2021/08/06 更新

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ハヤシ トモヒコ
林 智彦
HAYASHI Tomohiko
所属
教育研究院 自然科学系 情報電子工学系列 助教
工学部 工学科 助教
職名
助教
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外部リンク

学位

  • 博士(工学) ( 2012年9月   東京工業大学 )

研究キーワード

  • 計算科学

  • 溶液論

  • 生物物理学

  • 形態計測学的アプローチ

  • 積分方程式理論

研究分野

  • 自然科学一般 / 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理

経歴(researchmap)

  • 新潟大学   工学部 工学科   助教

    2019年10月 - 現在

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  • 京都大学   エネルギー理工学研究所   協力研究員

    2019年10月 - 現在

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  • 立命館大学   薬学部   講師

    2019年4月 - 2020年3月

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  • 京都大学   エネルギー理工学研究所   研究員

    2013年4月 - 2019年9月

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  • 東京工業大学   バイオ研究基盤支援総合センター   研究員

    2012年10月 - 2013年3月

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経歴

  • 新潟大学   工学部 工学科   助教

    2019年10月 - 現在

学歴

  • 東京工業大学   生命理工学研究科   生体分子機能工学専攻

    - 2012年9月

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    国名: 日本国

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  • 東京工業大学   生命理工学部   生命工学科

    - 2005年9月

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    国名: 日本国

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所属学協会

  • 米国生物物理学会(Biophysical Society, U.S.A.)

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  • 日本生物物理学会

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論文

  • Comparison based on statistical thermodynamics between globule-to-coil transition of poly(N-isopropylacrylamide) and cold denaturation of a protein 査読

    Masao Inoue, Tomohiko Hayashi, Simon Hikiri, Mitsunori Ikeguchi, Masahiro Kinoshita

    Journal of Molecular Liquids   317   114129   2020年8月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.molliq.2020.114129

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  • Development and structural determination of an anti-prpc aptamer that blocks pathological conformational conversion of prion protein 査読

    Tsukasa Mashima, Joon-Hwa Lee, Yuji O. Kamatari, Tomohiko Hayashi, Takashi Nagata, Fumiko Nishikawa, Satoshi Nishikawa, Masahiro Kinoshita, Kazuo Kuwata, Masato Katahira

    Scientific Reports   10   4934   2020年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1038/s41598-020-61966-4

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  • Methodology for Further Thermostabilization of an Intrinsically Thermostable Membrane Protein Using Amino Acid Mutations with Its Original Function Being Retained 査読

    Satoshi Yasuda, Tomoki Akiyama, Sayaka Nemoto, Tomohiko Hayashi, Tetsuya Ueta, Keiichi Kojima, Takashi Tsukamoto, Satoru Nagatoishi, Kouhei Tsumoto, Yuki Sudo, Masahiro Kinoshita, Takeshi Murata

    Journal of Chemical Information and Modeling   60   1709 - 1716   2020年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1021/acs.jcim.0c00063

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  • Hydration properties of a protein at low and high pressures: Physics of pressure denaturation 査読

    Masao Inoue, Tomohiko Hayashi, Simon Hikiri, Mitsunori Ikeguchi, Masahiro Kinoshita

    The Journal of Chemical Physics   152   065103   2020年2月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1063/1.5140499

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  • How Does a Microbial Rhodopsin RxR Realize Its Exceptionally High Thermostability with the Proton-Pumping Function Being Retained? 査読

    Tomohiko Hayashi, Satoshi Yasuda, Kano Suzuki, Tomoki Akiyama, Kanae Kanehara, Keiichi Kojima, Mikio Tanabe, Ryuichi Kato, Toshiya Senda, Yuki Sudo, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita

    The Journal of Physical Chemistry B   124   990 - 1000   2020年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1021/acs.jpcb.9b10700

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  • Mechanism of globule-to-coil transition of poly(<i>N</i>-isopropylacrylamide) in water: Relevance to cold denaturation of a protein 査読

    Masao Inoue, Tomohiko Hayashi, Simon Hikiri, Mitsunori Ikeguchi, Masahiro Kinoshita

    Journal of Molecular Liquids   292   111374   2019年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.molliq.2019.111374

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  • How Does the Recently Discovered Peptide MIP Exhibit Much Higher Binding Affinity than an Anticancer Protein p53 for an Oncoprotein MDM2? 査読

