2024/12/07 更新

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ヤマサキ マサノリ
山崎 将紀
YAMASAKI Masanori
所属
教育研究院 自然科学系 農学系列 教授
農学部 教授
自然科学研究科 生命・食料科学専攻 教授
職名
教授
通称等の別名
新潟大学農学部
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外部リンク

学位

  • 博士(農学) ( 2001年3月   九州大学 )

研究分野

  • 環境・農学 / 作物生産科学

  • 環境・農学 / 遺伝育種科学  / 植物遺伝育種学

経歴(researchmap)

  • 新潟大   農学部   教授

    2022年4月 - 現在

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  • 神戸大学   大学院農学研究科 附属食資源教育研究センター   准教授

    2011年1月 - 2022年3月

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  • 神戸大学   大学院農学研究科 附属食資源教育研究センター   助手・助教

    2006年4月 - 2011年1月

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経歴

  • 新潟大学   自然科学研究科 生命・食料科学専攻   教授

    2022年4月 - 現在

  • 新潟大学   教育研究院 自然科学系 農学系列   教授

    2022年4月 - 現在

  • 新潟大学   農学部   教授

    2022年4月 - 現在

学歴

  • 九州大学 大学院生物資源環境科学研究科博士課程生物資源開発管理学専攻修了

    - 2001年3月

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所属学協会

 

論文

  • Dual ensemble approach to predict rice heading date by integrating multiple rice phenology models and machine learning-based genetic parameter regression models

    Satoshi Kawakita, Masanori Yamasaki, Ryo Teratani, Shiori Yabe, Hiromi Kajiya-Kanegae, Hiroe Yoshida, Erina Fushimi, Hiroshi Nakagawa

    Agricultural and Forest Meteorology   344   109821 - 109821   2024年1月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Elsevier BV  

    DOI: 10.1016/j.agrformet.2023.109821

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  • Integrated genome-wide differentiation and association analyses identify causal genes underlying breeding-selected grain quality traits in japonica rice 査読

    Hideki Yoshida, Satoshi Okada, Fanmiao Wang, Shohei Shiota, Masaki Mori, Mayuko Kawamura, Xue Zhao, Yiqiao Wang, Naho Nishigaki, Asako Kobayashi, Kotaro Miura, Shinya Yoshida, Masaru Ikegami, Akitoshi Ito, Lin-Tzu Huang, Yue-Ie Caroline Hsing, Yoshiyuki Yamagata, Yoichi Morinaka, Masanori Yamasaki, Toshihisa Kotake, Eiji Yamamoto, Jian Sun, Ko Hirano, Makoto Matsuoka

    Molecular Plant   16 ( 9 )   1460 - 1477   2023年9月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Elsevier BV  

    DOI: 10.1016/j.molp.2023.09.002

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  • 水稲高温登熟性標準品種を用いた玄米外観品質判定の器種比較 査読

    村田和優, 長岡令, 小島洋一朗, 山崎将紀

    北陸作物・育種研究   58   13 - 19   2023年3月

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

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  • High-Density Linkage Maps from Japanese Rice japonica Recombinant Inbred Lines Using Genotyping by Random Amplicon Sequencing-Direct (GRAS-Di). 査読 国際誌

    Rym Fekih, Yohei Ishimaru, Satoshi Okada, Michihiro Maeda, Ryutaro Miyagi, Takahiro Obana, Kazuyo Suzuki, Minoru Inamori, Hiroyuki Enoki, Masanori Yamasaki

    Plants (Basel, Switzerland)   12 ( 4 )   929   2023年2月

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    担当区分:責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    The genetic dissection of agronomically important traits in closely related Japanese rice cultivars is still in its infancy mainly because of the narrow genetic diversity within japonica rice cultivars. In an attempt to unveil potential polymorphism between closely related Japanese rice cultivars, we used a next-generation-sequencing-based genotyping method: genotyping by random amplicon sequencing-direct (GRAS-Di) to develop genetic linkage maps. In this study, four recombinant inbred line (RIL) populations and their parents were used. A final RIL number of 190 for RIL71, 96 for RIL98, 95 for RIL16, and 94 for RIL91 derived from crosses between a common leading Japanese rice cultivar Koshihikari and Yamadanishiki, Taichung 65, Fujisaka 5, and Futaba, respectively, and the parent plants were subjected to GRAS-Di library construction and sequencing. Approximately 438.7 Mbp, 440 Mbp, 403.1 Mbp, and 392 Mbp called bases covering 97.5%, 97.3%, 98.3%, and 96.1%, respectively, of the estimated rice genome sequence at average depth of 1× were generated. Analysis of genotypic data identified 1050, 1285, 1708, and 1704 markers for each of the above RIL populations, respectively. Markers generated by GRAS-Di were organized into linkage maps and compared with those generated by GoldenGate SNP assay of the same RIL populations; the average genetic distance between markers showed a clear decrease in the four RIL populations when we integrated markers of both linkage maps. Genetic studies using these markers successfully localized five QTLs associated with heading date on chromosomes 3, 6, and 7 and which previously were identified as Hd1, Hd2, Hd6, Hd16, and Hd17. Therefore, GRAS-Di technology provided a low cost and efficient genotyping to overcome the narrow genetic diversity in closely related Japanese rice cultivars and enabled us to generate a high density linkage map in this germplasm.

    DOI: 10.3390/plants12040929

    PubMed

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  • Identification of Novel Quantitative Trait Loci for Culm Thickness of Rice Derived from Strong-Culm Landrace in Japan, Omachi 査読

    Koki Chigira, Masanori Yamasaki, Shunsuke Adachi, Atsushi J. Nagano, Taiichiro Ookawa

    Rice   16   4 - 4   2023年1月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Springer Science and Business Media LLC  

    Abstract

    Increasing the lodging resistance of rice through genetic improvement has been an important target in breeding. To further enhance the lodging resistance of high-yielding rice varieties amidst climate change, it is necessary to not only shorten culms but strengthen them as well. A landrace rice variety, Omachi, which was established more than 100 years ago, has the largest culm diameter and bending moment at breaking in the basal internodes among 135 temperate japonica accessions. Using unused alleles in such a landrace is an effective way to strengthen the culm. In this study, we performed quantitative trait locus (QTL) analysis to identify the genetic factors of culm strength of Omachi using recombinant inbred lines (RILs) derived from a cross between Omachi and Koshihikari, a standard variety in Japan. We identified three QTLs for the culm diameter of the 5th internode on chromosomes 3 (qCD3) and 7 (qCD7-1, qCD7-2). Among them, qCD7-2 was verified by QTL analysis using the F<sub>2</sub> population derived from a cross between one of the RILs and Koshihikari. RNA-seq analysis of shoot apex raised 10 candidate genes underlying the region of qCD7-2. The increase in culm strength by accumulating Omachi alleles of qCD3, qCD7-1 and qCD7-2 was 25.0% in 2020. These QTLs for culm diameter pleiotropically increased spikelet number per panicle but did not affect days to heading or culm length. These results suggest that the Omachi alleles of qCD3, qCD7-1 and qCD7-2 are useful for breeding to increase lodging resistance and yield.

    DOI: 10.1186/s12284-023-00621-8

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    その他リンク: https://link.springer.com/article/10.1186/s12284-023-00621-8/fulltext.html

  • γ‐Oryzanol concentrations in various rice genotypes ripened under different air temperatures 査読

    Hiroshi Nakano, Hiroe Yoshida, Shiori Yabe, Erina Fushimi, Ryo Tanaka, Masanori Yamasaki, Hiroshi Nakagawa

    Cereal Chemistry   2022年9月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1002/cche.10597

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  • Degenerate oligonucleotide primer MIG-seq: an effective PCR-based method for high-throughput genotyping

    Kazusa Nishimura, Hiroyuki Kokaji, Ko Motoki, Akira Yamazaki, Kyoka Nagasaka, Rihito Takisawa, Yasuo Yasui, Takashi Kawai, Koichiro Ushijima, Masanori Yamasaki, Hiroki Saito, Ryohei Nakano, Tetsuya Nakazaki

    2022年8月

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    出版者・発行元:Cold Spring Harbor Laboratory  

    Summary

    Multiplexed inter-simple sequence repeats genotyping by sequencing (MIG-seq) is an next-generation sequencing library construction method developed for the analysis of DNA in ecology. Although MIG-seq can generate libraries from low-quality DNA, few polymorphisms can be obtained in species with small genomes. In this study, we developed degenerate oligonucleotide primer MIG-seq (dpMIG-seq) as an effective polymorphism discovery method that allows for variation in the number of polymorphisms while retaining the advantages of MIG-seq, including independence from DNA quality. In dpMIG-seq, a proportion of the simple sequence repeats in the primer sequence of the first PCR in MIG-seq was changed to degenerate oligonucleotides to enable annealing to a wider range of sequences. In tests of several crop species other than wheat, the number of loci that could be sequenced using dpMIG-seq with a data volume of 0.3 gigabases (Gb) was increased compared with that sequenced using MIG-seq. In wheat, the number of polymorphisms obtained via dpMIG-seq was higher than that obtained via MIG-seq when a data volume of about ≥2 Gb was obtained. In dpMIG-seq, different loci could be sequenced by changing the positions of the degenerate oligonucleotides. By applying dpMIG-seq, we constructed a linkage map consisting of 5,142 markers for the rice inter-subspecies F<sub>2</sub> population, and we detected quantitative trait loci for heading date in the regions where known heading-related genes were located. Overall, our results show that dpMIG-seq is a useful tool for the genetic analysis of crop species.

    DOI: 10.1101/2022.08.25.504752

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  • A novel index to evaluate resource allocation pattern in panicles in Japanese rice cultivars 査読

    Shiori Yabe, Hiroe Yoshida, Erina Fushimi, Masanori Yamasaki, Hideo Maeda, Takeshi Hayashi, Hiroshi Nakagawa

    PLANT PRODUCTION SCIENCE   25 ( 2 )   195 - 210   2022年4月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:TAYLOR & FRANCIS LTD  

    The major impact of both genotypic and environmental factors on grain-filling efficiency of rice (Oryza sativa L.) makes evaluating cultivar's grain-filling characteristics highly complicated. To assess grain-filling characteristics, the allocation index (Alli) was defined as a novel indicator representing the pattern of resource allocation in panicles. Alli was calculated as the ratio of source of yield utilized for producing well-filled grains to the total source consumed in a panicle, using estimated grain weight distribution data. We measured the Alli of 91 Japanese rice cultivars grown under nine environments involving multiple years, cropping seasons, three sites, and flag leaf clipping. Each cultivar's stability in Alli was evaluated using the data of various sink-source balance conditions. As a result of integrated analysis of multiple cultivars, we observed a trade-off relationship between the stability of Alli and the stability of mean weight of well-filled grains (mu2). The popular high-yielding cultivars Hokuriku 193 and Takanari showed high stability of Alli and mu2 under various sink-source balance conditions. Among the 91 cultivars, Hokuriku 193 showed stable characteristics with a high sink-filling ratio. Our results demonstrate that the grain weight distribution and Alli could be used as novel indicator of grain-filling characteristics, and that the trade-off relationship between the stability of Alli and mu2 should be considered when we select cultivars for multi-environmental cultivation.

    DOI: 10.1080/1343943X.2021.2019593

    Web of Science

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  • コシヒカリ/雄町組換え自殖系統群を用いた水稲の倒伏抵抗性関連形質のQTL解析

    千装 公樹, 山崎 将紀, 安達 俊輔, 大川 泰一郎

    日本作物学会講演会要旨集   253   84 - 84   2022年3月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本作物学会  

    DOI: 10.14829/jcsproc.253.0_84

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  • Genetic Background Negates Improvements in Rice Flour Characteristics and Food Processing Properties Caused by a Mutant Allele of the PDIL1-1 Seed Storage Protein Gene. 査読 国際誌

    Kiyosumi Hori, Tomoya Okunishi, Kenji Nakamura, Ken Iijima, Masahiro Hagimoto, Katsuyuki Hayakawa, Koka Shu, Takashi Ikka, Hiroto Yamashita, Masanori Yamasaki, Yoshinobu Takeuchi, Shota Koyama, Yoshimasa Tsujii, Toshiaki Kayano, Takuro Ishii, Toshihiro Kumamaru, Yasushi Kawagoe, Toshio Yamamoto

    Rice (New York, N.Y.)   15 ( 1 )   13 - 13   2022年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Phenotypic differences among breeding lines that introduce the same superior gene allele can be a barrier to effective development of cultivars with desirable traits in some crop species. For example, a deficient mutation of the Protein Disulfide Isomerase Like 1-1 (PDIL1-1) gene can cause accumulation of glutelin seed storage protein precursors in rice endosperm, and improves rice flour characteristics and food processing properties. However, the gene must be expressed to be useful. A deficient mutant allele of PDIL1-1 was introduced into two rice cultivars with different genetic backgrounds (Koshihikari and Oonari). The grain components, agronomic traits, and rice flour and food processing properties of the resulting lines were evaluated. The two breeding lines had similar seed storage protein accumulation, amylose content, and low-molecular-weight metabolites. However, only the Koshihikari breeding line had high flour quality and was highly suitable for rice bread, noodles, and sponge cake, evidence of the formation of high-molecular-weight protein complexes in the endosperm. Transcriptome analysis revealed that mRNA levels of fourteen PDI, Ero1, and BiP genes were increased in the Koshihikari breeding line, whereas this change was not observed in the Oonari breeding line. We elucidated part of the molecular basis of the phenotypic differences between two breeding lines possessing the same mutant allele in different genetic backgrounds. The results suggest that certain genetic backgrounds can negate the beneficial effect of the PDIL1-1 mutant allele. Better understanding of the molecular basis for such interactions may accelerate future breeding of novel rice cultivars to meet the strong demand for gluten-free foods.

    DOI: 10.1186/s12284-022-00560-w

    PubMed

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  • Identification of a unique allele in the quantitative trait locus for crown root number in japonica rice from Japan using genome-wide association studies 査読

    Shota Teramoto, Masanori Yamasaki, Yusaku Uga

    Breeding Science   72 ( 3 )   222 - 231   2022年

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Japanese Society of Breeding  

    DOI: 10.1270/jsbbs.22010

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  • Development of an Aus-Derived Nested Association Mapping (Aus-NAM) Population in Rice 査読

    Justine K. Kitony, Hidehiko Sunohara, Mikako Tasaki, Jun-Ichi Mori, Akihisa Shimazu, Vincent P. Reyes, Hideshi Yasui, Yoshiyuki Yamagata, Atsushi Yoshimura, Masanori Yamasaki, Shunsaku Nishiuchi, Kazuyuki Doi

    Plants   10 ( 6 )   1255 - 1255   2021年6月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:MDPI AG  

    A genetic resource for studying genetic architecture of agronomic traits and environmental adaptation is essential for crop improvements. Here, we report the development of a rice nested association mapping population (aus-NAM) using 7 aus varieties as diversity donors and T65 as the common parent. Aus-NAM showed broad phenotypic variations. To test whether aus-NAM was useful for quantitative trait loci (QTL) mapping, known flowering genes (Ehd1, Hd1, and Ghd7) in rice were characterized using single-family QTL mapping, joint QTL mapping, and the methods based on genome-wide association study (GWAS). Ehd1 was detected in all the seven families and all the methods. On the other hand, Hd1 and Ghd7 were detected in some families, and joint QTL mapping and GWAS-based methods resulted in weaker and uncertain peaks. Overall, the high allelic variations in aus-NAM provide a valuable genetic resource for the rice community.

    DOI: 10.3390/plants10061255

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  • 酒米品種「白鶴錦」の遺伝特性 査読

    玉田佳大, 窪寺隆文, 広畑修二, 山崎将紀

    日本醸造協会誌   116 ( 5 )   339 - 346   2021年5月

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

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  • 水稲在来品種「雄町」と「亀治」に由来する新規の強稈遺伝子座の探索

    千装 公樹, 小島 奈津子, 山崎 将紀, 安達 俊輔, 大川 泰一郎

    日本作物学会講演会要旨集   251   86 - 86   2021年3月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本作物学会  

    DOI: 10.14829/jcsproc.251.0_86

    CiNii Article

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  • イネ出穂・開花関連遺伝子の遺伝子型情報を活用した発育予測モデル

    西村 和紗, 小梶 裕之, 齊藤 大樹, 山崎 将紀, 吉田 ひろえ, 清水 顕史, 永野 惇, 中川 博視, 中﨑 鉄也

    日本作物学会講演会要旨集   251   91 - 91   2021年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本作物学会  

    DOI: 10.14829/jcsproc.251.0_91

    CiNii Article

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  • Predicting Rice Heading Date Using an Integrated Approach Combining a Machine Learning Method and a Crop Growth Model 査読 国際誌

    Tai-Shen Chen, Toru Aoike, Masanori Yamasaki, Hiromi Kajiya-Kanegae, Hiroyoshi Iwata

    Frontiers in Genetics   11   599510 - 599510   2020年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Frontiers Media SA  

    Accurate prediction of heading date under various environmental conditions is expected to facilitate the decision-making process in cultivation management and the breeding process of new cultivars adaptable to the environment. Days to heading (DTH) is a complex trait known to be controlled by multiple genes and genotype-by-environment interactions. Crop growth models (CGMs) have been widely used to predict the phenological development of a plant in an environment; however, they usually require substantial experimental data to calibrate the parameters of the model. The parameters are mostly genotype-specific and are thus usually estimated separately for each cultivar. We propose an integrated approach that links genotype marker data with the developmental genotype-specific parameters of CGMs with a machine learning model, and allows heading date prediction of a new genotype in a new environment. To estimate the parameters, we implemented a Bayesian approach with the advanced Markov chain Monte-Carlo algorithm called the differential evolution adaptive metropolis and conducted the estimation using a large amount of data on heading date and environmental variables. The data comprised sowing and heading dates of 112 cultivars/lines tested at 7 locations for 14 years and the corresponding environmental variables (day length and daily temperature). We compared the predictive accuracy of DTH between the proposed approach, a CGM, and a single machine learning model. The results showed that the extreme learning machine (one of the implemented machine learning models) was superior to the CGM for the prediction of a tested genotype in a tested location. The proposed approach outperformed the machine learning method in the prediction of an untested genotype in an untested location. We also evaluated the potential of the proposed approach in the prediction of the distribution of DTH in 103 F<sub>2</sub> segregation populations derived from crosses between a common parent, Koshihikari, and 103 cultivars/lines. The results showed a high correlation coefficient (ca. 0.8) of the 10, 50, and 90th percentiles of the observed and predicted distribution of DTH. In this study, the integration of a machine learning model and a CGM was better able to predict the heading date of a new rice cultivar in an untested potential environment.

    DOI: 10.3389/fgene.2020.599510

    PubMed

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  • Landraces of temperate japonica rice have superior alleles for improving culm length associated with lodging resistance. 査読 国際誌

    Chigira, K, N. Kojima, M. Yamasaki, K. Yano, S. Adachi, T. Nomura, M. Jiang, K. Katsura, T. Ookawa

    Scientific Reports   10 ( 1 )   19855 - 19855   2020年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Lodging can reduce grain yield and quality in cereal crops including rice (Oryza sativa L.). To achieve both high biomass production and lodging resistance, the breeding of new cultivars with strong culms is a promising strategy. However, little is known about the diversity of culm strength in temperate japonica rice and underlying genetic factors. Here, we report a wide variation of culm strength among 135 temperate japonica cultivars, and some landraces having the strongest culms among these cultivars. The genome-wide association study (GWAS) identified 55 quantitative trait loci for culm strength and morphological traits, and revealed several candidate genes. The superior allele of candidate gene for culm thickness, OsRLCK191, was found in many landraces but had not inherited to the modern improved cultivars. Our results suggest that landraces of temperate japonica rice have unutilized superior alleles for contributing future improvements of culm strength and lodging resistance.

