所属
教育研究院 自然科学系 農学系列 准教授
農学部 農学科 准教授
農学部 農学科 准教授
職名
准教授
外部リンク
フカイ エイゴ
深井 英吾
FUKAI Eigo
学位
-
農学 （ 2003年3月 東北大学 ）
研究分野
-
ライフサイエンス / ゲノム生物学 / トランスポゾン
-
環境・農学 / 遺伝育種科学 / 生殖
経歴（researchmap）
-
新潟大学 自然科学系 (農学部) 准教授
2018年10月 - 現在
-
新潟大学 自然科学系 (農学部) 助教
2014年4月 - 2018年9月
-
日本学術振興会特別研究員 (PD) 独立行政法人 農業生物資源研究所
2006年4月 - 2008年3月
-
日本学術振興会海外特別研究員 (デンマーク、オーフス大学)
2004年4月 - 2006年3月
経歴
-
新潟大学 農学部 農学科 准教授
2018年10月 - 現在
-
新潟大学 農学部 農学科 助教
2017年4月 - 2018年9月
-
新潟大学 農業生産科学 助教
2014年4月 - 2017年3月
学歴
-
東北大学大学院 農学研究科 応用生命科学専攻
1998年4月 - 2003年3月
-
東北大学 農学部
1994年4月 - 1998年3月
論文
-
Differential regulation of heterochromatin and euchromatin by GmDDM1 during seed development ensures seedling viability in soybean. 査読 国際誌
Ahsen Gers, Kana Shiraishi, Kaoru Tonosaki, Satoru Okamoto, Akito Kaga, Ryota Kuroda, Jun-Ichi Matsuoka, Atsushi Toyoda, Taiji Kawakatsu, Chiho Maruko, Kazuki Takahashi, Keiichi Okazaki, Moeko Okada, Eigo Fukai
<i>The Plant Journal</i> 126 ( 4 ) e70921 2026年5月
-
Genetic control of seed iron and zinc concentration in Rwandan common bean population revealed by the Genome Wide Association Study (GWAS). 査読
Floride Mukamuhirwa, Kenta Shirasawa, Ken Naito, Edouard Rurangwa, Viateur Ndayizeye, Alphonse Nyombayire, Jean Pierre Muhire, Mahalingam Govindaraj, Norikuni Ohtake, Keiichi Okazaki, Moeko Okada, Eigo Fukai
<i>Breeding Science</i> 75 ( 3 ) 187 - 199 2025年6月
-
Propagation path of a flowering cherry (<i>Cerasus</i> x <i>yedoensis</i>) cultivar 'Somei-Yoshino' traced by somatic mutations 査読
Kenta Shirasawa, Tomoya Esumi, Akihiro Itai, Katsunori Hatakeyama, Tadashi Takashina, Takuji Yakuwa, Katsuhiko Sumitomo, Takeshi Kurokura, Eigo Fukai, Keiichi Sato, Takehiko Shimada, Katsuhiro Shiratake, Munetaka Hosokawa, Yuki Monden, Makoto Kusaba, Hidetoshi Ikegami, Sachiko Isobe
<i>DNA Research</i> 31 ( 5 ) dsae025 2024年9月
-
Quantitative trait locus (QTL) analysis and fine-mapping for <i>Fusarium oxysporum</i> disease resistance in <i>Raphanus sativus</i> using GRAS-Di technology. 査読
Chukwunonso Sylvanus Austin Ezeah, Juichi Shimazu, Takahiro Kawanabe, Motoki Shimizu, Shinichi Kawashima, Makoto Kaji, Charles Onyemaechi Ezinma, Md Nuruzzaman, Nami Minato, Eigo Fukai, Keiichi Okazaki
<i>Breeding Science</i> 73 ( 5 ) 421 - 434 2023年12月
-
Comparative anatomical and hormonal analyses between kohlrabi and broccoli seedlings: Relevance to kohlrabi stem tuber initiation 査読
Md. Nuruzzaman, Mikiko Kojima, Masato Sato, Yumiko Takebayashi, Mozammel Hoque, Satoru Okamoto, Daniel J. Shea, Ryo Fujimoto, Eigo Fukai, Hitoshi Sakakibara, Keiichi Okazaki
