2022/01/27 更新

写真a

コバヤシ ダイキ
小林 大樹
KOBAYASHI Daiki
所属
教育研究院 医歯学系 医学系列 助教
医歯学総合研究科 分子細胞医学専攻 遺伝子制御 助教
職名
助教
外部リンク

学位

  • 博士(農学) ( 2006年3月   九州大学 )

研究キーワード

  • プロテオミクス

  • 分子生物学

  • 生化学

研究分野

  • ライフサイエンス / 病態医化学

  • ライフサイエンス / 応用生物化学

  • ライフサイエンス / 分子生物学

  • ライフサイエンス / 機能生物化学

経歴(researchmap)

  • 新潟大学医歯学系   システム生化学分野   助教

    2020年1月 - 現在

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    国名:日本国

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  • 熊本大学大学院生命科学研究部   Faculty of Life Sciences   特任助教

    2015年9月 - 2019年12月

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  • 熊本大学大学院生命科学研究部   Faculty of Life Sciences   博士研究員

    2010年1月 - 2015年8月

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  • 熊本大学大学院医学薬学研究部   博士研究員

    2006年4月 - 2009年12月

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経歴

  • 新潟大学   医歯学総合研究科 分子細胞医学専攻 遺伝子制御   助教

    2020年1月 - 現在

学歴

  • 九州大学   生物資源環境科学研究科   博士過程

    2003年4月 - 2006年3月

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  • 九州大学   生物資源環境科学研究科   修士課程

    2001年4月 - 2003年3月

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    国名: 日本国

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  • 九州大学   農学部   農芸化学科

    1997年4月 - 2001年3月

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    国名: 日本国

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所属学協会

委員歴

  • 日本プロテオーム学会   理事  

    2021年1月 - 現在   

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論文

  • Water droplet-in-oil digestion method for single-cell proteomics

    Takeshi Masuda, Yuma Inamori, Arisu Furukawa, Kazuki Momosaki, Chih-Hsiang Chang, Daiki Kobayashi, Hiroto Ohguchi, Yawara Kawano, Shingo Ito, Norie Araki, Shao-En Ong, Sumio Ohtsuki

    bioRxiv   2021年12月

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    出版者・発行元:Cold Spring Harbor Laboratory  

    <title>Abstract</title>Recent advances in single-cell proteomics highlight the promise of sensitive analyses in limited cell populations. However, technical challenges remain for sample recovery, throughput, and versatility. Here, we first report a water droplet-in-oil digestion (WinO) method based on carboxyl-coated beads and phase transfer surfactants for proteomic analysis using limited sample amounts. This method was developed to minimize the contact area between the sample solution and the container to reduce the loss of proteins and peptides by adsorption. This method increased protein and peptide recovery 10-fold as well as the number of quantified transmembrane proteins compared to an in-solution digestion (ISD) method. The proteome profiles obtained from 100 cells using the WinO method highly correlated with those from 10000 cells using the ISD method. We successfully applied the WinO method to single-cell proteomics and quantified 462 proteins. Using the WinO method, samples can be easily prepared in a multi-well plate, making it a widely applicable and suitable method for single-cell proteomics.

    DOI: 10.1101/2021.12.13.472378

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  • TCTP interactomics in NF1-associated malignant tumor cells by affinity-purification and SWATH-MS 査読

    Daiki Kobayashi, Norie Araki

    Journal of Proteome Data and Methods.   3   2   2021年10月

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  • Data for quantitative proteome analyses of NF1-deficient PC12 cells during NGF induced neural differentiation using iTRAQ 査読

    Daiki Kobayashi, Norie Araki

    Journal of Proteome Data and Methods.   2   2   2020年11月

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  • FTO Demethylates Cyclin D1 mRNA and Controls Cell-Cycle Progression. 査読 国際誌

    Mayumi Hirayama, Fan-Yan Wei, Takeshi Chujo, Shinya Oki, Maya Yakita, Daiki Kobayashi, Norie Araki, Nozomu Takahashi, Ryoji Yoshida, Hideki Nakayama, Kazuhito Tomizawa

    Cell reports   31 ( 1 )   107464 - 107464   2020年4月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    N6-Methyladenosine (m6A) modification is the major chemical modification in mRNA that controls fundamental biological processes, including cell proliferation. Herein, we demonstrate that fat mass and obesity-associated (FTO) demethylates m6A modification of cyclin D1, the key regulator for G1 phase progression and controls cell proliferation in vitro and in vivo. FTO depletion upregulates cyclin D1 m6A modification, which in turn accelerates the degradation of cyclin D1 mRNA, leading to the impairment of G1 progression. m6A modification of cyclin D1 oscillates in a cell-cycle-dependent manner; m6A levels are suppressed during the G1 phase and enhanced during other phases. Low m6A levels during G1 are associated with the nuclear translocation of FTO from the cytosol. Furthermore, nucleocytoplasmic shuttling of FTO is regulated by casein kinase II-mediated phosphorylation of FTO. Our results highlight the role of m6A in regulating cyclin D1 mRNA stability and add another layer of complexity to cell-cycle regulation.

    DOI: 10.1016/j.celrep.2020.03.028

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  • Identification of a Specific Translational Machinery via TCTP-EF1A2 Interaction Regulating NF1-associated Tumor Growth by Affinity Purification and Data-independent Mass Spectrometry Acquisition (AP-DIA). 査読 国際誌

    Daiki Kobayashi, Takaho Tokuda, Kyosuke Sato, Hiroki Okanishi, Megumi Nagayama, Mio Hirayama-Kurogi, Sumio Ohtsuki, Norie Araki

    Molecular & cellular proteomics : MCP   18 ( 2 )   245 - 262   2019年2月

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    記述言語:英語  

    Neurofibromatosis type 1 (NF1) is an autosomal dominant disease that predisposes individuals to developing benign neurofibromas and malignant peripheral nerve sheath tumors (MPNST). The mechanism of NF1-tumorigenesis or the curatives have not been established. Using unique trascriptome and proteome integration method, iPEACH (1), we previously identified translationally controlled tumor protein (TCTP) as a novel biological target for NF1-associated tumors (2). Here, we identified specific TCTP-interacting proteins by sequential affinity purification and data-independent mass spectrometry acquisition (AP-DIA/SWATH) to investigate the role of TCTP in NF1-associated malignant tumors. TCTP mainly interacts with proteins related to protein synthesis and especially to elongation factor complex components, including EF1A2, EF1B, EF1D, EF1G, and valyl-tRNA synthetase (VARS), in NF1-deficient malignant tumor cells. Interestingly, TCTP preferentially binds to EF1A2 (normally found only in neural and skeletal-muscle cells and several cancer cells), rather than EF1A1 despite the high homologies (98%) in their sequences. The docking simulation and further validations to study the interaction between TCTP and EF1A2 revealed that TCTP directly binds with EF1A2 via the contact areas of EF1A2 dimerization. Using unique and common sequences between EF1A2 and EF1A1 in AP-DIA/SWATH, we quantitatively validated the interaction of EF1A2 and TCTP/other elongation factors and found that TCTP coordinates the translational machinery of elongation factors via the association with EF1A2. These data suggest that TCTP activates EF1A2-dependent translation by mediating complex formation with other elongation factors. Inhibiting the TCTP-EF1A2 interaction with EF1A2 siRNAs or a TCTP inhibitor, artesunate, significantly down-regulated the factors related to protein translation and caused dramatic suppression of growth/translation in NF1-associated tumors. Our findings demonstrate that a specific protein translation machinery related to the TCTP-EF1A2 interaction is functionally implicated in the tumorigenesis and progression of NF1-associated tumors and could represent a therapeutic target.