    DOI: 10.1038/s41598-020-76949-8

    PubMed

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  • 日本型イネ品種を用いた葉身傾斜角度に関わるゲノムワイド関連解析

    楊 浩翔, 小島 奈津子, 千装 公樹, 山崎 将紀, 大川 泰一郎, 安達 俊輔

    日本作物学会講演会要旨集   250   8 - 8   2020年9月

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    記述言語:英語   出版者・発行元:日本作物学会  

    DOI: 10.14829/jcsproc.250.0_8

    CiNii Article

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  • Genetics and epistatic effects for grain quality and yield of three grain-size QTLs identified in brewing rice (Oryza sativa L.). 査読

    Satoshi Okada, Ken Iijima, Kiyosumi Hori, Masanori Yamasaki

    Molecular Breeding   40 ( 9 )   88   2020年9月

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    担当区分:責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:SPRINGER  

    Rice (Oryza sativaL.) in Japan is not only a food staple but also an important material for the Japanese alcoholic beverage,sake. The grain used insakebrewing has different characters from the cooking rice grain, including a large grain size and high white-core expression rate (WCE). Because large-sized grains often have a heavy grain weight and higher yield, this trait is also important for cooking rice. Chalky grains, such as white-core or white-belly grains, are not ideal as cooking rice. Here, we report that three grain-size quantitative trait loci (QTLs;qGL4-2,qGWh5,qGWh10), derived from the brewing cultivar, Yamadanishiki, affect grain shape, chalky grain rate, and yield, using near isogenic and pyramiding lines in the genetic background of the cooking cultivar, Koshihikari. First, these QTLs influenced multiple components of grain shape, where epistatic effects were detected betweenqGL4-2andqGWh5, for grain width and thickness, and betweenqGL4-2andqGWh10, for grain length. Therefore, these QTLs may coordinate to control grain shape. Second, lines harboringqGWh5orqGWh10at the Yamadanishiki allele exhibited increased WCE, whereas lines withqGL4-2andqGWh10exhibited decreased white-belly grain rate (WBR). Thus, grain shape is associated with the occurrence of chalky grain, where the chalky type depends on the QTL. Finally, we used total panicle weight of plants as a simplified rice yield index, and a promising line pyramidingqGL4-2andqGWh5emerged. In conclusion,qGL4-2would be useful for the breeding of cooking rice, to decrease WBR, whileqGWh5andqGWh10were definitely more beneficial for that of brewing rice, to increase grain weight and WCE.

    DOI: 10.1007/s11032-020-01166-0

    Web of Science

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  • Coupling day length data and genomic prediction tools for predicting time-related traits under complex scenarios. 査読 国際誌

    Diego Jarquin, Hiromi Kajiya-Kanegae, Chen Taishen, Shiori Yabe, Reyna Persa, Jianming Yu, Hiroshi Nakagawa, Masanori Yamasaki, Hiroyoshi Iwata

    Scientific reports   10 ( 1 )   13382 - 13382   2020年8月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Genomic selection (GS) has proven to be an efficient tool for predicting crop-rank performance of untested genotypes; however, when the traits have intermediate optima (phenology stages), this implementation might not be the most convenient. GS might deliver high-rank correlations but incurring in serious bias. Days to heading (DTH) is a crucial development stage in rice for regional adaptability with a significant impact on yield potential. The objective of this research consisted in develop a novel method that accurately predicts time-related traits such as DTH in unobserved environments. For this, we propose an implementation that incorporates day length information (DL) in the prediction process for two relevant scenarios: CV0, predicting tested genotypes in unobserved environments (C method); and CV00, predicting untested genotypes in unobserved environments (CB method). The use of DL has advantages over weather data since it can be determined in advance just by knowing the location and planting date. The proposed methods showed that DL information significantly helps to improve the predictive ability of DTH in unobserved environments. Under CV0, the C method returned a root-mean-square error (RMSE) of 3.9 days, a Pearson correlation (PC) of 0.98 and the differences between the predicted and observed environmental means (EMD) ranged between -4.95 and 4.67 days. For CV00, the CB method returned an RMSE of 7.3 days, a PC of 0.93 and the EMD ranged between -6.4 and 4.1 days while the conventional GS implementation produced an RMSE of 18.1 days, a PC of 0.41 and the EMD ranged between -31.5 and 28.7 days.

    DOI: 10.1038/s41598-020-70267-9

    PubMed

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  • 水稲における強稈性に関与する稈細胞壁構成成分のゲノムワイド関連解析

    小島 奈津子, 千装 公樹, 山崎 将紀, 安達 俊輔, 大川 泰一郎

    日本作物学会講演会要旨集   249   160 - 160   2020年3月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本作物学会  

    DOI: 10.14829/jcsproc.249.0_160

    CiNii Article

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  • Predicting biomass of rice with intermediate traits: Modeling method combining crop growth models and genomic prediction models. 査読 国際誌

    Yusuke Toda, Hitomi Wakatsuki, Toru Aoike, Hiromi Kajiya-Kanegae, Masanori Yamasaki, Takuma Yoshioka, Kaworu Ebana, Takeshi Hayashi, Hiroshi Nakagawa, Toshihiro Hasegawa, Hiroyoshi Iwata

    PloS one   15 ( 6 )   e0233951   2020年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Genomic prediction (GP) is expected to become a powerful technology for accelerating the genetic improvement of complex crop traits. Several GP models have been proposed to enhance their applications in plant breeding, including environmental effects and genotype-by-environment interactions (G×E). In this study, we proposed a two-step model for plant biomass prediction wherein environmental information and growth-related traits were considered. First, the growth-related traits were predicted by GP. Second, the biomass was predicted from the GP-predicted values and environmental data using machine learning or crop growth modeling. We applied the model to a 2-year-old field trial dataset of recombinant inbred lines of japonica rice and evaluated the prediction accuracy with training and testing data by cross-validation performed over two years. Therefore, the proposed model achieved an equivalent or a higher correlation between the observed and predicted values (0.53 and 0.65 for each year, respectively) than the model in which biomass was directly predicted by GP (0.40 and 0.65 for each year, respectively). This result indicated that including growth-related traits enhanced accuracy of biomass prediction. Our findings are expected to contribute to the spread of the use of GP in crop breeding by enabling more precise prediction of environmental effects on crop traits.

    DOI: 10.1371/journal.pone.0233951

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  • Choosing the optimal population for a genome-wide association study: A simulation of whole-genome sequences from rice 査読

    Kosuke Hamazaki, Hiromi Kajiya-Kanegae, Masanori Yamasaki, Kaworu Ebana, Shiori Yabe, Hiroshi Nakagawa, Hiroyoshi Iwata

    Plant Genome   13 ( 1 )   e20005   2020年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    © 2020 The Authors. The Plant Genome published by Wiley Periodicals, Inc. on behalf of Crop Science Society of America A genome-wide association study (GWAS) needs to have a suitable population. The factors that affect a GWAS (e.g. population structure, sample size, and sequence analysis and field testing costs) need to be considered. Mixed populations containing subpopulations of different genetic backgrounds may be suitable populations. We conducted simulation experiments to see if a population with high genetic diversity, such as a diversity panel, should be added to a target population, especially when the target population harbors small genetic diversity. The target population was 112 accessions of Oryza sativa L. subsp. japonica, mainly developed in Japan. We combined the target population with three populations that had higher genetic diversity. These were 100 indica accessions, 100 japonica accessions, and 100 accessions with various genetic backgrounds. The results showed that the GWAS's power with a mixed population was generally higher than with a separate population. Also, the optimal GWAS populations varied depending on the fixation index (FST) of the quantitative trait nucleotides (QTNs) and the polymorphism of QTNs in each population. When a QTN was polymorphic in a target population, a target population combined with a higher diversity population improved the QTN's detection power. By investigating FST and the expected heterozygosity (He) as factors influencing the detection power, we showed that single nucleotide polymorphisms with high FST or low He are less likely to be detected by GWAS with mixed populations. Sequenced or genotyped germplasm collections can improve the GWAS's detection power by using a subset of the collections with a target population.

    DOI: 10.1002/tpg2.20005

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  • QTL analysis of resistance to bacterial wilt caused by Ralstonia solanacearum in potato. 査読

    Ippei Habe, Koji Miyatake, Tsukasa Nunome, Masanori Yamasaki, Takeshi Hayashi

    Breeding science   69 ( 4 )   592 - 600   2019年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Ralstonia solanacearum causes bacterial wilt, a soil-borne disease and one of the most important maladies of potato and other Solanaceae crops. We analyzed the resistance of a potato clone to bacterial wilt by quantitative trait locus (QTL) analysis. A resistant diploid potato clone 10-03-30 was crossed with a susceptible diploid clone F1-1 to generate a diploid, two-way pseudo-testcross F1 population comprised of 94 genotypes. Dense linkage maps, containing 4,139 single nucleotide polymorphism markers with an average distance of 0.6 and 0.3 cM between markers, were constructed for both parents. The resistance level was evaluated by in vitro inoculation test with R. solanacearum (phylotype I/biovar 4/race 1). Five QTLs (qBWR-1 to -5) were identified on potato chromosomes 1, 3, 7, 10, and 11, and they explained 9.3-18.4% of the phenotypic variance. The resistant parent had resistant alleles in qBWR-2, qBWR-3, and qBWR-4 and susceptible alleles in qBWR-1 and qBWR-5. Accumulation of the resistant alleles in all five QTLs increased the level of resistance compared with that of the resistant parent. This is the first study to identify novel QTLs for bacterial wilt resistance in potato by using genome-wide markers.

    DOI: 10.1270/jsbbs.19059

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  • Whole genome sequencing data of Oryza sativa L. cv. Takanari. 査読 国際誌

    Hiromi Kajiya-Kanegae, Shiori Yabe, Hiroe Yoshida, Kaworu Ebana, Masanori Yamasaki, Hiroshi Nakagawa, Hiroyoshi Iwata

    Data in brief   27   104546 - 104546   2019年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Oryza sativa L. 'Takanari' is one of the most productive indica cultivars [1,2]. Reciprocal chromosome segment substitution lines (CSSLs) derived from a cross between 'Koshihikari' and 'Takanari' are useful tools for the detection and precise mapping of target quantitative trait loci (QTL) in 'Takanari'. Although the available Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0 reference genome is available and useful for evaluating genetic diversity among japonica cultivars, it is not always useful for evaluating genetic diversity harbored by indica cultivars such as 'Takanari'. To reveal sequence variants in 'Takanari' and to exploit these variants in rice breeding programs, the whole genome of 'Takanari' was sequenced using a combination of Illumina HiSeq X Ten (20,983,495 reads and %GC 43) and PacBio (2,847,220 high-quality subreads). NGS data obtained have been deposited in the DNA Data Bank of Japan (DDBJ) under accession number DRA007557.

    DOI: 10.1016/j.dib.2019.104546

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  • Validation of a quantitative trait locus for the white-core expression rate of grain on chromosome 6 in a brewing rice cultivar and development of DNA markers for marker-assisted selection 査読

    69 ( 3 )   401 - 409   2019年9月

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    担当区分:責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1270/jsbbs.18166

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  • Genetic and phenotypic assessment of sugar beet (Beta vulgaris L. subsp. vulgaris) elite inbred lines selected in Japan during the past 50 years. 査読

    Breeding Science   69 ( 2 )   255 - 265   2019年6月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1270/jsbbs.18121

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  • Description of grain weight distribution leading to genomic selection for grain-filling characteristics in rice 査読

    Yabe Shiori, Yoshida Hiroe, Kajiya-Kanegae Hiromi, Yamasaki Masanori, Iwata Hiroyoshi, Ebana Kaworu, Hayashi Takeshi, Nakagawa Hiroshi

    PLoS ONE   13 ( 11 )   e0207627   2018年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Public Library Science  

    Grain-filling ability is one of the factors that controls grain yield in rice (Oryza sativa L.). We developed a method for describing grain weight distribution, which is the probability density function of single grain weight in a panicle, using 128 Japanese rice varieties. With this method, we quantitively analyzed genotypic differences in grain-filling ability and used the grain weight distribution parameters for genomic prediction subject to genetic improvement in grain yield in rice. The novel description method could represent the observed grain weight distribution with five genotype-specific parameters of a mixture of two gamma distributions. The estimated genotype-specific parameters representing the proportion of filled grains had applicability to explain the grain filling ability of genotypes comparable to that of sink-filling rate and the conventionally measured proportion of filled grains, which suggested the efficiency and flexibility of grain weight distribution parameters to handle several genotypes. We revealed that perfectly filled grains have to be prioritized over partially filled grains for the optimum allocation of the source of yield in a panicle, from the analysis for obtaining an ideal shape of grain weight distribution. We conducted genomic prediction of grain weight distribution considering five genotype-specific parameters of the distribution as phenotypes relating to grain filling ability. The proportion of filled grains, average weight of filled grains, and variance of filled grain weight, which were considered to control grain yield to a certain degree, were predicted with accuracies of 0.30, 0.28, and 0.53, respectively. The proposed description method of grain weight distribution facilitated not only the investigation of the optimum allocation of nutrients in a panicle for realizing high grain-filling ability, but also allowed genomic selection of grain weight distribution.

    CiNii Article

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  • A novel QTL qOPW11 associated with panicle weight affects panicle and plant architecture. 査読 国際誌

    S. Okada, M. Sasaki, YAMASAKI MASANORI

    Rice   11 ( 1 )   53 - 53   2018年9月

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    担当区分:責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1186/s12284-018-0246-x

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  • Ethylene-gibberellin signaling underlies adaptation of rice to periodic flooding 査読

    Takeshi Kuroha, Keisuke Nagai, Rico Gamuyao, Diane R. Wang, Tomoyuki Furuta, Masanari Nakamori, Takuya Kitaoka, Keita Adachi, Anzu Minami, Yoshinao Mori, Kiyoshi Mashiguchi, Yoshiya Seto, Shinjiro Yamaguchi, Mikiko Kojima, Hitoshi Sakakibara, Jianzhong Wu, Kaworu Ebana, Nobutaka Mitsuda, Masaru Ohme-Takagi, Shuichi Yanagisawa, Masanori Yamasaki, Ryusuke Yokoyama, Kazuhiko Nishitani, Toshihiro Mochizuki, Gen Tamiya, Susan R. McCouch, Motoyuki Ashikari

    Science   361 ( 6398 )   181 - 186   2018年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:American Association for the Advancement of Science (AAAS)  

    DOI: 10.1126/science.aat1577

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  • Association studies of seed-yield related traits for Jatropha curcas L. in Mexico. 査読

    Li Haiyan, Tsuchimoto Suguru, Harada Kyuya, Yamasaki Masanori, Sakai Hiroe, Wada Naoki, Alipour Atefeh, Sasai Tomohiro, Tsunekawa Atsushi, Tsujimoto Hisashi, Ando Takayuki, Tomemori Hisashi, Sato Shusei, Hirakawa Hideki, Pecina-Quintero Victor, Zamarripa Alfredo, Fukui Kiichi

    Tropical Agriculture and Development   62   68 - 77   2018年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

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  • Identification of qtls for rice grain size using a novel set of chromosomal segment substitution lines derived from yamadanishiki in the genetic background of koshihikari 査読

    Satoshi Okada, Akio Onogi, Ken Iijima, Kiyosumi Hori, Hiroyoshi Iwata, Wakana Yokoyama, Miki Suehiro, Masanori Yamasaki

    Breeding Science   68 ( 2 )   210 - 218   2018年

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    担当区分:責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Japanese Society of Breeding  

    Grain size is important for brewing-rice cultivars, but the genetic basis for this trait is still unclear. This paper aims to identify QTLs for grain size using novel chromosomal segment substitution lines (CSSLs) harboring chromosomal segments from Yamadanishiki, an excellent sake-brewing rice, in the genetic background of Koshihikari, a cooking cultivar. We developed a set of 49 CSSLs. Grain length (GL), grain width (GWh), grain thickness (GT), 100-grain weight (GWt) and days to heading (DTH) were evaluated, and a CSSL-QTL analysis was conducted. Eighteen QTLs for grain size and DTH were identified. Seven (qGL11, qGWh5, qGWh10, qGWt6-2, qGWt10-2, qDTH3, and qDTH6) that were detected in F2 and recombinant inbred lines (RILs) from Koshihikari/Yamadanishiki were validated, suggesting that they are important for large grain size and heading date in Yamadanishiki. Additionally, QTL reanalysis for GWt showed that qGWt10-2 was only detected in early-flowering RILs, while qGWt5 (in the same region as qGWh5) was only detected in late-flowering RILs, suggesting that these QTLs show different responses to the environment. Our study revealed that grain size in the Yamadanishiki cultivar is determined by a complex genetic mechanism. These findings could be useful for the breeding of both cooking and brewing rice.

    DOI: 10.1270/jsbbs.17112

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  • Genetic dissection of grain traits in Yamadanishiki, an excellent sake-brewing rice cultivar 査読

    Satoshi Okada, Miki Suehiro, Kaworu Ebana, Kiyosumi Hori, Akio Onogi, Hiroyoshi Iwata, Masanori Yamasaki

    THEORETICAL AND APPLIED GENETICS   130 ( 12 )   2567 - 2585   2017年12月

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    担当区分:責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:SPRINGER  

    The grain traits of Yamadanishiki, an excellent sake-brewing rice cultivar in Japan, are governed by multiple QTLs, namely, a total of 42 QTLs including six major QTLs.
    Japanese rice wine (sake) is produced using brewing rice (Oryza sativa L.) that carries traits desirable for sake-brewing, such as a larger grain size and higher white-core expression rate (WCE) compared to cooking rice cultivars. However, the genetic basis for these traits in brewing rice cultivars is still unclear. We performed analyses of quantitative trait locus (QTL) of grain and days to heading over 3 years on populations derived from crosses between Koshihikari, a cooking rice, and Yamadanishiki, an excellent sake-brewing rice. A total of 42 QTLs were detected for the grain traits, and the Yamadanishiki alleles at 16 QTLs contributed to larger grain size. Two major QTLs essential for regulating both 100-grain weight (GWt) and grain width (GWh) were harbored in the same regions on chromosomes 5 and 10. An interaction was noted between the environment and the QTL associated with WCE on chromosome 6, which was detected in two of 3 years. In addition, two QTLs for WCE on chromosomes 3 and 10 overlapped with the QTLs for GWt and GWh, suggesting that QTLs associated with grain size also play an important role in the formation of white-core. Despite differences in the rate of grain growth in both Koshihikari and Yamadanishiki across 2 years, the WCE in Yamadanishiki remained consistent, thus demonstrating that the formation of white-core does not depend on grain filling speed. These data can be informative for programs involved in breeding better cooking and brewing rice cultivars.

    DOI: 10.1007/s00122-017-2977-2

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  • Differences in glucose yield of residues from among varieties of rice, wheat, and sorghum after dilute acid pretreatment 査読

    Hiroshi Teramura, Kengo Sasaki, Hideo Kawaguchi, Fumio Matsuda, Jun Kikuchi, Tomokazu Shirai, Takashi Sazuka, Masanori Yamasaki, Shigeo Takumi, Chiaki Ogino, Akihiko Kondo

    BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY   81 ( 8 )   1650 - 1656   2017年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:TAYLOR & FRANCIS LTD  

    Bio-refinery processes require use of the most suitable lignocellulosic biomass for enzymatic saccharification and microbial fermentation. Glucose yield from biomass solid fractions obtained after dilute sulfuric acid (1%) pretreatment (at 180 degrees C) was investigated using 14, 8, and 16 varieties of rice, wheat, and sorghum, respectively. Biomass solid fractions of each crop showed similar cellulose content. However, glucose yield after enzymatic hydrolysis (cellulase loading at 6.6 filter paper unit/g-biomass) was different among the varieties of each crop, indicating genotypic differences for rice, wheat, and sorghum. Nuclear magnetic resonance method revealed that the high residual level of lignin aromatic regions decreased glucose yield from solid fraction of sorghum.