<i>Scientia Horticulturae</i> 316 112002 - 112002 2023年6月
-
Comparative transcriptome analysis during tuberous stem formation in Kohlrabi (<i>B. oleracea</i> var. <i>gongylodes</i>) at early growth periods (seedling stages). 査読 国際誌
Md Nuruzzaman, Masato Sato, Satoru Okamoto, Hoque Mozammel, Daniel J Shea, Ryo Fujimoto, Motoki Shimizu, Eigo Fukai, Keiichi Okazaki
<i>Physiologia Plantarum</i> 174 ( 5 ) e13770 2022年8月
-
Widespread and transgenerational retrotransposon activation in inter- and intraspecies recombinant inbred populations of <i>Lotus japonicus</i>. 査読 国際誌
Eigo Fukai, Manabu Yoshikawa, Niraj Shah, Niels Sandal, Akio Miyao, Seijiro Ono, Hideki Hirakawa, Turgut Yigit Akyol, Yosuke Umehara, Ken-Ichi Nonomura, Jens Stougaard, Hirohiko Hirochika, Makoto Hayashi, Shusei Sato, Stig Uggerhøj Andersen, Keiichi Okazaki
<i>The Plant Journal</i> 111 ( 5 ) 1397 - 1410 2022年7月
-
Identification of a Male Sterile Candidate Gene in <i>Lilium</i> x <i>formolongi</i> and Transfer of the Gene to Easter Lily (<i>L. longiflorum</i>) via Hybridization. 査読 国際誌
Takahiro Moriyama, Daniel John Shea, Naoto Yokoi, Seiro Imakiire, Takaaki Saito, Hikaru Ohshima, Hina Saito, Satoru Okamoto, Eigo Fukai, Keiichi Okazaki
<i>Frontiers in Plant Science</i> 13 914671 - 914671 2022年6月
-
A chromosome-level genome sequence of <i>Chrysanthemum seticuspe</i>, a model species for hexaploid cultivated chrysanthemum. 査読 国際誌
Michiharu Nakano, Hideki Hirakawa, Eigo Fukai, Atsushi Toyoda, Rei Kajitani, Yohei Minakuchi, Takehiko Itoh, Yohei Higuchi, Toshiaki Kozuka, Hidemasa Bono, Kenta Shirasawa, Ippei Shiraiwa, Katsuhiko Sumitomo, Tamotsu Hisamatsu, Michio Shibata, Sachiko Isobe, Kenji Taniguchi, Makoto Kusaba
<i>Communications Biology</i> 4 ( 1 ) 1167 - 1167 2021年10月
-
Extreme genetic signatures of local adaptation during <i>Lotus japonicus</i> colonization of Japan. 査読 国際誌
Niraj Shah, Tomomi Wakabayashi, Yasuko Kawamura, Cathrine Kiel Skovbjerg, Ming-Zhuo Wang, Yusdar Mustamin, Yoshiko Isomura, Vikas Gupta, Haojie Jin, Terry Mun, Niels Sandal, Fuyuki Azuma, Eigo Fukai, Ümit Seren, Shohei Kusakabe, Yuki Kikuchi, Shogo Nitanda, Takashi Kumaki, Masatsugu Hashiguchi, Hidenori Tanaka, Atsushi Hayashi, Mads Sønderkær, Kaare Lehmann Nielsen, Korbinian Schneeberger, Bjarni Vilhjalmsson, Ryo Akashi, Jens Stougaard, Shusei Sato, Mikkel Heide Schierup, Stig Uggerhøj Andersen
<i>Nature Communications</i> 11 ( 1 ) 253 - 253 2020年1月