    DOI: 10.1074/mcp.RA118.001014

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  • The jPOST environment: an integrated proteomics data repository and database 査読

    Yuki Moriya, Shin Kawano, Shujiro Okuda, Yu Watanabe, Masaki Matsumoto, Tomoyo Takami, Daiki Kobayashi, Yoshinori Yamanouchi, Norie Araki, Akiyasu C Yoshizawa, Tsuyoshi Tabata, Mio Iwasaki, Naoyuki Sugiyama, Satoshi Tanaka, Susumu Goto, Yasushi Ishihama

    Nucleic Acids Research   47 ( D1 )   D1218 - D1224   2019年1月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Oxford University Press (OUP)  

    DOI: 10.1093/nar/gky899

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  • Isocitrate dehydrogenase gene mutations and 2-Hydroxyglutarate accumulation in esophageal squamous cell carcinoma. 査読

    Miyake Keisuke, Yoshifumi Baba, Takatsugu Ishimoto, Yukiharu Hiyoshi, Masaaki Iwatsuki, Yuji Miyamoto, Naoya Yoshida, Masayuki Watanabe, Yoko Ogata, Megumi Nagayama, Atit Silsirivanit, Daiki Kobayashi, Norie Araki, Hideo Baba

    Medical Oncology   36 ( 1 )   11:1 - 9   2019年1月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1007/s12032-018-1229-x

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    その他リンク: http://link.springer.com/content/pdf/10.1007/s12032-018-1229-x.pdf

  • SIRT7 has a critical role in bone formation by regulating lysine acylation of SP7/Osterix. 査読 国際誌

    Masatoshi Fukuda, Tatsuya Yoshizawa, Md Fazlul Karim, Shihab U Sobuz, Wataru Korogi, Daiki Kobayasi, Hiroki Okanishi, Masayoshi Tasaki, Katsuhiko Ono, Tomohiro Sawa, Yoshifumi Sato, Mami Chirifu, Takeshi Masuda, Teruya Nakamura, Hironori Tanoue, Kazuhisa Nakashima, Yoshihiro Kobashigawa, Hiroshi Morioka, Eva Bober, Sumio Ohtsuki, Yuriko Yamagata, Yukio Ando, Yuichi Oike, Norie Araki, Shu Takeda, Hiroshi Mizuta, Kazuya Yamagata

    Nature communications   9 ( 1 )   2833 - 2833   2018年7月

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    記述言語:英語  

    SP7/Osterix (OSX) is a master regulatory transcription factor that activates a variety of genes during differentiation of osteoblasts. However, the influence of post-translational modifications on the regulation of its transactivation activity is largely unknown. Here, we report that sirtuins, which are NAD(+)-dependent deacylases, regulate lysine deacylation-mediated transactivation of OSX. Germline Sirt7 knockout mice develop severe osteopenia characterized by decreased bone formation and an increase of osteoclasts. Similarly, osteoblast-specific Sirt7 knockout mice showed attenuated bone formation. Interaction of SIRT7 with OSX leads to the activation of transactivation by OSX without altering its protein expression. Deacylation of lysine (K) 368 in the C-terminal region of OSX by SIRT7 promote its N-terminal transactivation activity. In addition, SIRT7-mediated deacylation of K368 also facilitates depropionylation of OSX by SIRT1, thereby increasing OSX transactivation activity. In conclusion, our findings suggest that SIRT7 has a critical role in bone formation by regulating acylation of OSX.

    DOI: 10.1038/s41467-018-05187-4

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  • Ribosome Incorporation into Somatic Cells Promotes Lineage Transdifferentiation towards Multipotency 査読

    Naofumi Ito, Kaoru Katoh, Hiroko Kushige, Yutaka Saito, Terumasa Umemoto, Yu Matsuzaki, Hiroshi Kiyonari, Daiki Kobayashi, Minami Soga, Takumi Era, Norie Araki, Yasuhide Furuta, Toshio Suda, Yasuyuki Kida, Kunimasa Ohta

    SCIENTIFIC REPORTS   8 ( 1 )   1634   2018年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:NATURE PUBLISHING GROUP  

    Recently, we reported that bacterial incorporation induces cellular transdifferentiation of human fibroblasts. However, the bacterium-intrinsic cellular-transdifferentiation factor remained unknown. Here, we found that cellular transdifferentiation is caused by ribosomes. Ribosomes, isolated from both prokaryotic and eukaryotic cells, induce the formation of embryoid body-like cell clusters. Numerous ribosomes are incorporated into both the cytoplasm and nucleus through trypsin-activated endocytosis, which leads to cell-cluster formation. Although ribosome-induced cell clusters (RICs) express several stemness markers and differentiate into derivatives of all three germ layers in heterogeneous cell populations, RICs fail to proliferate, alter the methylation states of pluripotent genes, or contribute to teratoma or chimera formation. However, RICs express markers of epithelial-mesenchymal transition without altering the cell cycle, despite their proliferation obstruction. These findings demonstrate that incorporation of ribosomes into host cells induces cell transdifferentiation and alters cellular plasticity.

    DOI: 10.1038/s41598-018-20057-1

    Web of Science

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  • Artesunate and chloroquine induce cytotoxic activity on cholangiocarcinoma cells via different cell death mechanisms 査読

    Diwakar Guragain, Wunchana Seubwai, Daiki Kobayashi, Atit Silsinivanit, Kulthida Vaeteewoottacharn, Kanlayanee Sawanyawisuth, Chaisiri Wongkham, Sopit Wongkham, Norie Araki, Ubon Cha'on

    CELLULAR AND MOLECULAR BIOLOGY   64 ( 10 )   113 - 118   2018年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:C M B ASSOC  

    Chemotherapy for cholangiocarcinoma (CCA) is not quite successful. In this study, we revisited the possibility of artesunate (ART) and chloroquine (CQ), the antimalarial drugs, as therapeutic agents against CCA. The possible mechanisms of these drugs to exert cytotoxicity on CCA cells were also explored. The effects of ART and CQ on proliferation and death patterns of two CCA cell lines, KKU-214 and its highly metastatic subtype KKU-214L5, were examined using water soluble tetrazolium (WST) assay and time-lapse photometry, respectively. To differentiate and verify the death patterns between necrosis and apoptosis, lactate dehydrogenase (LDH) release, and caspase 3 activity were measured. CellROX (TM) green reagent staining method was used to assess reactive oxygen species (ROS) production in ART-and CQ-treated cells. ART and CQ significantly inhibited proliferation of CCA cells. Both drugs kill malarial parasites via similar mechanism depending on ROS formation, however, ART induced necrotic cell death and CQ induced apoptotic cell death in CCA cells. ART induced LDH release, whereas CQ activated caspase 3, confirming induction of necrotic and apoptotic cell deaths by ART and CQ, respectively. ART treatment induced higher ROS production than CQ. ART and CQ induce CCA cells death via different death pathways. ART should be suitable for necrosis-sensitive CCA, whereas CQ is more suitable for apoptosis-sensitive CCA.

    DOI: 10.14715/cmb/2018.64.10.18

    Web of Science

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  • JPOSTrepo: An international standard data repository for proteomes 査読

    Shujiro Okuda, Yu Watanabe, Yuki Moriya, Shin Kawano, Tadashi Yamamoto, Masaki Matsumoto, Tomoyo Takami, Daiki Kobayashi, Norie Araki, Akiyasu C. Yoshizawa, Tsuyoshi Tabata, Naoyuki Sugiyama, Susumu Goto, Yasushi Ishihama

    Nucleic Acids Research   45 ( 1 )   D1107 - D1111   2017年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Oxford University Press  

    Major advancements have recently been made in mass spectrometry-based proteomics, yielding an increasing number of datasets from various proteomics projects worldwide. In order to facilitate the sharing and reuse of promising datasets, it is important to construct appropriate, high-quality public data repositories. jPOSTrepo (https://repository. jpostdb.org/) has successfully implemented several unique features, including high-speed file uploading, flexible file management and easy-to-use interfaces. This repository has been launched as a public repository containing various proteomic datasets and is available for researchers worldwide. In addition, our repository has joined the ProteomeXchange consortium, which includes the most popular public repositories such as PRIDE in Europe for MS/MS datasets and PASSEL for SRM datasets in the USA. Later MassIVE was introduced in the USA and accepted into the ProteomeXchange, as was our repository in July 2016, providing important datasets from Asia/Oceania. Accordingly, this repository thus contributes to a global alliance to share and store all datasets from a wide variety of proteomics experiments. Thus, the repository is expected to become a major repository, particularly for data collected in the Asia/Oceania region.

    DOI: 10.1093/nar/gkw1080

    Scopus

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  • Cellular Biological Validations of Proteomics Data 査読

    Kobayashi Daiki, Araki Norie

    Proteome Letters   1 ( 1 )   37 - 43   2016年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本プロテオーム学会  

    <p>プロテオミクスデータに基づいて抽出した生物学的に意義のある新規候補分子群に対して,どのような生物学的役割を果たすのか検証することが最終的に求められる.siRNA/shRNAや低分子化合物などによる分子機能阻害,および発現プラスミドによる分子の過剰発現によって生じる細胞の表現型を,顕微鏡観察や各種アッセイ系によって評価していくことが,一般的な細胞生物学的検証法として挙げられる.しかしながら,細胞生物学的実験手法は候補分子によって様々であることから,実はプロテオーム解析よりも時間がかかるステップとなっている.したがって,プロテオミクスデータに即して細胞生物学的な検証を円滑に進めていくには,プロテオーム解析に用いたサンプルの調製と前処理,質量分析などのプロテオーム解析手法は勿論のこと,in-silicoのGene Ontology解析や分子ネットワーク解析によって新規分子群を抽出する過程が大変重要となってくる.本内容では神経系腫瘍の解析を通じて,我々がいかにしてプロテオミクスデータで同定された新規候補分子群を細胞生物学的に検証したのか報告する.</p>

    DOI: 10.14889/jpros.1.1_37

    CiNii Article

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  • Up-regulation of DRP-3 long isoform during the induction of neural progenitor cells by glutamate treatment in the ex vivo rat retina. 査読

