ( 15 )   2018年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究発表ペーパー・要旨(国際会議)   出版者・発行元:AMER SOC CLINICAL ONCOLOGY  

    DOI: 10.1200/JCO.2018.36.15_suppl.e13111

    Web of Science

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  • Genomic profiling using a 435-gene panel provides a vision for precision medicine in Japanese gastric cancer.

    Hiroshi Ichikawa, Masayuki Nagahashi, Yuko Kitagawa, Kazuhiro Yoshida, Eiji Oki, Hiroshi Yabusaki, Satoru Nakagawa, Nobuaki Sato, Takaaki Hanyu, Takashi Ishikawa, Yusuke Muneoka, Kizuki Yuza, Yoshifumi Shimada, Jennifer E. Ring, Alexei Protopopov, Stephen Lyle, Yiwei Ling, Shujiro Okuda, Kazuaki Takabe, Toshifumi Wakai

    JOURNAL OF CLINICAL ONCOLOGY   35   2017年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究発表ペーパー・要旨(国際会議)   出版者・発行元:AMER SOC CLINICAL ONCOLOGY  

    DOI: 10.1200/JCO.2017.35.15_suppl.e15592

    Web of Science

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  • 生後の抑制性介在ニューロン発達におけるホメオタンパク質Otx2の網羅的ターゲット解析

    酒井晶子, 中戸隆一郎, LING Yiwei, HOU Xubin, 原範和, 飯島友也, 柳川右千夫, 桑野良三, 奥田修二郎, 白髭克彦, 杉山清佳

    エピゲノムはどこまで操れるようになったか 第11回日本エピジェネティクス研究会年会プログラム集 理研シンポジウム 平成29年   105   2017年

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    記述言語:日本語  

    J-GLOBAL

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  • ldhA遺伝子の確率的な発現による大腸菌のpersister形成

    河合祐人, 一色理乃, 山本尚輝, LING Yiwei, 奥田修二郎, 松本慎也, 松本慎也, 常田聡

    日本細菌学雑誌(Web)   72 ( 1 )   2017年

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  • がん遺伝子変異解析パネル(CancerPlex)を用いた新たな進行大腸癌分類

    亀山 仁史, 島田 能史, 市川 寛, 永橋 昌幸, 坂田 純, 小林 隆, 野上 仁, 丸山 聡, 瀧井 康公, 奥田 修二郎, 凌 一葦, 井筒 浩, 兒玉 啓輔, 中田 光隆, 若井 俊文

    癌と化学療法   43 ( 11 )   1361 - 1365   2016年11月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:(株)癌と化学療法社  

    近年、進行再発大腸癌に対する分子標的薬治療が急速に発展している。KRAS遺伝子変異が抗EGFR抗体薬の抵抗性に関与することはすでによく知られている。しかし、KRAS遺伝子野生型であっても、実臨床では抗EGFR抗体薬の効果は20〜30%までの上乗せにとどまる。この理由として、RAS/MAP2K/MAPK経路やPI3K/AKT経路の関連が考えられている。本研究では、遺伝子変異解析パネルであるCancerPlexを用いてStage IV大腸癌に対する遺伝子変異を解析した。2007〜2015年に新潟大学医歯学総合病院、新潟県立がんセンター新潟病院を受診したStage IV大腸癌112例を対象とした。内訳は男性66例、女性46例。年齢中央値は62.5歳であった。2例はhypermutated症例であった。残りの110例を対象としてクラスタリング解析を行った。分子標的薬のターゲット候補である26遺伝子をクラスタリングに使用した。各患者がもつ共起プロファイル間のユークリッド距離を値にもつ行列からWard法によるクラスタリングを行うと、六つのサブタイプに分類された。これにより、抗EGFR抗体薬が奏効する患者群を分類できると考える。分子標的薬は高額であるため、費用対効果を考慮した大腸癌治療戦略が重要である。CancerPlexを用いることで遺伝子情報に基づいた&quot;Precision Medicine&quot;が可能になると考える。(著者抄録)

