Updated on 2025/02/11
Ph.D. (Doctor of Science) ( 2007.5 Kyoto University )
mass spectrometry
bioinformatics
comparative genomics
database
proteomics
metabolomics
biomembrane
computational biology
metadata
Life Science / Biophysics
Life Science / System genome science
Informatics / Life, health and medical informatics
Kyoto University Graduate School of Pharmaceutical Sciences / Graduate School of Science Lecturer (part-time)
2023.10 - 2024.3
Niigata University Medical AI Center, Graduate School of Medical and Dental Sciences (Medical School) Project Associate Professor
2023.5
Toyama University of International Studies Faculty of Contemporary Society Project Researcher
2022.4 - 2023.3
Kyoto University Graduate School of Pharmaceutical Sciences Project Assistant Professor
2018.4 - 2022.3
Okayama University Graduate School of Medicine , Dentistry and Pharmaceutical Sciences Lecturer (part-time)
2018.4 - 2020.3
Country：Japan
Kyoto University Graduate School of Pharmaceutical Sciences Program-Specific Researcher Program-Specific Assisntant Professor
2017.4 - 2018.3
Kyoto University Bioinformatics Center, Institute for Chemical Research Program-Specific Researcher
2015.6 - 2017.3
Shimadzu Corporation Koichi Tanaka Mass Spectrometry Research Laboratory Contract Researcher
2014.10 - 2015.3
Shimadzu Corporation Koichi Tanaka Laboratory of Advanced Science and Technology Contract Researcher
2014.4 - 2014.9
Shimadzu Corporation Koichi Tanaka Laboratory of Advanced Science and Technology Cabinet Office (Government of Japan)-FIRST Program Contract Researcher
2011.4 - 2014.3
Country：Japan
Notes：内閣府・最先端研究開発支援プログラム（FIRSTプログラム）『次世代質量分析システム開発と創薬・診断への貢献』（田中耕一プロジェクト）研究員
The University of Tokushima The Institute for Enzyme Research Researcher Program-specific Assisntant Professor
2009.1 - 2011.3
National Institute of Advanced Industrial Science and Technology
2007.4 - 2008.12
Kyoto University Bioinformatics Center, Institute for Chemical Research Assistant Research Staff
2002.4 - 2005.3
Seisen College Lecturer (part-time)
1995.4 - 1997.3
Notes：情報処理講義・演習（共通科目）
Kyoto Women's University Faculty of Arts / Junior College Department / Liberal Arts Education Lecturer (part-time)
1992.10 - 2007.3
Kyoto Women's University Faculty of Arts Lecturer (part-time)
1991.10 - 1992.3
Notes：化学実験（文学部教育学科）
Niigata University Institute of Medicine and Dentistry, Academic Assembly Specially Appointed Associate Professor
2023.5
Niigata University Graduate School of Medical and Dental Sciences Specially Appointed Associate Professor
2023.5
Kyoto University Graduate School of Science (Ph.D. course) Department of Biological Science
1999.4 - 2002.3
Kyoto University Graduate School of Science (Ph.D. course) Department of Biophysics
1989.4 - 1995.3
Kyoto University Graduate School of Science (Master course) Department of Biophysics
1987.4 - 1989.3
Kyoto University Faculty of Science
1983.4 - 1987.3
The Japanese Biochemical Society
2024.8
American Society for Mass Spectrometry
2017.2
2016.6 - 2024.12
The Mass Spectrometry Society of Japan
2015.5 - 2018.3
Japanese Proteomics Society (Japanese Society of HUPO)
2011.5
The Molecular Biology Society of Japan
2002.8
Japanese Society for Bioinformatics
1999.12 - 2019.12
Information Processing Society of Japan
1997 - 2012.3
日本生物物理学会
1986
Japan Society of Histochemistry and Cytochemistry
1986 - 1995
jPOST environment accelerates the reuse and reanalysis of public proteome mass spectrometry data Reviewed International journal
Okuda S†, Yoshizawa AC†, Kobayashi D, Takahashi Y, Watanabe Y, Moriya Y, Hatano A, Takami T, Matsumoto M, Araki N, Tabata T, Iwasaki M, Sugiyama N, Kodera Y, Tanaka S, Goto S, Kawano S, Ishihama Y
Nucleic Acids Research 53 ( D1 ) D462 - D467 2024.11
UniScore, a unified and universal measure for peptide identification by multiple search engines International journal
Tabata T, Yoshizawa AC, Ogata K, Chang C, Araki N, Sugiyama N, Ishihama Y
BioRxiv 2024.10.09.617445 2024.10
Insights into predicting small molecule retention times in liquid chromatography using deep learning Reviewed International journal
Liu Y, Yoshizawa AC, Ling Y, Okuda S
Journal of Cheminformatics 16 113 2024.10
The jPOST Repository as a Public Data Repository for Shotgun Proteomics Invited Reviewed International journal
Watanabe Y, Yoshizawa AC, Ishihama Y, Okuda S
Methods in Molecular Biology 2259 309 - 322 2021.3
Aberrant splicing isoforms detected by full-length transcriptome sequencing as transcripts of potential neoantigens in non-small cell lung cancer Reviewed International journal
Oka M, Xu L, Suzuki T, Yoshikawa T, Sakamoto H, Uemura H, Yoshizawa AC, Suzuki Y, Nakatsura T, Ishihama Y, Suzuki A, Seki M
Genome Biology 22 9 2021.1
Japan Computational Mass Spectrometry Meeting 2020 Activity Report Reviewed
Yamamoto H, Hayakawa E, Tsugawa H, Moriya Y, Fukusaki E, Goto S, Hasunuma T, Miura N, Yoshizawa AC
Journal of Proteome Data and Methods 2 5 2020.12
jPOST Tools (I): Utilities for Peak List Processing Reviewed
Tabata T, Yoshizawa AC, Ishihama Y
Journal of Proteome Data and Methods 2 4 2020.12
BioHackathon 2015: Semantics of data for life sciences and reproducible research Reviewed International coauthorship International journal
Vos RA, Katayama T., Mishima H., Kawano S., Kawashima S., Kim J-D., Moriya Y., Tokimatsu T., Yamaguchi A., Yamamoto Y., Wu H., Amstutz P., Antezana E., Aoki NP, Arakawa K., Bolleman JT, Bolton E., Bonnal RJP, Bono H., Burger K., Chiba H., Cohen KB, Deutsch EW, Fernandez-Breis JT, Fu G., Fujisawa T., Fukushima A., Garcia A., Goto N., Groza T., Hercus C., Hoehndorf R., Itaya K., Juty N., Kawashima T., Kim J-H., Kinjo AR, Kotera M., Kozaki K., Kumagai S., Kushida T., Lutteke T., Matsubara M., Miyamoto J., Mohsen A., Mori H., Naito Y., Nakazato T., Nguyen-Xuan J., Nishida K., Nishida N., Nishide H., Ogishima S., Ohta T., Okuda S., Paten B., Perret J-L., Prathipati P., Prins P., Queralt-Rosinach N., Shinmachi D., Suzuki S., Tabata T., Takatsuki T., Taylor K., Thompson M., Uchiyama I., Vieira B., Wei C-H., Wilkinson M., Yamada I., Yamanaka R., Yoshitake K., Yoshizawa AC, Dumontier M., Kosaki K., Takagi T.
F1000Research 9 136 2020.2
The jPOST environment: an integrated proteomics data repository and database. Reviewed
Moriya Y, Kawano S, Okuda S, Watanabe Y, Matsumoto M, Takami T, Kobayashi D, Yamanouchi Y, Araki N, Yoshizawa AC, Tabata T, Iwasaki M, Sugiyama N, Tanaka S, Goto S, Ishihama Y
Nucleic acids research 47 ( D1 ) D1218 - D1224 2019.1
Meeting Report of the International Life Science Integration Workshop 2018 Reviewed International coauthorship International journal
Yamada I, Akase S, Angata K, Aoki NP, Arita M, Campbell MP, Edwards N, Fujita A, Garcia L, Goto S, Henrissat B, Hosoda M, Ishihama Y, Kawasaki T, Kuoka T, Kurisu G, Lee S, Lisacek F, Mariethoz J, Narimatsu H, Neelamegham S, Okuda S, Ono T, Packer NH, Ranzinger R, Shinmachi D, Shiota M, Toukach P, Tsuchiya S, Watanabe Y, Yoshizawa AC, Aoki-Kinoshita KF
Glycobiology 28 ( 8 ) 552 - 555 2018.8
jPOSTrepo: an international standard data repository for proteomes Reviewed
Okuda S, Watanabe Y, Moriya Y, Kawano S, Yamamoto T, Matsumoto M, Takami T, Kobayashi D, Araki N, Yoshizawa AC, Tabata T, Sugiyama N, Goto S and Ishihama Y
Nucleic acids research 45 ( D1 ) D1107 - D1111 2017.1
Which Database to Use? —Confusions and Puzzles in Database Search and Sequence Analysis— Invited Reviewed
Yoshizawa Akiyasu C
Proteome Letters 1 ( 2 ) 63 - 80 2016.9
Identification of human basic fetoprotein as glucose-6-phosphate isomerase by using N- and C-terminal sequence tags and terminal tag database. Reviewed
Kuyama H, Yoshizawa AC, Nakajima C, Hosako M, Tanaka K
Journal of pharmaceutical and biomedical analysis 112 116 - 125 2015.8
GlycanAnalysis Plug-in: a database search tool for N-glycan structures using mass spectrometry. Reviewed
Morimoto K, Nishikaze T, Yoshizawa AC, Kajihara S, Aoshima K, Oda Y, Tanaka K
Bioinformatics (Oxford, England) 31 ( 13 ) 2217 - 2219 2015.7
Computational survey of sequence specificity for protein terminal tags covering nine organisms and its application to protein identification. Reviewed
Yoshizawa AC, Fukuyama Y, Kajihara S, Kuyama H, Tanaka K
Journal of proteome research 14 ( 2 ) 756 - 767 2015.2
A simple peak detection and label-free quantitation algorithm for chromatography-mass spectrometry Reviewed
Aoshima K, Takahashi K, Ikawa M, Kimura T, Fukuda M, Tanaka S, Parry HE, Fujita Y, Yoshizawa AC, Utsunomiya S, Kajihara S, Tanaka K, Oda Y
BMC Bioinformatics 15 376 2014.11
Computational Proteomics : Database-run Identification of Post-Translational Modification Invited Reviewed
Yoshizawa AC, Tabata T, Kimura T, Aoshima K, Fukuyama Y, Kajihara S, Kuyama H, Oda Y, Tanaka K
128 ( 10 ) 504 - 509 2014.10
Mass++: A Visualization and Analysis Tool for Mass Spectrometry Reviewed International journal
Tanaka S, FujitaY, Parry HE, Yoshizawa AC, Morimoto K, Murase M, Yamada Y, Yao J, Utsunomiya S, Kajihara S, Fukuda M, Ikawa M, Tabata T, Takahashi K, Aoshima K, Nihei Y, Nishioka T, Oda Y, Tanaka K
Journal of proteome research 13 ( 8 ) 3846 - 3853 2014.8
Integrated proteomics identified novel activation of dynein IC2-GR-COX-1 signaling in neurofibromatosis type I (NF1) disease model cells. Reviewed
Hirayama M, Kobayashi D, Mizuguchi S, Morikawa T, Nagayama M, Midorikawa U, Wilson MM, Nambu AN, Yoshizawa AC, Kawano S, Araki N
Molecular & cellular proteomics : MCP 12 ( 5 ) 1377 - 1394 2013.5
KEGG OC: a large-scale automatic construction of taxonomy-based ortholog clusters. Reviewed International journal
Nakaya A, Katayama T, Itoh M, Hiranuka K, Kawashima S, Moriya Y, Okuda S, Tanaka M, Tokimatsu T, Yamanishi Y, Yoshizawa AC, Kanehisa M, Goto S
Nucleic acids research 41 ( Database issue ) D353 - 7 2013.1
CIPRO 2.5: Ciona intestinalis protein database, a unique integrated repository of large-scale omics data, bioinformatic analyses and curated annotation, with user rating and reviewing functionality Reviewed International journal
Endo T, Ueno K, Yonezawa K, Mineta K, Hotta K, Satou Y, Yamada L, Ogasawara M, Takahashi H, Nakajima A, Nakachi M, Nomura M, Yaguchi J, Sasakura Y, Yamasaki C, Sera M, Yoshizawa AC, Imanishi T, Taniguchi H, and Inaba K
Nucleic Acids Research 39 ( SUPPL. 1 (Database issue) ) D807 - D814 2011.1
ODB: a database for operon organizations, 2011 update Reviewed International journal
Okuda S, Yoshizawa AC
Nucleic acids research 39 ( SUPPL. 1 (Database issue) ) D552 - D555 2011.1