-
Allele specific DNA marker for fusarium resistance gene <i>FocBo1</i> in <i>Brassica oleracea</i> 査読
Maho Sato, Motoki Shimizu, Daniel J. Shea, Mozammel Hoque, Takahiro Kawanabe, Naomi Miyaji, Ryo Fujimoto, Eigo Fukai, Keiichi Okazaki
<i>Breeding Science</i> 69 ( 2 ) 308 - 315 2019年7月
-
An LTR retrotransposon insertion was the cause of world’s first low erucic acid <i>Brassica rapa</i> oilseed cultivar 査読
Eigo Fukai, Md. Masud Karim, Daniel J. Shea, Nazmoon Naher Tonu, Kevin C. Falk, Taketo Funaki, Keiichi Okazaki
<i>Molecular Breeding</i> 39 ( 1 ) 2019年1月
-
The production and characterization of a <i>BoFLC2</i> introgressed <i>Brassica rapa</i> by repeated backcrossing to an F<sub>1</sub>. 査読
Shea DJ, Tomaru Y, Itabashi E, Nakamura Y, Miyazaki T, Kakizaki T, Naher TN, Shimizu M, Fujimoto R, Fukai E, Okazaki K
<i>Breeding Science</i> 68 ( 3 ) 316 - 325 2018年6月
-
EAT1 transcription factor, a non-cell-autonomous regulator of pollen production, activates meiotic small RNA biogenesis in rice anther tapetum. 査読
Ono S, Liu H, Tsuda K, Fukai E, Tanaka K, Sasaki T, Nonomura KI
<i>PLOS Genetics</i> 14 ( 2 ) e1007238 2018年2月
-
IntroMap: a signal analysis based method for the detection of genomic introgressions 査読
Daniel J. Shea, Motoki Shimizu, Namiko Nishida, Eigo Fukai, Takashi Abe, Ryo Fujimoto, Keiichi Okazaki
<i>BMC Genetics</i> 18 2017年12月
-
QTL mapping for tuberous stem formation of kohlrabi (<i>Brassica oleracea</i> var. <i>gongylodes</i> L.) 査読
Mozammel Hoque, Daniel J. Shea, Mitsuru Asada, Md. Asad-ud-Doullah, Motoki Shimizu, Ryo Fujimoto, Eigo Fukai, Keiichi Okazaki
<i>Molecular Breeding</i> 37 ( 9 ) 2017年9月
-
The <i>LORE1</i> insertion mutant resource 査読
Anna Malolepszy, Terry Mun, Niels Sandal, Vikas Gupta, Manu Dubin, Dorian Urbanski, Niraj Shah, Asger Bachmann, Eigo Fukai, Hideki Hirakawa, Satoshi Tabata, Marcin Nadzieja, Katharina Markmann, Junyi Su, Yosuke Umehara, Takashi Soyano, Akira Miyahara, Shusei Sato, Makoto Hayashi, Jens Stougaard, Stig U. Andersen
<i>The Plant Journal</i> 88 ( 2 ) 306 - 317 2016年10月
-
Marker-assisted selection of low erucic acid quantity in short duration <i>Brassica rapa</i> 査読
Md. Masud Karim, Nazmoon Naher Tonu, Mohammad Shakhawat Hossain, Taketo Funaki, M. Bahadur Meah, Delwar M. Hossain, M. Asad ud-Doullah, Eigo Fukai, Keiichi Okazaki
<i>Euphytica</i> 208 ( 3 ) 535 - 544 2016年4月
-
Changes in the proteome of xylem sap in <i>Brassica oleracea</i> in response to <i>Fusarium oxysporum</i> stress 査読