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講演・口頭発表等

  • 頭頚部扁平上皮癌における特異的選択的スプライシングの探索: データベース解析とロングリードーケンシング

    阿部達也, 凌一葦, 奥田修二郎, 山崎学, 丸山智, 田沼順一

    第82回日本癌学会学術総会 

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    開催年月日: 2023年9月

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  • 視知覚抑制回路の個性に関する深層学習解析

    侯旭濱, 凌一葦, 北山栄子, 崎村建司, 奥田修二郎, 杉山清佳

    第46回日本神経科学大会 

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    開催年月日: 2023年8月

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  • A biomarker study of atezolizumab (atezo) + bevacizumab (bev) + carboplatin (carbo) + paclitaxel (pac) (ABCP) for patients with NSCLC harboring EGFR mutations (EGFRm) after TKI failure: NEJ043

    Satoshi Watanabe, Naoki Furuya, Atsushi Nakamura, Jun Shiihara, Ichiro Nakachi, Hisashi Tanaka, Mika Nakao, Koichi Minato, Masahiro Seike, Shinichi Sasaki, Akira Kisohara, Susumu Takeuchi, Ryoichi Honda, Kei Takamura, Yiwei Ling, Shujiro Okuda, Hiroshi Kagamu, Kenichi Yoshimura, Toshiaki Kikuchi, Kunihiko Kobayashi, North East Japan, Study Group

    ASCO2023 

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    開催年月日: 2023年6月

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  • 緑内障患者のquality of vision(QOV)に影響を与える視野領域の検討

    飯川龍, 凌一葦, 奥田修二郎, 赤木忠道, 坂上悠太, 五十嵐遼子, 有松真央, 福地健郎

    第12回視野画像学会 

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    開催年月日: 2023年5月

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  • AIを用いた緑内障患者のQOV推定モデルの構築

    飯川龍, 凌一葦, 奥田修二郎, 赤木忠道, 坂上悠太, 五十嵐遼子, 有松真央, 宮島誠, 福地健郎

    第127回日本眼科学会総会 

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    開催年月日: 2023年4月

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  • 非二重らせん核酸の多元機能 環境応答性を示す非二重らせん核酸構造のスクリーニング法の構築

    遠藤玉樹, 奥田修二郎, 凌一葦, 建石寿枝, 杉本直己

    第95回日本生化学会大会 

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    開催年月日: 2022年11月

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  • 視覚野における翻訳制御依存的皮質局所回路の形成

    侯旭濱, 凌一葦, 崎村建司, 奥田修二郎, 杉山清佳

    第44回日本神経科学大会 

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    開催年月日: 2021年7月

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  • 視覚野における翻訳制御依存的皮質局所回路の形成

    侯旭濱, 凌一葦, 崎村建司, 奥田修二郎, 杉山清佳

    第44回日本神経科学大会 

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    開催年月日: 2020年7月

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  • Copy number alteration is an independent prognostic biomarker in triple-negative breast cancer patients

    Nagahashi M, Ling Y, Toshikawa C, Hayashida T, Kitagawa Y, Futamura M, Kuwayama T, Nakamura S, Yamauchi H, Yamauchi T, Kaneko K, Kanbayashi C, Sato N, Tsuchida J, Moro K, Nakajima M, Shimada Y, Ichikawa H, Lyle S, Miyoshi Y, Takabe K, Okuda S, Wakai T

    SABCS2022  2022年12月 

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    会議種別:ポスター発表  

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  • A Novel Approach to Construct Variant Protein Sequences for Precision Medical Proteogenomics

    Ling Y, Okuda S

    HUPO2022  2022年12月 

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    会議種別:ポスター発表  

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  • 精密医療実現に向けたオミクス解析の利活用

    凌一葦

    2022年日本バイオインフォマティクス学会年会・生命医薬情報学連合大会  2022年8月 

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    会議種別:口頭発表(一般)  

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  • AIによる緑内障患者のQOVスコアに予測モデルの検討