Crystal structure of aminomethyltransferase in complex with dihydrolipoyl-H-protein of the glycine cleavage system: implications for recognition of lipoyl protein substrate, disease-related mutations, and reaction mechanism. Reviewed
Okamura-Ikeda K, Hosaka H, Maita N, Fujiwara K, Yoshizawa AC, Nakagawa A, Taniguchi H
The Journal of biological chemistry 285 ( 24 ) 18684 - 18692 2010.6
An age-related homeostasis mechanism is essential for spontaneous amelioration of hemophilia B Leyden. Reviewed
Kurachi S, Huo JS, Ameri A, Zhang K, Yoshizawa AC, Kurachi K
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 106 ( 19 ) 7921 - 7926 2009.5
Comprehensive analysis of glycosyltransferases in eukaryotic genomes for structural and functional characterization of glycans. Reviewed
Hashimoto K, Tokimatsu T, Kawano S, Yoshizawa AC, Okuda S, Goto S, Kanehisa M
Carbohydrate research 344 ( 7 ) 881 - 887 2009.5
Aging and gerotological diseases in relation to age-related homeostasis and age dimension technology Reviewed
KURACHI Kotoku, KURACHI Sumiko, HAMADA Toshiyuki, SUENAGA Emi, YOSHIZAWA Akiyasu C
Japanese journal of geriatrics 45 ( 2 ) 126 - 131 2008.3
The repertoire of desaturases and elongases reveals fatty acid variations in 56 eukaryotic genomes. Reviewed
Hashimoto K, Yoshizawa AC, Okuda S, Kuma K, Goto S, Kanehisa M
Journal of lipid research 49 ( 1 ) 183 - 191 2008.1
KAAS: an automatic genome annotation and pathway reconstruction server. Reviewed
Moriya Y, Itoh M, Okuda S, Yoshizawa AC, Kanehisa M
Nucleic acids research 35 ( Web Server issue ) W182 - 5 2007.7
Akiyasu Yoshizawa
Doctoral Degree Thesis (Dissertation), Kyoto University 2007.5
Extracting sequence motifs and the phylogenetic features of SNARE-dependent membrane traffic. Reviewed
Yoshizawa AC, Kawashima S, Okuda S, Fujita M, Itoh M, Moriya Y, Hattori M, Kanehisa M
Traffic (Copenhagen, Denmark) 7 ( 8 ) 1104 - 1118 2006.8
The repertoire of desaturases for unsaturated fatty acid synthesis in 397 genomes. Reviewed International journal
Hashimoto K, Yoshizawa AC, Saito K, Yamada T, Kanehisa M
Genome informatics. International Conference on Genome Informatics 17 ( 1 ) 173 - 183 2006.7
A Standpoint of Education of Informatics in the Liberal Arts [Reprint]
Yoshizawa, AC
Pedagogical Treatise Materials (School Theory and Teacher Theory) 21 ( 3 ) 328 - 333 2004
The Construction of a Database for Ubiquitin Signaling Cascade International journal
Sakiyama T, Kawashima S, Yoshizawa AC, Kanehisa M
Genome Informatics 14 653 - 654 2003.12
Metabolic pathway reconstruction for malaria parasite Plasmodium falciparum International journal
Limviphuvadh V, Okuno Y, Katayama T, Goto S, Yoshizawa AC, Kanehisa M
Genome Informatics 14 368 - 369 2003.12
Extraction of Organism Groups from Whole Genome Comparisons International journal
Yamanishi Y, Yoshizawa AC, Itoh M, Katayama T, Kanehisa M
Genome Informatics 14 438 - 439 2003.12
Analysis of Domain Combinations in Eukaryotic Genomes International journal
Itoh M, Yoshizawa AC, Okuda S, Goto S, Kanehisa M
Genome Informatics 14 434 - 435 2003.12
Comprehensive Survey of Intracellular Transport System-Related Proteins in Complete Genomes and Draft Genomes International journal
Yoshizawa AC, Itoh M, Okuda S, Limviphuvadh V, Sakiyama T, Kawashima S, Kanehisa M
Genome Informatics 14 436 - 437 2003.12
Comparative analysis of Rab GTPases and SNAREs in eukaryotic genomes International journal
Yoshizawa AC, Kawashima S, Kanehisa M
Genome Informatics 13 404 - 405 2002.12
Indirect relations in yeast protein interactome International journal
Nakaya A, Yoshizawa AC, Goto S, Kanehisa M
Genome Informatics 13 328 - 329 2002.12
Extraction of related genes in the vesicular transport by simultaneous comparison of two-hybrid and microarray data International journal
Yoshizawa AC, Nakaya A, Goto S, Kanehisa M
Genome Informatics 12 243 - 244 2001.12
The construction of a database on the intracellular vesicular transport International journal
Yoshizawa AC, Kawashima S, Kanehisa M
Genome Informatics 11 276 - 277 2000.12
A Standpoint of Education of Informatics in the Liberal Arts
Yoshizawa, AC
Proceedings of Department of Education, Kyoto Women's University 39 131 - 142 1999
Problems on Education of Computer Science for Female Undergraduate Students (I)
Yoshizawa, AC
Proceedings of Department of Education, Kyoto Women's University 38 78 - 87 1998
Yoshizawa, AC
Proceedings of Department of Education, Kyoto Women's University 38 88 - 93 1998
Kusumi A, Tsuji A, Murata M, Sako Y, Yoshizawa AC, Kagiwada S, Hayakawa T, and Ohnishi S
Biochemistry 30 6517 - 6527 1991.7
A Study of Molecular Mechanism of Membrane Fusion by Amphiphilic Peptides - Consideration of the Influence of the Curvature of Membrane Vesicles on Membrane Fusion Reviewed
Akiyasu Yoshizawa
Thesis, Kyoto University 1989.3
Development of a Time-Resolved Microfluorimeter with a Synchroscan Streak Camera and Its Application to Studies of Cell Membranes Reviewed International journal
Kusumi A, Tsuji A, Murata M, Sako Y, Yoshizawa AC, Hayakawa T, Ohnishi S
Time-Resolved Laser Spectroscopy in Biochemistry (Proceedings of SPIE) 0909 350 - 351 1988.6
Encyclopedia of genetics : origin of inheritance and diversity Reviewed
Genetics Society of Japan（ Role： Contributor , 9-19 Proteome Analysis）
Maruzen Publishing 2022.1 （ ISBN:9784621306604 ）
An Intelligible Introdution to Bioinformatics Reviewed
Iwabe N., Kawabata T., Hamada M., Kadota K., Suyama M., Mitsuyama T., Kurokawa A., Mori H., Azuma K., Yoshizawa AC, Katayama T., Toh H.（ Role： Contributor , Chapter 10 Proteome Analysis）
Kodansha 2018.11 （ ISBN:4065138213 ）
老年医学 update 2009-10 Reviewed
日本老年医学会雑誌編集委員会（ Role： Contributor , III 老年医学の展望，老化・老年病と年齢軸生命工学）
メジカルビュー 2009.6 （ ISBN:9784758304801 ）
ゲノミクス・プロテオミクスの新展開 : 生物情報の解析と応用 Reviewed
吉沢明康, 五斗進, 金久實（ Role： Contributor , 第３編バイオインフォマティクス，第１章データベース，第６節 代謝データベース）
エヌ・ティー・エス 2004.4 （ ISBN:4860430492 ）
タンパク質言語モデルによる代謝回転率予測と精度関連因子の解析
石野公基, 劉鈺婷, 吉沢明康, 奥田修二郎
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 47th 2024.11
jPOSTの10年間:プロテオーム統合データベースの未来に向けて
吉沢明康, 高橋悠志, 小林大樹, 守屋勇樹, 幡野敦, 高見知代, 松本雅記, 荒木令江, 田畑剛, 岩崎未央, 杉山直幸, 小寺義男, 福島敦史, 田中聡, 五斗進, 河野信, 河野信, 奥田修二郎, 石濱泰
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 47th 2024.11
MB-POST: A novel data repository for storing high-quality spectral data in metabolomics mass spectrometry
Yushi Takahashi, Akiyasu C. Yoshizawa, Takato Kiuchi, Fumio Matsuda, Shujiro Okuda
第97回日本生化学会大会 要旨集 2024.11
Mass spectrometry data repositories facilitate the multi-omics experimental data accumulation and reanalysis International journal
Yushi Takahashi, Akiyasu C. Yoshizawa, Fumio Matsuda, Kiyoko F. Aoki-Kinoshita, Yasushi Ishihama, Shujiro Okuda
1st Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference (APBJC) 要旨集 (Web) [24-VIII-3] 2024.10
Accelerating data re-analysis in jPOST using metadata from JPDM data papers
高橋悠志, 吉沢明康, 小林大樹, 守屋勇樹, 幡野敦, 高見知代, 松本雅記, 荒木令江, 田畑剛, 岩崎未央, 杉山直幸, 小寺義男, 福島敦史, 田中聡, 五斗進, 河野信, 奥田修二郎, 石濱泰
日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集 2024 (Web) 2024.6
The Shin-MassBank project: Generation of MassBank records from DDA datasets
松田史生, 平山明由, 早坂亮祐, 高橋政友, 吉沢明康, 西田孝三, 鳥越大平, 木内貴仁, 松沢佑紀, 津川裕司, 奥田修二郎, 和泉自泰
質量分析総合討論会講演要旨集 72nd 2024.5
MB-POST: a repository database for metabolomics mass spectrometry data.
奥田修二郎, 木内貴仁, 吉沢明康, 松田史生
質量分析総合討論会講演要旨集 72nd 2024.5
jPOST & JPDM: a database for proteomics and a journal for data articles
吉沢明康, 小林大樹, 守屋勇樹, 幡野敦, 高見知代, 松本雅記, 荒木令江, 田畑剛, 岩崎未央, 杉山直幸, 小寺義男, 田中聡, 五斗進, 河野信, 奥田修二郎, 石濱泰
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 46th 2023.11
Decomposition of MS/MS spectrograms from DIA proteomics for protein identification and quantitation
町田和典, 上村京也, 田畑剛, 小形公亮, 吉沢明康, 吉井和佳, 田中利幸, 石濱泰
日本薬学会年会要旨集(Web) 142nd 2022.3
マススペクトルに於けるペプチドイオンピークの深層学習による検出法の開発
吉沢明康
日本臨床プロテオゲノミクス研究会要旨集(Web) 2021 2021.5
Protein identification by hierarchical clustering of mass spectrograms in shotgun proteomics
疋田拓也, 木部航希, 吉沢明康, 田畑剛, 吉井和佳, 石濱泰
日本薬学会年会要旨集(Web) 141st 2021.3
第3回質量分析インフォマティクス・ハッカソン（質量分析インフォマティクス研究会）〔地域部会・公募研究会の活動報告〕 Invited
守屋 勇樹, 吉沢 明康
日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター ( 37 ) 18 - 19 2020.3
Prediction of collision-induced dissociation spectra of tryptic peptides for the application to shotgun proteomics
橘本哲志, 吉沢明康, 吉井和佳, 石濱泰, 石濱泰
日本薬学会年会要旨集(Web) 140th 2020.3
マススペクトログラムの階層クラスタリングに基づくタンパク質同定
木部航希, 吉沢明康, 田畑剛, 吉井和佳, 石濱泰
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 42nd 2019.11
配列タグを用いたタンパク質配列超高速検索システムの開発
吉沢明康, 内藤雄樹, 早川英介, 五斗進, 石濱泰
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 42nd 2019.11
深層学習を用いたペプチド由来質量分析イオンピークの検出法の開発
守屋勇樹, 田畑剛, 岩崎未央, 河野信, 五斗進, 石濱泰, 瀧川一学, 吉沢明康
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 42nd 2019.11
質量分析インフォマティクス研究会〔地域部会・公募研究会の活動報告〕 Invited
守屋 勇樹, 吉沢 明康
日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター ( 36 ) 13 - 14 2019.8
プロテオゲノミクスのための解析プラットフォーム開発
上村駿人, 吉沢明康, 杉山直幸, 奥田修二郎, 石濱泰
日本分析化学会年会講演要旨集(Web) 68th 2019.8
事後ペプチドシーケンスタグの利用によるタンパク質同定の精度向上 International coauthorship
吉沢明康, 田畑剛, 岩崎未央, 杉山直幸, Käll, Lukas, 石濱泰
日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集 2019 2019.7
事後ペプチドシーケンスタグの利用によるタンパク質同定の精度向上 International coauthorship
吉沢 明康, 田畑 剛, 岩崎 未央, 杉山 直幸, Käll, Lukas, 石濱 泰
電気泳動 63 ( Suppl. ) 245 - 245 2019.7
深層学習に基づくペプチド由来イオンピークの新規検出手法
守屋勇樹, 田畑剛, 岩崎未央, 河野信, 五斗進, 石濱泰, 瀧川一学, 吉沢明康
質量分析総合討論会講演要旨集 67th 2019.5
事後ペプチドシーケンスタグを利用する高精度タンパク質同定 International coauthorship
田畑剛, 吉沢明康, 岩崎未央, 杉山直幸, Käll, Lukas, 石濱泰
質量分析総合討論会講演要旨集 67th 2019.5
質量分析インフォマティクス研究会〔地域部会・公募研究会の活動報告〕 Invited
早川 英介, 守屋 勇樹, 山本 博之, 吉沢 明康
日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター ( 35 ) 14 - 15 2019.4
jPOSTプロジェクトが提供するプロテオミクスデータとその解析ツール
五斗進, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡邉由, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 山ノ内祥訓, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 岩崎未央, 杉山直幸, 田中聡, 石濱泰
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 41st 2018.11
マウス臓器および糞便のメタプロテオミクス
坂本悠太, 伊藤麻里子, 柏木陽一郎, 野崎剛徳, 村上伸也, 吉沢明康, 杉山直幸, 石濱泰
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 41st 2018.11
プロテオーム統合データベースの機能深化
守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡邉由, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 山ノ内祥訓, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 岩崎未央, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 41st 2018.11
マススペクトルにおけるペプチド同位体比の精確性
木部航希, 吉沢明康, 田畑剛, 吉井和佳, 石濱泰
質量分析総合討論会講演要旨集 66th 2018.4
Metadata Curation for fully utilizing raw MS data in jPOST repository
KOBAYASHI D., ARAKI N., OKUDA S., WATANABE Y., MORIYA Y., KAWANO S., YAMAMOTO T., MATSUMOTO M., TAKAMI T., YOSHIZAWA A. C., TABATA T., IWASAKI M., SUGIYAMA N., TANAKA S., GOTO S., ISHIHAMA Y.