    DOI: 10.1080/09168451.2017.1336922

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  • Genetic Tracing of Jatropha curcas L. from Its Mesoamerican Origin to the World. 査読 国際誌

    Haiyan Li, Suguru Tsuchimoto, Kyuya Harada, Masanori Yamasaki, Hiroe Sakai, Naoki Wada, Atefeh Alipour, Tomohiro Sasai, Atsushi Tsunekawa, Hisashi Tsujimoto, Takayuki Ando, Hisashi Tomemori, Shusei Sato, Hideki Hirakawa, Victor P Quintero, Alfredo Zamarripa, Primitivo Santos, Adel Hegazy, Abdalla M Ali, Kiichi Fukui

    Frontiers in plant science   8   1539 - 1539   2017年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Frontiers Media  

    Jatropha curcas L. (Jatropha), a shrub species of the family Euphorbiaceae, has been recognized as a promising biofuel plant for reducing greenhouse gas emissions. However, recent attempts at commercial cultivation in Africa and Asia have failed because of low productivity. It is important to elucidate genetic diversity and relationship in worldwide Jatropha genetic resources for breeding of better commercial cultivars. Here, genetic diversity was analyzed by using 246 accessions from Mesoamerica, Africa and Asia, based on 59 simple sequence repeat markers and eight retrotransposon-based insertion polymorphism markers. We found that central Chiapas of Mexico possesses the most diverse genetic resources, and the Chiapas Central Depression could be the center of origin. We identified three genetic groups in Mesoamerica, whose distribution revealed a distinct geographic cline. One of them consists mainly of accessions from central Chiapas. This suggests that it represents the original genetic group. We found two Veracruz accessions in another group, whose ancestors might be shipped from Port of Veracruz to the Old World, to be the source of all African and Asian Jatropha. Our results suggest the human selection that caused low productivity in Africa and Asia, and also breeding strategies to improve African and Asian Jatropha. Cultivars improved in the productivity will contribute to expand mass commercial cultivation of Jatropha in Africa and Asia to increase biofuel production, and finally will support in the battle against the climate change.

    DOI: 10.3389/fpls.2017.01539

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  • Genome-wide association study using whole-genome sequencing rapidly identifies new genes influencing agronomic traits in rice 査読

    Kenji Yano, Eiji Yamamoto, Koichiro Aya, Hideyuki Takeuchi, Pei-ching Lo, Li Hu, Masanori Yamasaki, Shinya Yoshida, Hidemi Kitano, Ko Hirano, Makoto Matsuoka

    NATURE GENETICS   48 ( 8 )   927 - +   2016年8月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:NATURE PUBLISHING GROUP  

    A genome-wide association study ( GWAS) can be a powerful tool for the identification of genes associated with agronomic traits in crop species, but it is often hindered by population structure and the large extent of linkage disequilibrium. In this study, we identified agronomically important genes in rice using GWAS based on whole-genome sequencing, followed by the screening of candidate genes based on the estimated effect of nucleotide polymorphisms. Using this approach, we identified four new genes associated with agronomic traits. Some genes were undetectable by standard SNP analysis, but we detected them using gene-based association analysis. This study provides fundamental insights relevant to the rapid identification of genes associated with agronomic traits using GWAS and will accelerate future efforts aimed at crop improvement.

    DOI: 10.1038/ng.3596

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  • Natural variation in the glucose content of dilute sulfuric acid-pretreated rice straw liquid hydrolysates: implications for bioethanol production 査読

    Takashi Goda, Hiroshi Teramura, Miki Suehiro, Kengo Kanamaru, Hideo Kawaguchi, Chiaki Ogino, Akihiko Kondo, Masanori Yamasaki

    BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY   80 ( 5 )   863 - 869   2016年5月

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    担当区分:責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:TAYLOR & FRANCIS LTD  

    Rice straw is a promising resource for bioethanol production. Because the glucose content of pretreatment liquid hydrolysates is highly correlated with ethanol yield, the selection of appropriate rice cultivars is essential. The glucose content in liquid hydrolysates of pretreated rice straws of 208 diverse cultivars was evaluated in natural field in 2013 and 2014 using a novel high-throughput system. The glucose content of the rice straw samples varied across cultivars and was affected by environmental factors such as temperature and solar radiation. Several high-quality cultivars exhibiting high glucose content in both years were identified. The results of this study can aid in development of novel rice cultivars suitable as both feedstocks for bioethanol production and cooking.

    DOI: 10.1080/09168451.2015.1136882

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  • Island-Model Genomic Selection for Long-Term Genetic Improvement of Autogamous Crops 査読

    Shiori Yabe, Masanori Yamasaki, Kaworu Ebana, Takeshi Hayashi, Hiroyoshi Iwata

    PLOS ONE   11 ( 4 )   2016年4月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:PUBLIC LIBRARY SCIENCE  

    Acceleration of genetic improvement of autogamous crops such as wheat and rice is necessary to increase cereal production in response to the global food crisis. Population and pedigree methods of breeding, which are based on inbred line selection, are used commonly in the genetic improvement of autogamous crops. These methods, however, produce a few novel combinations of genes in a breeding population. Recurrent selection promotes recombination among genes and produces novel combinations of genes in a breeding population, but it requires inaccurate single-plant evaluation for selection. Genomic selection (GS), which can predict genetic potential of individuals based on their marker genotype, might have high reliability of single-plant evaluation and might be effective in recurrent selection. To evaluate the efficiency of recurrent selection with GS, we conducted simulations using real marker genotype data of rice cultivars. Additionally, we introduced the concept of an "island model" inspired by evolutionary algorithms that might be useful to maintain genetic variation through the breeding process. We conducted GS simulations using real marker genotype data of rice cultivars to evaluate the efficiency of recurrent selection and the island model in an autogamous species. Results demonstrated the importance of producing novel combinations of genes through recurrent selection. An initial population derived from admixture of multiple bi-parental crosses showed larger genetic gains than a population derived from a single bi-parental cross in whole cycles, suggesting the importance of genetic variation in an initial population. The island-model GS better maintained genetic improvement in later generations than the other GS methods, suggesting that the island-model GS can utilize genetic variation in breeding and can retain alleles with small effects in the breeding population. The island-model GS will become a new breeding method that enhances the potential of genomic selection in autogamous crops, especially bringing long-term improvement.

    DOI: 10.1371/journal.pone.0153945

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  • Uncovering a Nuisance Influence of a Phenological Trait of Plants Using a Nonlinear Structural Equation: Application to Days to Heading and Culm Length in Asian Cultivated Rice (Oryza Sativa L.) 査読

    Akio Onogi, Osamu Ideta, Takuma Yoshioka, Kaworu Ebana, Masanori Yamasaki, Hiroyoshi Iwata

    PLOS ONE   11 ( 2 )   2016年2月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:PUBLIC LIBRARY SCIENCE  

    Phenological traits of plants, such as flowering time, are linked to growth phase transition. Thus, phenological traits often influence other traits through the modification of the duration of growth period. This influence is a nuisance in plant breeding because it hampers genetic evaluation of the influenced traits. Genetic effects on the influenced traits have two components, one that directly affects the traits and one that indirectly affects the traits via the phenological trait. These cannot be distinguished by phenotypic evaluation and ordinary linear regression models. Consequently, if a phenological trait is modified by introgression or editing of the responsible genes, the phenotypes of the influenced traits can change unexpectedly. To uncover the influence of the phenological trait and evaluate the direct genetic effects on the influenced traits, we developed a nonlinear structural equation (NSE) incorporating a nonlinear influence of the phenological trait. We applied the NSE to real data for cultivated rice (Oryza sativa L.): days to heading (DH) as a phenological trait and culm length (CL) as the influenced trait. This showed that CL of the cultivars that showed extremely early heading was shortened by the strong influence of DH. In a simulation study, it was shown that the NSE was able to infer the nonlinear influence and direct genetic effects with reasonable accuracy. However, the NSE failed to infer the linear influence in this study. When no influence was simulated, an ordinary bi-trait linear model (OLM) tended to infer the genetic effects more accurately. In such cases, however, by comparing the NSE and OLM using an information criterion, we could assess whether the nonlinear assumption of the NSE was appropriate for the data analyzed. This study demonstrates the usefulness of the NSE in revealing the phenotypic influence of phenological traits.

    DOI: 10.1371/journal.pone.0148609

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  • Natural Variation in the Flag Leaf Morphology of Rice Due to a Mutation of the NARROW LEAF 1 Gene in Oryza sativa L. 査読

    Fumio Taguchi-Shiobara, Tatsuya Ota, Kaworu Ebana, Taiichiro Ookawa, Masanori Yamasaki, Takanari Tanabata, Utako Yamanouchi, Jianzhong Wu, Nozomi Ono, Yasunori Nonoue, Kazufumi Nagata, Shuichi Fukuoka, Hideyuki Hirabayashi, Toshio Yamamoto, Masahiro Yano

    GENETICS   201 ( 2 )   795 - +   2015年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:GENETICS SOCIETY AMERICA  

    We investigated the natural variations in the flag leaf morphology of rice. We conducted a principal component analysis based on nine flag leaf morphology traits using 103 accessions from the National Institute of Agrobiological Sciences Core Collection. The first component explained 39% of total variance, and the variable with highest loading was the width of the flag leaf (WFL). A genome-wide association analysis of 102 diverse Japanese accessions revealed that marker RM6992 on chromosome 4 was highly associated with WFL. In analyses of progenies derived from a cross between Takanari and Akenohoshi, the most significant quantitative trait locus (QTL) for WFL was in a 10.3-kb region containing the NARROW LEAF 1 (NAL1) gene, located 0.4 Mb downstream of RM6992. Analyses of chromosomal segment substitution lines indicated that a mutation (G1509A single-nucleotide mutation, causing an R233H amino acid substitution in NAL1) was present at the QTL. This explained 13 and 20% of total variability in WFL and the distance between small vascular bundles, respectively. The mutation apparently occurred during rice domestication and spread into japonica, tropical japonica, and indica subgroups. Notably, one accession, Phulba, had a NAL1 allele encoding only the N-terminal, or one-fourth, of the wild-type peptide. Given that the Phulba allele and the histidine-type allele showed essentially the same phenotype, the histidine-type allele was regarded as malfunctional. The phenotypes of transgenic plants varied depending on the ratio of histidine-type alleles to arginine-type alleles, raising the possibility that H-233-type products function differently from and compete with R-233-type products.

    DOI: 10.1534/genetics.115.181040

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  • Changes in Lignin and Polysaccharide Components in 13 Cultivars of Rice Straw following Dilute Acid Pretreatment as Studied by Solution-State 2D H-1-C-13 NMR 査読

    Hiroshi Teramura, Kengo Sasaki, Tomoko Oshima, Shimpei Aikawa, Fumio Matsuda, Mami Okamoto, Tomokazu Shirai, Hideo Kawaguchi, Chiaki Ogino, Masanori Yamasaki, Jun Kikuchi, Akihiko Kondo

    PLOS ONE   10 ( 6 )   2015年6月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:PUBLIC LIBRARY SCIENCE  

    A renewable raw material, rice straw is pretreated for biorefinery usage. Solution-state two-dimensional (2D) H-1-(13) C hetero-nuclear single quantum coherence (HSQC) nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy, was used to analyze 13 cultivars of rice straw before and after dilute acid pretreatment, to characterize general changes in the lignin and polysaccharide components. Intensities of most (15 of 16) peaks related to lignin aromatic regions, such as p-coumarate, guaiacyl, syringyl, p-hydroxyphenyl, and cinnamyl alcohol, and methoxyl, increased or remained unchanged after pretreatment. In contrast, intensities of most (11 of 13) peaks related to lignin aliphatic linkages or ferulate decreased. Decreased heterogeneity in the intensities of three peaks related to cellulose components in acid-insoluble residues resulted in similar glucose yield (0.45-0.59 g/g-dry biomass). Starch-derived components showed positive correlations (r = 0.71 to 0.96) with glucose, 5-hydroxymethyl-furfural (5-HMF), and formate concentrations in the liquid hydrolysates, and negative correlations (r = -0.95 to -0.97) with xylose concentration and acid-insoluble residue yield. These results showed the fate of lignin and polysaccharide components by pretreatment, suggesting that lignin aromatic regions and cellulose components were retained in the acid insoluble residues and starch-derived components were transformed into glucose, 5-HMF, and formate in the liquid hydrolysate.

    DOI: 10.1371/journal.pone.0128417

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  • Rare allele of a previously unidentified histone H4 acetyltransferase enhances grain weight, yield, and plant biomass in rice 査読

    Xian Jun Song, Takeshi Kuroha, Madoka Ayano, Tomoyuki Furuta, Keisuke Nagai, Norio Komeda, Shuhei Segami, Kotaro Miura, Daisuke Ogawa, Takumi Kamura, Takamasa Suzuki, Tetsuya Higashiyama, Masanori Yamasaki, Hitoshi Mori, Yoshiaki Inukai, Jianzhong Wu, Hidemi Kitano, Hitoshi Sakakibara, Steven E. Jacobsen, Motoyuki Ashikari

    PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA   112 ( 1 )   76 - 81   2015年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:NATL ACAD SCIENCES  

    Grain weight is an important crop yield component; however, its underlying regulatory mechanisms are largely unknown. Here, we identify a grain-weight quantitative trait locus (QTL) encoding a new-type GNAT-like protein that harbors intrinsic histone acetyltransferase activity (OsglHAT1). Our genetic and molecular evidences pinpointed the QTL-OsglHAT1's allelic variations to a 1.2-kb region upstream of the gene body, which is consistent with its function as a positive regulator of the traits. Elevated OsglHAT1 expression enhances grain weight and yield by enlarging spikelet hulls via increasing cell number and accelerating grain filling, and increases global acetylation levels of histone H4. OsglHAT1 localizes to the nucleus, where it likely functions through the regulation of transcription. Despite its positive agronomical effects on grain weight, yield, and plant biomass, the rare allele elevating OsglHAT1 expression has so far escaped human selection. Our findings reveal the first example, to our knowledge, of a QTL for a yield component trait being due to a chromatin modifier that has the potential to improve crop high-yield breeding.

    DOI: 10.1073/pnas.1421127112

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  • Exploring the areas of applicability of whole-genome prediction methods for Asian rice (Oryza sativa L.) 査読

    Akio Onogi, Osamu Ideta, Yuto Inoshita, Kaworu Ebana, Takuma Yoshioka, Masanori Yamasaki, Hiroyoshi Iwata

    THEORETICAL AND APPLIED GENETICS   128 ( 1 )   41 - 53   2015年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:SPRINGER  

    Our simulation results clarify the areas of applicability of nine prediction methods and suggest the factors that affect their accuracy at predicting empirical traits.
    Whole-genome prediction is used to predict genetic value from genome-wide markers. The choice of method is important for successful prediction. We compared nine methods using empirical data for eight phenological and morphological traits of Asian rice cultivars (Oryza sativa L.) and data simulated from real marker genotype data. The methods were genomic BLUP (GBLUP), reproducing kernel Hilbert spaces regression (RKHS), Lasso, elastic net, random forest (RForest), Bayesian lasso (Blasso), extended Bayesian lasso (EBlasso), weighted Bayesian shrinkage regression (wBSR), and the average of all methods (Ave). The objectives were to evaluate the predictive ability of these methods in a cultivar population, to characterize them by exploring the area of applicability of each method using simulation, and to investigate the causes of their different accuracies for empirical traits. GBLUP was the most accurate for one trait, RKHS and Ave for two, and RForest for three traits. In the simulation, Blasso, EBlasso, and Ave showed stable performance across the simulated scenarios, whereas the other methods, except wBSR, had specific areas of applicability; wBSR performed poorly in most scenarios. For each method, the accuracy ranking for the empirical traits was largely consistent with that in one of the simulated scenarios, suggesting that the simulation conditions reflected the factors that affected the method accuracy for the empirical results. This study will be useful for genomic prediction not only in Asian rice, but also in populations from other crops with relatively small training sets and strong linkage disequilibrium structures.

    DOI: 10.1007/s00122-014-2411-y

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  • 表現形質評価管理システム「FieldBook」によるイネ出穂期計測の効率化 査読

    岡田 聡史, Arturo Garcia, 合田 喬, 前田 道弘, 片岡 知守, 末廣 美紀, 山崎 将紀

    育種学雑誌   16 ( 2 )   32 - 36   2014年6月

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    担当区分:責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:日本育種学会  

    DOI: 10.1270/jsbbr.16.32

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    その他リンク: https://jlc.jst.go.jp/DN/JALC/10037456893?from=CiNii

  • Glucose content in the liquid hydrolysate after dilute acid pretreatment is affected by the starch content in rice straw 査読

    Hiroshi Teramura, Tomoko Oshima, Fumio Matsuda, Kengo Sasaki, Chiaki Ogino, Masanori Yamasaki, Akihiko Kondo

    BIORESOURCE TECHNOLOGY   149   520 - 524   2013年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:ELSEVIER SCI LTD  

    Lignocellulosic biomass, such as rice straw, is often utilized as a bioresource after being hydrolyzed using dilute acid and separated into liquid hydrolysate and acid-insoluble residue. However, the biomass component that determines the distribution between liquid hydrolysate and acid-insoluble residue has not yet been clarified. In this study, the glucose content in the liquid hydrolysate and weight of acid-insoluble residue of 13 rice cultivars were analyzed. Starch content was positively correlated with glucose content in the liquid hydrolysate, and negatively correlated with acid-insoluble residue weight. These results indicate that the glucose in the liquid hydrolysate is mainly liberated from starch rather than cellulose in the rice straw. These observations suggest that starch content is a good indicator of the glucose distribution between the liquid hydrolysate and insoluble residue. (C) 2013 Published by Elsevier Ltd.

    DOI: 10.1016/j.biortech.2013.09.109

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  • Glucose content in the liquid hydrolysate after dilute acid pretreatment is affected by the starch content in rice straw 査読

    Hiroshi Teramura, Tomoko Oshima, Fumio Matsuda, Kengo Sasaki, Chiaki Ogino, Masanori Yamasaki, Akihiko Kondo

    BIORESOURCE TECHNOLOGY   149   520 - 524   2013年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:ELSEVIER SCI LTD  

    Lignocellulosic biomass, such as rice straw, is often utilized as a bioresource after being hydrolyzed using dilute acid and separated into liquid hydrolysate and acid-insoluble residue. However, the biomass component that determines the distribution between liquid hydrolysate and acid-insoluble residue has not yet been clarified. In this study, the glucose content in the liquid hydrolysate and weight of acid-insoluble residue of 13 rice cultivars were analyzed. Starch content was positively correlated with glucose content in the liquid hydrolysate, and negatively correlated with acid-insoluble residue weight. These results indicate that the glucose in the liquid hydrolysate is mainly liberated from starch rather than cellulose in the rice straw. These observations suggest that starch content is a good indicator of the glucose distribution between the liquid hydrolysate and insoluble residue. (C) 2013 Published by Elsevier Ltd.