    飯川龍, 凌一葦, 奥田修二郎, 赤木忠道, 坂上悠太, 五十嵐遼子, 有松真央, 宮島誠, 福地健郎

    第131回新潟眼科集談会  2022年6月 

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  • プトレッシンを産生する新規プロバイオティクス候補乳酸菌Latilactobacillus curvatus KP 3-4の分離と解析

    平野里佳, 久米愛子, 西山知里, 本田涼将, 白澤秀斗, 凌一葦, 杉山友太, 奈良未沙希, 下川ひろみ, 河田明輝, 小栁喬, 芦田久, 奥田修二郎, 松本光晴, 高木宏樹, 栗原新

    日本農芸化学会2022年度大会  2022年3月 

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  • 発酵食品由来乳酸菌Latilactobacillus curvatus KP 3-4はオルニチンデカルボキシラーゼを介してプトレッシンを合成する

    平野里佳, 久米愛子, 西山知里, 本田涼将, 白澤秀斗, 凌一葦, 杉山友太, 奈良未沙希, 下川ひろみ, 河田明輝, 小栁喬, 芦田久, 奥田修二郎, 松本光晴, 高木宏樹, 栗原新

    日本ポリアミン学会第12回年会  2021年12月 

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  • 大腸癌における宿主の遺伝子変異と腫瘍内細菌叢のプロファイリング

    若井俊文, 奥田修二郎, 島田能史, 田島陽介, 廣瀬雄己, 市川寛, 凌一葦, 三浦信明, 須貝美佳, 渡辺由, 竹内志穂, 坂田純

    第32回日本消化器癌発生学会総会  2021年11月 

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    会議種別:口頭発表(一般)  

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  • かぶらずし由来 Latilactobacillus curvatus KP 3-4 のプトレッシン産生機構の解明を目的 とした全ゲノム解析

    平野里佳, 本田涼将, 西山知里, 白澤秀斗, 下川ひろみ, 河田明輝, 凌一葦, 小栁喬, 芦田久, 奥田修二郎, 高木宏樹, 栗原新

    日本乳酸菌学会2021年大会  2021年7月 

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    会議種別:口頭発表(一般)  

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  • Targetome profiling of Otx2-eIF4E dependent translation in cortical plasticity

    Xubin Hou, Yiwei Ling, Akiko Sakai, Shujiro Okuda, Sayaka Sugiyama

    第43回日本神経科学大会  2020年7月 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

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  • Mutational signatures and clinicopathological relationship extracted from clinical sequence data of 201 cases with colorectal cancer 国際会議

    Takeuchi S, Ling Y, Watanabe Y, Shimada Y, Wakai T, Okuda S

    ASHG 2019  2019年10月 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

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  • Network analysis of proteogenomics data in lung cancer cell lines 国際会議

    Watanabe Y, Ling Y, Uemura H, Yoshizawa AC, Ishihama Y, Okuda S

    HUPO2019  2019年9月 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

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  • Genome-wide analysis of mutational impact on post translational modification 国際会議

    Ling Y, Yoshizaki H, Okuda S

    ISMB/ECCB2019  2019年7月 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

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  • がんプレシジョンメディシン実現に向けたバイオインフォマティクス:遺伝子変異と治療薬の知識ベース

    竹内志穂, 凌一葦, 渡邉由, 若井俊文, 奥田修二郎

    第41回日本分子生物学会年会  2018年11月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

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  • 経験による脳の発達に必須な抑制性介在ニューロンにおける転写制御

    酒井晶子, 中戸隆一郎, 凌一葦, 侯旭濱, 原範和, 柳川右千夫, 桑野良三, 奥田修二郎, 白髭克彦, 杉山清佳

    第41回日本分子生物学会年会  2018年11月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

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  • WS-04 環境ストレスが persister 形成メカニズムに与える影響

    河合祐人, 松本慎也, 凌一葦, 奥田修二郎, 常田聡

    第32回日本バイオフィルム学会学術集会  2018年7月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