    Tokuda K, Kuramitsu Y, Byron B, Kitagawa T, Tokuda N, Kobayashi D, Nagayama M, Araki N, Sonoda KH, Nakamura K

    Biochemical and biophysical research communications   463 ( 4 )   593 - 599   2015年8月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.bbrc.2015.05.102

    Web of Science

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  • Analysis of neural tumors and related diseases by integrated proteomics 招待 査読

    Daiki Kobayashi, Norie Araki

    Journal of Clinical and Experimental Medicine   251 ( 10 )   939 - 947   2014年12月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:医歯薬出版  

    CiNii Article

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  • Translationally Controlled Tumor Protein Is a Novel Biological Target for Neurofibromatosis Type 1-associated Tumors 査読

    Daiki Kobayashi, Mio Hirayama, Yoshihiro Komohara, Souhei Mizuguchi, Masayo Wilson Morifuji, Hironobu Ihn, Motohiro Takeya, Akira Kuramochi, Norie Araki

    JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY   289 ( 38 )   26314 - 26326   2014年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:AMER SOC BIOCHEMISTRY MOLECULAR BIOLOGY INC  

    Neurofibromatosis type 1 (NF1) is an autosomal dominant disease that predisposes individuals to develop benign neurofibromas and malignant peripheral nerve sheath tumors (MPNSTs). Due to the lack of information on the molecular mechanism of NF1-associated tumor pathogenesis or biomarkers/therapeutic targets, an effective treatment for NF1 tumors has not been established. In this study, the novel NF1-associated protein, translationally controlled tumor protein (TCTP), was identified by integrated proteomics and found to be up-regulated via activated MAPK/PI3K-AKT signaling in response to growth factors in NF1-deficient Schwann cells. Immunohistochemical analysis of NF1-associated tumors revealed that the TCTP expression level correlated with tumorigenicity. In NF1-deficient MPNST cells, TCTP protein but not mRNA was down-regulated by NF1 GTPase-activating protein-related domain or MAPK/PI3K inhibitors, and this correlated with suppression of mammalian target of rapamycin (mTOR) signaling. mTOR inhibition by rapamycin also down-regulated TCTP protein expression, whereas knockdown or overexpression of TCTP suppressed or activated mTOR signaling, respectively, and affected cell viability. These results suggest that a positive feedback loop between TCTP and mTOR contributes to NF1-associated tumor formation. Last, the anti-tumor effect of artesunate, which binds to and degrades TCTP, was evaluated. Artesunate significantly suppressed the viability of MPNST cells but not normal Schwann cells, and the TCTP level inversely correlated with artesunate sensitivity. Moreover, combinational use of artesunate and rapamycin enhanced the cytotoxic effect on MPNST cells. These findings suggest that TCTP is functionally implicated in the progression of NF1-associated tumors and could serve as a biological target for their therapy.

    DOI: 10.1074/jbc.M114.568253

    Web of Science

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  • Development of a fully automated two-dimensional electrophoresis device, Auto-2D, and its application for the integrated proteomics 査読

    Araki Norie, Niibori Nambu Akiko, Nishimura Munenori, Midorikawa Uichi, Kobayashi Daiki

    SEIBUTSU BUTSURI KAGAKU   58 ( 2 )   39 - 42   2014年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本電気泳動学会  

    DOI: 10.2198/sbk.58.39

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  • Integrated Proteomics Identified Novel Activation of Dynein IC2-GR-COX-1 Signaling in Neurofibromatosis Type I (NF1) Disease Model Cells 査読

    Mio Hirayama, Daiki Kobayashi, Souhei Mizuguchi, Takashi Morikawa, Megumi Nagayama, Uichi Midorikawa, Masayo M. Wilson, Akiko N. Nambu, Akiyasu C. Yoshizawa, Shin Kawano, Norie Araki

    MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS   12 ( 5 )   1377 - 1394   2013年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:AMER SOC BIOCHEMISTRY MOLECULAR BIOLOGY INC  

    Neurofibromatosis type 1 (NF1) tumor suppressor gene product, neurofibromin, functions in part as a Ras-GAP, and though its loss is implicated in the neuronal abnormality of NF1 patients, its precise cellular function remains unclear. To study the molecular mechanism of NF1 pathogenesis, we prepared NF1 gene knockdown (KD) PC12 cells, as a NF1 disease model, and analyzed their molecular (gene and protein) expression profiles with a unique integrated proteomics approach, comprising iTRAQ, 2D-DIGE, and DNA microarrays, using an integrated protein and gene expression analysis chart (iPEACH). In NF1-KD PC12 cells showing abnormal neuronal differentiation after NGF treatment, of 3198 molecules quantitatively identified and listed in iPEACH, 97 molecules continuously up-or down-regulated over time were extracted. Pathway and network analysis further revealed overrepresentation of calcium signaling and transcriptional regulation by glucocorticoid receptor (GR) in the up-regulated protein set, whereas nerve system development was overrepresented in the down-regulated protein set. The novel up-regulated network we discovered, "dynein IC2-GR-COX-1 signaling," was then examined in NF1-KD cells. Validation studies confirmed that NF1 knockdown induces altered splicing and phosphorylation patterns of dynein IC2 isomers, up-regulation and accumulation of nuclear GR, and increased COX-1 expression in NGF-treated cells. Moreover, the neurite retraction phenotype observed in NF1-KD cells was significantly recovered by knockdown of the dynein IC2-C isoform and COX-1. In addition, dynein IC2 siRNA significantly inhibited nuclear translocation and accumulation of GR and up-regulation of COX-1 expression. These results suggest that dynein IC2 up-regulates GR nuclear translocation and accumulation, and subsequently causes increased COX-1 expression, in this NF1 disease model. Our integrated proteomics strategy, which combines multiple approaches, demonstrates that NF1-related neural abnormalities are, in part, caused by up-regulation of dynein IC2-GR-COX-1 signaling, which may be a novel therapeutic target for NF1.

    DOI: 10.1074/mcp.M112.024802

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  • Glioma initiating cells form a differentiation niche via the induction of extracellular matrices and integrin αV. 査読

    Niibori-Nambu A, Midorikawa U, Mizuguchi S, Hide T, Nagai M, Komohara Y, Nagayama M, Hirayama M, Kobayashi D, Tsubota N, Takezaki T, Makino K, Nakamura H, Takeya M, Kuratsu J, Araki N

    PloS one   8 ( 5 )   e59558   2013年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:5  

    DOI: 10.1371/journal.pone.0059558

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  • An Integrated Approach of Differential Mass Spectrometry and Gene Ontology Analysis Identified Novel Proteins Regulating Neuronal Differentiation and Survival 査読

    Daiki Kobayashi, Jiro Kumagai, Takashi Morikawa, Masayo Wilson-Morifuji, Anthony Wilson, Atsushi Irie, Norie Araki

    MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS   8 ( 10 )   2350 - 2367   2009年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:AMER SOC BIOCHEMISTRY MOLECULAR BIOLOGY INC  

    MS-based quantitative proteomics is widely used for large scale identification of proteins. However, an integrated approach that offers comprehensive proteome coverage, a tool for the quick categorization of the identified proteins, and a standardized biological study method is needed for helping the researcher focus on investigating the proteins with biologically important functions. In this study, we utilized isobaric tagging for relative and absolute quantification (iTRAQ)-based quantitative differential LC/MS/MS, functional annotation with a proprietary gene ontology tool (Molecular Annotation by Gene Ontology (MANGO)), and standard biochemical methods to identify proteins related to neuronal differentiation in nerve growth factor-treated rat pheochromocytoma (PC12) cells, which serve as a representative model system for studying neuronal biological processes. We performed MS analysis by using both nano-LC-MALDI-MS/MS and nano-LC-ESI-MS/MS for maximal proteome coverage. Of 1,482 non-redundant proteins semiquantitatively identified, 72 were differentially expressed with 39 up-and 33 down-regulated, including 64 novel nerve growth factor-responsive PC12 proteins. Gene ontology analysis of the differentially expressed proteins by MANGO indicated with statistical significance that the up-regulated proteins were mostly related to the biological processes of cell morphogenesis, apoptosis/survival, and cell differentiation. Some of the up-regulated proteins of unknown function, such as PAIRBP1, translationally controlled tumor protein, prothymosin alpha, and MAGED1, were further analyzed to validate their significant functions in neuronal differentiation by immunoblotting and immunocytochemistry using each antibody combined with a specific short interfering RNA technique. Knockdown of these proteins caused abnormal cell morphological changes, inhibition of neurite formation, and cell death during each course of the differentiation, confirming their important roles in neurite formation and survival of PC12 cells. These results show that our iTRAQ-MANGO-biological analysis framework, which integrates a number of standard proteomics strategies, is effective for targeting and elucidating the functions of proteins involved in the cellular biological process being studied. Molecular & Cellular Proteomics 8: 2350-2367, 2009.