    DOI: 10.1016/j.biortech.2013.09.109

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  • Development of INDEL markers to discriminate all genome types rapidly in the genus Oryza 査読

    Shinichiro Yamaki, Hajime Ohyanagi, Masanori Yamasaki, Mitsugu Eiguchi, Toshie Miyabayashi, Takahiko Kubo, Nori Kurata, Ken-Ichi Nonomura

    BREEDING SCIENCE   63 ( 3 )   246 - 254   2013年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:JAPANESE SOC BREEDING  

    The wild Oryza species are rich in genetic diversity and are good resources for modem breeding of rice varieties. The reliable ex situ conservation of various genetic resources supports both basic and applied rice research. For this purpose, we developed PCR-based and co-dominant insertion/deletion (INDEL) markers which enable the discrimination of the genome types or species in the genus Oryza. First, 12,107 INDEL candidate sequences were found in the BAC end sequences for 12 Oryza species available in public databases. Next, we designed PCR primers for INDEL-flanking sequences to match the characteristics of each INDEL, based on an assessment of their likelihood to give rise to a single or few PCR products in all 102 wild accessions, covering most Oryza genome types. Then, we selected 22 INDEL markers to discriminate all genome types in the genus Oryza. A phylogenetic tree of 102 wild accessions and two cultivars according to amplicon polymorphisms for the 22 INDEL markers corresponded well to those in previous studies, indicating that the INDEL markers developed in this study were a useful tool to improve the reliability of identification of wild Oryza species in the germplasm stocks.

    DOI: 10.1270/jsbbs.63.246

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  • OsLG1 regulates a closed panicle trait in domesticated rice 査読

    Takashige Ishii, Koji Numaguchi, Kotaro Miura, Kentaro Yoshida, Pham Thien Thanh, Than Myint Htun, Masanori Yamasaki, Norio Komeda, Takashi Matsumoto, Ryohei Terauchi, Ryo Ishikawa, Motoyuki Ashikari

    NATURE GENETICS   45 ( 4 )   462 - 465   2013年4月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:NATURE PUBLISHING GROUP  

    Reduction in seed shattering was an important phenotypic change during cereal domestication(1,2). Here we show that a simple morphological change in rice panicle shape, controlled by the SPR3 locus, has a large impact on seed-shedding and pollinating behaviors. In the wild genetic background of rice, we found that plants with a cultivated-like type of closed panicle had significantly reduced seed shedding through seed retention. In addition, the long awns in closed panicles disturbed the free exposure of anthers and stigmas on the flowering spikelets, resulting in a significant reduction of the outcrossing rate. We localized the SPR3 locus to a 9.3-kb genomic region, and our complementation tests suggest that this region regulates the liguleless gene (OsLG1). Sequencing analysis identified reduced nucleotide diversity and a selective sweep at the SPR3 locus in cultivated rice. Our results suggest that a closed panicle was a selected trait during rice domestication.

    DOI: 10.1038/ng.2567

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  • Population structure in Japanese rice population 査読

    Masanori Yamasaki, Osamu Ideta

    BREEDING SCIENCE   63 ( 1 )   49 - 57   2013年3月

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    担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:JAPANESE SOC BREEDING  

    It is essential to elucidate genetic diversity and relationships among even related individuals and populations for plant breeding and genetic analysis. Since Japanese rice breeding has improved agronomic traits such as yield and eating quality, modern Japanese rice cultivars originated from narrow genetic resource and closely related. To resolve the population structure and genetic diversity in Japanese rice population, we used a total of 706 alleles detected by 134 simple sequence repeat markers in a total of 114 cultivars composed of 94 improved varieties and 20 landraces, which are representative and important for Japanese rice breeding. The landraces exhibit greater gene diversity than improved lines, suggesting that landraces can provide additional genetic diversity for future breeding. Model-based Bayesian clustering analysis revealed six subgroups and admixture situation in the cultivars, showing good agreement with pedigree information. This method could be superior to phylogenetic method in classifying a related population. The leading Japanese rice cultivar, Koshihikari is unique due to the specific genome constitution. We defined Japanese rice diverse sets that capture the maximum number of alleles for given sample sizes. These sets are useful for a variety of genetic application in Japanese rice cultivars.

    DOI: 10.1270/jsbbs.63.49

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  • 主にバーコードを利用した表現形質のデータシステムの開発と植物遺伝育種学への統合 査読

    山崎 将紀, Arturo Garcia

    作物研究   57   55 - 59   2012年

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    担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:近畿作物・育種研究会  

    作物学や育種学の現場や遺伝学研究のために,正確な表現形質データが必要不可欠となる.その一方で,大規模な集団または複数の形質を計測すると,多大な時間と労力と同時に人為的な誤りも増えて,表現形質の収集や管理が複雑になってくる.以上のことを克服するために,コンピューターとバーコードのシステムを最大限活用しながら,穀物(トウモロコシやイネ)の品種や系統ならびに個体の質的形質や量的形質を,誰にでも,素早くかつ正確に測定・収集・管理する「FieldBook」を開発した.

    DOI: 10.18964/jcr.57.0_55

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  • 日本水稲品種のSSRマーカー多型に基づく分類および近縁係数と遺伝的距離との関係 査読

    出田収, 河野いずみ, 竹内善信, 平林秀介, 平山正賢, 太田久稔, 佐藤宏之, 安東郁男, 加藤浩, 根本博, 矢野昌裕, 井邊時男, 山崎将紀, 吉田智彦

    育種学研究   14   106 - 113   2012年

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

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  • Genome-wide association studies in Japanese rice population 査読

    YAMASAKI Masanori, IWATA Hiroyoshi, YOSHIOKA Takuma, IDETA Osamu, SHIBAYA Taeko, YAMANOUCHI Utako, HORI Kiyosumi, NAGASAKI Hideki, EBANA Kaworu

    Genes & Genetic Systems   86 ( 6 )   393 - 393   2011年12月

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    担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

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  • Variation in Biomass Properties among Rice Diverse Cultivars 査読

    Fumio Matsuda, Masanori Yamasaki, Tomohisa Hasunuma, Chiaki Ogino, Akihiko Kondo

    BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY   75 ( 8 )   1603 - 1605   2011年8月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:TAYLOR & FRANCIS LTD  

    Biomass properties of rice straws were compared among eight cultivars that formed a mini diverse set. The ethanol productivity from rice straws was evaluated employing a laboratory-scale method based on dilute acid-hydrolysis pretreatment. The results indicated significant variation in biomass properties among the cultivars.

    DOI: 10.1271/bbb.1100821

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  • Artificial selection for a green revolution gene during japonica rice domestication 査読

    Kenji Asano, Masanori Yamasaki, Shohei Takuno, Kotaro Miura, Satoshi Katagiri, Tomoko Ito, Kazuyuki Doi, Jianzhong Wu, Kaworu Ebana, Takashi Matsumoto, Hideki Innan, Hidemi Kitano, Motoyuki Ashikari, Makoto Matsuoka

    PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA   108 ( 27 )   11034 - 11039   2011年7月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:NATL ACAD SCIENCES  

    The semidwarf phenotype has been extensively selected during modern crop breeding as an agronomically important trait. Introduction of the semidwarf gene, semi-dwarf1 (sd1), which encodes a gibberellin biosynthesis enzyme, made significant contributions to the "green revolution" in rice (Oryza sativa L.). Here we report that SD1 was involved not only in modern breeding including the green revolution, but also in early steps of rice domestication. We identified two SNPs in O. sativa subspecies (ssp.) japonica SD1 as functional nucleotide polymorphisms (FNPs) responsible for shorter culm length and low gibberellin biosynthetic activity. Genetic diversity analysis among O. sativa ssp. japonica and indica, along with their wild ancestor O. rufipogon Griff, revealed that these FNPs clearly differentiate the japonica landrace and O. rufipogon. We also found a dramatic reduction in nucleotide diversity around SD1 only in the japonica landrace, not in the indica landrace or O. rufipogon. These findings indicate that SD1 has been subjected to artificial selection in rice evolution and that the FNPs participated in japonica domestication, suggesting that ancient humans already used the green revolution gene.

    DOI: 10.1073/pnas.1019490108

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  • Diversity and population structure of black soybean landraces originating from Tanba and neighboring regions 査読

    Tomoko Hirota, Takashi Sayama, Masanori Yamasaki, Hiroko Sasama, Takuma Sugimoto, Masao Ishimoto, Shinya Yoshida

    BREEDING SCIENCE   61 ( 5 )   593 - 601   2011年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:JAPANESE SOC BREEDING  

    Black soybean landraces that had been cultivated in Tanba region and the neighboring regions and conserved black soybean landraces, including those from other regions in Japan, were used in this study. The polymorphisms of 78 SSR markers in nuclear DNA and 6 SSRs in chloroplast DNA were analyzed in the black soybean landrace populations. The result of phylogenic analysis revealed that the black soybeans can be classified into six clades. The landraces originating from Tanba region were classed into first and second clades, and two chloroplast genotypes were found in the population of black soybeans from the Tanba region. Genotype A chloroplast was predominantly identified in major populations of the Tanba, while genotype B was widely distributed in the black soybean population. Population structure analysis in the Japanese black soybean accessions inferred there are six groups. The black soybean landrace from the Tanba region was classified into three groups, mainly corresponding to the distance-based phylogenic results. The two groups were probably derived from different ancestors with Type A and B chloroplast genomes, respectively, whereas the other group showed both types of chloroplast genome. The admixture situations suggested that the landraces in the main group have been widely cultivated in Tanba region, while the landraces that belong to other groups were cultivated in localized area. Several phenotypes were compared among genotype groups, dividing into two sub-groups: founder sub-group and admixed sub-group. Phenotypic differences were observed between founder landraces in group I and group 3. On the other hand, landraces in admixture landraces in group 1 and group 2 segregated for several traits, while founder landraces in group 1 were stabled for each trait. These observations suggest that gene flow events have occurred between different founder landraces.

    DOI: 10.1270/jsbbs.61.593

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  • 野生イネの遺伝的背景における栽培イネの非脱粒性遺伝子の効果

    石川 亮, Htun Than Myint, 山崎 将紀, Thanh Pham Thien, 石井 尊生

    日本植物生理学会年会およびシンポジウム 講演要旨集   2011   0037 - 0037   2011年

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    出版者・発行元:日本植物生理学会  

    栽培イネ(<I>Oryza sativa</I>)は、アジアの野生イネ(<I>O. rufipogon</I>)から栽培化されたことが知られており、種子脱粒性の喪失は栽培化の最も初期に生じたと考えられている。我々はこれまでの研究から、栽培イネ<I>O. sativa</I> 日本晴と野生イネ<I>O. rufipogon</I> W630の脱粒性を制御する効果の大きい2つのQTLを同定し、それらはこれまでに報告された<I>qSH1</I>と<I>sh4</I>と同じ領域にあることを確認した。栽培化は野生イネを対象に始められてきたため、非脱粒性遺伝子の効果を検証するためには、野生イネの遺伝的背景で脱粒性の評価を行う必要が考えられる。そこで、栽培イネ(日本晴)の持つ<I>qSH1</I>と<I>sh4</I>の非脱粒性遺伝子を戻し交雑と選抜によって野生イネの遺伝的背景に導入した系統を作出し、これらの植物において脱粒性を調査した。興味深いことにどちらか片方の非脱粒性遺伝子をホモに持った場合においても、自然脱粒が生じることが明らかになった。また、<I>qSH1</I>と<I>sh4</I>座ともに栽培イネの非脱粒性遺伝子に置き換えた植物体においても、脱粒強度は日本晴の半分程度であった。これらの結果から、野生イネの遺伝的背景では、効果の小さな複数の微働遺伝子が種子脱粒性の制御に関与していることが示唆された。

    DOI: 10.14841/jspp.2011.0.0037.0

    CiNii Article

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  • Biological control for rice blast disease by employing detachment action with gelatinolytic bacteria 査読

    Saki Shimoi, Kanako Inoue, Hiroko Kitagawa, Masanori Yamasaki, Seiya Tsushima, Pyoyun Park, Kenichi Ikeda

    BIOLOGICAL CONTROL   55 ( 2 )   85 - 91   2010年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:ACADEMIC PRESS INC ELSEVIER SCIENCE  

    We screened collagenolytic/gelatinolytic bacteria from rice leaves and soil which degraded the fungal extracellular matrix to establish a novel biological control measure inhibiting germling adhesion on the host plant surface against airborne fungal diseases such as rice blast disease Magnaporthe oryzae B. Coch. Two different screening methods, i.e., screening from the leaf-associated bacterial library and direct screening from leaf and soil with or without collagen incubation, were conducted. Screening from the collagen treated material resulted in a higher number of gelatinolytic isolates than without collagen treatment. The selected bacteria were identified as Acidovorax, Sphingomonas, Chryseobacterium, and Pseudomonas genera by 16S rDNA sequence. Based on treatment with EDTA and addition of divalent cations, four of the five screened isolates tested produced a metalloproteinase. Furthermore, the enzymes produced by Acidovorax and Sphingomonas sp. were categorized as calcium-dependent metalloproteinases, and the enzymes produced by Chryseobacterium sp. were categorized as calcium/zinc-dependent metalloproteinases. The screened bacterial culture showed inhibitory effects on spore adhesion on the plastic cover glass, and disease protective effects on rice. This study suggests that bacteria inhibiting germling adhesion by phytopathogenic fungi may have promise as a biological agent. (C) 2010 Elsevier Inc. All rights reserved.

    DOI: 10.1016/j.biocontrol.2010.07.008

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  • Allelic interaction at seed-shattering loci in the genetic backgrounds of wild and cultivated rice species 査読

    Ryo Ishikawa, Pham Thien Thanh, Naoto Nimura, Than Myint Htun, Masanori Yamasaki, Takashige Ishii

    GENES & GENETIC SYSTEMS   85 ( 4 )   265 - 271   2010年8月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:GENETICS SOC JAPAN  

    It is known that the common cultivated rice (Oryza sativa) was domesticated from Asian wild rice, O. rufipogon. Among the morphological differences between them, loss of seed shattering is one of the striking characters specific for the cultivated forms. In order to understand the genetic control on shattering habit, QTL analysis was carried out using BC2F1 backcross population between O. sativa cv. Nipponbare (a recurrent parent) and O. rufipogon acc. W630 (a donor parent). As a result, two strong QTLs were detected on chromosomes 1 and 4, and they were found to be identical to the two major seed-shattering loci, qSH1 and sh4, respectively. The allelic interaction at these loci was further examined using two sets of backcross populations having reciprocal genetic backgrounds, cultivated and wild. In the genetic background of cultivated rice, the wild qSH1 allele has stronger effect on seed shattering than that of sh4. In addition, the wild alleles at both qSH1 and sh4 loci showed semi-dominant effects. On the other hand, in the genetic background of wild rice, non-shattering effects of Nipponbare alleles at both loci were examined to inspect rice domestication from a viewpoint of seed shattering. It was serendipitous that the backcross plants individually having Nipponbare homozygous alleles at either shattering locus (qSH1 or sh4) shed all the seeds. This fact strongly indicates that the non-shattering behavior was not obtained by a single mutation in the genetic background of wild rice. Probably, some other minor genes are still associated with the formation or activation of abscission layer, which enhance the seed shattering.

    DOI: 10.1266/ggs.85.265

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  • Population structure of wild wheat D-genome progenitor Aegilops tauschii Coss.: implications for intraspecific lineage diversification and evolution of common wheat 査読

    Nobuyuki Mizuno, Masanori Yamasaki, Yoshihiro Matsuoka, Taihachi Kawahara, Shigeo Takumi

    MOLECULAR ECOLOGY   19 ( 5 )   999 - 1013   2010年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:WILEY-BLACKWELL PUBLISHING, INC  

    Aegilops tauschii Coss. is the D-genome progenitor of hexaploid wheat. Aegilops tauschii, a wild diploid species, has a wide natural species range in central Eurasia, spreading from Turkey to western China. Amplified fragment length polymorphism (AFLP) analysis using a total of 122 accessions of Ae. tauschii was conducted to clarify the population structure of this widespread wild wheat species. Phylogenetic and principal component analyses revealed two major lineages in Ae. tauschii. Bayesian population structure analyses based on the AFLP data showed that lineages one (L1) and two (L2) were respectively significantly divided into six and three sublineages. Only four out of the six L1 sublineages were diverged from those of western habitats in the Transcaucasia and northern Iran region to eastern habitats such as Pakistan and Afghanistan. Other sublineages including L2 were distributed to a limited extent in the western region. Subspecies strangulata seemed to be differentiated in one sublineage of L2. Among three major haplogroups (HG7, HG9 and HG16) previously identified in the Ae. tauschii population based on chloroplast variation, HG7 accessions were widely distributed to both L1 and L2, HG9 accessions were restricted to L2, and HG16 accessions belonged to L1, suggesting that HG9 and HG16 were formed from HG7 after divergence of the first two lineages of the nuclear genome. These results on the population structure of Ae. tauschii and the genealogical relationship among Ae. tauschii accessions should provide important agricultural and evolutionary knowledge on genetic resources and conservation of natural genetic diversity.

    DOI: 10.1111/j.1365-294X.2010.04537.x

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  • Empirical Analysis of Selection Screens for Domestication and Improvement Loci in Maize by Extended DNA Sequencing 査読

    Masanori Yamasaki, Steven G. Schroeder, Hector Sanchez-Villeda, Brandon S. Gaut, Michael D. McMullen

    PLANT GENOME   1 ( 1 )   33 - 43   2008年7月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:CROP SCIENCE SOC AMER  

    Both domestication and crop improvement in maize (Zea mays ssp. mays) have involved selection of specific alleles at genes controlling key morphologic and agronomic traits, resulting in reduced genetic diversity relative to unselected genes. This difference in genetic diversity has led to the development of genomic screens for artificial selection in maize that have identified similar to 50 candidate agronomic genes. One limitation of these initial genome screens is that the short length of the alignment (average length &lt; 300 bp) restricts the statistical power and may lead to false positives. The major objective of this research was to provide an empirical determination of the false positive rate of genomic screens for artificial selection in maize. Therefore, we performed extended sequencing throughout the available gene sequence of 27 previously identified selection candidates using maize inbred, maize landrace (for 12 genes), and teosinte (Zea mays ssp. parviglumis) accessions. The extended sequence alignments (average length &gt; 2000 bp) allowed clear separation of strong candidates for selection from those that cannot be distinguished from the tail of the diversity distribution of all maize genes. The extended alignments also allowed linkage disequilibrium to be considered in evaluating a candidate's selection status. This proved particularly useful in distinguishing selection at domestication versus subsequent crop improvement.

    DOI: 10.3835/plantgenome2007.09.0530

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  • DNAAlignEditor: DNA alignment editor tool 査読

    Hector Sanchez-Villeda, Steven Schroeder, Sherry Flint-Garcia, Katherine E. Guill, Masanori Yamasaki, Michael D. McMullen

    BMC BIOINFORMATICS   9   2008年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:BIOMED CENTRAL LTD  

    Background: With advances in DNA re-sequencing methods and Next-Generation parallel sequencing approaches, there has been a large increase in genomic efforts to define and analyze the sequence variability present among individuals within a species. For very polymorphic species such as maize, this has lead to a need for intuitive, user-friendly software that aids the biologist, often with naive programming capability, in tracking, editing, displaying, and exporting multiple individual sequence alignments. To fill this need we have developed a novel DNA alignment editor.
    Results: We have generated a nucleotide sequence alignment editor (DNAAlignEditor) that provides an intuitive, user-friendly interface for manual editing of multiple sequence alignments with functions for input, editing, and output of sequence alignments. The color-coding of nucleotide identity and the display of associated quality score aids in the manual alignment editing process. DNAAlignEditor works as a client/server tool having two main components: a relational database that collects the processed alignments and a user interface connected to database through universal data access connectivity drivers. DNAAlignEditor can be used either as a stand-alone application or as a network application with multiple users concurrently connected.
    Conclusion: We anticipate that this software will be of general interest to biologists and population genetics in editing DNA sequence alignments and analyzing natural sequence variation regardless of species, and will be particularly useful for manual alignment editing of sequences in species with high levels of polymorphism.