質量分析総合討論会講演要旨集 66th 2018.4
Application of Non-negative Matrix Factorization in Mass Spectrometry-Based Shotgun Proteomics
TAECHAWATTANANANT Pasrawin, YOSHIZAWA Akiyasu C., YOSHII Kazuyoshi, YOSHII Kazuyoshi, ISHIHAMA Yasushi
質量分析総合討論会講演要旨集 66th 2018.4
上村駿人, 伊藤麻里子, 吉沢明康, 杉山直幸, 石濱泰
日本薬学会年会要旨集(CD-ROM) 138年会 ( 2 ) 240 - 240 2018.3
jPOST:同定結果のFDR改善を目指す再解析プロトコルの開発
吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰
日本生化学会大会(Web) 90th ROMBUNNO.3P‐0172 (WEB ONLY) - 0172 2017.11
奥田修二郎, 渡辺由, 守屋勇樹, 河野信, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰
日本生化学会大会(Web) 90th ROMBUNNO.3P‐0171 (WEB ONLY) - 0171 2017.11
守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰
日本生化学会大会(Web) 90th ROMBUNNO.3P‐0173 (WEB ONLY) - 0173 2017.11
同定結果はどこまで信頼できるか-データベース検索の落とし穴- Invited
吉沢明康
日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集 2017 2017.7
プロテオーム統合データベースjPOST:質量分析データ・リポジトリ
奥田修二郎, 渡辺由, 守屋勇樹, 河野信, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰
日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集 2017 2017.7
jPOST再解析プロトコル:偽陽性と偽陰性の同時減少を目指す
吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰
日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集 2017 2017.7
プロテオミクスデータ解析/演習 Invited
石濱泰, 小林大樹, 吉沢明康
BMSコンファレンス講演要旨集 44th 2017.7
jPOST:プロテオーム統合データベースの開発
守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石澤泰
日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集 2017 2017.7
データベース検索エンジンを用いたタンパク質同定における特異性向上
吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰
質量分析総合討論会講演要旨集 65th 2017.4
Construction of proteome database
吉沢 明康
京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステム研究成果報告書 2016 27 - 27 2017.3
プロテオーム統合データベースjPOST:質量分析データ・リポジトリの公開
奥田修二郎, 渡辺由, 守屋勇樹, 河野信, 山本格, 松本雅記, 高見知世, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 五斗進, 石濱泰
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 39th 2016.11
jPOST:プロテオームデータベースプロジェクト
守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知世, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 五斗進, 石濱泰
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 39th 2016.11
プロテオーム統合データベースjPOST:再解析プロトコルの開発
吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知世, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 五斗進, 石濱泰
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 39th 2016.11
プロテオーム統合データベースjPOST:再解析プロトコルの開発
吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡邉由, 山本格, 松本雅記, 高見知世, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 五斗進, 石濱泰
日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集 2016 2016.7
プロテオーム統合データベースjPOSTの開発
五斗進, 奥田修二郎, 渡邉由, 守屋勇樹, 河野信, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 石濱泰
日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集 2016 2016.7
オープンソース版Mass++:ピーク検出機能の拡充
田中聡, 太田悠葵, 村瀬雅樹, 津元裕樹, 草野麻衣子, 吉沢明康, 三浦ゆり, 川崎ナナ, 五斗進
質量分析総合討論会講演要旨集 64th 2016.5
質量スペクトルはデータベース検索“グレーゾーン”を明瞭化するか
吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 山本格, 松本雅記, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 五斗進, 石濱泰
質量分析総合討論会講演要旨集 64th 2016.5
Construction of proteome database
吉沢 明康
京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステム研究成果報告書 2015 23 - 23 2016.3
守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 山本格, 松本雅記, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 五斗進, 田畑剛, 杉山直幸, 石濱泰
日本生化学会大会(Web) 88th 3P0417 (WEB ONLY) - [3P0417] 2015.12
オープンソース版Mass++によるオミックス解析
田中聡, 津元裕樹, 太田悠葵, 村瀬雅樹, 吉沢明康, 川崎ナナ, 五斗進
日本生化学会大会(Web) 88th 2015.11
Open-sourced Mass++ for Proteome Analysis
田中聡, 村瀬雅樹, 吉沢明康, 五斗進
日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集 2015 (Web) 2015.7
Which database to use?-Confusions and puzzles in database search and sequence analysis- Invited
吉沢明康
日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集 2015 (Web) 2015.7
jPOST: Japan Proteome Standard Repository/Database
守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 山本格, 松本雅記, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 五斗進, 田畑剛, 杉山直幸, 石濱泰
日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集 2015 (Web) 2015.7
A novel data integration tool iPEACH identified the specific network of cancer stem cells
山崎義宗, 南部晶子, 吉沢明康, 水口惣平, 小林大樹, 長山慈, 永井美奈子, SILSIRIVANIT Atit, 河野信, 佛淵尚人, 荒木令江
日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集 2015 (Web) 2015.7
オープンソース版Mass++
田中聡, 吉沢明康, 五斗進
質量分析総合討論会講演要旨集 63rd 2015.6
Mass++:同定機能と翻訳後修飾文献DBとの連携
田中聡, 吉沢明康, 田畑剛, 草野麻衣子, 青島健, 宇都宮眞一, 梶原茂樹, 小田吉哉, 田中耕一
質量分析総合討論会講演要旨集 62nd 2014.5
質量分析ソフトウェアMass++を用いたN型糖鎖負イオンMS/MSスペクトルの解析
森本健太郎, 西風隆司, 吉沢明康, 梶原茂樹, 青島健, 小田吉哉, 田中耕一
質量分析総合討論会講演要旨集 62nd 2014.5
タンパク質末端配列の種間比較と末端配列データベース構築
吉沢明康, 福山裕子, 梶原茂樹, 九山浩樹, 田中耕一
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 36th 2013.11
ヒトタンパク質末端配列データベースの構築と末端配列の一意性の推定
吉沢明康, 福山裕子, 梶原茂樹, 九山浩樹, 田中耕一
質量分析総合討論会講演要旨集 61st 2013.9
質量分析用データ解析ソフトウェアMass++とマススペクトルデータベースMassBank連携プラグインの開発
青島健, 福田充, 井川幹之, 高橋健太郎, 木村剛之, 梶原茂樹, 宇都宮眞一, 田中聡, 吉沢明康, 田中耕一, 池田奨, 二瓶義人, 西岡孝明, 小田吉哉
質量分析総合討論会講演要旨集 61st 2013.9
Mass++:質量分析データの一括解析
田中聡, 藤田雄一郎, 吉沢明康, 福田充, 宇都宮眞一, 梶原茂樹, 青島健, 小田吉哉, 田中耕一
質量分析総合討論会講演要旨集 61st 2013.9
液体マトリックス3AQ/CHCAを用いたがんマーカータンパク質BFPの構造解析
寶迫睦美, 九山浩樹, 中島ちひろ, 福山裕子, 吉沢明康, 川畑慎一郎, 田中耕一
質量分析総合討論会講演要旨集 61st 2013.9
ユーザーによる処理の追加可能なproteome解析プラットフォームJobRequestと,それを利用したタンパク質同定ツールProteoAnalysis
田畑剛, 吉沢明康, 山本昇, 青島健, 小田吉哉, 梶原茂樹, 田中耕一
質量分析総合討論会講演要旨集 61st 2013.9
Mass++、MassBankを用いた脂質同定システムの構築
田中 聡, 吉沢 明康, 草野 麻衣子, 藤田 雄一郎, 福田 充, 宇都宮 眞一, 梶原 茂樹, 田畑 剛, 高橋 健太郎, 青島 健, 小田 吉哉, 二瓶 義人, 西岡 孝明, 田中 耕一
JSBMS Letters 38 ( Suppl. ) 95 - 95 2013.8
融合プロテオミクスによる神経線維腫症1型(NF1)病態モデル細胞内活性化シグナルDynein IC2-GR-COX-1の同定
小林大樹, 平山未央, 水口惣平, 森川崇, 長山慈, 緑川宇一, WILSON-MORIFUJI Masayo, 南部(新堀)晶子, 吉沢明康, 河野信, 荒木令江
日本生化学会大会(Web) 86th 2013.8
既知翻訳後修飾情報データベースMSPTM-DBとweb実行環境ProteoAnalysis
吉沢明康, 田畑剛, 木村剛之, 青島健, 小田吉哉, 梶原茂樹, 田中耕一
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 35th 2012.11
KEGG OC:系統関係に基づいた大規模オーソログクラスタの自動生成
守屋勇樹, 中谷明弘, 片山俊明, 伊藤真純, 平糠和志, 川島秀一, 奥田修二郎, 田中道廣, 時松敏明, 山西芳裕, 吉沢明康, 金久實, 五斗進
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 35th 2012.11
質量分析データベース検索への翻訳後修飾情報の利用
吉沢明康, 田畑剛, 木村剛之, 青島健, 小田吉哉, 梶原茂樹, 田中耕一
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 34th 2011.11
Application of post-translational modification information in database search
YOSHIZAWA A. C., TABATA T., KIMURA T., AOSHIMA K., ODA Y., KAJIHARA S., TANAKA K.
質量分析総合討論会講演要旨集 59th 2011.9
Crystal structure of T-H protein complex of the glycine cleavage system International journal
Okamura-Ikeda, K, Hosaka, H, Maita, N, Fujiwara, K, Yoshizawa, A.C, Nakagawa, A, Taniguchi, H
Acta Crystallographica Section A Foundations of Crystallography 67 ( a1 ) C434 - C435 2011.8
CIPRO 2.5: Ciona intestinalis Protein integrated database with large-scale omics data, bioinformatic analyses and curated annotation, with ability for user rating and comments International journal
Endo, T., Ueno, K., Yonezawa, K., Mineta, K., Hotta, K., Satou, Y., Yamada, L., Ogasawara, M., Takahashi, H., Nakajima, A., Nakachi, M., Nomura, M., Yaguchi, J., Konno, A., Sasakura, Y., Yoshizawa, AC, Taniguchi, H., Yamasaki, C., Sera, M., Imanishi, T., Inaba, K.
Nature Precedings, Biocuration 2010 2011.1
構造解析から明らかになったグリシン開裂酵素系T蛋白質によるアミノメチル転移の新たな反応機構
池田和子, 保坂晴美, 真板宣夫, 藤原和子, 吉沢明康, 中川敦史, 谷口寿章
生化学 2010.11
仮想ゲルを用いたLC/MSデータの表示とタンパク質修飾の探索プログラム
吉沢明康, 山田力志, 谷口寿章
生化学 2010.11
Genome Context of Cellulose Biosynthesis Related Gene Families
河野信, 吉沢明康
生化学 2010.11
CIPRO 2.5: Ciona intestinalis Protein Database - a unique integrated repository of large-scale omics data, bioinformatic analyses, and curated annotation, with ability for user rating and comments International journal
Endo, T, Ueno, K, Yonezawa, K, Mineta, K, Hotta, K, Satou, Y, Yamada, L, Ogasawara, M, Takahashi, H, Nakajima, A, Nakachi, M, Nomura, M, Yaguchi, J, Konno, A, Sasakura, Y, Yoshizawa, A.C, Taniguchi, H, Yamasaki, C, Sera, M, Imanishi, T, Inaba, K
Genome Biology 11 ( S1 ) 2010.10
セルロース合成関連遺伝子群のゲノムコンテキスト解析
河野信, 橋本浩介, 吉沢明康
セルロース学会年次大会講演要旨集 17th 2010.7
KEGG OC:全生物種ゲノムにおけるオーソログ遺伝子のバリエーションと高速検索技術
片山俊明, 伊藤真純, 奥田修二郎, 川島秀一, 田中道廣, 時松敏明, 中谷明弘, 平糠和志, 守屋勇樹, 山西芳裕, 吉沢明康, 金久實
生化学 80 ( 抄録CD ) 4T9-4 - 4 2008.11
マウス肝臓蛋白質発現の年齢依存変化のGene Ontology解析
吉沢明康, BOLOTOVA Tatiana, 倉地幸徳, 倉地須美子
生化学 2008.11
KEGG OC:オーソログクラスターのマニュアルアノテーション
川島秀一, 伊藤真純, 奥田修二郎, 片山俊明, 田中道廣, 時松敏明, 中谷明弘, 平糠和志, 守屋勇樹, 山西芳裕, 吉沢明康, 金久實
生化学 2008.11
KEGG OC:網羅的なオーソログクラスターの自動生成
中谷明弘, 伊藤真純, 奥田修二郎, 川島秀一, 田中道廣, 時松敏明, 片山俊明, 平糠和志, 守屋勇樹, 山西芳裕, 吉沢明康, 金久實
生化学 2008.11
老年医学の展望 老化・老年病と年齢軸生命工学
倉地幸徳, 倉地須美子, 浜田俊幸, 末永恵美, 吉沢明康
日本老年医学会雑誌 45 ( 2 ) 2008.3
DesaturaseとElongaseの網羅的探索及びその組合せによる脂肪酸予測
橋本浩介, 吉沢明康, 奥田修二郎, 隈啓一, 五斗進, 金久實
生化学 2007.11
遺伝子エレメントASE結合核蛋白質の同定 年齢軸恒常性分子機構の確立に向けて
倉地 須美子, 笠間 絵美, 田中 拓, 吉沢 明康, 倉地 幸徳
日本血栓止血学会誌 18 ( 5 ) 460 - 460 2007.10
真核細胞内輸送機構の進化的解析
吉沢明康
京都大学 スーパーコンピューターラボラトリー 平成18年度 研究成果報告書 2007.3
Analysis of Tissue Specific Expression Patterns of Isozymes International journal
Takarabe, M, Tsuchida, A, Fujita, M, Okuda, S, Yoshizawa, AC, Yamada, T, Itoh, M, Goto, S, Kanehisa, M
Genome Informatics, GIW 2006 Poster Abstracts 17 2006.12
The Analysis of the Eukaryotic Intracellular Vesicular Transport
吉沢明康
京都大学化学研究所スーパーコンピューターラボラトリー 平成17年度 研究成果報告書 96 - 97 2006.3
細胞内輸送関与蛋白質のパラログ数変化に基づく真核細胞内輸送経路の多様化の考察
吉沢明康, 奥田修二郎, 守屋勇樹, 伊藤真純, 川島秀一, 五斗進, 金久實
日本分子生物学会年会講演要旨集 28th 2005.11
選択的スプライシングとタンパク質の機能の多様化の関連解析
重水大智, 奥田修二郎, 吉沢明康, 伊藤真純, 服部正泰, 五斗進, 金久實
日本分子生物学会年会講演要旨集 28th 2005.11
The Analysis of the Intracellular Vesicular Transport Pathways
吉沢明康
京都大学化学研究所スーパーコンピューターラボラトリー 平成16年度 研究成果報告書 65 - 66 2005.3
Functional Classification of Coiled-Coil Proteins in Multiple Genomes International journal
Yoshizawa, AC, Okuda, S, Moriya, Y, Itoh, M, Katayama, T, Kawano, S, Okamoto, S, Kawashima, S, Kanehisa, M
Genome Informatics, GIW 2004 Poster Abstracts 15 2004.12
Automatic generation of KEGG OC (Ortholog Cluster) and its assignment to draft genomes International journal
Moriya, Y, Katayama, T, Nakaya, A, Itoh, M, Yoshizawa, AC, Okuda, S, Kanehisa, M
Genome Informatics, GIW 2004 Poster Abstracts 15 2004.12
Functional Categorization of Multiple Genomes using KEGG OC in the Genome Indices International journal
Okuda, S, Yoshizawa, AC, Moriya, Y, Itoh, M, Katayama, T, Goto, S, Kanehisa, M
Genome Informatics, GIW 2004 Poster Abstracts 15 2004.12
Analysis of the bacterial sequences recognized by RNA-binding proteins and compounds International journal
Muto, A, Yoshizawa, AC, Okuda, S, Itoh, M, Hattori, M, Kanehisa, M
Genome Informatics, GIW 2004 Poster Abstracts 15 2004.12
SNARE分子のパラログ数変化に基づく真核細胞内輸送経路の多様化の考察
吉沢明康, 奥田修二郎, 伊藤真純, 守屋勇樹, 川島秀一, 五斗進, 金久實
日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集 27th 2004.11
ゲノムを特徴づける種々の指標のデータベース化とそれらによる生物種進化の考察
奥田修二郎, 吉沢明康, 守屋勇樹, 伊藤真純, 五斗進, 金久實
日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集 27th 2004.11
Integration of Biological Features of Multiple Genomes - The Construction of "Genome Indices" database - International journal
Okuda, S, Yoshizawa, AC, Moriya, Y, Itoh, M, Goto, S, Kanehisa, M
Genome Informatics, IBSB 2004 Poster Abstracts 15 2004.5
Prediction and Comparison of Coiled-Coil Proteins in Multiple Genomes International journal
Yoshizawa, AC, Okuda, S, Itoh, M, Katayama, S, Kawashima, S, Kanehisa, M
Genome Informatics, IBSB 2004 Poster Abstracts 15 2004.5
The Analysis of the Proteins Participated in the Intracellular Vesicular Transport
吉沢明康
京都大学化学研究所スーパーコンピューターラボラトリー 平成15年度 研究成果報告書 73 - 74 2004.3
SNARE分子の分類とデータベース構築
吉沢明康, 五斗進, 川島秀一, 金久實
日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集 26th 2003.11
The Analysis of the Intracellular Vesicular Transport System
吉沢明康
京都大学化学研究所スーパーコンピューターラボラトリー 平成14年度 研究成果報告書 66 - 68 2003.3
Bioinformatics Center - Bioknowledge Systems -
(No author name displayed)
ICR Annual Report 2002 13 50 - 51 2003.2
The Analysis of the Intracellular Vesicular Transport.