    DOI: 10.1074/mcp.M900179-MCP200

    Web of Science

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  • Neurofibromatosis type 1 (NF1) tumor suppressor, neurofibromin, regulates the neuronal differentiation of PC12 cells via its associating protein, CRMP-2 査読

    Siriporn Patrakitkomjorn, Daiki Kobayashi, Takashi Morikawa, Masayo Morifuji Wilson, Nobuyuki Tsubota, Atsushi Irie, Tatsuya Ozawa, Masashi Aoki, Nariko Arimura, Kozo Kaibuchi, Hideyuki Saya, Norie Araki

    JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY   283 ( 14 )   9399 - 9413   2008年4月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:AMER SOC BIOCHEMISTRY MOLECULAR BIOLOGY INC  

    Neurofibromatosis type 1 (NF1) tumor suppressor gene product, neurofibromin, functions in part as a Ras-GAP, a negative regulator of Ras. Neurofibromin is implicated in the neuronal abnormality of NF1 patients; however, the precise cellular function of neurofibromin has yet to be clarified. Using proteomic strategies, we identified a set of neurofibromin-associating cellular proteins, including axon regulator CRMP-2 (Collapsin response mediator protein-2). CRMP-2 directly bound to the C-terminal domain of neurofibromin, and this association was regulated by the manner of CRMP-2 phosphorylation. In nerve growth factor-stimulated PC12 cells, neurofibromin and CRMP-2 co-localized particularly on the distal tips and branches of extended neurites. Suppression of neurofibromin using NF1 small interfering RNA significantly inhibited this neurite outgrowth and up-regulated a series of CRMP-2 phosphorylations by kinases identified as CDK5, GSK-3b, and Rho kinase. Overexpression of the NF1-RAS-GAP-related domain rescued these NF1 small interfering RNA-induced events. Our results suggest that neurofibromin regulates neuronal differentiation by performing one or more complementary roles. First, neurofibromin directly regulates CRMP-2 phosphorylation accessibility through the complex formation. Also, neurofibromin appears to indirectly regulate CRMP-2 activity by suppressing CRMP-2-phosphorylating kinase cascades via its Ras-GAP function. Our study demonstrates that the functional association of neurofibromin and CRMP-2 is essential for neuronal cell differentiation and that lack of expression or abnormal regulation of neurofibromin can result in impaired function of neuronal cells, which is likely a factor in NF1-related pathogenesis.

    DOI: 10.1074/jbc.M708206200

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  • Genomic cloning of ribonucleases in Nicotiana glutinosa leaves, as induced in response to wounding or to TMV-infection, and characterization of their promoters 査読

    T Hayashi, D Kobayashi, T Kariu, M Tahara, K Hada, Y Kouzuma, M Kimura

    BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY   67 ( 12 )   2574 - 2583   2003年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:TAYLOR & FRANCIS LTD  

    We previously cloned two distinct cDNA clones, NGR1 and NGR3, encoding S-like ribonucleases (RNases) induced by wounding and tobacco mosaic virus (TNIV) infection, respectively, in Nicotiana glutinosa leaves. To gain insight into the regulatory mechanism of the RNase genes, we analyzed nucleotide sequences of the genes ngr1 (4.1 kbp) and ngr3 (5.3 kbp), containing their structural genes as well as 5'-flanking regions. The ngr1 gene is organized in three exons with two intervening introns, and ngr3 has four exons interrupted by three introns. Primer extension analyses localized single transcription initiation sites at - 32 and - 99 upstream of the translation initiation codons ATG in the genes ngr1 and ngr3, respectively. The beta-glucuronidase (GUS) reporter gene analysis with serial 5'-deletion mutants as well as a gel shift assay defined the wound-responsive region at residues - 509 to - 288 in gene ngr1 and a TMV-responsive region at the residues - 401 to - 174 in ngr3, respectively. Sequence search using PLACE and PlantCARE data bases showed that a wound-responsive element: the WUN-motif, occurs within the wound-responsive region in ngr1, while ngr3 contains several potential cis-regulating elements, such as the elicitor responsiveness element: the W-box, a TNIV responsive element: GT1, and the WUN-motif at positions between - 401 and - 174. These findings suggested that some of these cis-elements may be involved in inducible expressions of ngr1 and ngr3. Furthermore, the gel shift assay suggested that the dissociation of protein factor(s) upon TMV-infection from the regulatory region may cause an inducible expression of ngr3.

    DOI: 10.1271/bbb.67.2574

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  • Protein engineering of novel proteinase inhibitors and their effects on the growth of Spodoptera exigua larvae

    H Inanaga, D Kobayasi, Y Kouzuma, C Aoki-Yasunaga, K Iiyama, M Kimura

    BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY   65 ( 10 )   2259 - 2264   2001年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:TAYLOR & FRANCIS LTD  

    Novel types of proteinase inhibitors with multi-inhibitory activities were generated by replacement of phytocystatin domains in sunflower multi-cystatin (SMC) by the serine proteinase inhibitor BGIT from bitter gourd seeds. Two chimeric inhibitors SMC-T3 and SMC-T23, in which the third domain in SMC and the second and third domains in SMC were replaced by BGIT, acquired trypsin inhibitory activity (Ki: 1.46 x 10(-7) m and 1.75 x 10(-7) m), retaining inhibitory activity toward papain (Ki: 4.5 x 10(-8) m and 1.52 x 10(-7) M), respectively. We compared the chimeric inhibitors and the recombinant SMC (r-SMC) in relation to their effects on the growth of larval Spodoptera exigua. When the second instar larvae were reared on a diet containing rSMC, SMC-T3, or SMC-T23 for ten days, a significant reduction in weight gain was observed. Mean weights for rSMC, SMC-T3, and SMC-T23 were 43 mg, 32 mg, and 43 mg, respectively, as compared with that (60 mg) for the absence of the inhibitor. In contrast, BGIT had little effect on the growth of the S. exigua larvae. This result indicated that the chimeric inhibitor SMC-T3 with two phytocystatin domains and one serine proteinase inhibitor domain is an efficient inhibitor of proteinases in the S. exigua larvae. Therefore, this novel type of proteinase inhibitor with multi-inhibitory activities may represent a promising protein for successful application to a transgenic plant with insect resistance.

    DOI: 10.1271/bbb.65.2259

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MISC

  • Integrated phospho-glyco-proteogenomics identified the potential clinical target signals against glioma stem cells

    Norie Araki, Akiko Namubu Niibori, Daiki Kobayashi, Takuichiro Hide, Hideo Nakamura, Junichi Kuratsu

    CANCER SCIENCE   109   656 - 656   2018年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究発表ペーパー・要旨(国際会議)   出版者・発行元:WILEY  

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  • Studies of key signals related to the maintenance and differentiation of glioma initiating cells by integrated-omics

    Norie Araki, Akiko N. Nambu, Atit Silsirivanit, Hiroki Okanishi, Daiki Kobayashi, Takuichiro Hide, Hideo Nakamura

    CANCER SCIENCE   109   630 - 630   2018年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究発表ペーパー・要旨(国際会議)   出版者・発行元:WILEY  

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  • jPOSTプロジェクトが提供するプロテオミクスデータとその解析ツール

    五斗進, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 山ノ内祥訓, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 岩崎未央, 杉山直幸, 田中聡, 石濱泰

    第41回日本分子生物学会   41st   2018年

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  • Metadata Curation for fully utilizing raw MS data in jPOST repository

    Kobayashi, D, Araki, N, Okuda, S, Watanabe, Y, Moriya, Y, Kawano, S, Yamamoto, T, Matsumoto, T, Takami, T, Yoshizawa, A.C, Tabata, T, Iwasaki, M, Sugiyama, N, Tanaka, S, Goto, S, Ishihama, Y

    Mass Spectrometry and Proteomics 2018 (MSP2018)(日本質量分析学会・日本プロテオーム学会 2018年合同大会)   2018年

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  • プロテオーム統合データベースの機能深化

    守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 山ノ内祥訓, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 岩崎未央, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

    第41回日本分子生物学会   41st   2018年

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  • jPOST統合環境の開発

    奥田修二郎, 渡辺由, 守屋勇樹, 河野信, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 山ノ内祥訓, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 岩崎未央, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

    トーゴ―の日2018シンポジウム   2018年

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  • プロテオミクスを基盤としたプロテオゲノム情報の疾患研究への橋渡しとその応用

    荒木令江, 南部(新堀)晶子, 山崎義宗, 山ノ内祥訓, 當房浩一, 小林大樹

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   41st   ROMBUNNO.1PW1‐02‐4 (WEB ONLY)   2018年

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    記述言語:日本語  

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  • jPOST 同定結果のFDR改善を目指す再解析プロトコルの開発

    吉沢 明康, 田畑 剛, 守屋 勇樹, 河野 信, 奥田 修二郎, 渡辺 由, 山本 格, 松本 雅記, 高見 知代, 小林 大樹, 荒木 令江, 杉山 直幸, 田中 聡, 五斗 進, 石濱 泰