Zijing Pu, Yoko Ino, Yayoi Kimura, Asumi Tago, Motoki Shimizu, Satoshi Natsume, Yoshitaka Sano, Ryo Fujimoto, Kentaro Kaneko, Daniel J. Shea, Eigo Fukai, Shin-Ichi Fuji, Hisashi Hirano, Keiichi Okazaki
<i>Frontiers in Plant Science</i> 7 2016年2月
-
Loss of function mutations in the rice chromomethylase OsCMT3a cause a burst of transposition 査読
Chaoyang Cheng, Yoshiaki Tarutani, Akio Miyao, Tasuku Ito, Muneo Yamazaki, Hiroaki Sakai, Eigo Fukai, Hirohiko Hirochika
<i>The Plant Journal</i> 83 ( 6 ) 1069 - 1081 2015年9月
-
Map-based cloning of a candidate gene conferring Fusarium yellows resistance in <i>Brassica oleracea</i> 査読
Motoki Shimizu, Zi-jing Pu, Takahiro Kawanabe, Hiroyasu Kitashiba, Satoru Matsumoto, Yusuke Ebe, Monari Sano, Taketo Funaki, Eigo Fukai, Ryo Fujimoto, Keiichi Okazaki
<i>Theoretical and Applied Genetics</i> 128 ( 1 ) 119 - 130 2015年1月
-
The SNARE protein SYP71 expressed in vascular tissues Is involved in symbiotic nitrogen fixation in <i>Lotus japonicus</i> nodules 査読
Tsuneo Hakoyama, Ryo Oi, Kazuya Hazuma, Eri Suga, Yuka Adachi, Mayumi Kobayashi, Rie Akai, Shusei Sato, Eigo Fukai, Satoshi Tabata, Satoshi Shibata, Guo-Jiang Wu, Yoshihiro Hase, Atsushi Tanaka, Masayoshi Kawaguchi, Hiroshi Kouchi, Yosuke Umehara, Norio Suganuma
<i>Plant Physiology</i> 160 ( 2 ) 897 - 905 2012年10月
-
Establishment of a <i>Lotus japonicus</i> gene tagging population using the exon-targeting endogenous retrotransposon <i>LORE1</i> 査読
Eigo Fukai, Takashi Soyano, Yosuke Umehara, Shinobu Nakayama, Hideki Hirakawa, Satoshi Tabata, Shusei Sato, Makoto Hayashi
<i>The Plant Journal</i> 69 ( 4 ) 720 - 730 2012年2月
-
Sequence analysis of the genome of an oil-bearing tree, <i>Jatropha curcas</i> L. 査読
Sato S, Hirakawa H, Isobe S, Fukai E, Watanabe A, Kato M, Kawashima K, Minami C, Muraki A, Nakazaki N, Takahashi C, Nakayama S, Kishida Y, Kohara M, Yamada M, Tsuruoka H, Sasamoto S, Tabata S, Aizu T, Toyoda A, Shin-I T, Minakuchi Y, Kohara Y, Fujiyama A, Tsuchimoto S, Kajiyama S, Makigano E, Ohmido N, Shibagaki N, Cartagena JA, Wada N, Kohinata T, Atefeh A, Yuasa S, Matsunaga S, Fukui K
<i>DNA Research</i> 18 ( 1 ) 65 - 76 2010年12月
-
Derepression of the plant chromovirus <i>LORE1</i> induces germline transposition in regenerated plants 査読
Eigo Fukai, Yosuke Umehara, Shusei Sato, Makoto Endo, Hiroshi Kouchi, Makoto Hayashi, Jens Stougaard, Hirohiko Hirochika
<i>PLOS Genetics</i> 6 ( 3 ) 2010年3月
-