吉沢明康
京都大学化学研究所スーパーコンピューターラボラトリー 平成13年度 研究成果報告書 80 - 82 2002.3
吉沢明康
京都大学化学研究所スーパーコンピューターラボラトリー 平成12年度 研究成果報告書 2001.3
Ten Years of jPOST: Toward the future of an integrated database for proteomics
Yoshizawa, AC, Takahashi, Y, Kobayashi, D, Moriya, Y, Hatano, A, Takami, T, Matsumoto, M, Araki, N, Tabata, T, Iwasaki, M, Sugiyama, N, Kodera, Y, Fukushima, A, Tanaka, S, Goto, S, Kawano, S, Okuda, S, Ishihama, Y
2024.11
タンパク質言語モデルによる代謝回転率予測と精度関連因子の解析
石野公基, 劉鈺婷, 吉沢明康, 奥田修二郎
第47回日本分子生物学会年会 2024.11 日本分子生物学会
Prediction of Protein Metabolic Turnover Using Large Language Models
Ishino, K, Yoshizawa, AC, Okuda, S
2024.11
jPOST, an integrated database for proteomics, and JPDM, a new journal for data articles
Yoshizawa, AC, Takahashi, Y, Kobayashi, D, Moriya, Y, Hatano, A, Takami, T, Matsumoto, M, Araki, N, Tabata, T, Iwasaki, M, Sugiyama, N, Kodera, Y, Fukushima, A, Tanaka, S, Goto, S, Kawano, S, Okuda, S, Ishihama, Y
2024.11
MB-POST: A novel data repository for storing high-quality spectral data in metabolomics mass spectrometry
Takahashi, Y, Yoshizawa, AC, Kiuchi, T, Matsuda, F, Okuda, S
2024.11
Mass spectrometry data repositories facilitate the multi-omics experimental data accumulation and reanalysis International conference
Takahashi, Y, Yoshizawa, AC, Matsuda, F, Aoki-Kinoshita, KF, Ishihama, Y, Okuda, S
APBJC 2024 (Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference 2024) 2024.10
From JPDM to jPOST: Semi-automated data reanalysis using data articles
Yoshizawa, AC, Takahashi, Y, Kobayashi, D, Moriya, Y, Hatano, A, Takami, T, Matsumoto, M, Araki, N, Tabata, T, Iwasaki, M, Sugiyama, N, Kodera, Y, Fukushima, A, Tanaka, S, Goto, S, Kawano, S, Okuda, S, Ishihama, Y
2024.10
マルチオミクス質量分析データの蓄積と再解析を支えるデータリポジトリ基盤
高橋悠志, 吉沢明康, 松田史生, 木下聖子, 石濱泰, 奥田修二郎
トーゴーの日シンポジウム2024 2024.10 JST NBDC事業推進室
jPOST meets JPDM
Yoshizawa, AC, Takahashi, Y, Kobayashi, D, Moriya, Y, Hatano, A, Takami, T, Matsumoto, M, Araki, N, Tabata, T, Iwasaki, M, Sugiyama, N, Kodera, Y, Fukushima, A, Tanaka, S, Goto, S, Kawano, S, Okuda, S, Ishihama, Y
2024.10
Shin-MassBank project: Generation of high-quality spectra from human metabolome datasets International conference
Matsuda, F, Hirayama, A, Hayasaka, R, Takahashi, M, Yoshizawa, AC, Nishida, K, Torigoe, T, Kiuchi, T, Matsuzawa, Y, Tsugawa, H, Okuda, S, Izumi, Y
25th International Mass Spectrometry Conference 2024.8
Accelerated jPOST data reanalysis using JPDM data article metadata
The joint meeting of JPrOS2024 (22ndJHUPO) (The 40th Annual Meeting of Japanese proteomics society) and The 20th Annual Meeting of Japan Society of Clinical Proteogenomics 2024.6
The Shin-MassBank project: Enrichment of MassBank records using human metabolome datasets International conference
Matsuda, F, Hirayama, A, Hayasaka, R, Takahashi, M, Yoshizawa, AC, Nishida, K, Torigoe, T, Kiuchi, T, Matsuzawa, Y, Tsugawa, H, Okuda, S, Izumi, Y
Metabolomics2024 (20th Annual International Conference of the Metabolomics Society) 2024.6
MB-POST: a Repository Database for Metabolomics Mass Spectrometry data
Okuda, S, Kiuchi, T, Yoshizawa, A, Matsuda, F
The 72nd Annual Conference on Mass Spectrometry 2024.6
The Shin-MassBank Project: Generation of MassBank Records from DDA Datasets
Matsuda, F., Hirayama, A., Hayasaka, R., Takahashi, M., Yoshizawa, A., Nishida, K., Torigoe, T., Kiuchi, T., Matsuzawa, Y., Tsugawa, H., Okuda, S., Izumi
The 72nd Annual Conference on Mass Spectrometry 2024.6
Mass++ ver.4 Gold (official release), an Open-Source MS Data Viewer International conference
Tanaka, S, Murase, M, Kato, M, Yamamoto, H, Matsubara, M, Tabata, T, Kusano, M, Kawano, S, Okuda, S, Yoshizawa, AC
ASMS 2024 (72th ASMS (American Society for Mass Spectrometry) Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics) 2024.6
The Shin-MassBank project: Enrichment of MassBank records using human metabolome datasets International conference
Matsuda, F, Hirayama, A, Hayasaka, R, Takahashi, M, Yoshizawa, AC, Nishida, K, Torigoe, T, Kiuchi, T, Matsuzawa, Y, Tsugawa, H, Okuda, S, Izumi, Y
ASMS 2024 (72th ASMS (American Society for Mass Spectrometry) Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics) 2024.6
jPOST & JPDM: a database for proteomics and a journal for data articles
Akiyasu C. Yoshizawa, Daiki Kobayashi, Yuki Moriya, Atsushi Hatano, Tomoyo Takami, Masaki Matsumoto, Norie Araki, Tsuyoshi Tabata, Mio Iwasaki, Naoyuki Sugiyama, Yoshio Kodera, Satoshi Tanaka, Susumu Goto, Shin Kawano, Shujiro Okuda, Yasushi Ishihama
The 46th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan 2023.12 The Molecular Biology Society of Japan
Current Development Status of MB-POST, a Metabolome Data Repository
Yoshizawa, A.C.
2023.10
From mass information to sequence information - how far can we trust? Invited
Yoshizawa, AC
JCompMS 7th Open Workshop ONLINE "Deep Reading of Mass Spectrometry Omics Data" 2022.4
A Novel Method of Peptide Ion Peak-picking for Mass Spectrometry Based on Deep Learning Invited
Yoshizawa, A.C.
17ty Annual Meeting of Japan Society of Clinical Proteogenomics 2021.5 Japan Society of Clinical Proteogenomics
Protein identification by massspectrogram hierarchical clustering in shotgun-proteomics
Hikita, T., Kibe, K., Yoshizawa, A.C, Tabata, T., Yoshii, K., Ishihama, Y.
The 2nd Workshop on Biological Molecule Analysis 2021.3
Protein identification by massspectrogram hierarchical clustering in shotgun-proteomics
Hikita, T., Kibe, K., Yoshizawa, A.C, Tabata, T., Yoshii, K., Ishihama, Y.
The 141st Annual Meeting of the Pharmaceutical Society of Japan 2021.3 Pharmaceutical Society of Japan
World of Computational Mass Spectrometry: Where Does It Come From?What Is It? Where Is It Going to? Invited
Yoshizawa, A.C.
nformatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2020 (IIBMP: JSBi Congress 2020) 2020.9 Japanese Society for Bioinformatics
An extension of Mass++ ver.4, a data viewer, for proteome analysis International conference
Tanaka, S., Murase, M., Kato, M., Tabata, T., Kusano, M., Kawano, S., Goto, S., Ishihama, Y., Yoshizawa, A.C.
ASMS 2020 Reboot (68th ASMS (American Society for Mass Spectrometry) Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics) 2020.6 ASMS
jPOST統合環境の機能深化と連携基盤強化
守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 山ノ内祥訓, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 岩崎未央, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰
トーゴーの日シンポジウム2019 2019.10 バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC)
Development of a Time-Resolved Microfluorimeter with a Synchroscan Streak Camera and Its Application to Studies of Cell Membranes International conference
Kusumi, A, Tsuji, A, Murata, M, Sako, Y, Yoshizawa, A.C, Hayakawa, T, Ohnishi, S
1988 Los Angels Symposium of SPIE (The International Society for Optical Engineering) 1988.1 SPIE (The International Society for Optical Engineering)
大規模言語モデルに基づいたタンパク質ターンオーバー予測
石野公基, 吉沢明康, 劉鈺婷, 奥田修二郎
文部科学省 科学研究費補助金 学術変革領域研究（A）「タンパク質寿命が制御するシン・バイオロジー」第3回班会議 2024.9
Mass++ ver.4 - An open-source MS data viewer with enhanced basic functions and easy implementation of external software International conference
Tanaka, S, Murase, M, Kato, M, Yamamoto, H, Tabata, T, Kusano, M, Kawano, S, Goto, S, Ishihama, Y, Yoshizawa, AC
ASMS 2023 (71th ASMS (American Society for Mass Spectrometry) Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics) 2023.6
Temporal Analysis of Proteome and Phosphoproteomeof the SARS-CoV-2 Infected Cell International conference
Watanabe, Y, Muramoto, Y, Oda, Y, Ogata, K, Yoshizawa, A, Sugiyama, N, Noda, T, Toyoshima, F, Ishihama, Y
6th International Symposium of Kyoto Biomolecular Mass Spectrometry Society/International Symposium on Mass Spectrometry Imaging 2023 Kyoto 2023.1
Mass++ ver.4 -MS data viewer meets online databases- International conference
Tanaka, S, Murase, M, Kato, M, Yamamoto, H, Tabata, T, Kusano, M, Kawano, S, Goto, S, Ishihama, Y, Yoshizawa, AC
Human Proteome Organization World Congress (HUPO2022) 2022.12
jPOST:「コミュニティ・ベース論文調査」によるメタデータキュレーションの加速
吉沢明康, 守屋勇樹, 小林大樹, 張智翔, 奥田修二郎, 田畑剛, 河野信, 幡野敦, 高見知代, 松本雅記, 山ノ内祥訓, 荒木令江, 岩崎未央, 杉山直幸, 福島敦史, 田中聡, 五斗進, 石濱 泰
トーゴーの日シンポジウム2022 2022.10
There're five mysteries about jPOST Invited
Yoshizawa, AC
JPrOS2022 Conference (20th JHUPO Congress) 2022.8
Development of Mixed MS/MS Spectrogram Decomposition for DIA Proteomics
Machida, K, Uemura, K, Tabata, T, Ogata, K, Yoshizawa, AC, Yoshii, K, Tanaka, T, Ishihama, Y
The 3rd Workshop on Biological Molecule Analysis 2022.3
Development of Mixed MS/MS Spectrogram Decomposition for DIA Proteomics
Machida, K, Uemura, K, Tabata, T, Ogata, K, Yoshizawa, AC, Yoshii, K, Tanaka, T, Ishihama, Y
The 142nd Annual Meeting of the Pharmaceutical Society of Japan 2022.3
jPOSTrepoメタデータのSDRF化
有馬佳奈美, 岡本瑠璃, 小林大樹, 吉沢明康, 河野信
トーゴーの日シンポジウム2021 2021.10
jPOSTdb: COVID-19データベースの構築
吉沢明康, 守屋勇樹, 小林大樹, 張智翔, 奥田修二郎, 田畑剛, 河野信, 幡野敦, 高見知代, 松本雅記, 山ノ内祥訓, 荒木令江, 岩崎未央, 杉山直幸, 福島敦史, 田中聡, 五斗進, 石濱 泰
トーゴーの日シンポジウム2021 2021.10
jPOSTリポジトリの機能強化
渡辺由, 奥田修二郎, 守屋勇樹, 河野信, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 幡野敦, 山ノ内祥訓, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 岩崎未央, 杉山直幸, 田中聡, 石濱泰
トーゴーの日シンポジウム2020 2020.10 バイオサイエンスデータベースセンター
トリプシン消化ペプチドの衝突誘起解離スペクトルの予測とショットガンプロテオミクスへの応用
橘本哲志, 吉沢明康, 吉井和佳, 石濱泰
日本薬学会第140年会（大会開催中止、要旨web公開を以て発表成立と規定） 2020.3 日本薬学会
Statistical Joint Protein and Peptide Quantification Based on Hierarchical Clustering of Mass Spectrograms International conference
Kibe, K., Yoshizawa, A.C., Tabata,T., Yoshii, K., Ishihama, Y.