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  • がんゲノム医療を加速するデータ解析システム

    奥田修二郎, 渡辺由, 凌一葦, 竹内志穂

    第78回新潟癌治療研究会  2018年7月 

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    記述言語:日本語  

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  • 変異頻度に基づくがんゲノムデータの新規クラスタリング手法とその臨床応用

    凌一葦

    第22回日本医療情報学会春季学術大会  2018年6月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  • Genome-wide analysis of single nucleotide variants on phosphorylation motifs 国際会議

    Yoshizaki H, Ling Y, Kohno M, Okuda S

    ASBMB2018  2018年4月 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

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  • Inference of microbial interactions from human gut metagenome data 国際会議

    Watanabe Y, Ling Y, Okuda S

    ISMB/ECCB2017  2017年7月 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

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  • 生後の抑制性介在ニューロン発達におけるホメオタンパク質Otx2の網羅的ターゲット解析

    酒井晶子, 中戸隆一郎, LING Yiwei, HOU Xubin, 原範和, 飯島友也, 柳川右千夫, 桑野良三, 奥田修二郎, 白髭克彦, 杉山清佳

    第11回日本エピジェネティクス研究会年会  2017年5月 

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  • ldhA遺伝子の確率的な発現による大腸菌のpersister形成

    河合祐人, 一色理乃, 山本尚輝, 凌一葦, 奥田修二郎, 松本慎也, 常田聡

    第90回日本細菌学会総会  2017年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

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  • Characterization of a large-scale phosphorylation motifs in human proteome 国際会議

    Ling Y, Yoshizaki H, Okuda S

    HUPO2016  2016年9月 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

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  • 臨界期においてホメオ蛋白質Otx2-翻訳因子複合体が制御する標的mRNAの解析

    侯旭濱, 凌一葦, 酒井晶子, 奥田修二郎, 杉山清佳

    第39回日本神経科学大会  2016年7月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

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  • Proteome-wide human phosphomotif analysis 国際会議

    Okuda S, Ling Y, Yoshizaki H

    ISMB2016  2016年7月 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

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  • プロテオームワイドなヒトリン酸化モチーフ解析

    凌一葦, 吉崎尚良, 奥田修二郎

    第57回新潟生化学懇話会  2016年6月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

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共同研究・競争的資金等の研究

  • 胃癌ゲノムデータを基にした免疫チェックポイント阻害剤治療効果関連因子の包括的評価

    研究課題/領域番号:22K08865

    2022年4月 - 2025年3月

    制度名:科学研究費助成事業

    研究種目:基盤研究(C)

    提供機関:日本学術振興会

    羽入 隆晃, 市川 寛, 島田 能史, 加納 陽介, 宗岡 悠介, 臼井 賢司, 酒井 剛, 凌 一葦

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    配分額:4290000円 ( 直接経費:3300000円 、 間接経費:990000円 )

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  • 進行再発乳癌におけるエリブリン治療効果予測バイオマーカー探索と新たな治療開発

    研究課題/領域番号:22K08764

    2022年4月 - 2025年3月

    制度名:科学研究費助成事業

    研究種目:基盤研究(C)

    提供機関:日本学術振興会

    三好 康雄, 永橋 昌幸, 片桐 豊雅, 文 亜也子, 松下 洋輔, 凌 一葦

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    配分額:4160000円 ( 直接経費:3200000円 、 間接経費:960000円 )

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  • 大腸癌の変異シグネチャーを予測するRadiogenomics解析法の確立

    研究課題/領域番号:22K08794

    2022年4月 - 2025年3月

    制度名:科学研究費助成事業

    研究種目:基盤研究(C)

    提供機関:日本学術振興会

    松本 瑛生, 宗岡 悠介, 島田 能史, 山崎 元彦, 若井 俊文, 凌 一葦, 石川 浩志, 長櫓 宏規, 田島 陽介, 須貝 美佳, 山井 大介

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    配分額:4030000円 ( 直接経費:3100000円 、 間接経費:930000円 )

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  • トリプルネガティブ乳癌における変異シグネチャー解析の臨床病理学的意義の解明