    Tatsuya Yamada, Tomohiko Hayashi, Simon Hikiri, Naohiro Kobayashi, Hiroshi Yanagawa, Mitsunori Ikeguchi, Masato Katahira, Takashi Nagata, Masahiro Kinoshita

    Journal of Chemical Information and Modeling   59   3533 - 3544   2019年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1021/acs.jcim.9b00226

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  • An accurate and rapid method for calculating hydration free energies of a variety of solutes including proteins 査読

    Simon Hikiri, Tomohiko Hayashi, Masao Inoue, Toru Ekimoto, Mitsunori Ikeguchi, Masahiro Kinoshita

    The Journal of Chemical Physics   150   175101   2019年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1063/1.5093110

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  • Analyses based on statistical thermodynamics for large difference between thermophilic rhodopsin and xanthorhodopsin in terms of thermostability 査読

    Satoshi Yasuda, Tomohiko Hayashi, Yuta Kajiwara, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita

    The Journal of Chemical Physics   150   055101   2019年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1063/1.5082217

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  • Statistical thermodynamics for the unexpectedly large difference between disaccharide stereoisomers in terms of solubility in water 査読

    Simon Hikiri, Tomohiko Hayashi, Mitsunori Ikeguchi, Masahiro Kinoshita

    Physical Chemistry Chemical Physics   20   23684 - 23693   2018年8月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1039/c8cp04377a

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  • Universal effects of solvent species on the stabilized structure of a protein 査読

    Tomohiko Hayashi, Masao Inoue, Satoshi Yasuda, Emanuele Petretto, Tatjana Škrbić, Achille Giacometti, Masahiro Kinoshita

    The Journal of Chemical Physics   149   045105   2018年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1063/1.5042111

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  • Physical Origin of Thermostabilization by a Quadruple Mutation for the Adenosine A<sub>2a</sub> Receptor in the Active State 査読

    Yuta Kajiwara, Satoshi Yasuda, Simon Hikiri, Tomohiko Hayashi, Mitsunori Ikeguchi, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita

    The Journal of Physical Chemistry B   122   4418 - 4427   2018年4月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1021/acs.jpcb.8b00443

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  • Mechanism of protein–RNA recognition: analysis based on the statistical mechanics of hydration 査読

    Tomohiko Hayashi, Tomoaki Matsuda, Takashi Nagata, Masato Katahira, Masahiro Kinoshita

    Physical Chemistry Chemical Physics   20   9167 - 9180   2018年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1039/c8cp00155c

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  • Potential of mean force between spherical particles in an ionic liquid and its decomposition into energetic and entropic components: An analysis using an integral equation theory 査読

    Ken-ichi Amano, Tomohiko Hayashi, Kota Hashimoto, Naoya Nishi, Tetsuo Sakka

    Journal of Molecular Liquids   257   121 - 131   2018年2月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.molliq.2018.02.089

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  • Entropic enrichment of cosolvent near a very large solute immersed in solvent-cosolvent binary mixture: Anomalous dependence on bulk cosolvent concentration 査読

    Masahiro Kinoshita, Tomohiko Hayashi

    Journal of Molecular Liquids   247   403 - 410   2017年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.molliq.2017.09.108

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  • Unraveling protein folding mechanism by analyzing the hierarchy of models with increasing level of detail 査読

    Tomohiko Hayashi, Satoshi Yasuda, Tatjana Škrbić, Achille Giacometti, Masahiro Kinoshita

    The Journal of Chemical Physics   147   125102   2017年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1063/1.4999376

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  • Unified elucidation of the entropy-driven and -opposed hydrophobic effects 査読

    Masahiro Kinoshita, Tomohiko Hayashi

    Physical Chemistry Chemical Physics   19   25891 - 25904   2017年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1039/c7cp05160c

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  • Effects of salt or cosolvent addition on solubility of a hydrophobic solute in water: Relevance to those on thermal stability of a protein 査読

    Shota Murakami, Tomohiko Hayashi, Masahiro Kinoshita

    The Journal of Chemical Physics   146   055102   2017年2月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1063/1.4975165

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  • Statistical thermodynamics of aromatic–aromatic interactions in aqueous solution 査読