    DOI: 10.1186/1471-2105-9-154

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  • A unified mixed-model method for association mapping that accounts for multiple levels of relatedness 査読

    JM Yu, G Pressoir, WH Briggs, Bi, IV, M Yamasaki, JF Doebley, MD McMullen, BS Gaut, DM Nielsen, JB Holland, S Kresovich, ES Buckler

    NATURE GENETICS   38 ( 2 )   203 - 208   2006年2月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:NATURE PUBLISHING GROUP  

    As population structure can result in spurious associations, it has constrained the use of association studies in human and plant genetics. Association mapping, however, holds great promise if true signals of functional association can be separated from the vast number of false signals generated by population structure(1,2). We have developed a unified mixed-model approach to account for multiple levels of relatedness simultaneously as detected by random genetic markers. We applied this new approach to two samples: a family-based sample of 14 human families, for quantitative gene expression dissection, and a sample of 277 diverse maize inbred lines with complex familial relationships and population structure, for quantitative trait dissection. Our method demonstrates improved control of both type I and type II error rates over other methods. As this new method crosses the boundary between family-based and structured association samples, it provides a powerful complement to currently available methods for association mapping.

    DOI: 10.1038/ng1702

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  • A large-scale screen for artificial selection in maize identifies candidate agronomic loci for domestication and crop improvement 査読

    M Yamasaki, MI Tenaillon, Bi, IV, SG Schroeder, H Sanchez-Villeda, JF Doebley, BS Gaut, MD McMullen

    PLANT CELL   17 ( 11 )   2859 - 2872   2005年11月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:AMER SOC PLANT BIOLOGISTS  

    Maize (Zea mays subsp mays) was domesticated from teosinte (Z. mays subsp parviglumis) through a single domestication event in southern Mexico between 6000 and 9000 years ago. This domestication event resulted in the original maize landrace varieties, which were spread throughout the Americas by Native Americans and adapted to a wide range of environmental conditions. Starting with landraces, 20th century plant breeders selected inbred lines of maize for use in hybrid maize production. Both domestication and crop improvement involved selection of specific alleles at genes controlling key morphological and agronomic traits, resulting in reduced genetic diversity relative to unselected genes. Here, we sequenced 1095 maize genes from a sample of 14 inbred lines and chose 35 genes with zero sequence diversity as potential targets of selection. These 35 genes were then sequenced in a sample of diverse maize landraces and teosintes and tested for selection. Using two statistical tests, we identified eight candidate genes. Extended gene sequencing of these eight candidate loci confirmed that six were selected throughout the gene, and the remaining two exhibited evidence of selection in the 39 portion of each gene. The selected genes have functions consistent with agronomic selection for nutritional quality, maturity, and productivity. Our large-scale screen for artificial selection allows identification of genes of potential agronomic importance even when gene function and the phenotype of interest are unknown.

    DOI: 10.1105/tpc.105.037242

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  • The effects of artificial selection of the maize genome 査読

    SI Wright, Bi, IV, SG Schroeder, M Yamasaki, JF Doebley, MD McMullen, BS Gaut

    SCIENCE   308 ( 5726 )   1310 - 1314   2005年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:AMER ASSOC ADVANCEMENT SCIENCE  

    Domestication promotes rapid phenotypic evolution through artificial selection. We investigated the genetic history by which the wild grass teosinte (Zea mays ssp. parviglumis) was domesticated into modem maize (Z. mays ssp. mays). Analysis of single-nucleotide polymorphisms in 774 genes indicates that 2 to 4% of these genes experienced artificial selection. The remaining genes retain evidence of a population bottleneck associated with domestication. Candidate selected genes with putative function in plant growth are clustered near quantitative trait loci that contribute to phenotypic differences between maize and teosinte. If we assume that our sample of genes is representative, 1200 genes throughout the maize genome have been affected by artificial selection.

    DOI: 10.1126/science.1107891

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  • Genetic basis of ovicidal response to whitebacked planthopper (Sogatella furcifera Horváth) in rice (Oryza sativa L.). 査読

    Masanori Yamasaki, A. Yoshimura, H. Yasui

    Molecular Breeding   12 ( 2 )   133 - 143   2003年9月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1023/A:1026018821472

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  • Mapping of quantitative trait loci of ovicidal response to brown planthopper (Nilaparvata lugens Stål) in rice (Oryza sativa L.). 査読

    Masanori Yamasaki, Atsushi Yoshimura, Hideshi Yasui

    Breeding Science   50 ( 4 )   291 - 296   2000年12月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1270/jsbbs.50.291

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  • Quantitative trait locus mapping of ovicidal response in rice (Oryza sativa L.) against whitebacked planthopper (Sogatella furcifera Horváth). 査読

    Masanori Yamasaki, Hiroshi Tsunematsu, Atsushi Yoshimura, Nobuo Iwata, Hideshi Yasui

    Crop Science   39 ( 4 )   1178 - 1183   1999年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.2135/cropsci1999.0011183X003900040038x

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書籍等出版物

  • 植物学の百科事典

    山崎 将紀( 担当: 共編者(共編著者))

    丸善出版  2016年6月  ( ISBN:9784621300381

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    記述言語:日本語 著書種別:事典・辞書

    第8章「植物学の応用:農業」「QTL解析」

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MISC

  • 発育予測モデルを用いた水稲の出穂に関する環境応答QTLの検出法の開発

    矢部志央理, 吉田ひろえ, 澤田寛子, 鐘ヶ江弘美, 後藤明俊, 山崎将紀, 中川博視

    日本作物学会講演会要旨集   255th   2023年

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  • 全ゲノム情報を利用した水稲の穎花生産効率パラメータに関する遺伝解析と収量予測モデルの開発

    澤田寛子, 矢部志央理, 吉田ひろえ, 助川聖, 後藤明俊, 江花薫子, 鐘ヶ江弘美, 鐘ヶ江弘美, 森田隆太郎, 岡村昌樹, 青木直大, 山崎将紀, 中川博視

    日本作物学会講演会要旨集   251st   2021年

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  • 遺伝子情報と作物生育モデルを組み合わせた水稲の生育・収量予測シミュレーター開発

    矢部志央理, 澤田寛子, 吉田ひろえ, 西村和紗, 小梶裕之, 森田隆太郎, 岡村昌樹, 後藤明俊, 江花薫子, 鐘ヶ江弘美, 鐘ヶ江弘美, 齊藤大樹, 中崎鉄也, 青木直大, 山崎将紀, 中川博視

    日本作物学会講演会要旨集   251st   2021年

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  • イネ出穂・開花関連遺伝子の遺伝子型情報を活用した発育予測モデル

    西村和紗, 小梶裕之, 齊藤大樹, 山崎将紀, 吉田ひろえ, 清水顕史, 永野惇, 中川博視, 中崎鉄也

    日本作物学会講演会要旨集   251st   2021年

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  • 大規模栽培試験データを用いた水稲品種の生産性パラメータの決定と遺伝解析

    助川聖, 吉田ひろえ, 矢部志央理, 後藤明俊, 鐘ヶ江弘美, 江花薫子, 岩田洋佳, 山崎将紀, 中川博視

    日本作物学会講演会要旨集   249th   2020年

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  • イネ穂構造と粒重分布の関係の遺伝統計学的推定

    矢部 志央理, 林 武司, 中川 博視, 吉田 ひろえ, 鐘ケ江 弘美, 山本 英司, 山崎 将紀, 岩田 洋佳, 江花 薫子, 伏見 栄利奈, 前田 英郎

    日本作物学会講演会要旨集   247 ( 0 )   193 - 193   2019年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本作物学会  

    DOI: 10.14829/jcsproc.247.0_193

    CiNii Article

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  • イネ穂構造と粒重分布の遺伝子型と環境の交互作用を考慮したゲノミック予測

    矢部志央理, 矢部志央理, 吉田ひろえ, 鐘ケ江弘美, 山本英司, 山本英司, 山崎将紀, 岩田洋佳, 江花薫子, 伏見栄利奈, 前田英郎, 林武司, 中川博視

    育種学研究   21   2019年

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  • 日本水稲143品種の出穂期予測モデルのパラメータ決定

    中川 博視, 吉田 ひろえ, 山崎 将紀, 岩田 洋佳, 鐘ヶ江 弘美, 矢部 志央理, 伏見 栄利奈

    日本作物学会講演会要旨集   246 ( 0 )   9 - 9   2018年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本作物学会  

    DOI: 10.14829/jcsproc.246.0_9

    CiNii Article

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  • 異なる環境における作物成長の統合的解析に向けて:生育モデルを通じたイネ成長形質の遺伝解析

    戸田悠介, 若月ひとみ, 鐘ヶ江弘美, 山崎将紀, 吉岡拓磨, 江花薫子, 林武司, 中川博視, 長谷川利拡, 岩田洋佳

    育種学研究   20   2018年

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  • 「コシヒカリ」に導入した「山田錦」に由来する大粒化QTLの集積効果

    岡田聡史, 横山若菜, 飯島健, 堀清純, 山崎将紀

    育種学研究   19   179   2017年3月

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    記述言語:日本語  

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  • 日本水稲品種群における粒重分布と穂構造の関係

    矢部志央理, 矢部志央理, 吉田ひろえ, 山崎将紀, 岩田洋佳, 江花薫子, 林武司, 中川博視

    育種学研究   19   254   2017年3月

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    記述言語:日本語  

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  • 日本水稲遺伝資源における炊飯米の食味関連形質のゲノムワイドアソシエーション解析

    堀清純, 米丸淳一, 鈴木啓太郎, 飯島健, 辻井良政, 小俣衣央梨, 仁木沙都美, 木村圭一, 朱紅加, 山崎将紀, 江花薫子, 高野克己

    育種学研究   19   54   2017年3月

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    記述言語:日本語  

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  • バレイショにおける青枯病抵抗性QTL解析

    波部一平, 宮武宏治, 布目司, 山崎将紀, 林武司

    育種学研究   19   2017年

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  • SolCAP 12K potato arrayを用いたバレイショの連鎖地図作製

    波部一平, 宮武宏治, 布目司, 山崎将紀, 林武司

    育種学研究   19   2017年

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  • 登熟向上を目指した日本水稲品種群における粒重分布のゲノムワイド予測

    矢部志央理, 矢部志央理, 吉田ひろえ, 鐘ヶ江弘美, 山崎将紀, 岩田洋佳, 江花薫子, 林武司, 中川博視

    育種学研究   19   2017年

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  • 最適計画法に基づくゲノミック予測のための多環境試験計画

    田中凌慧, 鐘ヶ江弘美, 山崎将紀, 江花薫子, 矢部志央理, 中川博視, 岩田洋佳

    育種学研究   19   2017年

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  • 全ゲノムGWASは集団構造によらず原因SNPを見つけられるか:従来の方法との比較

    濱崎甲資, 鐘ヶ江弘美, 山崎将紀, 江花薫子, 矢部志央理, 中川博視, 岩田洋佳

    育種学研究   19   2017年

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  • 日本水稲品種群を用いた粒重分布の特徴記述と品種間差の解析

    矢部志央理, 吉田ひろえ, 山崎将紀, 林武司, 中川博視

    育種学研究   18   197   2016年9月

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    記述言語:日本語  

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  • 酒米品種「山田錦」を特徴づける粒形QTL

    岡田聡史, 坂本拓也, 末廣美紀, 横山若菜, 飯島健, 堀清純, 山崎将紀

    育種学研究   18   233   2016年9月

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    記述言語:日本語  

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  • イネの異なる作期における成長パターンと収量関連形質の遺伝解析

    戸田悠介, 若月ひとみ, 江花薫子, 山崎将紀, 鐘ヶ江弘美, 林武司, 中川博視, 長谷川利拡, 岩田洋佳

    育種学研究   18   22   2016年9月

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    記述言語:日本語  

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  • マルチタスクガウス過程によるブラックボックスモデリングを用いた出穂予測モデルの構築

    堀智明, 青池亨, 小野木章雄, 小野木章雄, 出田収, 吉岡拓磨, 江花薫子, 山崎将紀, 中川博視, 岩田洋佳

    育種学研究   18   129   2016年3月

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    記述言語:日本語  

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  • 日本水稲Nested Association Mapping集団による農業形質の遺伝解析

    前田道弘, 田宮元, 牧野悟士, 堀清純, 江花薫子, 飯島健, 西内俊策, 横山若菜, 末廣美紀, 岡田聡史, 合田喬, 佐々木萌, GARCIA Arturo, 土井一行, 山崎将紀

    育種学研究   18   245   2016年3月

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    記述言語:日本語  

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  • イネのバイオマスと収量を予測する:作物モデルとゲノム予測モデルを融合した新しいモデル

    戸田悠介, 若月ひとみ, 江花薫子, 山崎将紀, 鐘ケ江弘美, 林武司, 中川博視, 長谷川利拡, 岩田洋佳

    育種学研究   18   267   2016年3月

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    記述言語:日本語  

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  • 日本水稲品種群を使った農業形質の遺伝解析

    山崎将紀, 出田収, 前田道弘, 岩田洋佳, 堀清純, 江花薫子, 横山若菜, 吉岡拓磨, GARCIA Arturo, 片岡知守, 梶亮太, 横上晴郁, 横上晴郁, 前田英郎, 村田和優, 中川博視, 土井一行

    育種学研究   18   244   2016年3月

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    記述言語:日本語  

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  • 「コシヒカリ」と「ヒヨクモチ」との交雑に由来するイネ組換え自殖系統群における出穂期および農業形質のQTL解析

    前田道弘, 岡田聡史, 合田喬, 佐々木萌, 末廣美紀, 横山若菜, 高山隆一, 最相大輔, 山本洋, 堀清純, GARCIA Arturo, 土井一行, 山崎将紀

    育種学研究   17   237   2015年3月

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    記述言語:日本語  

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  • 酒米品種「山田錦」の粒大や心白に関するQTL解析(2)と心白の形成について

    岡田聡史, 末廣美紀, 江花薫子, 堀清純, 山崎将紀

    育種学研究   17   241   2015年3月

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    記述言語:日本語  

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  • イネ出穂日予測のための最適作物モデルの検討

    青池亨, 渡辺真哉, 小野木章雄, 出田収, 吉岡拓磨, 江花薫子, 山崎将紀, 中川博視, 岩田洋佳

    育種学研究   17   124   2015年3月

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    記述言語:日本語  

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  • 2次元NMRを用いた希硫酸前処理後固体画分の組成解析

    寺村浩, 佐々木建吾, 藍川晋平, 松田史生, 岡本真美, 白井智量, 川口秀夫, 荻野千秋, 山崎将紀, 菊地淳, 近藤昭彦

    日本植物生理学会年会要旨集   56th   284   2015年3月

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    記述言語:日本語  

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  • バイオリファイナリー利用に向けた稲わらの多様性

    合田喬, 寺村浩, 末廣美紀, 高山隆一, 最相大輔, 山本洋, 金丸研吾, 川口秀夫, 荻野千秋, 近藤昭彦, 山崎将紀

    育種学研究   17   2015年

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  • 水稲品種「コシヒカリ」と「山田錦」との交雑系統群を用いた粒大および心白に関するQTL解析

    岡田聡史, 末廣美紀, 江花薫子, 堀清純, 小野木章雄, 岩田洋佳, 山崎将紀

    育種学研究   16   23   2014年9月

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    記述言語:日本語  

    DOI: 10.1270/jsbbr.16.23

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  • 表現形質評価システム「FieldBook」を用いたイネ稈長と穂長の計測

    前田道弘, 岡田聡史, 末廣美紀, 合田喬, 伊藤田鶴子, 山本洋, 最相大輔, GARCIA Arturo, 山崎将紀

    育種学研究   16   2014年

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  • ゲノムワイドマーカーを用いたイネ農業形質の表現型値予測とその手法比較

    小野木章雄, 出田収, 江花薫子, 吉岡拓磨, 山崎将紀, 岩田洋佳

    育種学研究   15   106   2013年10月

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    記述言語:日本語  

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  • ゲノミックセレクションモデルに基づくイネF<sub>2</sub>集団における出穂期分離の予測

    岩田洋佳, 吉岡拓磨, 小野木章雄, 江花薫子, 林武司, 山崎将紀

    育種学研究   15   50   2013年3月

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    記述言語:日本語  

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  • 「FieldBook」を使ったオオムギ遺伝資源の大規模表現型測定

    伊藤大樹, 岡田聡史, ARTURO Garcia, 石井誠, 伊藤田鶴子, 山本洋, 山崎将紀, 最相大輔, 佐藤和広

    育種学研究   15   2013年

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  • 構造方程式モデル(SEM)による多形質間の因果関係の推定:出穂期遺伝子の直接的・間接的影響を分離できるのか

    小野木章雄, 出田収, 江花薫子, 吉岡拓磨, 山崎将紀, 岩田洋佳

    育種学研究   14   102   2012年9月

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    記述言語:日本語  

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  • 発育予測モデルおよびゲノムワイドデータに基づく日本水稲品種群の出穂日予測

    渡部真哉, 吉岡拓磨, 出田収, 江花薫子, 中川博視, 山崎将紀, 岩田洋佳

    育種学研究   14   45   2012年3月

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    記述言語:日本語  

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  • 穀物における選抜遺伝子および農業形質関連遺伝子の解析手法の開発 査読

    山崎 将紀

    育種学研究   14   121 - 127   2012年

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    記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)  

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  • 神戸大学の産官学連携による、神戸大ブランド日本酒造り 査読

    山崎 将紀

    日本醸造協会誌   107 ( 5 )   347 - 348   2012年

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    記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)  

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  • 日本イネ品種におけるコメ品質のゲノムワイドアソシエーション解析と予測

    杉村元, 七夕高也, 末廣美紀, 畑中啓佑, 坂本拓也, 山崎将紀, 江花薫子, 岩田洋佳

    育種学研究   14   2012年

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  • 日本水稲品種群を使ったゲノムワイドアソシエーション解析

    山崎将紀, 岩田洋佳, 吉岡拓磨, 出田収, 柴谷多恵子, 山内歌子, 堀清純, 長崎英樹, 江花薫子

    日本遺伝学会大会プログラム・予稿集   83rd   67   2011年8月

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    記述言語:日本語  

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  • イネ育種におけるゲノミックセレクションの精度:シミュレーションと実データによる評価

    岩田洋佳, 井下侑人, 江花薫子, 山崎将紀, 出田収, 田口(塩原)文緒, 林武司

    育種学研究   13   2011年

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  • 3S5p05 酒米品種群の成り立ちとその遺伝的構成(醸造原料植物および醸造微生物の特性とその進化,シンポジウム)

    吉田 晋弥, 山崎 将紀

    日本生物工学会大会講演要旨集   21   225 - 225   2009年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本生物工学会  

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  • ゲノムの変化からみたトウモロコシの栽培化と育種 査読

    山崎 将紀

    蛋白質核酸酵素   52 ( 15 )   1942 - 1946   2007年12月

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    記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)   出版者・発行元:共立出版  

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  • Genomic screening for artificial selection during domestication and improvement in maize 招待 査読

    Masanori Yamasaki, Stephen I. Wright, Michael D. Mcmullen

    ANNALS OF BOTANY   100 ( 5 )   967 - 973   2007年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:書評論文,書評,文献紹介等   出版者・発行元:OXFORD UNIV PRESS  

    Background Artificial selection results in phenotypic evolution. Maize ( Zea mays L. ssp. mays) was domesticated from its wild progenitor teosinte ( Zea mays subspecies parviglumis) through a single domestication event in southern Mexico between 6000 and 9000 years ago. This domestication event resulted in the original maize landrace varieties. The landraces provided the genetic material for modern plant breeders to select improved varieties and inbred lines by enhancing traits controlling agricultural productivity and performance. Artificial selection during domestication and crop improvement involved selection of specific alleles at genes controlling key morphological and agronomic traits, resulting in reduced genetic diversity relative to unselected genes.
    Scope This review is a summary of research on the identification and characterization by population genetics approaches of genes affected by artificial selection in maize.
    Conclusions Analysis of DNA sequence diversity at a large number of genes in a sample of teosintes and maize inbred lines indicated that approx. 2 % of maize genes exhibit evidence of artificial selection. The remaining genes give evidence of a population bottleneck associated with domestication and crop improvement. In a second study to efficiently identify selected genes, the genes with zero sequence diversity in maize inbreds were chosen as potential targets of selection and sequenced in diverse maize landraces and teosintes, resulting in about half of candidate genes exhibiting evidence for artificial selection. Extended gene sequencing demonstrated a low false-positive rate in the approach. The selected genes have functions consistent with agronomic selection for plant growth, nutritional quality and maturity. Large-scale screening for artificial selection allows identification of genes of potential agronomic importance even when gene function and the phenotype of interest are unknown. These approaches should also be applicable to other domesticated species if specific demographic conditions during domestication exist.