4th International Symposium of the Kyoto Biomolecular Mass Spectrometry Society (KBMSS) 2020.2 KBMSS
Database Development for Proteomics Invited
Yoshizawa, A.C.
2019.12 Kumamoto Univ. Medical School
マススペクトログラムの階層クラスタリングに基づくタンパク質同定
木部航希, 吉沢明康, 田畑剛, 吉井和佳, 石濱泰
第42回日本分子生物学会年会 2019.12 日本分子生物学会
配列タグを用いたタンパク質配列超高速検索システムの開発
吉沢明康, 内藤雄樹, 早川英介, 五斗進, 石濱泰
第42回日本分子生物学会年会 2019.12 日本分子生物学会
深層学習を用いたペプチド由来質量分析イオンピークの検出法の開発
守屋勇樹, 田畑剛, 岩崎未央, 河野信, 五斗進, 石濱泰, 瀧川一学, 吉沢明康
第42回日本分子生物学会年会 2019.12 日本分子生物学会
プロテオームデータベースjPOSTの挑戦
石濱泰, jPOST project
トーゴーの日シンポジウム2019 2019.10
Peptide end sequence information in HCD spectra for protein identification International conference
Yoshizawa, A.C, Tabata, T, Sugiyama, N, Ishihama, Y
18th Human Proteome Organization World Congress (HUPO2019) 2019.9
Mass++ ver.4: an open-source, simple and extensible MS data viewer International conference
Tanaka, S, Murase, M, Kato, M, Tabata, T, Kusano, M, Kawano, S, Goto, S, Ishihama, Y, Yoshizawa, A
18th Human Proteome Organization World Congress (HUPO2019) 2019.9
Network analysis of proteogenomics data in lung cancer cell lines International conference
Watanabe Y, Ling Y, Uemura H, Yoshizawa, A.C, Ishihama Y, Okuda S
18th Human Proteome Organization World Congress (HUPO2019) 2019.9
UniScore, a universal measure for annotated peptide product ion spectra International conference
Tabata, T, Yoshizawa, A.C, Sugiyama, N, Ishihama, Y
18th Human Proteome Organization World Congress (HUPO2019) 2019.9
プロテオゲノミクスのための解析プラットフォーム開発
上村駿人, 吉沢明康, 杉山直幸, 奥田修二郎, 石濱泰
日本分析化学会 第68年会 2019.9
Development of Annotation Support Tool with SPARQL and Sequence Cluster
YOSHIZAWA Akiyasu C
IIBMP2019 2019.9
階層クラスタリングを用いたLC/MS/MSマススペクトログラムのタンパク質同定
木部航希, 吉沢明康, 田畑剛, 吉井和佳, 石濱泰
PPF2019 第17回次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム 2019.9
Improvement of protein identification accuracy using posterior peptide sequence tags
Yoshizawa A.C, Tabata, T, Iwasaki, M, Sugiyama, N, Käll, L, Ishihama, Y
2019.7 Japanse Proteomics Society
Claque and Decoy -Discriminating real results from false results for computational proteomics- Invited
YOSHIZAWA Akiyasu C
Pre Meeting of 3rd Hackathon for Computational Mass Spectrometry 2019.7 Computational Mass Spectrometry SIG (JSBi)
The sushi proteome project towards unveiling dietary metaproteomes without genomic information International conference
Nishida, H, Yoshizawa, A.C, Tabata, T, Sugiyama, N, Okuda, S, Ishihama, Y
67th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics 2019.6 ASMS (American Society for Mass Spectrometry)
High Accuracy Protein Identification Using Posterior Peptide Sequence Tags International coauthorship
Tabata, T, Yoshizawa, A, Iwasaki, M, Sugiyama, N, Käll, L, Ishihama, Y
The 67th Annual Conference on Mass Spectrometry, Japan 2019.5 The Mass Spectrometry Society of Japan
A Novel Peptide Ion Peak Picking Method Based on Deep Learning
Moriya, y, Tabata, T, Iwasaki, M, Kawano, S, Goto, S, Ishihama, Y. Takigawa, I, Yoshizawa, A
The 67th Annual Conference on Mass Spectrometry, Japan 2019.5 The Mass Spectrometry Society of Japan
Development of a metaproteomics platform for microbe analysis International conference
Sakamoto, Y, Ito, M, Kashiwagi, Y, Nozaki,T, Murakami, S, Yoshizawa, A.C, Sugiyama, N, Ishihama, Y
3rd KBMSS Symposium 2019.2 Kyoto Biomolecular Mass Spectrometry Society
Metaproteomics of Mouse Tissues and Feces (3P-0081)
2018.11
Developement of functional and interactive database for proteomics
2018.11
Metaproteomics of Mouse Tissues and Feces (1PW1-02-3)
2018.11
jPOSTプロジェクトが提供するプロテオミクスデータとその解析ツール Invited
五斗進, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 山ノ内祥訓, 荒木令江, 吉沢 明康, 田畑剛, 岩崎未央, 杉山直幸, 田中聡, 石濱泰
第41回日本分子生物学会年会 2018.11 日本分子生物学会
Analysis of proteome mass spectrometry data Invited
Akiyasu C. Yoshizawa
Clinical Mass Spectrometer Platform The 3rd training course on mass spectrometry 2018.11
守屋勇樹, 田畑剛, 岩崎未央, 河野信, 五斗進, 石濱泰, 瀧川一学, 吉沢明康
第21回情報論的学習理論ワークショップ (IBIS2018) 2018.11 電子情報通信学会 情報論的学習理論と機械学習研究会
Development of jPOST environment
2018.10
Mass Spectrometry meets Genome Information Invited
Akiyasu C. Yoshizawa
Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2018 (IIBMP) 2018.9
Protein Identification by Hierarchical Clustering of LC/MS/MS Mass Spectrogram
Koki Kibe, Akiyasu C. Yoshizawa, Tsuyoshi Tabata. KazuyoshiYoshii, Yasushi Ishihama
IIBMP2018 2018.9
Mass++ ver.4: an open-source, quick and simple data viewer International conference
Satoshi Tanaka, Masaki Murase, Tsuyoshi Takahashi, Masaki Kato, Maiko Kusano, Shin Kawano, Akiyasu C. Yoshizawa, Susumu Goto, Yasushi Ishihama
66th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics (ASMS2018) 2018.6
Utilizing peptide sequence tags for controlling false discovery rates in database search International conference
Akiyasu C. Yoshizawa, Tsuyoshi Tabata, Mio Iwasaki, Naoyuki Sugiyama, Yasushi Ishihama
66th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics (ASMS2018) 2018.6
プロテオミクスは環境化学に貢献できるか？ Invited
吉沢 明康
第27回環境化学討論会 2018.5 日本環境化学会・質量分析インフォマティクス研究会
Application of Non-negative Matrix Factorization in Mass Spectrometry-Based Shotgun Proteomics (4P-40) International conference
Taechawattananant, P, Yoshizawa, AC, Yoshii, K, Ishihama, Y
MSP2018 2018.5
Application of Non-negative Matrix Factorization in Mass Spectrometry-Based Shotgun Proteomics (4C-O2-P-1605) International conference
Pasrawin Taechawattananant, Akiyasu C. Yoshizawa, Kazuyoshi Yoshii, Yasushi Ishihama
MSP2018 2018.5
Metadata Curation for fully utilizing raw MS data in jPOST repository International conference
Kobayashi, D, Araki, N, Okuda, S, Watanabe, Y, Moriya, Y, Kawano, S, Yamamoto, T, Matsumoto, T, Takami, T, Yoshizawa, A.C, Tabata, T, Iwasaki, M, Sugiyama, N, Tanaka, S, Goto, S, Ishihama, Y
MSP2018 2018.5
Accuracy of Peptide Isotope Distribution in Mass Spectra (2P-43) International conference
Kibe, K, Yoshizawa, AC, Tabata, T, Yoshii, K, Ishihama, Y
MSP2018 2018.5
Accuracy of Peptide Isotope Distribution in Mass Spectra (2B-O3-M-1805) International conference
Kibe, K, Yoshizawa, AC, Tabata, T, Yoshii, K, Ishihama, Y
MSP2018 2018.5
Non-negative Matrix Factorization for Mass Spectrometry-Based Protein Identification International conference
Pasrawin Taechawattananant, Akiyasu C. Yoshizawa, Kazuyoshi Yoshii, Yasushi Ishihama
RECOMB2018 2018.4
メタプロテオミクスのためのデータ解析ワークフロー開発
上村駿人, 伊藤麻里子, 吉沢明康, 杉山直幸, 石濱泰
2018.3
Posting more precisive pictures of proteomes Invited International conference
YOSHIZAWA Akiyasu C
International Life Science Integration Workshop 2018.3
L1-Regularized Nonnegative Matrix Factorization for Mass Spectrometry-Based Shotgun Proteomics International conference
Pasrawin, T, Yoshizawa, A.C, Yoshii, K, Ishihama, Y
第2回京都生体質量分析研究会 (KBMSS) シンポジウム 2018.2 京都生体質量分析研究会 (KBMSS)
jPOST:Development of proteome database
守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰
2017.12
jPOST: Integrated database for proteomes
奥田修二郎, 渡辺由, 守屋勇樹, 河野信, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰
2017.12
jPOST: Development of reanalysis protocol toward control of false discovery rate in peptide identification
吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰
2017.12
jPOST: メタデータのキュレーション
小林大樹, 荒木令江, 奥田修二郎, 渡辺由, 守屋勇樹, 河野信, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰
トーゴーの日シンポジウム2017 2017.10 JST バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC)
jPOST: タンパク質発現絶対量sliceの開発
松本雅記, 高見知代, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰
トーゴーの日シンポジウム2017 2017.10 JST バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC)
jPOST データベースの開発
守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰
トーゴーの日シンポジウム2017 2017.10 JST バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC)
jPOST: 再解析プロトコルによる同定結果の質的向上
吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰
トーゴーの日シンポジウム2017 2017.10 JST バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC)
jPOST：プロテオーム統合データベースプロジェクト
奥田修二郎, 渡辺由, 守屋勇樹, 河野信, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰
トーゴーの日シンポジウム2017 2017.10 JST バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC)
Controlling FalseDiscovery Rates on Large-scale Proteome Datasets in jPOST International conference
Ishihama, Y, Yoshizawa, A, Tabata, T, Moriya, Y, Kawano, S, Okuda, S, Watanabe, Y, Yamamoto, T, Matsumoto, M, Takami, T, Kobayashi, D, Araki, N, Sugiyama, N, Tanaka, S, Goto, S
16th Human Proteome Organization World Congress 2017 (HUPO2017) 2017.9
jPOST provides a global public data repository for a wide variety of proteomics experiments International conference
Watanabe, Y, Okuda, S, Moriya, Y, Kawano,S, Yamamoto, T, Matsumoto, M, Takami, T, Kobayashi, D, Araki, N, Yoshizawa, A.C, Tabata, T, Sugiyama, N, Tanaka, S, Goto, S, Ishihama, Y
16th Human Proteome Organization World Congress 2017.9
Development of integrated proteomics database: jPOST International conference
Moriya, Y, Kawano,S, Okuda, S, Watanabe, Y, Yamamoto, T, Matsumoto, M, Takami, T, Kobayashi, D, Araki, N, Yoshizawa, A.C, Tabata, T, Sugiyama, N, Tanaka, S, Goto, S, Ishihama, Y
16th Human Proteome Organization World Congress 2017.9
Reducing false positive identifications for proteome datasets accumulated in jPOST repository International conference
Yoshizawa, A.C, Tabata, T, Moriya, Y, Kawano, S, Okuda, S, Watanabe, Y, Yamamoto, T, Matsumoto, M, Takami, T, Kobayashi, D, Araki, N, Sugiyama, N, Tanaka, S, Goto, S, Ishihama, Y
16th Human Proteome Organization World Congress 2017.9
From Mass to Sequence, From Results to Database Invited
YOSHIZAWA Akiyasu C
JASIS2017 Conferenc 2017.9
プロテオーム統合データベース jPOST：質量分析データ・リポジトリ（2P-16）
奥田修二郎, 渡辺由, 守屋勇樹, 河野信, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰
日本プロテオーム学会2017年大会（JHUPO第15回大会） 2017.7
jPOST: プロテオーム統合データベースの開発（2P-18）
守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰
2017.7
プロテオーム統合データベースjPOST:質量分析データ・リポジトリ (2S-2-2)
奥田修二郎, 渡辺由, 守屋勇樹, 河野信, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰
2017.7
jPOST再解析プロトコル:偽陽性と偽陰性の同時減少を目指す Invited
吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰
2017.7