    Tomohiko Hayashi, Masahiro Kinoshita

    Physical Chemistry Chemical Physics   18   32406 - 32417   2016年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1039/c6cp06000e

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  • Water based on a molecular model behaves like a hard-sphere solvent for a nonpolar solute when the reference interaction site model and related theories are employed 査読

    Tomohiko Hayashi, Hiraku Oshima, Yuichi Harano, Masahiro Kinoshita

    Journal of Physics: Condensed Matter   28   344033   2016年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1088/0953-8984/28/34/344003

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  • Statistical Thermodynamics for Actin-Myosin Binding: The Crucial Importance of Hydration Effects 査読

    Hiraku Oshima, Tomohiko Hayashi, Masahiro Kinoshita

    Biophysical Journal   110   2496 - 2506   2016年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.bpj.2016.05.006

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  • On the physics of thermal-stability changes upon mutations of a protein 査読

    Shota Murakami, Hiraku Oshima, Tomohiko Hayashi, Masahiro Kinoshita

    The Journal of Chemical Physics   143   215102   2015年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1063/1.4931814

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  • Mechanism of One-to-Many Molecular Recognition Accompanying Target-Dependent Structure Formation: For the Tumor Suppressor p53 Protein as an Example 査読

    Tomohiko Hayashi, Hiraku Oshima, Satoshi Yasuda, Masahiro Kinoshita

    The Journal of Physical Chemistry B   119   14120 - 14129   2015年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1021/acs.jpcb.5b08513

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  • Water-mediated forces between the nucleotide binding domains generate the power stroke in an ABC transporter 査読

    Tomoka Furukawa-Hagiya, Norio Yoshida, Shuntaro Chiba, Tomohiko Hayashi, Tadaomi Furuta, Yoshiro Sohma, Minoru Sakurai

    Chemical Physics Letters   616-617   165 - 170   2014年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.cplett.2014.10.038

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  • ATP-Induced Conformational Changes of Nucleotide-Binding Domains in an ABC Transporter. Importance of the Water-Mediated Entropic Force 査読

    Tomohiko Hayashi, Shuntaro Chiba, Yusuke Kaneta, Tadaomi Furuta, Minoru Sakurai

    The Journal of Physical Chemistry B   118   12612 - 12620   2014年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1021/jp507930e

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  • Physical origins of the high structural stability of CLN025 with only ten residues 査読

    Satoshi Yasuda, Tomohiko Hayashi, Masahiro Kinoshita

    The Journal of Chemical Physics   141   105103   2014年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1063/1.4894753

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  • Binding of an RNA aptamer and a partial peptide of a prion protein: crucial importance of water entropy in molecular recognition 査読

    Tomohiko Hayashi, Hiraku Oshima, Tsukasa Mashima, Takashi Nagata, Masato Katahira, Masahiro Kinoshita

    Nucleic Acids Research   42 ( 11 )   6861 - 6875   2014年4月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1093/nar/gku382

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  • Dynamics and structural changes induced by ATP and/or substrate binding in the inward-facing conformation state of P-glycoprotein 査読

    Yurika Watanabe, Wei-Lin Hsu, Shuntaro Chiba, Tomohiko Hayashi, Tadaomi Furuta, Minoru Sakurai

    Chemical Physics Letters   557   145 - 149   2012年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.cplett.2012.12.040

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  • Full-Quantum chemical calculation of the absorption maximum of bacteriorhodopsin: a comprehensive analysis of the amino acid residues contributing to the opsin shift 査読

    Tomohiko Hayashi, Azuma Matsuura, Hiroyuki Sato, Minoru Sakurai

    BIOPHYSICS(Biophysics and Physicobiology)   8   115 - 125   2012年6月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.2142/biophysics.8.115

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  • Theoretical Study on the Absorption Maxima of Real GFPs 査読

    Azuma Matsuura, Tomohiko Hayashi, Hiroyuki Sato, Atsuya Takahashi, Minoru Sakurai

    Chemical Physics Letters   484   324 - 329   2009年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.cplett.2009.11.074

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  • Accurate Evaluation of the Absorption Maxima of Retinal Proteins Based on a Hybrid QM/MM Method 査読

    Azuma Matsuura, Hiroyuki Sato, Hirohiko Houjou, Shino Saito, Tomohiko Hayashi, Minoru Sakurai