    DOI: 10.1093/aob/mcm173

    Web of Science

    J-GLOBAL

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  • イネのウンカ類に対する殺卵作用の遺伝解析

    山崎 将紀, 安井 秀

    植物防疫   56巻・479-482   2002年11月

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    記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)  

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  • イネのウンカ類殺卵作用の遺伝解析 (特集号 水稲の長距離移動性害虫)

    山崎 将紀, 安井 秀

    植物防疫   56 ( 11 )   479 - 482   2002年11月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本植物防疫協会  

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  • トビイロウンカ(Nilaparvata lugens Stal)に対するイネ(Oryza sativa L.)の殺卵特性の量的形質遺伝子座マッピング

    山崎 将紀, 吉村 淳, 安井 秀

    育種学研究   2 ( 4 )   223 - 223   2000年12月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本育種学会  

    CiNii Article

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  • 日印交雑に由来する実験系統群を用いたイネの出穂期関連QTLの遺伝解析

    阿武 央子, 池田 浩輔, 鷹野 典子, 山崎 将紀, 土井 一行, 安井 秀, 吉村 淳

    育種学研究 = Breeding research   2 ( 1 )   12 - 12   2000年4月

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  • セジロウンカに対するイネの殺卵物質生合成遺伝子の連鎖分析

    山崎 将紀, 吉村 淳, 安井 秀

    育種学研究 = Breeding research   2 ( 1 )   54 - 54   2000年4月

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  • Identification of a gene ovicidal to whitebacked planthopper, Sogatella furcifera Horváth in rice, Oryza sativa L. 査読

    Masanori Yamasaki, Atsushi Yoshimura, Hideshi Yasui

    Rice Genetics Newsletter   16・94-96   94 - 96   1999年12月

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    記述言語:英語  

    CiNii Article

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講演・口頭発表等

  • 全ゲノム情報を利用した水稲の穎花生産効率パラメータに関する遺伝解析と生産性予測モデルの開発

    澤田寛子, 矢部志央理, 吉田ひろえ, 助川聖, 後藤明俊, 江花薫子, 鐘ケ江弘美, 森田隆太郎, 岡村昌樹, 青木直大, 山崎将紀, 中川博視

    第251回日本作物学会講演会(オンライン) 

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    開催年月日: 2021年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  • イネ出穂開花関連遺伝子の遺伝子型情報を活用した発育予測モデルの拡張

    西村和紗, 小梶裕之, 齊藤大樹, 山崎将紀, 吉田ひろえ, 清水顕史, 永野惇, 中川博視, 中崎鉄也

    第251回日本作物学会講演会(オンライン) 

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    開催年月日: 2021年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  • 遺伝子情報と作物生育モデルを組み合わせた水稲の生育・収量予測シミュレーター開発の試み

    矢部志央理, 澤田寛子, 吉田ひろえ, 西村和紗, 小梶裕之, 森田隆太郎, 岡村昌樹, 後藤明俊, 江花薫子, 鐘ケ江弘美, 齊藤大樹, 中崎鉄也, 青木直大, 山崎将紀, 中川博視

    第251回日本作物学会講演会(オンライン) 

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    開催年月日: 2021年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  • 水稲在来品種「雄町」と「亀治」に由来する新規の強稈遺伝子座の探索

    千装公樹, 小島奈津子, 山崎将紀, 安達俊輔, 大川泰一郎

    第251回日本作物学会講演会(オンライン) 

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    開催年月日: 2021年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  • 作物成長モデルに基づいて構築した環境カーネルを用いたイネ表現型の予想精度向上に関する研究

    陳泰伸, 佐藤暁志, 阿部陽, 山崎将紀, 下野裕之, 岩田洋佳

    第139回日本育種学会講演会 

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    開催年月日: 2021年3月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  • 日本型イネ品種を用いた葉身傾斜角度に関わるゲノムワイド関連解析

    楊浩翔, 小島奈津子, 千装公樹, 山崎将紀, 大川泰一郎, 安達俊輔

    第250回日本作物学会講演会(オンライン) 

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    開催年月日: 2020年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  • ゲノムワイド関連解析による温帯ジャポニカ水稲品種における強稈性関連遺伝子の探索

    千装公樹, 小島奈津子, 山崎将紀, 安達俊輔, 大川泰一郎

    第249回日本作物学会講演会 

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    開催年月日: 2020年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  • 大規模栽培試験データベースを用いた水稲品種の生産性パラメータの決定と遺伝解析

    助川聖, 吉田ひろえ, 矢部志央理, 後藤明俊, 鐘ケ江弘美, 江花薫子, 岩田洋佳, 山崎将紀, 中川博視

    第249回日本作物学会講演会 

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    開催年月日: 2020年3月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

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  • 水稲における強稈性に関与する稈細胞壁構成成分のゲノムワイド関連解析

    小島奈津子, 千装公樹, 山崎将紀, 安達俊輔, 大川泰一郎

    第249回日本作物学会講演会 

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    開催年月日: 2020年3月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

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  • Impact of panicle structure on grain weight distribution in Japanese rice cultivars.

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    開催年月日: 2020年1月

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

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  • 全ゲノム解析による酒米品種「白鶴錦」の遺伝的特性

    玉田佳大, 窪寺隆文, 広畑修二, 山崎将紀

    日本醸造学会 

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    開催年月日: 2019年10月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  • 酒米品種「山田錦」の遺伝研究 招待

    山崎将紀

    大学オリジナル酒研究会  2021年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

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  • A hybrid crop modeling approach to design genotypes for climate change adaptation

    2019年10月 

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    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  • 一穂重QTLであるqOPW11はイネの穂の分枝と分げつ形成に影響を及ぼす

    岡田聡史, 佐々木萌, 山崎 将紀

    第135回日本育種学会  2019年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

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  • イネの穂構造と粒重分布の遺伝子型と環境の交互作用を考慮したゲノミック予測

    矢部志央理, 吉田ひろえ, 鐘ケ江弘美, 山本英司, 山崎 将紀, 岩田洋佳, 江花薫子, 伏見栄利奈, 前田英郎, 林武司, 中川博視

    第135回日本育種学会  2019年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  • GRAS-Di技術を用いた日本水稲組換え自殖系統群の連鎖地図作成

    石丸陽平, Fekih, R, 岡田聡史, 宮城竜太郎, 尾鼻孝浩, 鈴木一代, 稲森稔, 榎宏征, 山崎 将紀

    第135回日本育種学会  2019年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

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  • イネの穂構造と粒重分布の関係の遺伝統計学的推定

    矢部志央理, 吉田ひろえ, 鐘ケ江弘美, 山本英司, 山崎 将紀, 岩田洋佳, 江花薫子, 伏見栄利奈, 前田英郎, 林武司, 中川博視

    第247回日本作物学会  2019年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  • 低リン水田で栽培したイネの、収量関連形質のゲノム解析

    橋本康史, 山崎 将紀, 清水顕史

    第135回日本育種学会  2019年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  • Genome-wide association study for panicle structure in Japanese rice varieties. 国際会議

    S. Yabe, H. Yoshida, H. Kanegae, E. Yamamoto, E. Fushimi, 山崎 将紀, H. Iwata, K. Ebana, T. Hayshi, H. Nakagawa

    Plant & Animal Genome XXVII Conference  2019年1月 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

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  • Diverse environmental responses of flowering in Japanese rice cultivars revealed through a phenology model analysis. 国際会議

    H. Nakagawa, H. Yoshida, 山崎 将紀, S. Yabe, E. Fushimi, H. Kajiya-Kanegae, H. Iwata

    AgMIP, IRC2018  2018年10月 

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    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  • Island-model genomic selection for long-term improvement in rice breeding. 国際会議

    S. Yabe, 山崎 将紀, K. Ebana, T. Hayshi, H. Iwata

    AgMIP, IRC2018  2018年10月 

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    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  • Japanese NAM population and the high-throughput phenotyping for quantifying traits of interest. 国際会議

    Fekih, R, S. Okada, H. Ishizaki, Y. Ishimaru, W. Yokoyama, M. Suehiro, M. Maeda, 山崎 将紀

    16th International Symposium on Rice Functional Genomics.  2018年9月 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

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  • 日本水稲品種の出穂データを用いたエピスタシスを考慮したGWAS結果に基づく環境分類

    矢部志央理, 吉田ひろえ, 鐘ケ江弘美, 山崎 将紀, 岩田洋佳, 江花薫子, 伏見栄利奈, 梶亮太, 横上晴郁, 前田英郎, 村田和優, 出田収, 片岡知守, 林武司, 中川博視

    第134回日本育種学会  2018年9月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  • 近似ベイズ計算(ABC)を用いた複数遺伝子型の作物成長モデルパラメータの推定

    戸田悠介, 若月ひとみ, 鐘ケ江弘美, 山崎 将紀, 江花薫子, 林武司, 中川博視, 長谷川利拡, 岩田洋佳

    第134回日本育種学会  2018年9月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  • ゲノムワイドアソシエーション研究(GWAS)のための最適な解析集団はどのように選ぶべきか:イネ遺伝資源の全ゲノム配列を用いたシミュレーション研究

    濱崎甲資, 鐘ケ江弘美, 山崎 将紀, 江花薫子, 矢部志央理, 中川博視, 岩田洋佳

    第134回日本育種学会  2018年9月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

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  • 日本水稲143品種の出穂期予測モデルのパラメータ決定

    中川博視, 吉田ひろえ, 山崎 将紀, 岩田洋佳, 鐘ケ江弘美, 矢部志央理, 伏見栄利奈

    第246回日本作物学会  2018年9月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  • 酒米品種「山田錦」から同定した粒大QTLの心白を含む白未熟粒への影響

    岡田聡史, 山崎 将紀

    第134回日本育種学会  2018年9月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

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  • 酒米品種「山田錦」が保有する心白発現QTLの同定

    岡田聡史, 山崎 将紀

    イネ遺伝学・分子生物学ワークショップ2018  2018年7月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

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  • UAVを用いた精密農業によって得られた情報から解析できること. あいちロボット産業クラスター推進協議会 招待

    山崎 将紀

    第8回 無人飛行ロボット活用WG  2018年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

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  • 水稲品種における穂構造記述法の提案

    矢部志央理, 吉田ひろえ, 山本英二, 山崎 将紀, 林武司, 中川博視

    第245回日本作物学会  2018年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

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  • 異なる環境における作物生長の統合的解析に向けて:生育モデルを通じたイネ生長形質の遺伝解析

    戸田悠介, 若月ひとみ, 鐘ケ江弘美, 山崎 将紀, 吉岡拓磨, 江花薫子, 林武司, 中川博視, 長谷川利拡, 岩田洋佳

    第133回日本育種学会  2018年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  • 日本水稲品種における粒重分布の環境に対する変化の品種間差の解析

    矢部志央理, 吉田ひろえ, 伏見栄利奈, 山崎 将紀, 林武司, 中川博視

    第133回日本育種学会  2018年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

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  • 食資源教育研究センターにおける研究と活動の紹介 招待

    山崎 将紀

    兵庫バイオインダストリー研究会第100回定例会  2018年2月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

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  • 全ゲノムGWASは集団構造によらず原因SNPを見つけられるか:従来の方法との比較

    濱崎甲資, 鐘ケ江弘美, 山崎 将紀, 江花薫子, 矢部志央理, 中川博視, 岩田洋佳

    第132回日本育種学会  2017年10月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

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  • 最適計画法に基づくゲノミック予測のための多環境試験計画

    田中凌慧, 鐘ケ江弘美, 山崎 将紀, 江花薫子, 矢部志央理, 中川博視, 岩田洋佳

    第132回日本育種学会  2017年10月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  • バレイショにおける青枯病抵抗性QTL解析

    波部一平, 宮武宏治, 布目司, 山崎 将紀, 林武司

    第132回日本育種学会  2017年10月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

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  • 酒米品種「山田錦」の心白発現QTLであるqWCY6の高精度マッピングへ向けた表現形質評価方法の検討

    岡田聡史, 横山若菜, 末廣美紀, 山崎 将紀

    第132回日本育種学会  2017年10月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

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  • 登熟向上を目指した日本水稲品種群における粒重分布のゲノムワイド予測

    矢部志央理, 吉田ひろえ, 鐘ケ江弘美, 山崎 将紀, 岩田洋佳, 江花薫子, 林武司, 中川博視

    第132回日本育種学会  2017年10月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  • Solcapを用いたバレイショの連鎖地図作製

    波部一平, 宮武宏治, 山崎将紀, 林武司, 布目司

    第131回日本育種学会  2017年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:名古屋大  

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  • 日本水稲遺伝資源における炊飯米の食味関連形質のゲノムワイドアソシエーション解析

    堀清純, 米丸淳一, 鈴木啓太郎, 飯島健, 辻井良政, 小俣衣央梨, 仁木沙都美, 木村圭一, 朱紅加, 山崎将紀, 江花薫子, 高野克己

    第131回日本育種学会  2017年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:名古屋大  

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  • 「コシヒカリ」に導入した「山田錦」に由来する大粒化QTLの集積効果

    岡田聡史, 横山若菜, 飯島健, 堀清純, 山崎将紀

    第131回日本育種学会  2017年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:名古屋大  

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  • 無肥料水田で栽培したイネ穂数の遺伝解析

    藤田楓加, 橋本康史, 山崎将紀, 清水顕史

    第131回日本育種学会  2017年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:名古屋大  

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  • 日本水稲品種群における粒重分布と穂構造の関係

    矢部志央理, 吉田ひろえ, 山崎 将紀, 岩田洋佳, 江花薫子, 林武司, 中川博視

    第131回日本育種学会  2017年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:名古屋大  

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  • Genome-wide association study using whole-genome sequencing rapidly identifies new influencing agronomic traits in rice. 国際会議

    山崎 将紀, K. Yano, M. Maeda, S. Yoshida, H. Kitano, K. Hirano, G. Tamiya, K. Doi, M. Matsuoka

    59th Annual Maize Genetics Conference  2017年3月 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:St. Louis USA  

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  • UAVリモートセンシングで計測された植物の時系列成長とそのゲノムワイド多型との関連

    渡辺翔, 鐘ケ江弘美, 前田道弘, 末廣美紀, 横山若菜, 江花薫子, 山崎将紀, 岩田洋佳

    第131回日本育種学会  2017年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:名古屋大  

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  • Predicting GxE in biomass and yield of rice: a new modelling method unifying crop models and genomic prediction models. 国際会議

    Toda, Y, H. Wakatsuki, K. Ebana, 山崎 将紀, H. Kanegae, T. Hayashi, H. Nakagawa, T. Hasegawa, H. Iwata

    Plant & Animal Genomes XXV Conference  2017年1月 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:San Diego, USA  

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  • Genome-wide association study using whole-genome sequencing rapidly identifies new influencing agronomic traits in rice. 招待 国際会議

    Yano, K, E. Yamamoto, K. Aya, H. Takeuchi, P.-C. Lo, L. Hu, 山崎 将紀, S. Yoshida, K. Hirano, H. Kitano, M. Matsuoka

    Plant & Animal Genomes XXV Conference  2017年1月 

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    記述言語:英語   会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(指名)  

    開催地:San Diego, USA  

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  • イネにおけるゲノムワイドアソシエーション解析を用いた遺伝子の迅速な同定 招待

    矢野憲司, 山崎将紀, 吉田晋弥, 北野英己, 平野恒, 松岡信

    第11回ムギ類研究会・第8回中国地域育種談話会共催  2016年12月 

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    記述言語:日本語   会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(指名)  

    開催地:岡山大学  

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  • ゲノムワイドアソシエーション解析の工夫や準備すること 招待

    山崎将紀, 前田道弘, 田宮元, 土井一行

    第11回ムギ類研究会・第8回中国地域育種談話会共催  2016年12月 

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    記述言語:日本語   会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(指名)  

    開催地:岡山大学  

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  • 日本イネ品種群を用いたリン欠乏応答性根伸長に関わるQTLの探索

    小梶裕之, 山崎将紀, 清水顕史

    近畿作物・育種研究会第182回例会  2016年11月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:近畿大学  

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  • イネの異なる作期における成長パターンと収量関連形質の遺伝解析

    戸田悠介, 若月ひとみ, 江花薫子, 山崎 将紀, 鐘ケ江弘美, 林武司, 中川博視, 長谷川利拡, 岩田洋佳

    第130回日本育種学会  2016年9月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:鳥取大  

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  • 日本型水稲品種の炊飯物性値に関するゲノムワイドアソシエーション解析

    和田卓也, 山崎 将紀, 出田収, 井上敬, 坪根正雄, 宮原克典, 宮崎真行

    第130回日本育種学会  2016年9月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:鳥取大  

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  • 酒米品種「山田錦」を特徴付ける粒形QTL

    岡田聡史, 坂本拓也, 末廣美紀, 横山若菜, 飯島健, 堀清純, 山崎将紀

    第130回日本育種学会  2016年9月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:鳥取大  

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  • 日本水稲品種群を用いた粒重分布の特徴的記述と品種間差の解析.