jPOST:プロテオーム統合データベースの開発 (2S-2-4)
守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石澤泰
2017.7
同定結果はどこまで信頼できるか―データベース検索の落とし穴― Invited
吉沢明康
2017.7
プロテオミクスデータ解析2「Computational ProteomicsからProteome Informaticsへ」／演習 Invited
YOSHIZAWA, Akiyasu C
The 44th Biological Mass Spectrometry Conference 2017.7
Controlling false discovery rate in accumulated public proteome dataset International conference
Yoshizawa, A.C, Tabata, T, Moriya, Y, Kawano, S, Okuda, S, Watanabe, Y, Yamamoto, T, Matsumoto, M, Takami, T, Kobayashi, D, Araki, N, Sugiyama, N, Tanaka, S, Goto, S, Ishihama, Y
65th ASMS(American Society for Mass Spectrometry) Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics 2017.6
データベース検索エンジンを用いたタンパク質同定における特異性向上
吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰
2017.5
Challenges in standardization of database search: development of the jPOST repository and the re-analysis protocol Invited International conference
YOSHIZAWA, AC
1st International Symposium of KBMSS (Kyoto Biomolecular Mass Spectrometry Society) 2017.2
プロテオーム統合データベースjPOST:再解析プロトコルの開発
吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 五斗進, 石濱泰
第39回日本分子生物学会年会 2016.12 日本分子生物学会
プロテオーム統合データベースjPOST:質量分析データ・リポジトリの公開（2P-0039）
奥田修二郎, 渡辺由, 守屋勇樹, 河野信, 山本格, 松本雅記, 高見知世, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 五斗進, 石濱泰
第39回日本分子生物学会年会 2016.12
プロテオーム統合データベースjPOST：質量分析データ・リポジトリの公開（1PS7-4）
奥田修二郎, 渡辺由, 守屋勇樹, 河野信, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 五斗進, 石濱泰
第39回日本分子生物学会年会 2016.11
jPOST:プロテオームデータベースプロジェクト
守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知世, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 五斗進, 石濱泰
第39回日本分子生物学会年会 2016.11
jPOST: 再解析考え中です
吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 五斗進, 石濱泰
トーゴーの日シンポジウム2016 2016.10 JST バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC)
jPOST: リポジトリ始めました
奥田修二郎, 渡辺由, 守屋勇樹, 河野信, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 五斗進, 石濱泰
トーゴーの日シンポジウム2016 2016.10 JST バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC)
jPOST: 今こんな感じです
守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 五斗進, 石濱泰
トーゴーの日シンポジウム2016 2016.10 JST バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC)
実はタンパク質は測定していない ～ プロテオミクスと質量分析法 ～ Invited
吉沢 明康
第5回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2016) 2016.9 日本バイオインフォマティクス学会
jPOST: repository and re-analysis protocol
Moriya, Y, Yoshizawa, AC, Tabata, T, Kawano, S, Watanabe, Y, Okuda, S, Yamamoto, T, Matsumoto, M, Takami, T, Kobayashi, D, Araki, N, Sugiyama, N, Goto, S, Ishihama, Y
IIBMP2016 2016.9
jPOST for Asia and Oceania: Repository Opened (P03-01) International conference
Okuda, S, Watanabe, Y, Moriya, Y, Kawano, S, Yamamoto, T, Matsumoto, M, Takami, T, Kobayashi, D, Araki, N, Yoshizawa, AC, Tabata, T, Sugiyama, N, Goto, S, Ishihama, Y
The 8th Asia Oceania Human Proteome Organization (AOHUPO) Congress 2016.9 AOHUPO
A Novel Data Integration Tool iPEACH Identified the Specific Molecular Networks of Cancer Stem Cells International conference
Yamasaki, Y, Nambu,A, Silsirivanit, A, Kobayashi, D, Yoshizawa, A, Kawano, S, Araki, N
The 8th Asia Oceania Human Proteome Organization (AOHUPO) Congress 2016.9
jPOST for Asia and Oceania: Re-analysis Protocol International conference
Yoshizawa, A.C, Tabata, T, Moriya, Y, Kawano, S, Okuda, S, Watanabe, Y, Yamamoto, T, Matsumoto, M, Takami, T, Kobayashi, D, Araki, N, Sugiyama, N, Goto, S, Ishihama, Y
The 8th Asia Oceania Human Proteome Organization (AOHUPO) Congress 2016.9
jPOST for Asia and Oceania: Repository Opened (S03-01) International conference
Okuda, S, Watanabe, Y, Moriya, Y, Kawano, S, Yamamoto, T, Matsumoto, M, Takami, T, Kobayashi, D, Araki, N, Yoshizawa, A.C, Tabata, T, Sugiyama, N, Goto, S, Ishihama, Y
The 8th Asia Oceania Human Proteome Organization (AOHUPO) Congress 2016.9
jPOST for Asia and Oceania: Current status in 2016 International conference
Moriya, Y, Kawano, S, Watanabe, Y, Okuda, S, Yamamoto, T, Matsumoto, M, Takami, T, Kobayashi, D, Araki, N, Yoshizawa, A.C, Goto, S, Tabata, T, Sugiyama, N, Ishihama, Y
The 8th Asia Oceania Human Proteome Organization (AOHUPO) Congress 2016.9
jPOST: Re-analysis Protocol International conference
Yoshizawa, A.C, Tabata, T, Moriya, Y, Kawano, S, Okuda, S, Watanabe, Y, Yamamoto, T, Matsumoto, M, Takami, T, Kobayashi, D, Araki, N, Sugiyama, N, Goto, S, Ishihama, Y
15th Human Proteome Organization World Congress (HUPO2016) 2016.9
Analysis of the specific molecular networks of cancer stem cells using a novel data integration tool iPEACH International conference
Yamasaki, Y, Nambu,A, Silsirivanit, A, Kobayashi, D, Yoshizawa, A, Kawano, S, Araki, N
15th Human Proteome Organization World Congress (HUPO2016) 2016.9
jPOST: repository opened International conference
Okuda, S, Watanabe, Y, Moriya, Y, Kawano, S, Yamamoto, T, Matsumoto, M, Takami, T, Kobayashi, D, Araki, N, Yoshizawa, A, Tabata, T, Sugiyama, N, Goto, S, Ishihama, Y
15th Human Proteome Organization World Congress (HUPO2016) 2016.9
jPOST: Current status in 2016 International conference
Moriya, Y, Kawano, S, Watanabe, Y, Okuda, S, Yamamoto, T, Matsumoto, M, Takami, T, Kobayashi, D, Araki, N, Yoshizawa, A.C, Goto, S, Tabata, T, Sugiyama, N, Ishihama, Y
15th Human Proteome Organization World Congress (HUPO2016) 2016.9
プロテオーム統合データベースjPOSTの開発 Invited
五斗進, 奥田修二郎, 渡邉由, 守屋勇樹, 河野信, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 石濱泰
日本プロテオーム学会大会 2016.7
プロテオーム統合データベースjPOST:再解析プロトコルの開発
吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡邉由, 山本格, 松本雅記, 高見知世, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 五斗進, 石濱泰
日本プロテオーム学会大会 2016.7
ポストだけれど葉書じゃない、タンパクだけど淡泊じゃない Invited
吉沢 明康
第2回バイオインフォマティクスアゴラ 2016.7
オープンソース版Mass++:ピーク検出機能の拡充
田中聡, 太田悠葵, 村瀬雅樹, 津元裕樹, 草野麻衣子, 吉沢明康, 三浦ゆり, 川崎ナナ, 五斗進
2016.5
質量スペクトルはデータベース検索“グレーゾーン”を明瞭化するか
吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 山本格, 松本雅記, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 五斗進, 石濱泰
質量分析総合討論会 2016.5
jPOST:プロテオーム解析ワークフローの標準化
守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 山本格, 松本雅記, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 五斗進, 田畑剛, 杉山直幸, 石濱泰
2015.12
オープンソース版Mass++によるオミックス解析
2015.12
jPOST: Development of a high-quality proteome database
Moriya, Y, Kawano, S, Okuda, S, Yamamoto, T, Matsumoto, M, Kobayashi, D, Araki, N, Yoshizawa, AC, Goto, S, Tabata, T, Sugiyama, N, Ishihama, Y
第4回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2015) 2015.10 日本バイオインフォマティクス学会
Open-sourced Mass++ for Mass Spectrometric Data Analysis
Murase, M, Tanaka, S, Yoshizawa, AC, Goto, S
2015.10
Search space reduction by utilizing known modification information for proteomic database search
Yoshizawa, AC, Tabata, T, Moriya, Y, Kawano, S, Goto, S, Ishihama, Y
第4回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2015) 2015.10 日本バイオインフォマティクス学会
タンパク質同定とデータベース
吉沢 明康
jPOST Workshop: Computational Proteomics 2015.10
jPOST (Japan Proteome Standard Repository/Database)：プロテオーム・データの標準化と統合
守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 山本格, 松本雅記, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 五斗進, 田畑剛, 杉山直幸, 石濱泰
トーゴーの日シンポジウム2015 2015.10 JST バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC)
jPOST: Development of Japan ProteOme STandard repository/database International conference
Kawano, S, Moriya, Y, Okuda, S, Yamamoto, T, Matsumoto, M, Kobayashi, D, Araki, N, Yoshizawa, A.C, Tabata, T, Sugiyama, N, Goto, S, Ishihama, Y
14th Human Proteome Organization World Congress (HUPO2015) 2015.9
融合プロテオミクスの統合ソフトウェア iPEACH によるグリオーマ幹細胞の維持と分化に関わるネットワーク解析
山崎義宗, 河野信, 吉沢明康, 南部晶子, 水口惣平, 小林大樹, 長山慈, 永井美奈子, Silsirivanit Atit, 佛淵尚人, 荒木令江
日本プロテオーム学会2015年会（JHUPO第13回大会） 2015.7 日本プロテオーム学会
日本発の高品質プロテオームデータベース：jPOST
守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 山本格, 松本雅記, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 五斗進, 田畑剛, 杉山直幸, 石濱泰
日本プロテオーム学会2015年会（JHUPO第13回大会） 2015.7 日本プロテオーム学会
オープンソース版Mass++とプロテオーム解析
田中 聡, 村瀬雅樹, 吉沢明康, 五斗 進
日本プロテオーム学会2015年会（JHUPO第13回大会） 2015.7 日本プロテオーム学会
どのデータベースを使うか ～データベース検索と配列解析・誤解と難題～ Invited
吉沢 明康
日本プロテオーム学会2015年会 2015.7 日本プロテオーム学会
データベースを使ったタンパク質同定 Invited
吉沢 明康
JHUPO2015プロテオミクストレーニングコース 2015.7
オープンソース版Mass++
田中聡, 田中聡, 吉沢明康, 吉沢明康, 五斗進
質量分析総合討論会講演要旨集 2015.6
質量分析ソフトウェアMass++を用いたN型糖鎖負イオンMS/MSスペクトルの解析
森本健太郎, 西風隆司, 吉沢明康, 梶原茂樹, 青島健, 小田吉哉, 田中耕一
質量分析総合討論会講演要旨集 2014.5
Mass++:同定機能と翻訳後修飾文献DBとの連携
田中聡, 吉沢明康, 田畑剛, 草野麻衣子, 青島健, 宇都宮眞一, 梶原茂樹, 小田吉哉, 田中耕一
質量分析総合討論会講演要旨集 2014.5
Cross-organism comparison of protein terminal sequences and development of terminal sequence database
Yoshizawa, AC, Fukuyama, Y, Kajihara,S, Kuyama, H, Tanaka, K
日本分子生物学会年会 2013.12
計算プロテオミクス：データベースを利用したタンパク質翻訳後修飾の同定 Invited
吉沢明康, 田畑剛, 木村剛之, 青島健, 福山裕子, 梶原茂樹, 九山浩樹, 小田吉哉, 田中耕一
第694回新潟医学会シンポジウム「生命システムの理解に向けたバイオインフォーマティクス」 2013.11 新潟医学会
Mass++, MassBank を用いた脂質同定システムの構築
田中聡, 吉沢明康, 草野麻衣子, 藤田雄一郎, 福田充, 宇都宮眞一, 梶原茂樹, 田畑剛, 高橋健太郎, 青島健, 小田吉哉, 二瓶義人, 西岡孝明, 田中耕一
日本医用マススペクトル学会第38回年会 2013.9
融合プロテオミクスによる神経線維腫症1型(NF1)病態モデル細胞内活性化シグナルDynein IC2‐GR‐COX‐1の同定
小林大樹, 平山未央, 水口惣平, 森川崇, 長山慈, 緑川宇一, WILSON‐MORIFUJI Masayo, 南部(新堀)晶子, 吉沢明康, 河野信, 荒木令江
日本生化学会大会(Web) 2013.9
Mass++:質量分析データの一括解析
田中聡, 藤田雄一郎, 吉沢明康, 福田充, 宇都宮眞一, 梶原茂樹, 青島健, 小田吉哉, 田中耕一
質量分析総合討論会講演要旨集 2013.9
ユーザーによる処理の追加可能なproteome解析プラットフォームJobRequestと,それを利用したタンパク質同定ツールProteoAnalysis
田畑剛, 吉沢明康, 山本昇, 青島健, 小田吉哉, 梶原茂樹, 田中耕一
質量分析総合討論会講演要旨集 2013.9
ヒトタンパク質末端配列データベースの構築と末端配列の一意性の推定
吉沢明康, 福山裕子, 梶原茂樹, 九山浩樹, 田中耕一
質量分析総合討論会講演要旨集 2013.9
質量分析用データ解析ソフトウェアMass++とマススペクトルデータベースMassBank連携プラグインの開発
青島健, 福田充, 井川幹之, 高橋健太郎, 木村剛之, 梶原茂樹, 宇都宮眞一, 田中聡, 吉沢明康, 田中耕一, 池田奨, 二瓶義人, 西岡孝明, 小田吉哉
質量分析総合討論会講演要旨集 2013.9
液体マトリックス3AQ/CHCAを用いたがんマーカータンパク質BFPの構造解析
寶迫睦美, 九山浩樹, 中島ちひろ, 福山裕子, 吉沢明康, 川畑慎一郎, 田中耕一
質量分析総合討論会講演要旨集 2013.9
Development of ProteomeTools - a web application suite for proteomics experiment International conference
Tabata, T, Yoshizawa, A.C, Ohta, Y, Kusano, M, Yamamoto, N, Aoshima, K, Kajihara, S, Oda, Y, Tanak,a K
Human Proteome Organization 12th Annual World Congress (HUPO2013) 2013.9
Cross-organism comparison of the uniqueness in protein terminal region sequences International conference
Yoshizawa, A.C, Fukuyama, Y, Kajihara, S, Kuyama, H, Tanaka, K