    研究課題/領域番号:22K08748

    2022年4月 - 2025年3月

    制度名:科学研究費助成事業

    研究種目:基盤研究(C)

    提供機関:日本学術振興会

    土田 純子, 諸 和樹, 島田 能史, 遠藤 麻巳子, 永橋 昌幸, 若井 俊文, 凌 一葦, 利川 千絵, 須貝 美佳

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    配分額:4160000円 ( 直接経費:3200000円 、 間接経費:960000円 )

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  • 生物種の分類枠組みを超えた網羅解析による多元応答深化の解明

    研究課題/領域番号:21H05108

    2021年8月 - 2024年3月

    制度名:科学研究費助成事業

    研究種目:学術変革領域研究(B)

    提供機関:日本学術振興会

    遠藤 玉樹, 凌 一葦

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    配分額:40950000円 ( 直接経費:31500000円 、 間接経費:9450000円 )

    2021年度は、多元応答を示す核酸構造の候補として、DNAが形成するグアニン四重らせん構造(G4構造)、およびRNAが形成するシュードノット構造に着目して解析を行った。
    DNAのG4構造については、グアニンの連続配列が豊富な領域で形成されることが知られ、塩基配列の構成からその形成領域を予測することが可能である。そこで、既存のデータベースに登録されている1500種類を超える生物種のゲノム配列をもとに、G4構造の形成可能領域を網羅的に抽出した。これにより、生物種間の同一遺伝子や遺伝子にコードされるタンパク質機能の類似性などを基にしたG4構造の保存性を比較することができるようになる。また、実験的なG4構造の解析として、溶液環境に応答してG4構造を形成する配列の選別技術の開発を行った。微粒子上にDNAのライブラリを固定化し、G4構造のプローブとなる分子の蛍光シグナルでG4構造を形成しているDNAを選別する手法を確立した。これにより、大腸菌、枯草菌、酵母といった比較的ゲノムサイズの小さな生物種から得られるDNAライブラリを用いることで、特定の溶液環境でG4構造を形成する配列を網羅的に選別して解析することが可能になる。
    RNAが形成するシュードノット構造については、モデルとなる配列を用いた熱安定性の解析を行った。ヘアピン構造のループ領域に分子内の別の領域が塩基対を形成してシュードノット構造となる過程に焦点をあて、この過程の熱融解を定量的に解析した。様々な配列組成のシュードノットを用いて解析した結果、塩基対形成領域に存在する最近接塩基対の構成をもとに、その熱融解挙動(熱安定性)を予測可能であることが明らかとなった(Chem. Commun., 2022, in press)。そのため、データベースに登録されているRNA配列からシュードノット構造の形成とその安定性の予測も可能になると考えられる。

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  • プロテオゲノミクス実現のための変異タンパク質配列予測システムの構築

    研究課題/領域番号:21K17850

    2021年4月 - 2024年3月

    制度名:科学研究費助成事業

    研究種目:若手研究

    提供機関:日本学術振興会

    凌 一葦

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    配分額:4550000円 ( 直接経費:3500000円 、 間接経費:1050000円 )

    「ゲノムの病気」とも言えるがんは、腫瘍細胞に蓄積した遺伝子変異が、細胞内の正常な営みを担当する遺伝子によるシグナル伝達・代謝等のパスウェイに入り込み、無秩序な細胞増殖と機能異常を起こす細胞集団である。しかし、遺伝子ではなくタンパク質として発現しているものが細胞の機能を担っており、正常細胞においてもがん細胞でも、タンパク質が最も重要な役割を担っている。高速液体クロマトグラフ質量分析法(LC/MS)の飛躍的進歩により、ゲノミクスとプロテオミクスを統合し、新たな「プロテオゲノミクス」アプローチは、がんの予防・診断・治療のための研究としてさらなる飛躍が期待される。
    以上のプロテオゲノム解析の視点から、遺伝子変異を反映させたタンパク配列を予測し、プロテオゲノミクス研究をより正確で精度の高い結果が得られるようにするための仕組みを構築する研究を実施した。
    研究計画に基づいて、(1)ゲノム変異からプロテオームを予測するための変異CDS作成手法の開発、(2)新しい生物種やiPS細胞などタンパク質発現が未だ不明瞭な細胞においてのMissing protein配列の探索手法の開発、の2つの課題を順次解析してきた。また、変異・ゲノム情報・タンパク質質量分析データを持つCPTAC等の大規模がんゲノムデータを活用することで、プロテオゲノミクス視点に基づくがん変異が起こすタンパク質配列について調査できる土台ができ、変異タンパク質配列をリファレンスデータベースに反映できる可能性が示唆された。
    今後、発がんメカニズムの解明やがん治療と分子標的薬の関係解明することが期待できる。