Rearrangement of actin cytoskeleton mediates invasion of <i>Lotus japonicus</i> roots by <i>Mesorhizobium loti</i> 査読
Keisuke Yokota, Eigo Fukai, Lene H. Madsen, Anna Jurkiewicz, Paloma Rueda, Simona Radutoiu, Mark Held, Md Shakhawat Hossain, Krzysztof Szczyglowski, Giulia Morieri, Giles E. D. Oldroyd, J. Allan Downie, Mette W. Nielsen, Anna Maria Rusek, Shusei Sato, Satoshi Tabata, Euan K. James, Hiroshi Oyaizu, Niels Sandal, Jens Stougaard
<i>The Plant Cell</i> 21 ( 1 ) 267 - 284 2009年1月
-
A retrotransposon-inserted <i>VvmybA1a</i> allele has been spread among cultivars of <i>Vitis vinifera</i> but not North American or East Asian <i>Vitis</i> species 査読
N. MITANI, A. AZUMA, E. FUKAI, H. HIROCHIKA, S. KOBAYASH
<i>Vitis</i> 48 ( 1 ) 55 - 56 2009年1月
-
Transposition of a 600 thousand-year-old LTR retrotransposon in the model legume <i>Lotus japonicus</i> 査読
Eigo Fukai, Alicja Dorota Dobrowolska, Lene Heegaard Madsen, Esben Bjorn Madsen, Yosuke Umehara, Hiroshi Kouchi, Hirohiko Hirochika, Jens Stougaard
<i>Plant Molecular Biology</i> 68 ( 6 ) 653 - 663 2008年12月
-
LysM domains mediate lipochitin-oligosaccharide recognition and <i>Nfr</i> genes extend the symbiotic host range 査読
Simona Radutoiu, Lene H. Madsen, Esben B. Madsen, Anna Jurkiewicz, Eigo Fukai, Esben M. H. Quistgaard, Anita S. Albrektsen, Euan K. James, Soren Thirup, Jens Stougaard
<i>EMBO Journal</i> 26 ( 17 ) 3923 - 3935 2007年9月
-
Suppression of gene expression of a recessive <i>SP11/SCR</i> allele by an untranscribed <i>SP11/SCR</i> allele in <i>Brassica</i> self-incompatibility 査読
Ryo Fujimoto, Tetsu Sugimura, Eigo Fukai, Takeshi Nishio
<i>Plant Molecular Biology</i> 61 ( 4-5 ) 577 - 587 2006年7月
-
Comparison of the genome structure of the self-incompatibility (<i>S</i>) locus in interspecific pairs of <i>S</i> haplotypes 査読
Ryo Fujimoto, Keiichi Okazaki, Eigo Fukai, Makoto Kusaba, Takeshi Nishio
<i>Genetics</i> 173 ( 2 ) 1157 - 1167 2006年6月
-
LORE1, an active low-copy-number TY3-<i>gypsy</i> retrotransposon family in the model legume <i>Lotus japonicus</i> 査読
LH Madsen, E Fukai, S Radutoiu, CK Yost, N Sandal, L Schauser, J Stougaard
<i>The Plant Journal</i> 44 ( 3 ) 372 - 381 2005年11月
-
Genomic organization of the <i>S</i> core region and the <i>S</i> flanking regions of a class-II <i>S</i> haplotype in <i>Brassica rapa</i>. 査読
Fukai E, Fujimoto R, Nishio T
<i>Molecular Genetics and Genomics</i> 269 361 - 369 2003年4月
-
Molecular genetic analysis of the candidate gene for <i>MOD</i>, a locus required for self-incompatibility in <i>Brassica rapa</i>. 査読