Human Proteome Organization 12th Annual World Congress (HUPO2013) 2013.9
A simple and fast label-free quantitation algorithm for LC-MS International conference
Aoshima, K, Ikawa, M, Kimura, T, Fukuda, M, Takahashi, K, Tanaka, S, Fujita, Y, Yoshizawa, A.C, Utsunomiya, S, Kajihara, S, Tanaka, K, Oda, Y
Human Proteome Organization 12th Annual World Congress (HUPO2013) 2013.9
iPEACH: Integrated Protein/Gene Expression Analysis Chart International conference
Kawano, S, Yoshizawa, A.C, Mizuguchi, S, Araki, N
Human Proteome Organization 12th Annual World Congress (HUPO2013) 2013.9
Integrated Proteomics Identified Novel Activation of Dynein IC2-GR-COX-1 Signaling by Suppression of NF1 Tumor Suppressor Gene Product, Neurofibromin, in Neuronal Cells International conference
Kobayashi, D, Hirayama, M, Mizuguchi, S, Morikawa, T, Nagayama, M, Midorikawa, U, Wilson-Morifuji, M, Nambu-Niibori, A, Yoshizawa, A.C, Kawano, S, Araki, N
Human Proteome Organization 12th Annual World Congress (HUPO2013) 2013.9
Identification and label-free quantitation of mass spectrometric data via freely available plug-in software, Mass++ International conference
Tanaka, S, Fujita, Y, Yoshizawa, A.C, Utsunomiya, S, Kajihara, S, Fukuda, M, Ikawa, M, Takahashi, K, Tabata, T, Aoshima, K, Oda, Y, Tanaka, K
Human Proteome Organization 12th Annual World Congress (HUPO2013) 2013.9
MSPTM-DB: a Known Post-Translational Modification Database and Its Implementation Web Site "ProteoAnalysis"
吉沢明康, 田畑剛, 木村剛之, 青島健, 小田吉哉, 梶原茂樹, 田中耕一
日本分子生物学会年会 2012.12
KEGG OC: automatically constructed comprehensive ortholog cluster based on taxonomic relation
Moriya, Y, Nakaya, A, Katayama, T, Itoh, M, Hiranuka, K, Kawashima, S, Okuda, S, Tanaka, M, Tokimatsu, T, Yamanishi, Y, Yoshizawa, AC, Kanehisa, M, Goto, S
日本分子生物学会年会 2012.12
JobRequest - an easy-to-use software platform for proteomic analysis - and ProteoAnalysis, its application for protein identification International conference
Tabata, T, Yoshizawa, A.C, Kimura, T, Nakamura, T, Aoshima, K, Oda, Y, Kajihara, S, Tanaka, K
19th International Mass Spectrometry Conference (IMSC2012) 2012.9
MSPTM-DB: a known PTM database for high-speed and accurate search available on the "ProteoAnalysis" web site International conference
Yoshizawa, A.C, Tabata T, Kimura T, Aoshima K, Oda Y, Kajihara S, Tanaka K
19th International Mass Spectrometry Conference (IMSC2012) 2012.9
計算プロテオミクス手法を用いたタンパク質翻訳後修飾の同定 Invited
吉沢 明康
熊本大学拠点形成研究Bセミナー「プロテオミクスを基盤とした病態システムズバイオロジー教育研究拠点の構築」 2012.6
質量分析データベース検索への翻訳後修飾情報の利用
吉沢明康, 田畑剛, 木村剛之, 青島健, 小田吉哉, 梶原茂樹, 田中耕一
日本分子生物学会年会 2011.12
Application of post-translational modification information in database search
2011.9
Crystal structure of T-H protein complex of the glycine cleavage system International conference
Okamura-Ikeda, K, Hosaka, H, Maita, N, Fujiwara, K, Yoshizawa, A.C, Nakagawa, A, Taniguchi, H
XXII Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography 2011.8
Genome Context of Cellulose Biosynthesis Related Gene Families
BMB2010 2010.12
仮想ゲルを用いたLC/MSデータの表示とタンパク質修飾の探索プログラム
吉沢明康, 山田力志, 谷口寿章
BMB2010 2010.12
構造解析から明らかになったグリシン開裂酵素系T蛋白質によるアミノメチル転移の新たな反応機構
池田和子, 保坂晴美, 真板宣夫, 藤原和子, 吉沢明康, 中川敦史, 谷口寿章
BMB2010 2010.12
プロテオミクス解析データのデータベース化 Invited
吉沢 明康
疾患酵素学研究センターセミナー 2010.11
CIPRO 2.5: Ciona intestinalis Protein Database, a unique integrated repository of large-scale omics data, bioinformatic analyses, and curated annotation, with ability for user rating and comments International conference
Endo, T, Ueno, K, Yonezawa, K, Mineta, K, Hotta, K, Satou, Y, Yamada, L, Ogasawara, M, Takahashi, H, Nakajima, A, Nakachi, M, Nomura, M, Yaguchi, J, Konno, A, Sasakura, Y, Yoshizawa, A.C, Taniguchi, H, Yamasaki, C, Sera, M, Imanishi, T, Inaba, K
Beyond the Genome 2010 2010.10
CIPRO 2.5: Ciona intestinalis Protein integrated database with large-scale omics data, bioinformatic analyses and curated annotation, with ability for user rating and comments International conference
Endo, T, Ueno, K, Yonezawa, K, Mineta, K, Hotta, K, Satou, Y, Yamada, L, Ogasawara, M, Takahashi, H, Nakajima, A, Nakachi, M, Nomura, M, Yaguchi, J, Konno, A, Sasakura, Y, Yoshizawa, A.C, Taniguchi, H, Yamasaki, C, Sera, M, Imanishi, T, Inaba, K
Biocuration 2010 2010.10
CIONA INTESTINALIS PROTEIN DATABASE CIPRO SHOWS A VARIETY OF PROTEOMES FOR A SINGLE SPECIES
遠藤俊徳, 上野恵介, 米澤弘毅, 峯田克彦, 堀田耕司, 佐藤ゆたか, 山田力志, 小笠原道生, 高橋弘樹, 中島綾子, 中地美都, 野村守, 谷口順子, 紺野在, 笹倉靖徳, 吉沢明康, 谷口寿章, 今西規, 稲葉一男
Computational Biology Research Center Workshop 2010 (CBRC2010) 2010.7
セルロース合成関連遺伝子群のゲノムコンテキスト解析
河野信, 橋本浩介, 吉沢明康
セルロース学会年次大会講演要旨集 2010.7
Western Blot-like Presentation of Gel-enhanced LC/MS Data and Software-based Detection of Protein Modifications International conference
Yoshizawa, A.C, Yamada, L, Taniguchi, H
RECOMB(Research in Computational Molecular Biology) Satellite Conference on Computational Proteomics 2010 2010.3
Global protein profiling of ascidian C. intestinalis: toward the comprehensive understanding at the protein level International conference
Yamada, L, Yoshizawa, A.C, Taniguchi, H
5th International Tunicate Meeting 2009.6
Ascidian Adult Body Map: A proteomic view of adult ascidian tissues International conference
Yoshizawa, A.C, Yamada, L, Nakachi, M, Inaba, K, Ogasawara, M, Taniguchi, H
5th International Tunicate Meeting 2009.6
Ascidian Adult Body Map：質量分析によるホヤ・プロテオーム・データベースの構築
吉沢明康, 山田力志, 中地美都, 稲葉一男, 小笠原道生, 谷口寿章
日本分子生物学会第9回春季シンポジウム 2009.5
KEGG OC: 全生物種ゲノムにおけるオーソログ遺伝子のバリエーションと高速検索技術（4P-0985）
片山俊明, 伊藤真純, 奥田修二郎, 川島秀一, 田中道廣, 時松敏明, 中谷明弘, 平糠和志, 守屋勇樹, 山西芳裕, 吉沢明康, 金久 實
第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会(BMB2008) 2008.12
マウス肝臓蛋白質発現の年齢依存変化のGene Ontology解析
吉沢明康, BOLOTOVA Tatiana, 倉地幸徳, 倉地須美子
BMB2008 2008.12
KEGG OC:全生物種ゲノムにおけるオーソログ遺伝子のバリエーションと高速検索技術（4T9-4）
片山俊明, 伊藤真純, 奥田修二郎, 川島秀一, 田中道廣, 時松敏明, 中谷明弘, 平糠和志, 守屋勇樹, 山西芳裕, 吉沢明康, 金久實
BMB2008 2008.12
KEGG OC:網羅的なオーソログクラスターの自動生成
中谷明弘, 伊藤真純, 奥田修二郎, 川島秀一, 田中道廣, 時松敏明, 片山俊明, 平糠和志, 守屋勇樹, 山西芳裕, 吉沢明康, 金久實
BMB2008 2008.12
KEGG OC:オーソログクラスターのマニュアルアノテーション
川島秀一, 伊藤真純, 奥田修二郎, 片山俊明, 田中道廣, 時松敏明, 中谷明弘, 平糠和志, 守屋勇樹, 山西芳裕, 吉沢明康, 金久實
BMB2008 2008.12
網羅的データの解析による生物学的知識の抽出
吉沢 明康
疾患酵素学研究センターセミナー 2008.9
ゲノム決定済み生物種からの多糖類生合成酵素の網羅的抽出
河野 信, 吉沢明康, 橋本浩介, 高木利久
セルロース学会第15回年次大会 2008.7
Global analyses of age-related expression profiles of mouse liver proteins and database construction International conference
Kurachi, S, Bolotova, T, Suenaga, E, Yoshizawa, AC, Kurachi, K
The Joint 4th AOHUPO (Asian Oceania Human Proteome Organisation) and PRICPS (Pacific Rim International Conference on Protein Science) 2008.6
マウス肝臓における遺伝子発現の年齢依存変化
吉沢明康, 末永恵美, 倉地須美子, 倉地幸徳
日本分子生物学会第8回春季シンポジウム 2008.5
Pseudo-clique extraction method towards comprehensive clusters of orthologous genes in KEGG
中谷明弘, 片山俊明, 川島秀一, 伊藤真純, 山西芳裕, 奥田修二郎, 守屋勇樹, 吉沢明康, 金久 實
2007年日本バイオインフォマティクス学会年会 2007.12
DesaturaseとElongaseの網羅的探索及びその組合せによる脂肪酸予測
橋本浩介, 吉沢明康, 奥田修二郎, 隈啓一, 五斗進, 金久實
BMB2007 2007.12
遺伝子エレメントASE結合核蛋白質の同定:年齢軸恒常性分子機構の確立に向けて
倉地須美子, 笠間絵美, 田中拓, 吉沢明康, 倉地幸徳
日本血栓止血学会誌 2007.10
Analysis of Tissue Specific Expression Patterns of Isozymes International conference
Takarabe, M, Tsuchida, A, Fujita, M, Okuda, S, Yoshizawa, A.C, Yamada, T, Itoh, M, Goto, S, Kanehisa, M
The 17th International Conference on Genome Informatics (GIW) 2006.12
不飽和脂肪酸伸長酵素「Fatty Acid Elongase」の網羅的探索
橋本浩介, 吉沢明康, 金久 實
日本分子生物学会2006フォーラム 2006.12
Coiled-coil structures in E.coli interactome International conference
Luban, S, Yoshizawa, A, Kihara, D
Third Annual Indiana Bioinformatics Conference 2006.5
細胞内輸送関与蛋白質のパラログ数変化に基づく真核細胞内輸送経路の多様化の考察
日本分子生物学会年会 2005.12
選択的スプライシングとタンパク質の機能の多様化の関連解析
日本分子生物学会年会講演要旨集 2005.12
Automatic generation of KEGG OC (Ortholog Cluster) and its assignment to draft genomes International conference
Moriya, Y, Katayama, T, Nakaya, A, Itoh, M, Yoshizawa, A.C, Okuda, S, Kanehisa, M
The 15th International Conference on Genome Informatics (GIW) 2004.12
Analysis of the bacterial sequences recognized by RNA-binding proteins and compounds International conference
Muto, A, Yoshizawa, A.C, Okuda, S, Itoh, M, Hattori, M, Kanehisa, M
The 15th International Conference on Genome Informatics (GIW) 2004.12
Functional Categorization of Multiple Genomes using KEGG OC in the Genome Indices International conference
Okuda, S, Yoshizawa, A.C, Moriya, Y, Itoh, M, Katayama, T, Goto, S, Kanehisa, M
The 15th International Conference on Genome Informatics (GIW) 2004.12
Functional Classification of Coiled-Coil Proteins in Multiple Genomes International conference
Yoshizawa, A.C, Okuda, S, Moriya, Y, Itoh, M, Katayama, T, Kawano, S, Okamoto, S, Kawashima, S, Kanehisa, M
The 15th International Conference on Genome Informatics (GIW) 2004.12
Genome Wide Profiling of Glycosyltransferases and Predicted Glycan Structures from Complete and Draft Eukaryote Genomes
河野 信, 吉沢明康, 五十嵐芳暢, 檜作好之, 金久 實
第27回日本分子生物学会年会 2004.12
ゲノムを特徴づける種々の指標のデータベース化とそれらによる生物種進化の考察
2004.12
SNARE分子のパラログ数変化に基づく真核細胞内輸送経路の多様化の考察
2004.12
Integration of Biological Features of Multiple Genomes - The Construction of "Genome Indices" database - International conference
Okuda, S, Yoshizawa, A.C, Moriya, Y, Itoh, M, Goto, S, Kanehisa, M
The Fourth International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB) 2004.5
Prediction and Comparison of Coiled-Coil Proteins in Multiple Genomes International conference
Yoshizawa, A.C, Okuda, S, Itoh, M, Katayama, S, Kawashima, S, Kanehisa, M
The Fourth International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB) 2004.5
SNARE分子の分類とデータベース構築
2003.12
Comprehensive Survey of Intracellular Transport System-Related Proteins in Complete Genomes and Draft Genomes International conference
Yoshizawa, A.C, Itoh, M, Okuda, S, Limviphuvadh, V, Sakiyama, T, Kawashima, S, Kanehisa, M
The 14th International Conference on Genome Informatics (GIW) 2003.12
Extraction of Organism Groups from Whole Genome Comparisons International conference
Yamanishi, Y, Yoshizawa, A.C, Itoh, M, Katayama, T, Kanehisa, M
The 14th International Conference on Genome Informatics (GIW) 2003.12