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  • 直腸癌化学放射線療法後の臨床的完全奏効に対する新規サーベイランス方法の確立

    研究課題/領域番号:21K08703

    2021年4月 - 2024年3月

    制度名:科学研究費助成事業

    研究種目:基盤研究(C)

    提供機関:日本学術振興会

    島田 能史, 奥田 修二郎, 太田 篤, 大橋 瑠子, 若井 俊文, 竹内 志穂, 中野 雅人, 凌 一葦

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    配分額:4160000円 ( 直接経費:3200000円 、 間接経費:960000円 )

    直腸癌に対する術前化学放射線療法(Chemoradiotherapy: CRT)で臨床的完全奏効が得られた症例に対して、積極的に非手術を選択する治療戦略(Watch and Wait: W&W)が注目されている。
    申請者らは、「癌組織で検出される遺伝子変異は、血中循環腫瘍DNA(circulating tumor DNA: ctDNA)でも同様に検出可能である。そして、癌組織およびctDNAから遺伝子変異を検出することによって、W&Wにおける新たなサーベイランスの体系を構築できる」と考えて本研究を立案した。本研究の目的は、「直腸癌に対するCRT後のW&Wにおいて、個々の遺伝子変異に基づいた新しいサーベイランスの研究基盤を確立すること」である。
    「W&Wのサーベイランスにおいてターゲットとなる遺伝子変異の探索」において、術前CRTを未施行の下部直腸癌を対象として、がん遺伝子パネル検査の結果を参照し、遺伝子変異プロファイルを検索した。その結果、下部直腸癌において、変異の頻度の高い遺伝子およびバリアントが抽出された。これらの遺伝子変異は、個別化されたW&Wのサーベイランスにおいてターゲットとなりうる遺伝子変異であると考えられる。
    「直腸癌のCRTにおけるバイオマーカーの探索」において、術前CRTを施行した26症例を対象として、遺伝子変異と術前CRTの治療効果との関係を解析した。その結果、術前CRTの治療効果と関連する遺伝子変異プロファイルが検出された。これらの遺伝子変異プロファイルは、術前CRTを行うべき症例選択に有用である可能性がある。

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  • 足場材の硬さの違いを利用した上皮角化・非角化様式解明と培養口腔粘膜作成法への応用

    研究課題/領域番号:20H03870

    2020年4月 - 2023年3月

    制度名:科学研究費助成事業

    研究種目:基盤研究(B)

    提供機関:日本学術振興会

    泉 健次, 芳賀 永, 石原 誠一郎, 加来 賢, 佐藤 大祐, 凌 一葦, 鈴木 絢子

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    配分額:17680000円 ( 直接経費:13600000円 、 間接経費:4080000円 )