    生命科学系学会合同年次大会   2017年度   [3P - 0172]   2017年12月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:生命科学系学会合同年次大会運営事務局  

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  • jPOST プロテオームデータベースの開発

    守屋 勇樹, 河野 信, 奥田 修二郎, 渡辺 由, 山本 格, 松本 雅記, 高見 知代, 小林 大樹, 荒木 令江, 吉沢 明康, 田畑 剛, 杉山 直幸, 田中 聡, 五斗 進, 石濱 泰

    生命科学系学会合同年次大会   2017年度   [3P - 0173]   2017年12月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:生命科学系学会合同年次大会運営事務局  

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  • jPOST プロテオーム統合データベースプロジェクト

    奥田 修二郎, 渡辺 由, 守屋 勇樹, 河野 信, 山本 格, 松本 雅記, 高見 知代, 小林 大樹, 荒木 令江, 吉沢 明康, 田畑 剛, 杉山 直幸, 田中 聡, 五斗 進, 石濱 泰

    生命科学系学会合同年次大会   2017年度   [3P - 0171]   2017年12月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:生命科学系学会合同年次大会運営事務局  

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  • TCTP-EF1A2-翻訳伸長因子複合体を介した神経線維腫症1型腫瘍特異的な翻訳機構の解析

    小林 大樹, 徳田 高穂, 岡西 広樹, 大槻 純男, 荒木 令江

    生命科学系学会合同年次大会   2017年度   [3LBA - 029]   2017年12月

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    記述言語:英語   出版者・発行元:生命科学系学会合同年次大会運営事務局  

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  • 融合オミクスによるグリオーマ幹細胞の分化と維持に関わる鍵分子群の同定と機能制御の解析

    荒木 令江, 南部 晶子, 堀, シルシリバニット・アチト, 岡西 広樹, 小林 大樹, 秀 拓一郎, 中村 英夫

    日本癌学会総会記事   76回   P - 2117   2017年9月

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    記述言語:英語   出版者・発行元:日本癌学会  

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  • プロテオミクスデータ解析/演習

    石濱泰, 小林大樹, 吉沢明康

    BMSコンファレンス講演要旨集   44th   127‐132   2017年7月

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    記述言語:日本語  

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  • Controlling false discovery rate in accumulated public proteome dataset

    Akiyasu C. Yoshizawa, Tsuyoshi Tabata, Yuki Moriya, Shin Kawano, Shujiro Okuda, Yu Watanabe, Tadashi Yamamoto, Masaki Matsumoto, Tomoyo Takami, Daiki Kobayashi, Norie Araki, Naoyuki Sugiyama, Satoshi Tanaka, Susumu Goto, Yasushi Ishihama

    65th ASMS   65th   MP321   2017年6月

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    記述言語:英語  

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  • データベース検索エンジンを用いたタンパク質同定における特異性向上

    吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

    質量分析総合討論会講演要旨集   65th   107   2017年5月

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    記述言語:日本語  

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  • Reducing false positive identifications for proteome datasets accumulated in jPOST repository

    Yoshizawa A, Tabata T, Moriya Y, Kawano S, Okuda S, Watanabe Y, Yamamoto T, Matsumoto M, Takami T, Kobayashi D, Araki N, Sugiyama N, Tanaka S, Goto S, Ishihama Y

    16th Human Proteome Organization World Congress (HUPO2017)   2017年

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  • プロテオーム統合データベースjPOST:質量分析データ・リポジトリ

    奥田修二郎, 渡辺由, 守屋勇樹, 河野信, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

    日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集   2017   114   2017年

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    記述言語:日本語  

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  • プロテオームデータにある生物学的な重要性を見出すための“Computational”ツール

    小林大樹, 荒木令江

    日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集   2017   117   2017年

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    記述言語:日本語  

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  • グリオーマ幹細胞における翻訳後修飾アセチル化の分化変動プロテオミクス

    岡西広樹, 鷲頭朋之, 南部晶子, 小林大樹, 荒木令江

    日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集   2017   194   2017年

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    記述言語:日本語  

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  • jPOST:プロテオーム統合データベースの開発

    守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石澤泰

    日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集   2017   116   2017年

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    記述言語:日本語  

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  • jPOST再解析プロトコル:偽陽性と偽陰性の同時減少を目指す

    吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

    日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集   2017   115   2017年

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    記述言語:日本語  

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  • jPOST: Development of reanalysis protocol toward control of false discovery rate in peptide identification

    Akiyasu C. Yoshizawa, Tsuyoshi Tabata, Mio Iwasaki, Yuki Moriya, Shin Kawano, Shujiro Okuda, Yu Watanabe, Tadashi Yamamoto, Masaki Matsumoto, Tomoyo Takami, Daiki Kobayashi, Norie Araki, Naoyuki Sugiyama, Satoshi Tanaka, Susumu Goto, Yasushi Ishihama

    ConBio2017   2017年

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  • jPOST:再解析プロトコルによる同定結果の質的向上

    吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

    トーゴ―の日シンポジウム2017   2017年

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  • 融合的オミクス解析とシステムズバイオロジーによるNF1腫瘍の新規治療ターゲットシグナルの同定と機能解析

    荒木 令江, 小林 大樹, 新堀 晶子, 部, 中村 英夫, 尹 浩信, 倉津 純一

    日本癌学会総会記事   75回   E - 3038   2016年10月

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    記述言語:英語   出版者・発行元:日本癌学会  

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  • 質量スペクトルはデータベース検索“グレーゾーン”を明瞭化するか

    吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 山本格, 松本雅記, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 五斗進, 石濱泰

    質量分析総合討論会講演要旨集   64th   15   2016年5月

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    記述言語:日本語  

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  • Interactome解析によるNF1腫瘍内のTCTP‐翻訳伸長因子複合体の機能解明

    小林大樹, 徳田高穂, 長山慈, 佐藤恭介, 平山未央, 大槻純男, 荒木令江

    日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集   2016   133   2016年

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    記述言語:日本語  

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  • プロテオーム統合データベースjPOST:再解析プロトコルの開発

    吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知世, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 五斗進, 石濱泰

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   39th   ROMBUNNO.3P‐0880 (WEB ONLY)   2016年

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    記述言語:日本語  

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  • バクテリアにおける翻訳後修飾アシル化プロテオミクス

    岡西広樹, 岡西広樹, 岡西広樹, 小林大樹, 荒木令江, 増井良治, 倉光成紀

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   39th   ROMBUNNO.1P‐0069 (WEB ONLY)   2016年

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    記述言語:日本語  

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  • プロテオーム統合データベースjPOST:再解析プロトコルの開発

    吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡邉由, 山本格, 松本雅記, 高見知世, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 五斗進, 石濱泰

    日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集   2016   177   2016年

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    記述言語:日本語  

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  • 生物に広く存在するアシル化修飾の働き:アセチル化,プロピオニル化,スクシニル化

    岡西広樹, 岡西広樹, 岡西広樹, 小林大樹, 荒木令江, 増井良治, 倉光成紀

    日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集   2016   110   2016年

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    記述言語:日本語  

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  • ヒト表皮AGEs化修飾タンパク質の解析

    井上敬文, 川端慶吾, 長山慈, 小林大樹, 大槻純男, 荒木令江

    日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集   2016   150   2016年

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    記述言語:日本語  

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  • プロテオーム統合データベースjPOSTの開発

    五斗進, 奥田修二郎, 渡邉由, 守屋勇樹, 河野信, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 石濱泰

    日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集   2016   88   2016年

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    記述言語:日本語  

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  • jPOST:プロテオームデータベースプロジェクト

    守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知世, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 五斗進, 石濱泰

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   39th   ROMBUNNO.1P‐0076 (WEB ONLY)   2016年

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    記述言語:日本語  

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  • グリオーマ幹細胞の維持・分化に関わる新規マーカー分子群の探索

    當房浩一, 南部晶子, SILSIRIVANIT Atit, 山崎義宗, 小林大樹, 荒木令江

    日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集   2016   132   2016年

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    記述言語:日本語  

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  • 生物に広く存在するアシル化修飾の働き:アセチル化,プロピオニル化,スクシニル化

    岡西広樹, 岡西広樹, 岡西広樹, 小林大樹, 荒木令江, 増井良治, 倉光成紀

    日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集   2016   152   2016年

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    記述言語:日本語  

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  • プロテオーム統合データベースjPOST:質量分析データ・リポジトリの公開

    奥田修二郎, 渡辺由, 守屋勇樹, 河野信, 山本格, 松本雅記, 高見知世, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 五斗進, 石濱泰

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   39th   ROMBUNNO.1PS7‐4(2P‐0039) (WEB ONLY)   2016年

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    記述言語:日本語  

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  • jPOST:プロテオーム解析ワークフローの標準化

    守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 山本格, 松本雅記, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 五斗進, 田畑剛, 杉山直幸, 石濱泰