Fukai E, Nishio T, Nasrallah ME
<i>Molecular Genetics and Genomics</i> 265 519 - 526 2001年5月
MISC
-
Somatic transposition of transposable elements and its significance in horticultural breeding 査読
Eigo Fukai, Ahsen Gers
<i>The Horticulture Journal</i> 2026年9月
-
The role of <i>FLOWERING LOCUS C</i> in vernalization of <i>Brassica</i>: The importance of vernalization research in the face of climate change 査読
Daniel J. Shea, Etsuko Itabashi, Satoko Takada, Eigo Fukai, Tomohiro Kakizaki, Ryo Fujimoto, Keiichi Okazaki
<i>Crop and Pasture Science</i> 69 ( 1 ) 30 - 39 2018年1月
-
金澤 章, 深井 英吾, 宮尾 安藝雄, 佐瀬 英俊, 築山 拓司
育種学研究 17 ( 2 ) 77 - 87 2015年7月
-
Forward and reverse genetics: The <i>LORE1</i> retrotransposon insertion mutants
Eigo Fukai, Anna Małolepszy, Niels Sandal, Makoto Hayashi, Stig U. Andersen
<i>Compendium of Plant Genomes, The Lotus japonicus Genome</i> 221 - 227 2014年9月
-
Activation of an endogenous retrotransposon associated with epigenetic changes in <i>Lotus japonicus</i>: A tool for functional genomics in legumes 査読
Eigo Fukai, Jens Stougaard, Makoto Hayashi
<i>PLANT GENOME</i> 6 ( 3 ) 2013年11月
-
細胞工学別冊 植物細胞工学シリーズ 24 植物のエピジェネティクス 第2章-1 トランスポゾンの制御と進化
深井 英吾, 程 朝陽, 廣近 洋彦
2008年3月
産業財産権
-
ミヤコグサ由来のレトロトランスポゾンＬＯＲＥ１を用いた変異体植物の作製方法
廣近 洋彦, 深井 英吾, 河内 宏, 梅原 洋佐
共同研究・競争的資金等の研究
-
根こぶ病抵抗性を付与した岩手県ブランドキャベツ品種「CR 春さやか」のスピードブリーディング
2024年7月 - 2028年3月
制度名：オープンイノべーション研究・実用化推進事業（開発研究ステージ 現場課題解決タイプ）
提供機関：農業・食品産業技術総合研究機構 生物系特定産業技術研究支援センター
-
「普通の交雑」に起因するトランスポゾンのエピジェネティックな活性化機構の研究
研究課題/領域番号：23K05163
2023年4月 - 2026年3月
制度名：科学研究費助成事業
研究種目：基盤研究(C)
提供機関：日本学術振興会
深井 英吾, 加賀 秋人
配分額：4680000円 （ 直接経費：3600000円 、 間接経費：1080000円 ）
真核生物の核ゲノムには多くのトランスポゾンが含まれているが、それらのほとんどはエピジェネティックな抑制を受けており、転移は極めて稀にしか起こらない。しかし私たちは、マメ科のモデル植物ミヤコグサの組換え近交系 (Recombinant inbred lines; RIL) 集団において、6種類のLTR (Long terminal repeats) レトロトランスポゾンがエピジェネティックに活性化され転移していることを明らかにした。このことはトランスポゾンが、遠縁交雑のようなイレギュラーな交雑ではなく、同一種の系統間で行われる「普通の交雑」で活性化されうることを示唆している。本研究では、この現象が普遍的なものなのかを検証するために、ミヤコグサに加えてイネでも解析を行う。また、このような現象が起こる仕組みを分子レベルで明らかにすることを目指す。23年度は以下3つの研究を行なった。
（１）イネのRIL集団におけるLTRレトロトランスポゾン転移の解析
（２）ミヤコグサのRIL集団におけるLTRレトロトランスポゾン転移の解析
（３）ダイズのエピジェネティクス制御系変異体の解析 -
ブラシカ属作物の春化機構における種内変異，種間変異の遺伝解析とエピゲノム解析
研究課題/領域番号：21H02163
2021年4月 - 2024年3月
制度名：科学研究費助成事業
研究種目：基盤研究(B)
提供機関：日本学術振興会
岡崎 桂一, 深井 英吾, 藤本 龍, 板橋 悦子
配分額：17420000円 （ 直接経費：13400000円 、 間接経費：4020000円 ）
-
植物の生殖細胞系列におけるトランスポゾン抑制機構の研究
研究課題/領域番号：19K05967
2019年4月 - 2022年3月
制度名：科学研究費助成事業
研究種目：基盤研究(C)
提供機関：日本学術振興会
深井 英吾, 加賀 秋人
配分額：4420000円 （ 直接経費：3400000円 、 間接経費：1020000円 ）