    矢部志央理, 吉田ひろえ, 山崎 将紀, 林武司, 中川博視

    第130回日本育種学会  2016年9月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:鳥取大  

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  • DNAマーカーを用いた燃料作物ジャトロファの起源中心の遺伝学的解析

    Li, Haiyan, 土本卓, 原田久也, 山崎 将紀, 酒井啓江, 和田直樹, Atefeh Alipour, 笹井知博, 恒川篤史, 辻本壽, 安藤孝之, 留森寿士, 佐藤修正, 平川英樹, Victor Pecia Quintero, Alfredo Zamarripa, Primitivo Santos, Adel Hagazy, Abdalla Mohamed, 福井希一

    第130回日本育種学会  2016年9月 

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    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:鳥取大  

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  • 「山田錦」が保有する特性の遺伝解析 招待

    山崎 将紀

    第40回酒米懇談会  2016年9月 

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    記述言語:日本語   会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(指名)  

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  • イネのバイオマスと収量を予測する:作物モデルとゲノム予測モデルを融合した新しいモデル

    戸田悠介, 若月ひとみ, 江花薫子, 山崎将紀, 鐘ケ江弘美, 林武司, 中川博視, 長谷川利拡, 岩田洋佳

    第129回日本育種学会  2016年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

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  • 日本水稲Nested Association Mapping集団による農業形質の遺伝解析

    前田道弘, 田宮元, 牧野悟士, 堀清純, 江花薫子, 飯島健, 西内俊策, 横山若菜, 末廣美紀, 岡田聡史, 合田喬, 佐々木萌, Arturo Garcia, 土井一行, 山崎 将紀

    第129回日本育種学会  2016年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

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  • GWAS解析を用いたイネ農業関連遺伝子の単離

    竹内秀征, 矢野憲司, 安益公一郎, 胡麗, 山崎 将紀, 吉田晋弥, 平野恒, 北野英巳, 松岡信

    第129回日本育種学会  2016年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:横浜市立大学  

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  • マルチタスクガウス過程によるブラックボックスモデリングを用いた出穂予測モデルの構築

    堀智明, 青池亨, 小野木章雄, 出田収, 吉岡拓磨, 江花薫子, 山崎将紀, 中川博視, 岩田洋佳

    第129回日本育種学会  2016年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:横浜市立大学  

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  • 日本水稲品種群を使った農業形質の遺伝解析

    山崎 将紀, 出田収, 前田道弘, 岩田洋佳, 堀清純, 江花薫子, 横山若菜, 吉岡拓磨, Arturo Garcia, 片岡知守, 梶亮太, 横上晴郁, 前田英郎, 村田和優, 中川博視, 土井一行

    第129回日本育種学会  2016年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

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  • 染色体断片置換系統を用いた稲わらのバイオリファイナリー関連形質の遺伝解析

    合田喬, 寺村浩, 岡田聡史, 坂本拓也, 小柳悠, 末廣美紀, 荻野千秋, 近藤昭彦, 山崎将紀

    第129回日本育種学会  2016年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

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  • 「コシヒカリ」を遺伝的背景とした「山田錦」染色体部分置換系統の育成とQTLの検証

    岡田聡史, 坂本拓也, 末廣美紀, 山崎将紀

    第129回日本育種学会  2016年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  • QTL analysis of white core grain in a rice cultivar, “Yamadanishiki” for brewing Japanese rice wine. 国際会議

    Okada, S, K. Hori, K. Ebana, A. Onogi, H. Iwata, 山崎 将紀

    Plant & Animal Genomes XXIV Conference  2016年1月 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:San Diego, California, USA  

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  • バイオリファイナリー利用に向けた稲わらの希硫酸前処理後グルコース含量の自然変異

    合田 喬, 寺村 浩, 末廣 美紀, 金丸 研吾, 川口 秀夫, 荻野 千秋, 近藤 昭彦, 山崎 将紀

    日本農芸化学会関西支部第492例会  2015年12月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:神戸大学  

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  • バイオリファイナリー利用に向けた稲わら希硫酸前処理後グルコース含量の自然変異

    合田喬, 寺村浩, 末廣美紀, 金丸研吾, 川口秀夫, 荻野千秋, 近藤昭彦, 山崎将紀

    第492回日本農芸化学会関西支部例会  2015年12月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:神戸大学  

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  • 稲わらのバイオリファイナリーに向けた特性の解析と多様性の評価

    合田 喬, 寺村 浩, 末廣 美紀, 金丸 研吾, 川口 秀夫, 荻野 千秋, 近藤 昭彦, 山崎 将紀

    神戸大学若手フロンティア2015  2015年12月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:神戸大学  

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  • 稲わらのバイオリファイナリーに向けた特性の解析と多様性の評価

    合田喬, 寺村浩, 末廣美紀, 金丸研吾, 川口秀夫, 荻野千秋, 近藤昭彦, 山崎将紀

    神戸大学若手フロンティア  2015年12月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:神戸大学  

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  • イネNARROW LEAF1遺伝子の1アミノ酸置換が止め葉形態の自然変異に寄与する

    田口文緒, 大田竜也, 江花薫子, 大川泰一郎, 山崎将紀, 七夕 高也, 山内歌子, 呉健忠, 小野望, 野々上慈徳, 永田和史, 福岡修一, 平林秀介, 山本敏央, 矢野昌裕

    第128回日本育種学会  2015年9月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:新潟大学  

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  • 稲わらのバイオリファイナリー関連形質における遺伝解析

    合田喬, 寺村浩, 末廣美紀, 金丸研吾, 堀清純, 前田道弘, 高山隆一, 最相大輔, 山本洋, 小野木章雄, 岩田洋佳, 川口秀夫, 荻野千秋, 近藤昭彦, 山崎将紀

    第128回日本育種学会  2015年9月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:新潟大学  

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  • 遺伝子ベース作物モデルで未知環境における後代集団の出穂を予測する

    青池亨, 渡部真哉, 小野木章雄, 出田収, 吉岡拓磨, 江花薫子, 山崎将紀, 中川博視, 岩田洋佳

    第128回日本育種学会  2015年9月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:新潟大学  

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  • 酒米品種「山田錦」が保有する心白発現QTLの検証

    岡田聡史, 坂本拓也, 末廣美紀, 山崎将紀

    第128回日本育種学会  2015年9月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:新潟大学  

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  • 酒米品種「山田錦」の粒大や心白に関するQTL解析(2)と心白の形成について

    岡田聡史, 末廣美紀, 江花薫子, 堀清純, 山崎 将紀

    第127回日本育種学会  2015年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:神奈川県町田市  

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  • 「コシヒカリ」と「ヒヨクモチ」との交雑に由来するイネ組換え自殖系統群における出穂期および農業形質のQTL解析

    前田道弘, 岡田聡史, 合田喬, 佐々木萌, 末廣美紀, 横山若菜, 高山隆一, 最相大輔, 山本洋, 堀清純, Arturo Garcia, 土井一行, 山崎 将紀

    第127回日本育種学会  2015年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:神奈川県町田市  

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  • バイオリファイナリー利用に向けた稲わらの多様性

    合田喬, 寺村浩, 末廣美紀, 高山隆一, 最相大輔, 山本洋, 金丸研吾, 川口秀夫, 荻野千秋, 近藤昭彦, 山崎 将紀

    第127回日本育種学会  2015年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:神奈川県町田市  

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  • Genetic analysis of grain size and white core in a rice sake-brewing cultivar Yamadanishiki. 国際会議

    Okada, S, M. Suehiro, K. Ebana, K. Hori, A. Onogi, H. Iwata, 山崎 将紀

    57nd Annual Maize Genetics Conference.  2015年3月 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:St. Charles, IL, USA  

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  • イネ出穂期予測のための最適作物モデルの検討

    青池亨, 渡部真哉, 小野木章雄, 出田収, 吉岡拓磨, 江花薫子, 山崎 将紀, 中川博視, 岩田洋佳

    第127回日本育種学会  2015年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:神奈川県町田市  

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  • Rice nested association mapping population and its phenotyping. 国際会議

    山崎 将紀, A. Garcia, M. Maeda, S. Okada, T. Goda, T. Yoshioka, M. Suehiro, W. Yokoyama, R. Takayama, D. Saisho, H. Yamamoto, K. Hori, K. Ebana, H. Iwata, K. Doi

    57nd Annual Maize Genetics Conference.  2015年3月 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:St. Charles, IL, USA  

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  • 日本のイネ品種を用いたGWAS解析

    矢野憲司, 安益公一郎, 竹内秀征, 池田真由子, 山崎 将紀, 北野英巳, 平野恒, 松岡信

    第127回日本育種学会  2015年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:神奈川県町田市  

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  • 日本イネ集団を用いた、低リン耐性関連形質のゲノムワイド関連解析1. 根分泌物質による不可給態リンの可溶化

    田端友樹, 藤田楓加, 山崎 将紀, 清水顕史

    第127回日本育種学会  2015年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:神奈川県町田市  

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  • 2次元NMRを用いた希硫酸前処理後固体画分の組成解析.

    寺村浩, 佐々木建吾, 藍川晋平, 松田史生, 岡本真美, 白井智量, 川口秀夫, 荻野千秋, 山崎 将紀, 菊池淳, 近藤昭彦

    第56回日本植物生理学会年会  2015年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:東京都  

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  • NAM集団を使った遺伝解析と表現形質評価管理への取り組み〜トウモロコシとイネを例に〜 招待

    山崎 将紀

    第1回植物力×異分野融合先端研究セミナー  2014年12月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:岡山大  

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  • 日本水稲品種群の集団構造と植物遺伝育種のための高効率表現形質評価管理システム「FieldBook」

    山崎将紀

    富山県農林水産総合技術センターセミナー  2014年12月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:富山市  

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  • 「山田錦」の心白と粒大に関するQTL解析

    岡田 聡史, 末廣 美紀, 江花 薫子, 堀 清純, 小野木 章雄, 岩田 洋佳, 山崎 将紀

    神戸大若手フロンティア  2014年12月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:神戸市  

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  • 日本水稲の集団構造と諸特性

    山崎将紀, 江花薫子, 出田収

    近畿作物・育種研究会第178回例会  2014年11月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:京都市  

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  • 水稲品種「コシヒカリ」と「山田錦」との交雑系統群を用いた粒大および心白に関するQTL解析

    岡田聡史, 末廣美紀, 江花薫子, 堀清純, 小野木章雄, 岩田洋佳, 山崎将紀

    第126回日本育種学会  2014年9月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:宮崎県都城市  

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  • 希硫酸前処理後における稲わらのグルコース含量の自然変異

    合田喬, 寺村浩, 末廣美紀, 金丸研吾, 前田道弘, 岡田聡史, 川口秀夫, 荻野千秋, 近藤昭彦, 山崎将紀

    第126回日本育種学会  2014年9月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:宮崎県都城市  

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  • イネ出穂期予測モデル構築の高速化:PSOアルゴリズムとGPU並列計算の応用

    青池亨, 渡部真哉, 小野木章雄, 出田収, 吉岡拓磨, 江花薫子, 山崎将紀, 中川博視, 岩田洋佳

    第126回日本育種学会  2014年9月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:宮崎県都城市  

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  • 表現形質評価システム「FieldBook」によるイネ農業形質測定の効率化

    岡田聡史, Arturo Garcia, 合田喬, 前田道弘, 片岡知守, 末廣美紀, 伊藤田鶴子, 山本洋, 高山隆一, 最相大輔, 岩田洋佳, 山崎将紀

    近畿作物・育種研究会第177回例会  2014年7月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:神戸市  

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  • 表現形質評価システム「FieldBook」による効率的なイネ農業形質の測定

    岡田聡史, Arturo Garcia, 合田喬, 前田道弘, 片岡知守, 末廣美紀, 伊藤田鶴子, 山本洋, 高山隆一, 最相大輔, 岩田洋佳, 山崎将紀

    イネ遺伝学・分子生物学ワークショップ  2014年7月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:東京都文京区  

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  • イネ出穂期予測モデル構築の高速化:PSOアルゴリズムとGPU並列計算の応用

    青池亨, 渡部真哉, 小野木章雄, 出田収, 吉岡拓磨, 江花薫子, 山崎将紀, 中川博視, 岩田洋佳

    イネ遺伝学・分子生物学ワークショップ  2014年7月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:東京都文京区  

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  • 表現形質評価システム「FieldBook」による様々な農業形質測定

    山崎将紀, 岡田聡史, 合田喬, 前田道弘, 末廣美紀, 片岡知守, 伊藤田鶴子, 山本洋, 高山隆一, 最相大輔, 岩田洋佳, Arturo Garcia

    イネ遺伝学・分子生物学ワークショップ  2014年7月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:東京都文京区  

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  • バイオマス評価法の開発.

    寺村浩, 山崎将紀, 川口秀夫, 合田喬, 松田史生, 荻野千秋, 近藤昭彦

    第55回日本植物生理学会年会  2014年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:富山市  

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  • 表現形質評価システム「FieldBook」によるイネ稈長と穂長の測定

    前田道弘, 岡田聡史, 末廣美紀, 合田喬, 伊藤田鶴子, 山本洋, 最相大輔, Arturo Garcia, 山崎将紀

    第125回日本育種学会  2014年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:仙台市  

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  • Plant domestication and breeding: case studies in maize and rice. 招待 国際会議

    Masanori Yamasaki

    The 5th International Symposium of Innovative BioProduction Kobe (iBioK)  2014年1月 

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    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:神戸市  

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  • 田畑での表現形質計測の効率化〜「FieldBook」の開発

    山崎将紀, Arturo Garcia, 岡田聡史, 前田道弘

    独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構 近畿中国四国農業研究センターセミナー  2013年12月 

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    記述言語:日本語   会議種別:公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等  

    開催地:広島県福山市  

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  • 田畑での表現形質計測の効率化と植物遺伝育種への応用

    山崎将紀

    名古屋大学大学院生命農学研究科セミナー  2013年12月 

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    記述言語:日本語   会議種別:公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等  

    開催地:名古屋市  

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  • A closed panicle trait regulated by OsLG1 in domesticated rice, Oryza sativa L. 国際会議

    Ryo Ishikawa, Kotaro Miura, Kentaro Yoshida, Koji Numaguchi, Than Myint Htun, Pham Thien Thanh, Takashi Matsumoto, Masanori Yamasaki, Ryohei Terauchi, Motoyuki Ashikari, Takashige Ishii

    7th International Conference of Rice Genetics  2013年11月 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:Dusit Thai Hotel Manila, Philippine  

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  • Closed panicles in rice domestication 国際会議

    Ishii T, Numaguchi K, Miura K, Yoshida K, Thanh PT, Htun TM, Yamasaki M, Matsumoto T, Terauchi R, Ishikawa R, Ashikari M

    International Rice Genetics Symposium  2013年11月 

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    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:Manila, Philippines  

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  • A closed panicle trait regulated by OsLG1 in domesticated rice, Oryza sativa L. 国際会議

    Ryo Ishikawa, Kotaro Miura, Kentaro Yoshida, Koji Numaguchi, Than Myint Htun, Pham Thien Thanh, Takashi Matsumoto, Masanori Yamasaki, Ryohei Terauchi, Motoyuki Ashikari, Takashige Ishii

    7th International Rice Genetics Symposium  2013年11月 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:Dusit Thai Hotel Manila, Philippine  

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  • Closed panicles in rice domestication. 招待 国際会議

    Ishii, T, K. Numaguchi, K. Miura, K. Yoshida, P. T. Thanh, T. M. Htun, M. Yamasaki, T. Matsumoto, R. Terauchi, R. Ishikawa, M. Ashikari

    7th International Rice Genetics Symposium  2013年11月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:Manila, Philippines  

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  • ゲノムワイドマーカーを用いたイネ農業形質の表現型値予測とその手法比較

    小野木章雄, 出田収, 江花薫子, 吉岡拓磨, 山崎将紀, 岩田洋佳

    第124回日本育種学会  2013年10月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:鹿児島市  

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  • 循環ゲノミックセレクションを用いた並列育種:イネにおけるシミュレーション

    矢部志央理, 山崎将紀, 江花薫子, 林武司, 岩田洋佳

    第124回日本育種学会  2013年10月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:鹿児島市  

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  • 「FieldBook」を使ったオオムギ遺伝資源の大規模表現型測定

    伊藤大樹, 岡田聡史, Arturo Garcia, 石井誠, 伊藤田鶴子, 山本洋, 山崎将紀, 最相大輔, 佐藤和広

    第124回日本育種学会  2013年10月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:鹿児島市  

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  • 田畑での表現形質計測の効率化と植物遺伝育種への応用 招待

    山崎将紀, Arturo Garcia

    公開シンポジウム「ゲノム情報を駆使した次世代作物育種への展望」  2013年10月 

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    記述言語:日本語   会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(指名)  

    開催地:つくば市  

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  • 表現形質評価システム「FieldBook」によるイネ出穂期測定の効率化

    岡田聡史, Arturo Garcia, 合田喬, 前田道弘, 片岡知守, 末廣美紀, 山崎将紀

    第123回日本育種学会  2013年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:東京都世田谷区  

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  • バイオマス特性評価法の開発

    寺村浩, 山崎将紀, 松田史生, 荻野千秋, 近藤昭彦

    第54回植物生理学会  2013年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:岡山市  

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  • バイオマス特性評価法の開発

    寺村 浩, 山崎 将紀, 松田 史生

    第54回日本植物生理学会年会  2013年3月  日本植物生理学会

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:岡山市  

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  • ゲノミックセレクションモデルに基づくイネF2集団における出穂期分離の予測

    岩田洋佳, 吉岡拓磨, 小野木章雄, 矢部志央理, 江花薫子, 林武司, 山崎将紀

    第123回日本育種学会  2013年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:東京都世田谷区  

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  • Genomic prediction of trait segregation in progeny populations: examples in Japanese pear and rice. 国際会議

    Iwata H, T. Hayashi, T. Yoshioka, M. Yamasak, K. Ebana, S. Terakami, N. Takada, T. Saito, T. Yamamoto

    Plant & Animal Genomes XXI Conference  2013年1月 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:San Diego, California, USA  

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  • “イネの遺伝資源と多様性”過去から現在、そして未来へ向けて何をやっていくか?

    山崎将紀

    平成24年度神戸大学農学研究科公開講座「“農業と遺伝資源”未来への架橋となる動植物の多様性」  2012年9月 

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    記述言語:日本語   会議種別:公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等  

    開催地:神戸市  

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  • Prediction accuracy of rice agronomic traits using genome-wide markers and functional nucleotide polymorphisms under single- and multi-trait modeling. 国際会議

    Onogi, A, O. Ideta, K. Ebana, T. Yoshioka, M. Yamasaki, H. Iwata

    EUCARPIA XVth Biometrics in Plant BreedingSection Meeting  2012年9月 

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    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:Hohenheim, Germany  

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  • 日本イネ品種におけるゲノミックセレクションの有効性:シミュレーション研究による評価

    矢部志央理, 山崎将紀, 江花薫子, 岩田洋佳

    第122回日本育種学会  2012年9月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:京都市  

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  • 野生イネ系統群のゲノム種を識別するInDelマーカーの開発

    山木辰一郎, 大柳一, 山崎将紀, 宮林登志江, 永口貢, 久保貴彦, 倉田のり, 野々村賢一

    第122回日本育種学会  2012年9月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:京都市  

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  • 構造方程式モデル(SEM)による多形質間の因果関係の推定:出穂期遺伝子の直接的・間接的影響を分離できるのか

    小野木章雄, 出田収, 江花薫子, 吉岡拓磨, 山崎将紀, 岩田洋佳

    第122回日本育種学会  2012年9月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:京都市  

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  • 日本イネ品種におけるコメ品質のゲノムワイドアソシエーション解析と予測

    杉村元, 七夕高也, 末廣美紀, 畑中啓佑, 坂本拓也, 山崎将紀, 江花薫子, 岩田洋佳

    第121回日本育種学会  2012年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:宇都宮市  

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  • FieldBook: Incresing phenotyping efficiency.

    Arturo Garcia, 岩田洋佳, 坂本拓也, 畑中啓佑, 山崎将紀

    第121回日本育種学会  2012年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:宇都宮市  

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  • 穀物における選抜遺伝子および農業形質関連遺伝子の解析手法の開発 招待

    山崎将紀

    平成23年度日本育種学会奨励賞受賞講演  2012年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(指名)  

    開催地:宇都宮市  

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  • 発育予測モデルおよびゲノムワイドデータに基づく日本水稲品種群の出穂日予測

    渡部真哉, 吉岡拓磨, 江花薫子, 中川博視, 山崎将紀, 岩田洋佳

    第121回日本育種学会  2012年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:宇都宮市  

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  • FieldBook: 主にバーコードを利用した表現形質のデータシステムの開発と植物遺伝育種への統合 招待

    山崎将紀, Arturo Garcia

    近畿作物・育種研究会 公開シンポジウム「明日のための農学研究〜現場の問題とその解決に向けて〜」  2011年12月 

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    記述言語:日本語   会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(指名)  

    開催地:神戸市  

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  • 稲わらバイオマス形質の系統間比較

    松田 史生, 山崎 将紀, 荻野 千秋, 近藤 昭彦

    第29回日本植物細胞分子生物学会大会  2011年9月  日本植物細胞分子生物学会

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:福岡市  

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  • 日本水稲品種群を使ったゲノムワイドアソシエーション解析 招待

    山崎将紀, 岩田洋佳, 吉岡拓磨, 出田収, 柴谷多恵子, 山内歌子, 堀清純, 長崎英樹, 江花薫子

    第83 回日本遺伝学会、ワークショップ「次世代育種に向けたゲノム研究:アソシエーション解析とゲノミックセレクション」  2011年9月 

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    記述言語:日本語   会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(指名)  

    開催地:京都市  

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  • 米糠中のフィチン含量の自然変異

    畑中啓佑, 末廣美紀, 吉田健一, 山崎将紀

    第120 回日本育種学会  2011年9月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:福井市  

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  • イネの多様性を利用した解析:ゲノムワイドアソシエーション解析と栽培化遺伝子の同定.