    日本生化学会大会(Web)   88th   3P0417 (WEB ONLY) - [3P0417]   2015年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:(公社)日本生化学会  

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  • インタラクトーム分析による神経線維腫症1型関連腫瘍におけるTCTPおよび翻訳伸長因子の新規相互作用形同定

    小林大樹, 徳田高穂, 長山慈, 平山未央, 大槻純男, 荒木令江

    日本生化学会大会(Web)   88th   3LBA121 (WEB ONLY)   2015年

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    記述言語:日本語  

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  • 融合プロテオミクスによる神経線維腫I型(NF1)病態モデル細胞内で活性化する新規Dynein IC2‐GR‐COX‐1シグナルの同定

    平山未央, 小林大樹, 荒木令江

    日本薬学会年会要旨集(CD-ROM)   135th   ROMBUNNO.26PB-AM209   2015年

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    記述言語:日本語  

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  • プロテオミクスを基盤とした統合オミクスによるがん組織細胞の異常シグナルネットワークの抽出と検証

    荒木(佐藤)令江, 南部(新堀)晶子, シルシリバニト アチト, 小林大樹

    日本生化学会大会(Web)   88th   1W19-1 (WEB ONLY)   2015年

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    記述言語:日本語  

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  • 日本発の高品質プロテオームデータベース:jPOST

    守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 山本格, 松本雅記, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 五斗進, 田畑剛, 杉山直幸, 石濱泰

    日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集   2015 (Web)   2015年

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  • グリオーマ幹細胞の維持と分化に関わるニッチ分子群の融合プロテオミクスによる解析(Integrated proteomics of niches related to the maintenance and differentiation of glioma initiating cells)

    荒木 令江, 南部 晶子, 堀, 緑川 宇一, 水口 惣平, 小林 大樹, ウイルソン森藤 政代, 秀 拓一郎, 中村 英夫, 倉津 純一

    日本癌学会総会記事   73回   E - 3030   2014年9月

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    記述言語:英語   出版者・発行元:日本癌学会  

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  • 全自動2次元電気泳動装置を用いた前立腺がんの特異的翻訳後修飾タンパク質群のプロファイリング

    西村宗徳, 緑川宇一, 長山慈, 小林大樹, 村上洋嗣, 笹尾明, 河野吉昭, 今村隆寿, 鵜沼豊, 荒木令江

    日本生化学会大会(Web)   87th   3P-372 (WEB ONLY) - 372]   2014年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:(公社)日本生化学会  

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  • 神経皮膚症候群に関する調査研究 神経系細胞増殖に関わる新規NF1関連シグナルTCTP‐mTORの相互調節機構の解析

    荒木令江, 小林大樹, 倉持朗

    神経皮膚症候群に関する調査研究 平成25年度 総括・分担研究報告書   25 - 30   2014年

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    記述言語:日本語  

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  • 融合プロテオミクス:新規治療標的分子ネットワーク同定のためのマルチオミクス解析基盤

    小林大樹, 荒木令江

    日本生化学会大会(Web)   87th   2S05A-1 (WEB ONLY)   2014年

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    記述言語:日本語  

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  • 融合プロテオミクスによるNF1遺伝子発現抑制細胞内異常シグナルの同定と治療への展望

    平山未央, 小林大樹, 荒木令江

    日本薬学会年会要旨集(CD-ROM)   134th   ROMBUNNO.S26-6   2014年

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    記述言語:日本語  

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  • 全自動2次元電気泳動装置を用いた前立腺がんマーカータンパク質の解析

    西村 宗徳, 鵜沼 豊, 荒木 令江, 緑川 宇一, 長山 慈, 小林 大樹, 村上 洋嗣, 笹尾 明, 河野 吉昭, 今村 隆寿, 和田 孝浩

    日本プロテオーム学会大会要旨集   2014 ( 0 )   123 - 123   2014年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本プロテオーム学会(日本ヒトプロテオーム機構)  

    CiNii Article

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  • 融合プロテオミクスによるグリオーマ幹細胞の分化誘導機構と治療ターゲット分子の解析(Analysis of the differentiation mechanism of glioma initiating cells by the integrated proteomics)

    荒木 令江, 南部 晶子, 堀, 緑川 宇一, 水口 惣平, 秀 拓一郎, 小林 大樹, ウイルソン森藤 政代, 菰原 義弘, 中村 英夫, 竹屋 元裕, 倉津 純一

    日本癌学会総会記事   72回   136 - 136   2013年10月

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    記述言語:英語   出版者・発行元:日本癌学会  

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  • 融合プロテオミクスによる神経線維腫症1型(NF1)病態モデル細胞内活性化シグナルDynein IC2‐GR‐COX‐1の同定

    小林大樹, 平山未央, 水口惣平, 森川崇, 長山慈, 緑川宇一, WILSON‐MORIFUJI Masayo, 南部(新堀)晶子, 吉沢明康, 河野信, 荒木令江

    日本生化学会大会(Web)   86th   1T14P-11(1P-314) (WEB ONLY)   2013年

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    記述言語:日本語  

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  • 神経皮膚症候群に関する調査研究 融合プロテオミクスによる神経系細胞分化に関わるNF1腫瘍抑制遺伝子関連タンパク質の解析

    荒木令江, 小林大樹, 平山未央, 倉持朗

    神経皮膚症候群に関する調査研究 平成24年度 総括・分担研究報告書   33 - 39   2013年

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    記述言語:日本語  

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  • 融合プロテオミクスによるグリオーマ幹細胞の分化ニッチと悪性化メカニズムの解析

    荒木令江, 南部(新堀)晶子, 緑川宇一, 小林大樹, 水口惣平, 永井美奈子, 秀拓一郎, 中村英夫, 倉津純一

    日本生化学会大会(Web)   86th   1T10P-14(2P-401) (WEB ONLY)   2013年

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    記述言語:日本語  

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  • 融合プロテオミクスによる新規神経線維腫症1型(NF1)関連因子TCTPの同定と、そのNF1腫瘍における機能解析

    小林 大樹, 平山 未央, 菰原 義弘, 水口 惣平, ウィルソン森藤 政代, 尹 浩信, 竹屋 元裕, 倉持 朗, 荒木 令江

    日本生化学会大会プログラム・講演要旨集   85回   2T01 - 07   2012年12月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:(公社)日本生化学会  

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  • 全自動2次元電気泳動装置を用いた腫瘍マーカータンパク質の解析

    西村 宗徳, 緑川 宇一, 長山 慈, 小林 大樹, 平山 未央, 廣田 由夏, 村上 洋嗣, 和田 孝浩, 今村 隆寿, 直江 秀昭, 佐々木 裕, 鵜沼 豊, 荒木 令江

    日本生化学会大会プログラム・講演要旨集   85回   2P - 667   2012年12月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:(公社)日本生化学会  

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  • 神経皮膚症候群に関する調査研究 融合プロテオミクスによる神経系細胞分化に関わるNF1腫瘍抑制遺伝子関連細胞内タンパク質ネットワークの解析

    荒木令江, 小林大樹, 平山未央

    神経皮膚症候群に関する調査研究 平成23年度 総括・分担研究報告書   61 - 66   2012年

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    記述言語:日本語  

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  • 融合プロテオミクスによる新規神経線維腫症1型(NF1)関連因子TCTPの同定と、治療標的としての機能解析

    小林 大樹, 平山 未央, 菰原 義弘, 水口 惣平, ウイルソン-森藤 政代, 尹 浩信, 竹屋 元裕, 倉持 朗, 荒木 令江

    日本プロテオーム学会大会要旨集   2012 ( 0 )   172 - 172   2012年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本プロテオーム学会(日本ヒトプロテオーム機構)  

    DOI: 10.14889/jhupo.2012.0.172.0

    CiNii Article

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  • 融合プロテオミクスによるグリオーマ幹細胞の分化誘導ニッチの解析

    荒木令江, 南部(新堀)晶子, 緑川宇一, 永井美奈子, 小林大樹, 水口惣平, 秀拓一郎, 中村英夫, 菰原義弘, 竹屋元裕, 倉津純一

    日本生化学会大会(Web)   85th   2T01-08 (WEB ONLY)   2012年

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    記述言語:日本語  

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  • 融合プロテオミクスによる悪性脳腫瘍化学治療耐性に関わる分子ネットワークの解析

    荒木令江, 水口惣平, 森川崇, 坪田誠之, 小林大樹, 平山未央, 緑川宇一, 南部晶子, 中村英夫, 倉津純一

    生化学   ROMBUNNO.2T16P-15   2011年

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    記述言語:日本語  

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  • 神経皮膚症候群に関する調査研究 融合プロテオミクスによる神経系細胞分化に関わるNF1腫瘍抑制遺伝子関連タンパク質の解析

    荒木令江, 小林大樹, 平山未央, 尹浩信, 竹屋元裕, 菰原義弘, 倉持朗

    神経皮膚症候群に関する調査研究 平成22年度 総括・分担研究報告書   59 - 64   2011年

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    記述言語:日本語  

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  • 融合プロテオミクスによるNF1腫瘍抑制遺伝子産物Neurofibrominの機能欠損による神経系細胞内異常シグナルの解析