    今年度は、コロナの影響で魚うろこコラーゲンの入手がままならず、既製品の魚うろこコラーゲンであるセルキャンパスしか手に入らなかったため、コラーゲンゲルの足場材の硬さをランダムに変えての培養口腔粘膜作成はできなかった。その分、セルキャンパスを用いて、コントロールの硬い培養皿面、同表面でカルシウム濃度をあげた分化培地、および、いわゆるコラーゲンゲルの軟性面で培養したケラチノサイトに対し、運動能解析と外注によるマイクロアレイ解析による網羅的遺伝子発現分析(現在までに2サンプル解析終了し、現在もう2サンプル培養しており、外注予定)を実施し、結果がでたら新たに分担者に加わっていただいた凌先生にヒートマップとクラスター図を作成してもらい、ビッグデータ解析をお願いする。
    細胞運動能解析では驚いたことに、コラーゲンゲル上の細胞運動能が、硬い培養皿面での細胞運動能より上回っていた。これは、いわゆる癌細胞のメカノバイオロジーと真逆の現象である。さらに、運動能が高いにも関わらず、ケラチノサイトの分化マーカー遺伝子発現が更新していることが示唆され、申請者の以前の基盤B研究で報告した結果とも相反するデータを得ており、今後考察を加え、メカニズム解明したい。また、コロナの影響で、研究分担者のいる北海道大学にAFMを用いた細胞の硬さ検索ができなかった。

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  • 炎症性腸疾患に合併する大腸癌における遺伝子変異に基づいた新しい診断・治療法の確立

    研究課題/領域番号:20K09003

    2020年4月 - 2023年3月

    制度名:科学研究費助成事業

    研究種目:基盤研究(C)

    提供機関:日本学術振興会

    中野 麻恵, 島田 能史, 横山 純二, 中野 雅人, 小柳 英人, 松本 瑛生, 田中 花菜, 市川 寛, 凌 一葦, 竹内 志穂

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    配分額:4290000円 ( 直接経費:3300000円 、 間接経費:990000円 )

    罹患期間の長い炎症性腸疾患では、炎症性腸疾患に合併する大腸癌(Colitis-associated cancer: CAC)が発生する。CACは、散発性大腸癌と異なる発がん機構を有しているため、CAC独自の診断および薬物療法の体系が必要である。本研究の目的は、「CACにおいて遺伝子変異に基づいた新しい診断および薬物療法の研究基盤を確率すること」である。
    本研究においては、3つの課題研究を行う。(課題研究A: CACの診断および治療においてターゲットとなる遺伝子変異の探索、課題研究B: CACおよび散発性大腸癌におけるリキッドバイオプシーの可能性、研究課題C: CACの分子標的治療薬の探索)。
    本年度は、昨年度の解析にCAC 2例を追加して、課題研究AおよびCに関して、下記の解析を行った。
    (1)散発性大腸癌203例およびCAC 15例の遺伝子変異プロファイリングを比較し、CACの診断および治療についてターゲットとなる遺伝子変異の探索を行った。その結果、CACにおいて分子標的治療のターゲットとなる遺伝子変異プロファイルが抽出された。
    (2)CAC 15例の変異シグネチャー解析を行い、CACの分子標的治療薬の探索を行った。その結果、CACにおいて特異的な変異シグネチャーが抽出された。

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  • がん代謝パスウェイにおける発現変化に基づいたドライバー変異遺伝子の同定解析

    研究課題/領域番号:19K20397

    2019年4月 - 2021年3月

    制度名:科学研究費助成事業

    研究種目:若手研究

    提供機関:日本学術振興会

    凌 一葦

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    配分額:2470000円 ( 直接経費:1900000円 、 間接経費:570000円 )

    がん細胞内の代謝パスウェイの発現変化は遺伝子変異に依る発がんの結果と言え、がん細胞のクリニカルシーケンスの結果に基いて、がん細胞内で実際に起きている代謝パスウェイの異常がどの変異が原因で起きているかを明確化し、がん代謝パスウェイネットワークの構築に基づいたドライバー遺伝子同定の研究を実施した。変異の特徴の層別化、代謝ネットワークの破綻経路の明確化、ドライバー変異モジュールの同定、及び発がんメカニズムと治療ターゲットの考察を順次解析してきた。
    また、胃がん症例が重複する2つの異なるサブタイプの類似点と相違点について、がん変異とパスウェイとの関連性を探索する研究との関連で明確化し研究論文を発表した。

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担当経験のある授業科目

  • 学問の扉 知と方法の最前線

    2022年
    -
    現在
    機関名:新潟大学