トランスポゾン（動く・転移するDNA配列）は顕花植物ゲノムにおいて大きな割合を占めている。しかし、普通に生育している植物において、トランスポゾンの転移は稀にしか起こらない。これは、植物のライフサイクルを通して、トランスポゾンに対するエピジェネティックな抑制が維持されているためであり、特に有性生殖のプロセスは、世代を超えてトランスポゾンを抑制し続けるために重要であると考えられる。一方、どのようにしてトランスポゾンがそれらの抑制を克服し転移するのかはよく分かっていない。本研究では、マメ科植物のミヤコグサとダイズを用いて、配偶体や胚におけるトランスポゾンの抑制と活性化について解析した。
-
新規に開発した異種染色体置換部分解析ツールを用いたブラシカ作物の春化機構の解析
研究課題/領域番号：18H02173
2018年4月 - 2021年3月
制度名：科学研究費助成事業
研究種目：基盤研究(B)
提供機関：日本学術振興会
岡崎 桂一, 深井 英吾, 柿崎 智博, 藤本 龍, 板橋 悦子
配分額：17420000円 （ 直接経費：13400000円 、 間接経費：4020000円 ）
本研究では，ブラシカ属の春化機構の解明を進めるため，ハクサイ×キャベツのF1に，BoFLC2遺伝子置換ハクサイ系統を反復親としてBC2F1を育成し，ハクサイの遺伝的背景でCゲノム添加染色体が春化形質に影響を調査した。ハクサイにおいては，FLC座のエピジェネティックな遺伝子発現調節についてRNA-seq，lncRNA解析，クロマチン免疫沈降法解析から明らかにした。また，キャベツのDH系統に対して低温処理の有無によって試験区を設け, 葉におけるトランスクリプトーム解析を行なった。種子春化型ナタネ種×緑体春化型ナタネから育成したF2集団を用いて春化特性を決定するQTLの遺伝解析を実施した。
-
植物の生殖細胞系列におけるレトロトランスポゾンの転移機構の研究
研究課題/領域番号：16K07551
2016年4月 - 2019年3月
制度名：科学研究費助成事業
研究種目：基盤研究(C)
提供機関：日本学術振興会
深井 英吾
配分額：4940000円 （ 直接経費：3800000円 、 間接経費：1140000円 ）
植物の生殖細胞系列には、世代を超えてトランスポゾンをエピジェネティックに抑制する機構が存在する。一方で、トランスポゾンがどのようにしてその抑制を克服し転移するのかについてはよく分かっていない。そこで、生殖細胞系列特異的で、特に花粉で高い転移活性を持つ、マメ科植物ミヤコグサのレトロトランスポゾンLORE1aについて、転移の組織特異性がどのように制御されているのか、またLORE1aがどのような抑制を受け不活化されているのかを明らかにするために解析を行った。その結果、LORE1aは花粉において減数分裂期以降に発現すること、small RNAを介した抑制を受けている可能性があることが示唆された。
-
ブラシカ作物の種子春化・緑体春化機構の解明と緑体春化型ハクサイの育成
研究課題/領域番号：15H04433
2015年4月 - 2018年3月
制度名：科学研究費助成事業
研究種目：基盤研究(B)
提供機関：日本学術振興会
岡崎 桂一, 深井 英吾, 柿崎 智博, 藤本 龍, 板橋 悦子
配分額：16770000円 （ 直接経費：12900000円 、 間接経費：3870000円 ）
セイヨウナタネの49系統の春化特性を調査し，イスズナタネ(春化要求性，低い)×合成ナプス(春化要求性，強)のF2集団育成した。また，ハクサイの第２染色体の上端にキャベツ由来の開花抑制遺伝子BoFLC2領域を導入した系統(以降，育成ハクサイ系統という)を育成したほか，キャベツ，ハクサイにおける, BrFLC1/2/3の発現量の多様性が春化要求量の多様性と関連性がある可能性を示した。また，RNA-seq解析では，BoFLC2座において低温処理によってlncRNAの発現が誘導されることを示した。育成ハクサイ系統は元品種のハクサイ品種比べ高い晩抽性を示し，育種母本として利用できることが示された。
-
植物の遠縁交雑後の世代で進むエピジェネティックな遺伝子発現変化
研究課題/領域番号：23780011
2011年4月 - 2013年3月
制度名：科学研究費助成事業
研究種目：若手研究(B)
提供機関：日本学術振興会
深井 英吾
配分額：4030000円 （ 直接経費：3100000円 、 間接経費：930000円 ）
遺伝的に遠い両親間の交雑後代では、通常のメンデル遺伝では説明できないような、エピジェネティックな遺伝子発現変動が生じると考えられている。本研究ではミヤコグサの遠縁交雑集団において、両親と比較して発現変動した転写産物を複数同定した。またその一つであるレトロトランスポゾンについて、エピジェネティックマークの1つであるDNAメチル化の変動を解析した。
-
内在性レトロトランスポゾンを用いたミヤコグサの遺伝子タギング系の開発
研究課題/領域番号：06J00900
2006年4月 - 2008年3月
制度名：科学研究費助成事業
研究種目：特別研究員奨励費
提供機関：日本学術振興会
深井 英吾
配分額：3400000円 （ 直接経費：3400000円 ）
本研究ではミヤコグサ内在のレトロトランスポゾンLORE1,2を用い、ミヤコグサで遺伝子タギング系を確立する事を目的としている。
昨年度に、DNAのシトシンメチル化を制御する遺伝子の発現を低下させたミヤコグサの形質転換体においてLORE1が転移していたことを受け、更なる解析を行った。その結果、組織培養を経て再分化させた植物体の後代の集団において、LORE1の活性化が確率論的に生じていることがが分かった。つまり、LORE1の活性化は組織培養を介して誘導でき、活性化に外来遺伝子の導入は必須ではなく、非形質転換体においてもLORE1の転移を誘導できる事が分かった。