    平山未央, 小林大樹, 森川崇, 長山慈, 緑川宇一, 水口惣平, 荒木令江

    生化学   ROMBUNNO.3T14P-9   2011年

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    記述言語:日本語  

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  • 融合プロテオミクスによるNF1腫瘍抑制タンパク質の神経系細胞内発現抑制による異常シグナルの解析

    平山未央, 小林大樹, 森川崇, 長山慈, 緑川宇一, 水口惣平, 荒木令江

    生化学   ROMBUNNO.4P-0212   2010年

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    記述言語:日本語  

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  • 神経皮膚症候群に関する調査研究 融合プロテオミクスによる神経系細胞分化に関わるNF1腫瘍抑制遺伝子関連タンパク質の解析

    荒木令江, 小林大樹, 平山未央, 尹浩信

    神経皮膚症候群に関する調査研究 平成21年度 総括・分担研究報告書   53 - 58   2010年

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    記述言語:日本語  

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  • FUNCTIONAL ANALYSIS OF THE PROTEOME RELATED TO THE CHEMOTHERAPY SENSITIVITY IN ANAPLASTIC OLIGODENDROGLIOMA AND ANAPLASTIC OLIGOASTROCYTOMA

    Nobuyuki Tsubora, Takashi Morikawa, Uichi Midorikawa, Daiki Kobayashi, Hideo Nakamura, Junichi Kuratsu, Norie Araki

    NEURO-ONCOLOGY   11 ( 6 )   931 - 931   2009年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究発表ペーパー・要旨(国際会議)   出版者・発行元:OXFORD UNIV PRESS INC  

    Web of Science

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  • 統合プロテオミクスとバイオインフォマティクスの手法を用いた脳腫瘍の化学治療感受性に関するVimentinを介したネットワークの解析

    水口惣平, 森川崇, 坪田誠之, 緑川宇一, 長山慈, 小林大樹, WILSON Anthony, ウィルソン(森藤, 政代, 中村英夫, 倉津純一, 荒木令江

    生化学   ROMBUNNO.2T4A-3   2009年9月

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    記述言語:日本語  

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  • 抗体カクテルとnatural protein chipを用いた簡便な病態関連分子群解析法の開発

    荒木令江, 森川崇, 坪田誠之, 緑川宇一, 水口惣平, 小林大樹, 新堀晶子, 中村英夫, 倉津純一

    生化学   ROMBUNNO.4T15A-9   2009年9月

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    記述言語:日本語  

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  • プロテオミクス手法による神経系細胞分化に関わるNF1腫瘍抑制遺伝子関連タンパク質の同定とその役割

    小林大樹, 平山未央, ウィルソン(森藤, 政代, 水口惣平, 長山慈, 森川崇, 新堀晶子, 坪田誠之, 緑川宇一, 荒木令江

    生化学   ROMBUNNO.4P-790   2009年9月

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    記述言語:日本語  

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  • Proteomic approach to investigate the mechanisms for acquired Imatinib resistance in chronic myeloid leukemia cell line K562 cells

    Takeru Nambu, Takashi Morikawa, Daiki Kobayashi, Akihiko Kuniyasu, Akinobu Hamada, Norie Araki, Hideyuki Saito

    CANCER RESEARCH   69   2009年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究発表ペーパー・要旨(国際会議)   出版者・発行元:AMER ASSOC CANCER RESEARCH  

    Web of Science

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  • 退形成性乏突起膠腫(AOG)における化学療法感受性に関連する蛋白質群の機能プロテオーム解析

    森川崇, 坪田誠之, 緑川宇一, 長山慈, 小林大樹, WILSON Anthony, WILSON(森藤, 政代, 中村英夫, 倉津純一, 森安眞津子, 荒木令江

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集   9th   116   2009年4月

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    記述言語:日本語  

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  • iTRAQ試薬を用いたLC‐ショットガンおよび2D‐DIGEによるPC12細胞分化のプロテオーム解析

    小林大樹, 森川崇, 熊谷次郎, WILSON Anthony, 長山慈, 南部健, WILSON‐MORIFUJI Masayo, 荒木令江

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集   8th   71   2008年5月

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    記述言語:日本語  

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  • NGF刺激によるPC12細胞分化に関わる新規蛋白質のプロテオミクスによる同定とその役割

    小林大樹, 森川崇, 熊谷次郎, ウィルソン(森藤, 政代, WILSON Anthony, 長山慈, 坪田誠之, 荒木令江

    生化学   3P-0139   2008年

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    記述言語:日本語  

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  • Proteomic analysis of phosophorylated proteins related to the chemosensitivity in glioma using 2D-DIGE combined with phospho-specific staining

    Takashi Morikawa, Nobuyuki Tsubota, Megumi Nagayama, Daiki Kobayashi, Anthony Wilson, Masayo Wilson, Hideo Nakamura, Junichi Kuratsu, Matsuko Moriyasu, Norie Araki

    JOURNAL OF PHARMACOLOGICAL SCIENCES   106   245P - 245P   2008年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究発表ペーパー・要旨(国際会議)   出版者・発行元:JAPANESE PHARMACOLOGICAL SOC  

    Web of Science

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  • 融合プロテオミクスによるヒト舌癌細胞における高転移性癌細胞増殖の分子メカニズムの解析

    ウィルソン森藤, 田代康介, WILSON Anthony Wayne, 森川崇, 小林大樹, 坪田誠之, 荒木令江

    生化学   3P-0104   2007年

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    記述言語:日本語  

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  • 2D‐DIGEによる脳腫瘍化学治療感受性に関連する蛋白質群の解析

    森川崇, 坪田誠之, 永山慈, 小林大樹, WILSON Anthony, ウィルソン(森藤, 政代, 中村英夫, 倉津純一, 森安眞津子, 荒木令江

    生化学   4P-0911   2007年

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    記述言語:日本語  

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  • iTRAQ法を用いた神経突起伸長に関わる細胞内タンパク質群の網羅的同定と,データマイニングによるこれら分子群の細胞内機能解析

    小林大樹, 熊谷次郎, PATRAKITKOMJORN Siriporn, 森川崇, 南部健, ウィルソン(森藤, 政代, 林田美和, WILSON Anthony, 荒木令江

    生化学   2P-1478   2007年

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    記述言語:日本語  

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  • 多機能プロテアーゼインヒビターの創製とその性質

    稲永英子, 小林大樹, 上妻由章, 木村誠, 山崎信行, 青木智佐, 河原畑勇

    日本農芸化学会誌   75 ( 2 )   252   2001年2月

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    記述言語:日本語  

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  • 多機能プロテアーゼインヒビターの創製とその性質

    稲永英子, 小林大樹, 上妻由章, 木村誠, 山崎信行, 青木智佐, 河原畑勇

    日本農芸化学会西日本支部大会およびシンポジウム講演要旨集   2000   87   2000年10月

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    記述言語:日本語  

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講演・口頭発表等

  • NGF刺激によるPC12細胞分化に関わる新規蛋白質のプロテオミクスによる同定とその役割

    BMB2008(第31回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会 合同大会)  2008年 

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    会議種別:ポスター発表  

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受賞

  • 2014年度日本プロテオーム学会奨励賞

    日本プロテオーム学会  

    小林 大樹

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共同研究・競争的資金等の研究

  • 質量分析によるアミノ酸配列de novo決定のための新規手法開発

    研究課題/領域番号:20H03245  2020年4月 - 2023年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 基盤研究(B)  基盤研究(B)

    河野 信, 岩崎 未央, 小林 大樹, 吉沢 明康

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    配分額:17680000円 ( 直接経費:13600000円 、 間接経費:4080000円 )

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  • TCTP-EF1A2による翻訳制御を標的としたNF1腫瘍化機構の解析と治療法開発

    研究課題/領域番号:19K07691  2019年4月 - 2022年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 基盤研究(C)  基盤研究(C)

    小林 大樹, 荒木 令江

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    配分額:4290000円 ( 直接経費:3300000円 、 間接経費:990000円 )

    神経線維腫症Ⅰ型(NF1)は3000人に1人の割合で発症する遺伝性疾患で、悪性神経鞘腫瘍(MPNST)やグリオーマを発症することが知られている。本研究室の以前の研究結果から、NF1腫瘍細胞内ではTranslationally Controlled Tumor Protein (TCTP)の発現が上昇しており、悪性度の高いNF1腫瘍ではTCTPの発現量が高くなる傾向にあることを明らかにした1) 2)。加えて、TCTPはEF1A2を中心としたNF1腫瘍特異的な翻訳伸長因子群との相互作用によって、NF1腫瘍の悪性化に寄与することを明らかにした。本研究では、TCTPと相互作用するタンパク質の同定と、それらの相互作用部位の特定をクロスリンク質量分析法によって行い、TCTPの構造と機能を解明することでTCTPのNF1腫瘍治療ターゲットとしての有用性を検討した。その結果、TCTPは、EF1A2のホモ二量体構造を形成する部位と拮抗的に結合し、EF1A2の二量体化を阻害することで、EF1A2の翻訳機能を活性化することが考えられた。また、EF1A2のGTP結合領域で翻訳伸長因子群との複合体の形成を媒介することによって、TCTPはEF1A2の活性化に寄与することが示唆された。これらの情報をもとに、TCTPとNF1腫瘍特異的な翻訳伸長因子群の立体構造形成を阻害するような薬剤を選択的に用いることで、NF1に関連する腫瘍の治療の開発に応用できることが期待される。