    Journal of Computational Chemistry   27 ( 14 )   1623 - 1630   2006年8月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1002/jcc.20432

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書籍等出版物

  • Statistical Thermodynamics on the Binding of Biomolecules, Part II: Basis of Protein-Ligand and Protein-Protein Interactions, Chapter 13, The Role of Water in ATP Hydrolysis Energy Transduction by Protein Machinery

    Tomohiko Hayashi( 担当: 共著)

    Springer  2018年 

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    記述言語:英語 著書種別:学術書

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MISC

  • Accurate and rapid calculation of hydration free energy and its physical implication for biomolecular functions 招待 査読

    Masahiro Kinoshita, Tomohiko Hayashi

    Biophysical Reviews   12   469 - 480   2020年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)  

    DOI: 10.1007/s12551-020-00686-5

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  • Theoretical identification of thermostabilizing amino acid mutations for G-protein-coupled receptors 招待 査読

    Takeshi Murata, Satoshi Yasuda, Tomohiko Hayashi, Masahiro Kinoshita

    Biophysical Reviews   12   323 - 332   2020年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)  

    DOI: 10.1007/s12551-020-00678-5

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  • サーモフィリックロドプシンの極めて高い熱安定性に関する統計熱力学的解析 招待

    安田賢司, 林智彦, 村田武士, 木下正弘

    月刊「細胞」   52 ( 2 )   37 - 41   2020年

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    記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)   出版者・発行元:ニュー・サイエンス社  

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受賞

  • 第4回 Biophysics and Physicobiology 論文賞

    2015年   日本生物物理学会   Full-Quantum chemical calculation of the absorption maximum of bacteriorhodopsin: a comprehensive analysis of the amino acid residues contributing to the opsin shift

    林智彦

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    受賞区分:国内外の国際的学術賞  受賞国:日本国

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共同研究・競争的資金等の研究

  • MDM2をターゲットとした新規抗癌剤候補ペプチドの設計・合成

    2019年10月

    文部科学省  文部科学省卓越研究員事業 

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    資金種別:競争的資金

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  • ペプチド抗癌剤の物理理論に基づく高速探索法の開発

    2019年4月 - 2022年3月

    科学研究費助成事業  若手研究

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    資金種別:競争的資金

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担当経験のある授業科目(researchmap)

  • 卒業研究I

    機関名:新潟大学

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  • 実践プログラミングI

    機関名:新潟大学

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  • 工学リテラシー入門(融合領域分野)

    機関名:新潟大学

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  • リメディアル演習

    機関名:新潟大学

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  • 研究課題調査I

    機関名:新潟大学

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  • 実践プログラミングII

    機関名:新潟大学

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  • 情報処理演習

    機関名:立命館大学薬学部

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  • 卒業研修I

    機関名:新潟大学

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  • 研究課題調査II

    機関名:新潟大学

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担当経験のある授業科目

  • 機能生理学

    2021年
    -
    現在
    機関名:新潟大学

  • 機械システム論

    2021年
    -
    現在
    機関名:新潟大学

  • 総合技術科学演習

    2021年
    -
    現在
    機関名:新潟大学

  • 卒業研修II

    2020年
    -
    現在
    機関名:新潟大学

  • 実践プログラミングII

    2020年
    -
    現在
    機関名:新潟大学

  • 人間支援感性科学概論

    2020年
    -
    現在
    機関名:新潟大学

  • 卒業研修I

    2020年
    -
    現在
    機関名:新潟大学

  • 工学リテラシー入門(融合領域分野)

    2020年
    -
    現在
    機関名:新潟大学

  • 卒業研究II

    2020年
    -
    現在
    機関名:新潟大学

  • 卒業研究I

    2020年
    -
    現在
    機関名:新潟大学

  • 技術英語

    2020年
    -
    現在
    機関名:新潟大学

  • 実践プログラミングI

    2020年
    -
    現在
    機関名:新潟大学

  • 分子生体機能工学特論

    2020年
    -
    現在
    機関名:新潟大学

  • リメディアル演習

    2020年
    -
    現在
    機関名:新潟大学

  • 研究課題調査I

    2020年
    -
    現在
    機関名:新潟大学

  • 研究課題調査II

    2020年
    -
    現在
    機関名:新潟大学

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