活性化されたLORE1の転移様式を解析した。再分化当代個体のゲノムにおけるLORE1のコピー数増加はこれまでに認められておらず、したがって培養期間中にはLORE1の転移は生じないか、その頻度はきわめて低いと考えられた。一方で、LORE1の新規転移コピーは再分化当代の自殖後代において高頻度に検出された。この事から、LORE1が転移する場は植物体であることが分かった。転移は配偶体的に起きており、この事は、独立の転移挿入数を多く蓄積する必要がある遺伝子タギング系の確立にとって、LORE1が非常に適している事を示す。
以上、人為的なLORE1の誘導に成功した事により、LORE1を利用したミヤコグサの遺伝子タギング系確立が実現可能となった。ミヤコグサ遺伝子タギング系は、植物の新しい分子生物学的研究基盤として、またマメ科植物の農学的研究を加速するツールとして、その利用が期待できる。 -
アブラナ科自家不和合性制御遺伝子MODの単離と機能解析
研究課題/領域番号：02J10562
2002年3月 - 2004年4月
制度名：科学研究費助成事業
研究種目：特別研究員奨励費
提供機関：日本学術振興会
深井 英吾
配分額：2000000円 （ 直接経費：2000000円 ）
本研究では、アブラナ科自家不和合性制御遺伝子MODを単離することを目的としている。今年度は以下の実験を行った。
1.昨年度作成したBrassica rapaの高分子ゲノムDNAライブラリーから、MODと連鎖しているアクアポリン遺伝子MLMを起点に、両方向にゲノムウォーキングを行い、約600kbをカバーするコンティグを得た。
2.得た高分子ゲノムクローンから、MODと連鎖するDNAマーカーを新たに作成した。これらのマーカーを用い、自家不和合性の小国カブS8系統(S8,MOD/MOD)と自家和合性のイエローサルソン(YS,mod/mod)の雑種後代約1500個体について解析を行い、MODとMLMとの相対的な位置関係を明らかにした。この情報に基づき、さらにゲノムウォーキングを行い、新たなマーカーを作成した。最終的にMODの極めて近傍に位置するマーカーを見い出した。
一方、既存のB.rapaのゲノム地図にMODを位置付けた結果、MODの近傍に位置するSSRマーカーを見い出した。このマーカーが座乗する高分子ゲノムクローンを単離し、新たにDNAマーカーを得た。新たに得たマーカーはMODと約2cMの距離に存在した。このマーカーと、これまでのゲノムウォーキングより得ていたマーカーとの間にMODを挟むことができた。
3.昨年度開発した、高分子ゲノムクローン上に存在する遺伝子のcDNA単離法を、MODに最も近傍なDNAマーカーを含む高分子ゲノムクローンに対して行い、柱頭、葯、細葉のそれぞれの組織に由来するcDNAを単離した。これらのうち、MODの発現場所と考えられる柱頭特異的発現を示すものについて、塩基配列を自家不和合性/和合性系統間で比較した。
担当経験のある授業科目
-
資源植物生産学概論
2026年-現在機関名：新潟大学 -
フィールド科学インターンシップ
2025年-現在機関名：新潟大学 -
地域交流ｻﾃﾗｲﾄ実習
2025年-現在機関名：新潟大学 -
スタディ・スキルズAIa
2024年-現在機関名：新潟大学 -
植物育種学
2024年-現在機関名：新潟大学 -
スタディ・スキルズAIIa
2024年-現在機関名：新潟大学 -
作物ゲノム学
2022年機関名：新潟大学 -
生物資源科学演習I
2022年機関名：新潟大学 -
科学英語演習
2022年機関名：新潟大学 -
卒業論文II
2022年機関名：新潟大学 -
学科インターンシップ
2022年機関名：新潟大学 -
卒業論文I
2022年機関名：新潟大学 -
生物資源科学演習II
2022年機関名：新潟大学 -
自然科学総論IV
2022年機関名：新潟大学 -
植物生産学演習I
2021年機関名：新潟大学 -
植物エピジェネティクス概論
2021年機関名：新潟大学 -
植物生産学実験実習Ⅳ
2020年-現在機関名：新潟大学 -
植物生産学実験実習Ⅲ
2020年-現在機関名：新潟大学 -
農学入門Ⅱ
2020年機関名：新潟大学 -
スタディ・スキルズA a
2020年機関名：新潟大学 -
生物資源科学演習Ⅰ
2020年機関名：新潟大学 -
農学入門Ⅰ
2020年機関名：新潟大学 -
生物資源科学演習Ⅱ
2020年機関名：新潟大学 -
植物生産実地見学
2019年-現在機関名：新潟大学 -
学科インターンシップ
2019年-2022年機関名：新潟大学 -
作物ゲノム学
2019年-2022年機関名：新潟大学 -
植物エピジェネティクス概論
2019年-2021年機関名：新潟大学 -
農業資源を知る
2018年-現在機関名：新潟大学 -
基礎動植物生産学実験
2018年-2023年機関名：新潟大学 -
植物遺伝学
2018年-2023年機関名：新潟大学 -
農業生産科学科インターンシップ
2018年機関名：新潟大学 -
基礎生物学
2017年-現在機関名：新潟大学 -
生物資源科学概論
2017年機関名：新潟大学 -
植物分子育種学
2016年-2018年機関名：新潟大学 -
生物資源論
2016年機関名：新潟大学 -
植物生産学実験実習Ⅰ
2015年-現在機関名：新潟大学 -
植物生産学実験実習Ⅱ
2015年-現在機関名：新潟大学 -
植物生産学演習Ⅱ
2015年-2021年機関名：新潟大学 -
植物生産学演習Ⅰ
2015年-2018年機関名：新潟大学 -
実地見学
2015年-2018年機関名：新潟大学 -
植物分子遺伝学
2014年-2017年機関名：新潟大学