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  • 2型糖尿病の代謝アダプテーション

    研究課題/領域番号:17H06300  2017年6月 - 2022年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 新学術領域研究(研究領域提案型)  新学術領域研究(研究領域提案型)

    黒田 真也, 稲葉 有香, 土屋 貴穂, 小林 大樹, 幡野 敦

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    配分額:237900000円 ( 直接経費:183000000円 、 間接経費:54900000円 )

    申請者らは、2型糖尿病の代謝アダプテーションの解析における基盤技術として、トランスオミクスを測る、繋ぐ、読み解く解析手法の確立を行った(川田ら、Genes Cells, 2018)。ラット肝がん由来のFAO細胞にインスリン刺激を施し、細胞から抽出したリン酸化タンパク質についてリン酸化プロテオームにより網羅的に取得した(トランスオミクスを測る)。またこれらの網羅的データからインスリン刺激に対して変動するリン酸化たんぱく質のネットワークを明らかにした。
    また、これに先行してヒトの血中ホルモンやメタボロームデータの時系列データの解析も行った(藤井ら、NPJ Syst. Biol. Appl. 2019)。これにより生体はグルコースに対して感受性や時定数などを用いてフレキシブルに全身の糖代謝を制御することが明らかとなった
    さらに、野生型(WT)マウスと肥満マウスであるレプチン欠損マウスob/obマウスに経口グルコース負荷を行い、肝臓でのメタボローム解析・トランスクリプトーム解析・シグナル分子の大規模時系列データを測定した。糖に対して増加あるいは減少する糖応用分子を定義して、それぞれの階層で糖応答分子を大規模に同定した。さらに経路データベースと組合せることにより、野生型マウス及び肥満マウスob/obマウスの肝臓の糖応答代謝反応の制御トランスオミクスネットワークの構築を開始した。これにより個体レベルで初めてトランスオミクスを測る、繋ぐが可能となった。なお、今回の予備的な解析によりトランスオミクス解析により、WTマウスとob/obマウスの肝臓では代謝制御の方法が大きく異なることが明らかとなった。

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  • TCTPによる翻訳活性化を介した新規NF1腫瘍促進シグナル分子群の同定と機能解析

    研究課題/領域番号:16K07118  2016年4月 - 2020年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 基盤研究(C)  基盤研究(C)

    小林 大樹

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    配分額:4940000円 ( 直接経費:3800000円 、 間接経費:1140000円 )

    神経線維腫症1型(NF1)病態発症機序の解明を目的として、TCTPを介した翻訳制御機構のNF1腫瘍細胞内における役割を検討した。TCTPは翻訳伸長因子複合体と有意に結合しており、特にTCTPはEF1A2との特異的相互作用をコアとした翻訳伸長因子群と複合体を形成することによって、NF1腫瘍細胞内のタンパク質翻訳を促進していることが明らかとなった。したがって、TCTPはEF1A2を主体したタンパク質翻訳伸長反応を活性化することにより、NF1腫瘍の病態を進行させていることが考えられた。

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  • 神経線維腫症1型腫瘍における新規病態関連分子TCTPの機能・役割の解明

    研究課題/領域番号:26830079  2014年 - 2015年

    文部科学省  科学研究費補助金(若手研究(B))  若手研究(B)

    小林 大樹

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

    配分額:4030000円 ( 直接経費:3100000円 、 間接経費:930000円 )

    神経線維腫症1型(NF1)は神経線維種や悪性腫瘍をはじめとする、多彩な病態を示す遺伝性疾患であり、その詳細な分子機序、病態マーカー、および治療標的は報告されていない。本研究では、新規NF1関連分子TCTPのNF1腫瘍細胞内での機能を詳細に検討するため、TCTP結合タンパク質群の網羅的な同定を試みた。その結果、TCTPは翻訳、およびストレス応答に関わる因子群と有意に相互作用することが明らかとなった。特に、TCTPは翻訳伸長因子EF1A2との特異的な相互作用によって、NF1腫瘍細胞内のタンパク質合成能を活性化していることが考えられ、その機能阻害がNF1腫瘍の治療標的として有効であると示唆された。

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  • NF1・NF2遺伝子産物機能破綻による神経系腫瘍発生機構解明と分子治療戦略の構築

    研究課題/領域番号:25293312  2013年4月 - 2016年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 基盤研究(B)  基盤研究(B)

    荒木 令江, 倉津 純一, 中村 英夫, 小林 大樹

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    配分額:18200000円 ( 直接経費:14000000円 、 間接経費:4200000円 )

    NF1及びNF2の病態発症メカニズム解明と分子標的の開発を目的として、それぞれの原因遺伝子産物の細胞内機能欠損によって異常化する特異的なシグナル分子群を、融合プロテオミクスにて詳細に解析した。特にNF1病態モデルを用い、異常に活性化するmTOR経路調節因子TCTPの関わる新規ネットワークを検出した。患者組織におけるTCTPの発現は、NF1腫瘍の悪性度に相関し、特に悪性末梢神経鞘腫(MPNST)において顕著であり、mTORの活性化によって翻訳レベルで制御されることが判明した。NF腫瘍においてTCTPを特異的に阻害することによって、NF腫瘍の治療が可能となる可能性が示唆された。

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  • TCTPを介した神経線維腫症1型腫瘍の発症機序の解明と治療戦略の構築

    研究課題/領域番号:24700981  2012年4月 - 2014年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 若手研究(B)  若手研究(B)

    小林 大樹

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    配分額:4420000円 ( 直接経費:3400000円 、 間接経費:1020000円 )

    神経線維腫症1 型(NF1)は良性の神経線維腫や悪性腫瘍などの多彩な病態を示す遺伝性疾患である。NF1腫瘍においては、その発生機構の解明、およびバイオマーカー・治療の開発が進んでおらず、治療法が確立されていない現状にある。本研究では、新規NF1病態関連分子TCTPが、NF1腫瘍の新規バイオマーカーおよび治療標的として有用であるか検証した。その結果、TCTPはNF1腫瘍の悪性度に相関して高発現しており、さらにNF1腫瘍細胞の成長を促進する役割を果たすことが判明した。本研究結果により、新規NF1病態関連分子TCTPを標的としたNF1腫瘍の診断法、および治療戦略の開発が今後期待される。

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  • 神経線維腫症原因遺伝子群を介した細胞内腫瘍抑制シグナルの解明と分子治療標的の開発

    研究課題/領域番号:19390382  2007年 - 2009年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 基盤研究(B)  基盤研究(B)

    荒木 令江, 佐谷 秀行, 中村 英夫, 小林 大樹, 佐谷 秀行, 中村 英夫, 小林 大樹

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    配分額:18590000円 ( 直接経費:14300000円 、 間接経費:4290000円 )

    本研究では、NF1及びNF2の病態発症メカニズム解明と治療ターゲットの開発を目的として、それぞれの原因遺伝子産物;NF1蛋白(Neurofibromin),及びNF2蛋白(Merlin)の細胞内機能に関連する特異的なシグナル分子群を融合プロテオミクスおよび細胞生物学的手法を用いて詳細に解析した。モデル細胞として用いたPC12細胞において、siRNAによるNF遺伝子発現の抑制は、NGFによる神経突起伸長を経時的に阻害し、細胞骨格系の制御異常、運動能の亢進および腫瘍塊様の形態変化を誘導した。プロテオミクスによる定量的発現変動解析の結果、約1600種のPC12細胞内発現蛋白質を同定し、さらに72種の神経系細胞分化と細胞死抑制に関わる新規機能分子群の同定に成功した。また、neurofibromin、およびMerlinの神経系細胞内結合蛋白質の解析を行い、neurofibrominにおいては58種類の、Merlinにおいては68種類の、ニューロン分化制御因子群、リン酸化酵素制御因子群、細胞骨格系制御等に関わる分子群を同定した。特にNF結合蛋白質群は、RAS-Rho-RhoK-CRMP2およびRAS-MAPK-CDK5-GSK3-b-CRMP2シグナルの制御を行うことによって神経系細胞の分化制御に関わっていることを明らかにした。これらの責任分子群を介するシグナル調節がNFにおいて障害された神経系細胞の機能改善に有用である可能性を提唱した

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