    山崎将紀

    次世代イネ研究を考えるー第2回勉強会ー  2011年6月 

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    記述言語:日本語   会議種別:公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等  

    開催地:つくば市  

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  • 古代人は“緑の革命”をすでに始めていたかもしれない〜イネにおける“緑の革命”遺伝子の貢献:近代育種と栽培化

    山崎将紀

    東京大学農学部セミナー  2011年6月 

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    記述言語:日本語   会議種別:公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等  

    開催地:東京都文京区  

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  • 野生イネの遺伝的背景における栽培イネの非脱粒性遺伝子の効果

    石川亮, Than Myint Htun, 山崎将紀, Pham Thien Thanh, 石井尊生

    第52回植物生理学会  2011年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:仙台市  

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  • 日本水稲品種群における感光性遺伝子Hd1と到穂日数のアソシエーション解析

    吉岡拓磨, 出田収, 山内歌子, 柴谷多恵子, 森本恵梨子, 吉田晋弥, 江花薫子, 山崎将紀

    第119 回日本育種学会  2011年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:横浜市  

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  • イネ育種におけるゲノミックセレクションの精度:シミュレーションと実データによる評価

    岩田洋佳, 井下侑人, 江花薫子, 山崎将紀, 出田収, 田口(塩原)文緒, 林武司

    第119 回日本育種学会  2011年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:横浜市  

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  • Accuracy of genomic selection in rice breeding: simulations and cross-validation. 国際会議

    Iwata H, K. Ebana, M. Yamasak, O. Ideta, F. Taguchi-Shiobara, T. Hayashi

    Plant & Animal Genomes XIX Conference  2011年1月 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:San Diego, California, USA  

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  • 餘慶寺千手観音像内部から発見された江戸時代初期籾米のDNA解析

    岡田充泰, 森 宏樹, 渡辺雅彦, 土井通弘, 野々村賢一, 山崎将紀, 出田収, 中西徹

    第33回日本分子生物学会  2010年12月 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:神戸市  

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  • Association study in Japanese rice population. 国際会議

    Yamasaki M, O. Ideta, T. Yoshioka, K. Asano, M. Matsuoka, K. Hori, H. Nagasaki, H. Iwata, K. Ebana

    52nd Annual Maize Genetics Conference  2010年3月 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:Riva del Garda, Italy  

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  • Genetic diversity and association study in Japanese rice cultivars. 招待 国際会議

    Yamasaki M

    The 1389th Biological Symposium  2010年2月 

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    記述言語:英語   会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(指名)  

    開催地:静岡県三島市  

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  • Association study in Japanese rice population. 国際会議

    Yamasaki M, O. Ideta, T. Yoshioka, K. Asano, M. Matsuoka, K. Hori, H. Nagasaki, H. Iwata, K. Ebana

    6th International Rice Genetics Symposium  2009年11月 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:Manila, Philippines  

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  • Genome-wide SNP discovery among temperate Japonica rice cultivars and its application. 招待 国際会議

    Ebana, K, H. Nagasaki, K. Nonoue, K. Hori, M. Yamasaki, J-I. Yonemaru, T. Yamamoto, M. Yano

    6th International Rice Genetics Symposium  2009年11月 

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    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:Manila, Philippines  

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  • Artificial selection for SEMIDWARF1 during japonica rice domestication. 国際会議

    Asano, K, M. Yamasaki, K. Miura, J. Wu, K. Ebana, T. Matsumoto, H. Kitano, M. Ashikari, M. Matsuoka

    6th International Rice Genetics Symposium  2009年11月 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:Manila, Philippines  

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  • 日本水稲品種群を使った出穂期のゲノムワイドアソシエーション解析

    山崎将紀, 出田収, 吉岡拓磨, 岩田洋佳, 長崎英樹, 江花薫子

    第116 回日本育種学会  2009年9月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:札幌市  

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  • 酒米品種群の成り立ちとその遺伝的構成 招待

    吉田晋弥, 山崎将紀

    第61回日本生物工学会大会シンポジウム 醸造原料植物および醸造微生物の特性とその進化  2009年9月 

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    記述言語:日本語   会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(指名)  

    開催地:名古屋市  

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  • 日本水稲品種群を使ったアソシエーション解析-Semidwarf1のDNA多型と稈長関連形質

    吉岡拓磨, 出田収, 浅野賢治, 松岡信, 岩田洋佳, 江花薫子, 山崎将紀

    第116 回日本育種学会  2009年9月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:札幌市  

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  • タルホコムギ集団の遺伝的構造の解析

    水野信之, 山崎将紀, 松岡由浩, 河原太八, 宅見薫雄

    第116 回日本育種学会  2009年9月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:札幌市  

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  • Population structure of central Eurasian wild wheat progenitor Aegilops tauschii Coss. 国際会議

    Mizuno, N, M. Yamasaki, Y. Matsuoka, T. Kawahara, S. Takumi

    6th International Triticeae Symposium  2009年5月 

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    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:京都市  

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  • Test of artificial selection for Semidwarf1 during japonica rice domestication.

    Asano, K, YAMASAKI MASANORI, K. Miura, J. Wu, K. Ebana, T. Matsumoto, H. Kitano, M. Matsuoka, M. Ashikari

    第115回日本育種学会  2009年3月 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:つくば市  

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  • Population structure in Japanese rice cultivars.

    YAMASAKI MASANORI, O. Ideta

    第115回日本育種学会  2009年3月 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:つくば市  

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  • 新たないもち病防除法に向けたコラゲナーゼ活性を有する微生物のスクリーニング

    下井 沙紀, 池田 健一, 山崎 将紀, 對馬 誠也, 朴 杓允

    日本植物病理学会関西部会  2009年 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

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  • 人はどのようにして作物を獲得したか?—ゲノムからみた栽培化—

    山崎 将紀

    平成20年度神戸大学農学研究科公開講座  2008年11月 

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    記述言語:日本語   会議種別:公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等  

    開催地:神戸市  

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  • Empirical analysis of selection screens in maize by extended DNA sequencing.

    YAMASAKI MASANORI, S. G. Schroeder, H. Sanchez-Villeda, B. S. Gaut, M. D. McMullen

    第113回日本育種学会  2008年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:川崎市  

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  • イネ葉面フロラからのコラゲナーゼ活性を有する微生物のスクリーニング

    下井 沙紀, 池田 健一, 山崎 将紀, 對馬 誠也, 朴 杓允

    日本農芸化学会  2008年 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  • A large-scale screen for artificial selection in maize identifies candidate agronomic loci for domestication and crop improvement.

    Masanori Yamasaki

    日本育種学会  2007年9月 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:愛媛大学  

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  • トウモロコシの農業形質に寄与する選抜遺伝子のスクリーニング.

    Masanori Yamasaki

    植物種内多様性研究の最前線:進化、生態、リソース、情報  2007年6月 

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    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:静岡県三島市  

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  • 集団遺伝学的手法を利用したトウモロコシの農業形質に寄与する選抜遺伝子のスクリーニング.

    Masanori Yamasaki

    ポストゲノム時代の統計遺伝学的アプローチ −今,何がどこまでできるのか?−.  2007年3月 

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    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:茨城県つくば市  

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  • A large-scale screen for artificial selection in maize identifies candidate agronomic loci for domestication and crop improvement. 招待 国際会議

    Masanori Yamasaki

    Domestication, super-domestication and gigantism: Human manipulation of plant genomes for increasing crop yield  2006年10月 

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    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:茨城県つくば市  

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  • トウモロコシの農業形質に寄与する栽培化遺伝子・改良遺伝子のスクリーニング.

    Masanori Yamasaki

    QTLゲノム育種研究センターセミナー  2006年4月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:茨城県つくば市  

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  • A large scale screen for artificial selection in maize identifies candidate agronomic loci for domestication and crop improvement. 招待 国際会議

    Masanori Yamasaki

    Plant & Animal Genomes XIV Conference  2006年1月 

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    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:San Diego, California, USA  

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受賞

  • 第132回講演会育種学会優秀発表賞

    2017年12月   日本育種学会   酒米品種「山田錦」の心白発現QTLであるqWCY6の高精度マッピングへ向けた表現形質評価方法の検討

    岡田 聡史, 横山若菜, 末廣美紀, 山崎 将紀

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    受賞区分:国内学会・会議・シンポジウム等の賞 

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  • 第129回日本育種学会優秀発表賞

    2016年6月   日本育種学会   日本水稲Nested Association Mapping集団による農業形質の遺伝解析

    前田 道弘, 田宮 元, 牧野 悟士, 堀 清純, 江花 薫子, 飯島 健, 西内 俊策, 横山 若菜, 末廣 美紀, 岡田 聡史, 合田 喬, 佐々木 萌, Arturo Garcia, 土井 一行, 山崎 将紀

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    受賞国:日本国

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  • 平成25年度日本育種学会論文賞受賞

    2014年3月   日本育種学会   Masanori Yamasaki and Osamu Ideta (2013) Population structure in Japanese rice population.

    Masanori Yamasaki, Osamu Ideta

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    受賞国:日本国

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  • 穀物における選抜遺伝子および農業形質関連遺伝子の解析手法の開発

    2012年3月   日本育種学会   平成23年度日本育種学会奨励賞

    山崎 将紀

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    受賞区分:国内学会・会議・シンポジウム等の賞  受賞国:日本国

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  • 第129回日本育種学会優秀発表賞_

    2016年6月   日本育種学会   GWAS解析を用いたイネ農業関連遺伝子の単離

    竹内 秀征, 矢野 憲司, 安益 公一郎, 胡 麗, 山崎 将紀, 吉田 晋弥, 平野 恒, 北野 英巳, 松岡 信

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    受賞国:日本国

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  • 第128回講演会育種学会優秀発表賞

    2015年9月   日本育種学会   遺伝子ベース作物モデルで未知環境における後代集団の出穂を予測する

    青池 亨, 渡部 真哉, 小野木 章雄, 出田 収, 吉岡 拓磨, 江花 薫子, 山崎 将紀, 中川 博視, 岩田 洋佳

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    受賞区分:国内学会・会議・シンポジウム等の賞  受賞国:日本国

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  • 第127回日本育種学会優秀発表賞

    2015年9月   日本育種学会   日本のイネ品種を用いたGWAS解析

    矢野 憲司, 安益 公一郎, 竹内 秀征, 池田 真由子, 山崎 将紀, 北野 英巳, 平野 恒, 松岡 信

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    受賞国:日本国

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  • 平成24年度 神戸大学農学部同窓会六篠会 六篠業績賞受賞

    2013年11月   神戸大学六篠会   「穀物における選抜遺伝子および農業形質関連遺伝子の解析手法の開発」

    山崎 将紀

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    受賞国:日本国

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共同研究・競争的資金等の研究

  • イネ大規模交雑集団からの高温登熟耐性系統の選抜と遺伝・形態・環境要因の解明

    研究課題/領域番号:21H02165

    2021年4月 - 2025年3月

    制度名:科学研究費助成事業

    研究種目:基盤研究(B)

    提供機関:日本学術振興会

    山崎 将紀, 松葉 修一

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    配分額:17160000円 ( 直接経費:13200000円 、 間接経費:3960000円 )

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  • 育種ビッグデータの整備および情報解析技術を活用した高度育種システムの開発

    2018年4月 - 2023年3月

    提供機関:農業・食品産業技術総合研究機構

    山崎将紀

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    担当区分:研究分担者 

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  • 大規模な組換え自殖系統群を用いたモデルの検証

    2017年 - 2023年

    制度名:戦略的創造研究推進事業(CREST)

    提供機関:国立研究開発法人 科学技術振興機構

    山崎 将紀

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

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  • 戦略的オミクス育種技術体系の構築

    2017年

    制度名:SIP戦略的イノベーション創造プログラム(次世代農林水産業創造技術)

    提供機関:国立研究開発法人理化学研究所

    山崎 将紀

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

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  • 農業気象情報の創出と作物生育・病害虫発生予測モデルに基づく作物栽培管理支援システムの開発

    2017年

    制度名:SIP戦略的イノベーション創造プログラム(次世代農林水産業創造技術)

    提供機関:国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構

    山崎 将紀

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

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  • 情報・通信・制御の連携機能を活用した農作業システムの自動化・知能化による省力・高品質生産技術の開発

    2017年

    制度名:SIP戦略的イノベーション創造プログラム(次世代農林水産業創造技術)

    提供機関:国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構

    山崎将紀

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

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  • 情報・通信・制御の連携機能を活用した農作業システムの自動化・知能化による省力・高品質生産技術の開発

    2016年

    制度名:戦略的イノベーション創造プログラム(SIP)

    山崎 将紀

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

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  • 日本水稲の重要遺伝子とは?

    2015年4月 - 2019年3月

    制度名:科学研究費補助金/基盤研究(B)

    山崎 将紀

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

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  • 宿主操作の神経メカニズムから生態系間資源流の時空間変動を解明する

    研究課題/領域番号:15K14606

    2015年4月 - 2017年3月

    制度名:学術研究助成基金助成金/挑戦的萌芽研究

    研究種目:挑戦的萌芽研究

    提供機関:日本学術振興会

    佐藤 拓哉

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    資金種別:競争的資金

    ハリガネムシ類(寄生生物)が陸生昆虫(終宿主)の入水行動を生起して河川に飛び込ませると、終宿主がサケ科魚類の極めて重要な餌資源になる。本研究では、宿主操作の神経メカニズムを明らかにすることで、上記の餌資源流が生じる時間と場所を理解・予測することを目指した。その結果、成熟したハリガネムシ類に感染したカマキリ(宿主)では、活動量の上昇や正の走光性がみられた。また、そのような行動変化に関与すると考えられる、いくつかの生体アミン類の脳内での上昇を確認することができた。

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  • ALCA「自然変異を利用した低フィチンイネの開発と遺伝解析」

    2011年 - 2012年

    制度名:戦略的創造研究推進事業 先端的低炭素化技術開発ALCA

    山崎 将紀

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

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  • 日本水稲品種「山田錦」が保有する特性の遺伝解析

    2010年

    制度名:科学研究費補助金/若手研究(B)

    山崎 将紀

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

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  • ウンカ類に対するイネの殺卵遺伝子の単離と機能解析

    2006年

    制度名:科学研究費補助金/若手研究(スタートアップ)

    山崎 将紀

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

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担当経験のある授業科目(researchmap)

  • 資源生命科学入門Ⅱ

    機関名:神戸大学

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  • 作物進化学2

    機関名:神戸大学

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  • 資源生命科学プレゼンテーション演習Ⅰ(オーラル・ペーパー)

    機関名:神戸大学

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  • 作物進化学

    機関名:神戸大学

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  • 作物進化学1

    機関名:神戸大学

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  • 課題開発演習

    機関名:神戸大学

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  • 高度教養セミナー農学部応用植物学入門

    機関名:神戸大学

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  • 資源生命科学入門Ⅱ-1

    機関名:神戸大学

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  • The Use of Plant Genetic Resources

    機関名:Kobe University

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  • 卒業研究

    機関名:神戸大学

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  • 特定課題演習 I-1

    機関名:神戸大学

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  • 生物資源と農業B

    機関名:神戸大学

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  • 先端遺伝育種論

    機関名:神戸大学

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  • 食料・環境・健康生命(食料編)B

    機関名:神戸大学

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  • 神戸大学発次世代農資源生産学

    機関名:神戸大学

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  • 植物遺伝資源利用学

    機関名:神戸大学

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  • 植物資源学

    機関名:神戸大学

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  • 資源生命科学入門Ⅱ-2

    機関名:神戸大学

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  • 初年次セミナー

    機関名:神戸大学

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  • Biological Resources and Agriculture B

    機関名:Kobe University

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  • Crop Evolution

    機関名:Kobe University

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  • Advanced Breeding and Genetics

    機関名:Kobe University

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  • Farming Practice(Agroenvironmental Biology)

    機関名:Kobe University

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  • Farming Practice(Applied Chemistry in Bioscience)

    機関名:Kobe University

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  • Exercise in Subject Development

    機関名:Kobe University

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  • Farming Practice(Agricultural Engineering)

    機関名:Kobe University

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  • Crop Evolution 2

    機関名:Kobe University

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  • Diploma Thesis

    機関名:Kobe University

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  • Crop Evolution 1

    機関名:Kobe University

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  • First Year Seminar

    機関名:Kobe University

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  • Farming Practice I

    機関名:Kobe University

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  • Farming Practice II

    機関名:Kobe University

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  • 資源生命科学プレゼンテーション演習Ⅱ(オーラル・ペーパー)

    機関名:神戸大学

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  • 農場実習(生産環境工学コース)

    機関名:神戸大学

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  • 牧場実習

    機関名:神戸大学

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  • 農場実習(応用生命化学コース)

    機関名:神戸大学

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  • 農場実習(環境生物学コース)

    機関名:神戸大学

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  • 農場実習I

    機関名:神戸大学

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  • 農場実習II

    機関名:神戸大学

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  • 特定課題演習 II-1

    機関名:神戸大学

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  • 農場と食卓をつなぐフィ-ルド演習

    機関名:神戸大学

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  • Presentation Exercise on Bioresource Science II

    機関名:Kobe University

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  • Special Subject Exercise I-1

    機関名:Kobe University

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  • Practice in Livestock Farm

    機関名:Kobe University

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  • Presentation Exercise on Bioresource Science I

    機関名:Kobe University

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  • Introduction to Plant Resource Science Ⅱ-1

    機関名:Kobe University

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  • Introduction to Plant Resource Science Ⅱ-2

    機関名:Kobe University

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  • Food,Environmental and Healthy Life(Section of Food)B

    機関名:Kobe University

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  • Introduction to Plant Resource Science

    機関名:Kobe University

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  • Special Subject Exercise II-1

    機関名:Kobe University

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  • The next generation of agriculture and resource production by Kobe University

    機関名:Kobe University

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担当経験のある授業科目

  • 先端的農業技術論

    2024年
    -
    現在
    機関名:新潟大学

  • 生物資源科学演習I

    2024年
    -
    現在
    機関名:新潟大学

  • 科学英語演習

    2024年
    -
    現在
    機関名:新潟大学

  • 卒業論文II

    2024年
    -
    現在
    機関名:新潟大学

  • 卒業論文I

    2024年
    -
    現在
    機関名:新潟大学

  • 農作物学特論

    2024年
    -
    現在
    機関名:新潟大学

  • 生物資源科学演習II

    2024年
    -
    現在
    機関名:新潟大学

  • 農業統計学

    2023年
    -
    現在
    機関名:新潟大学

  • 実践型食づくりプロジェクト

    2023年
    -
    現在
    機関名:新潟大学

  • 植物生産実地見学

    2023年
    -
    現在
    機関名:新潟大学

  • スタディ・スキルズAIa

    2023年
    機関名:新潟大学

  • 農業資源科学特論

    2023年
    機関名:新潟大学

  • スタディ・スキルズAIIa

    2023年
    機関名:新潟大学

  • 作物学

    2022年
    -
    現在
    機関名:新潟大学

  • 農業資源を知る

    2022年
    -
    現在
    機関名:新潟大学

  • 植物生産学実験実習IV

    2022年
    -
    現在
    機関名:新潟大学

  • 植物生産学実験実習III

    2022年
    -
    現在
    機関名:新潟大学

  • 植物生産学実験実習II

    2022年
    -
    現在
    機関名:新潟大学

  • 植物生産学実験実習I

    2022年
    -
    現在
    機関名:新潟大学

  • 基礎農林学実習

    2022年
    -
    現在
    機関名:新潟大学

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