Metabolic pathway reconstruction for malaria parasite Plasmodium falciparum International conference
Limviphuvadh, V, Okuno, Y, Katayama, T, Goto, S, Yoshizawa, A.C, Kanehisa, M
The 14th International Conference on Genome Informatics (GIW) 2003.12
The Construction of a Database for Ubiquitin Signaling Cascade International conference
Sakiyama, T, Kawashima, S, Yoshizawa, AC, Kanehisa, M
The 14th International Conference on Genome Informatics (GIW) 2003.12
Analysis of Domain Combinations in Eukaryotic Genomes International conference
Itoh, M, Yoshizawa, A.C, Okuda, S, Goto, S, Kanehisa, M
The 14th International Conference on Genome Informatics (GIW) 2003.12
配列解析に基づくSNARE分子の分類と配列モチーフ抽出
吉沢 明康
京都大学大学院生命科学研究科 生命科学セミナー21 2003.6
SNARE分子の結合特異性を反映する配列モチーフ
吉沢明康, 川島秀一, 金久 實
第25回日本分子生物学会年会 2002.12
Indirect relations in yeast protein interactome International conference
Nakaya, A, Yoshizawa, A.C, Goto, S, Kanehisa, M
The 13th International Conference on Genome Informatics (GIW) 2002.12
Comparative analysis of Rab GTPases and SNAREs in eukaryotic genomes International conference
Yoshizawa, A.C, Kawashima, S, Kanehisa, M
The 13th International Conference on Genome Informatics (GIW) 2002.12
Two-hybrid法・Microarray法のデータ同時比較による細胞内小胞輸送関連遺伝子の抽出
吉沢明康, 中谷明弘, 五斗 進, 金久 實
京都大学化学研究所第101回研究発表会 2001.12
Extraction of related genes in the vesicular transport by simultaneous comparison of two-hybrid and microarray data International conference
Yoshizawa, A.C, Nakaya, A, Goto, S, Kanehisa, M
The Twelfth International Conference on Genome Informatics (GIW) 2001.12
The construction of a database on the intracellular vesicular transport International conference
Yoshizawa, A.C, Kawashima, S, Kanehisa, M
The Eleventh Workshop on Genome Informatics (GIW) 2000.12
pathway databaseの現状
吉沢 明康
第21回蛋白質核酸構造理論勉強会 1999.6
High Resolution Cryo-Electron Microscopy Gives Clues to Transient and Metastable Structures of Subcellular Organization International conference
Kume, N.P, Yuba, A.D, Yoshizawa, A.C, Sato, S.B, Miyazu, M, Yamazaki, M
The 13th International Congress for Electron Microscopy 1994.7
極低温高分解能電子顕微鏡による生体膜融合過程の観察
吉沢明康, 山岸秀夫
日本電子顕微鏡学会超低温技術研究部会 1991.12
極低温電子顕微鏡によって観察した膜融合現象の諸相
吉沢明康, 弓場亜紀子, 山岸秀夫, 高橋信之, 久米直明
日本生物物理学会第29回年会 1991
極低温電子顕微鏡を用いたインフルエンザウイルス膜融合過程の観察
吉沢 明康, 弓場 亜紀子, 佐藤 智, 山岸 秀夫, 大西 俊一, 久米 直明
日本生物物理学会年会講演予稿集 1990.9
High Resolution Cryo-Electron Microscopy Sheds a New Light upon Biomembrane Architecture International conference
Kume, N.P, Yuba, A.D, Yoshizawa, A.C, Sato,S.B, Fujiyoshi, Y
The 12th International Congress for Electron Microscopy 1990.8
極低温高分解能電子顕微鏡による生体膜融合過程追跡の試み
弓場亜紀子, 吉沢明康, 佐藤 智, 久米直明
日本電子顕微鏡学会第46回学術講演会 1990.5
膜小胞の曲率が膜融合活性に及ぼす影響
吉沢明康, 村田昌之, 大西俊一
日本生物物理学会第26回年会 1988
時間分解顕微蛍光光度計の開発と細胞膜の動的構造研究への応用
楠見明弘, 辻 明彦, 村田昌之, 佐甲靖志, 吉沢明康, 早川 毅, 大西俊一
日本生物物理学会第25回年会 1987
楠見 明弘, 辻 明彦, 村田 昌之, 佐甲 靖志, 吉沢 明康, 早川 毅
日本組織細胞化学会総会プログラムおよび抄録集 1987
村瀬 雅樹, 吉沢 明康, 田中 耕一
吉沢 明康, 吉森 孝行, 梶原 茂樹, 太田 悠葵, 村瀬 雅樹
吉沢 明康, 田畑 剛
PROTEIN IDENTIFICATION METHOD AND SYSTEM
YOSHIZAWA Akiyasu, KUYAMA Hiroki
谷口 謙一, 吉沢 明康
吉沢 明康, 田畑 剛, 太田 悠葵
吉沢 明康, 九山 浩樹
吉沢 明康, 吉森 孝行, 太田 悠葵
SEQUENCE ANALYZING APPARATUS
KAJIHARA Shigeki, YOSHIMORI Takayuki, YOSHIZAWA Akiyasu, Kaneko Naoki
吉沢 明康, 吉森 孝行
梶原 茂樹, 吉森 孝行, 吉沢 明康, 金子 直樹
吉沢 明康, 田畑 剛, 梶原 茂樹
METHOD AND SYSTEM FOR ANALYZING PROTEIN OR PEPTIDE
YOSHIZAWA Akiyasu, YOSHIMORI Takayuki, OHTA Yuki
Matsuda, F, Hirayama, A, Hayasaka, R, Takahashi, M, Yoshizawa, AC, Nishida, K, Torigoe, T, Kiuchi, T, Matsuzawa, Y, Tsugawa, H, Okuda, S, Izumi, Y
Tanaka, S, Murase, M, Kato, M, Yamamoto, H, Matsubara, M, Tabata, T, Kusano, M, Kawano, S, Okuda, S, Yoshizawa, AC
jPOST (repoitory (jPOSTrepo), database (jPOSTdb), reanalysis)
Okuda, S, Yoshizawa,AC, Kobayashi,D, Takahashi,Y, Watanabe,Y, Moriya,Y, Hatano,A, Takami,T, Matsumoto,M, Araki,N, Tabata,T, Iwasaki,M, Sugiyama,N, Kodera,Y, Tanaka,S, Goto,S, Kawano,S, Ishihama,Y
ProteinCarta
Yoshizawa, AC, Fukuyama, Y, Kajihara, S, Kuyama, H, Tanaka, K
Mass++ ver.2.7.4/2.7.5
Tanaka, S, Fujita,Y, Parry, H.E, Yoshizawa, AC, Morimoto, K, Murase, M, Yamada, Y, Yao, J, Utsunomiya, S, Kajihara, S, Fukuda, M, Ikawa, M, Tabata, T, Takahashi, K, Aoshima, K, Nihei, Y, Nishioka, T, Oda, Y, Tanaka, K
Nakaya, A, Katayama, T, Itoh, M, Hiranuka, K, Kawashima, S, Moriya, Y, Okuda, S, Tanaka, M, Tokimatsu, T, Yamanishi, Y, Yoshizawa, AC, Kanehisa, M, Goto, S
CIPRO (Ciona intestinalis Protein Database)
Endo, T, Ueno, K, Yonezawa, K, Mineta, K, Hotta, K, Satou, Y, Yamada, L, Ogasawara, M, Takahashi, H, Nakajima, A, Nakachi, M, Nomura, M, Yaguchi, J, Sasakura, Y, Yamasaki, C, Sera, M, Yoshizawa, AC, Imanishi, T, Taniguchi, H, Inaba, K
The SNARE Map
Construction of an enrichment analysis platform to facilitate the interpretation of omics data based on mass spectrometry
Grant number：023RP2024
2024.6 - 2025.3
System name：ROIS-DS-JOINT The Joint Research Program
Awarding organization：ROIS DS
Fukushima,A, Moriya,Y, Miuta, N, Yoshizawa,AC
Grant type：Competitive
Development of an automated and quick genome annotation tool for omics analysis, and phylogenetic information display tool
Grant number：015RP2024
2024.6 - 2025.3
System name：ROIS-DS-JOINT The Joint Research Program
Awarding organization：ROIS DS
Yoshizawa, A.C, Moriya, Y, Araki, N, Shirahama, Y
Authorship：Principal investigator Grant type：Competitive
Construction of Advanced Information Science Basis for Precise Metaproteome Analysis
Grant number：24H00740
2024.4 - 2027.3
System name：Grant-in-Aid for Scientific Research
Research category：Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
Awarding organization：JSPS
Okuda, S, Ishihama, Y, Yoshizawa, A.C, Ling, Y, Miura, N
Authorship：Coinvestigator(s) Grant type：Competitive
Grant amount：\48230000 （ Direct Cost: \37100000 、 Indirect Cost：\11130000 ）
Development of an automated and quick genome annotation tool for omics analysis
Grant number：050RP2023
2023.6 - 2024.3
System name：The Joint Research Program, ROIS-DS-JOINT
Awarding organization：ROIS DS
Yoshizawa, AC, Moriya, Y
Authorship：Principal investigator Grant type：Competitive
Development of a web tool for sequence information acquisition and the novel amino acid sequence identification resource against whole genome sequence data using high-speed character string search
Grant number：029RP2022
2022.6 - 2023.3
System name：The Joint Research Program, ROIS-DS-JOINT
Awarding organization：ROIS DS
Yoshizawa, AC, Naito, Y, Goto, S
Authorship：Principal investigator Grant type：Competitive
Development of the novel amino acid sequence identification resource against whole genome sequence data by high-speed character string search
Grant number：018RP2021
2021.7 - 2022.3
System name：The Joint Research Program, ROIS-DS-JOINT
Awarding organization：ROIS DS
Yoshizawa, AC, Naito,Y, Goto, S
Authorship：Principal investigator Grant type：Competitive
Development of the novel amino acid sequence identification resource against whole genome sequence data by high-speed character string search
Grant number：019RP2020
2020.7 - 2021.3
System name：The Joint Research Program, ROIS-DS-JOINT
Awarding organization：ROIS DS
Yoshizawa, AC, Naito, Y, Goto, S
Authorship：Principal investigator Grant type：Competitive
Development of novel methodology for amino acid de novo sequencing by mass spectrometry
Grant number：20H03245
2020.4 - 2023.3
System name：Grant-in-Aid for Scientific Research
Research category：Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
Awarding organization：JSPS
Kawano, S, Iwasaki, M, Kobayashi, D, Yoshizawa, AC
Authorship：Coinvestigator(s) Grant type：Competitive
Grant amount：\17680000 （ Direct Cost: \13600000 、 Indirect Cost：\4080000 ）
Development and application of the novel protein sequence identification resource by high-speed character string search and RDF
Grant number：017RP2019
2019.7 - 2020.3
System name：The Joint Research Program, ROIS-DS-JOINT
Awarding organization：ROIS DS
Yoshizawa, AC, Naito,Y, Moriya, Y, Kawano, S, Tabata, T, Ishihama, Y, Goto, S
Authorship：Principal investigator Grant type：Competitive
Computational Mass Spectrometry Hackathon Pre-meeting
Grant number：005RM2019
2019.7 - 2020.3
System name：The Joint Research Meeting Program, ROIS-DS-JOINT
Awarding organization：ROIS DS
Authorship：Principal investigator Grant type：Competitive
Development and application of the novel protein/nucleic acid sequence identification resource by high-speed character string search and RDF
Grant number：005RP2018
2018.6 - 2019.3
System name：The Joint Research Program, ROIS-DS-JOINT
Awarding organization：ROIS DS
Yoshizawa, AC, Naito, Y, Kato, M, Moriya, Y, Tabata, T, Uchiyama, I, Kawano, S, Ishihama, Y, Goto, S
Authorship：Principal investigator Grant type：Competitive
Computational Mass Spectrometry Hackathon Symposium
Grant number：002RM2018
2018.6 - 2019.3
System name：The Joint Research Meeting Program, ROIS-DS-JOINT
Awarding organization：ROIS DS
Authorship：Principal investigator Grant type：Competitive
2nd Hackathon on Computational Mass Spectrometry2
2018.4 - 2019.3
System name：Subsidies for Conferences
Awarding organization：Kato Memorial Bioscience Foundation
Authorship：Principal investigator Grant type：Competitive
Pre-Meeting for Computational Mass Spectrometry Hackathon
Grant number：006RM2017
2017.11 - 2018.3
System name：The Joint Research Meeting Program, ROIS-DS-JOINT
Awarding organization：ROIS DS
Authorship：Principal investigator Grant type：Competitive
Development of the novel protein identification resource by high-speed character string search and RDF
Grant number：013RP2017
2017.10 - 2018.3
System name：The Joint Research Program, ROIS-DS-JOINT
Awarding organization：ROIS DS
Yoshizawa, AC, Naito,Y, Moriya, Y, Kawano, S, Tabata, T, Ishihama, Y, Goto, S
Authorship：Principal investigator Grant type：Competitive
Computational Mass Spectrometry Hackathon
2017.4 - 2018.3
System name：Subsidies for Conferences
Awarding organization：Kato Memorial Bioscience Foundation
Authorship：Principal investigator Grant type：Competitive
Development of mass peak picking method by deep learning
Grant number：16K00390
2016.4 - 2019.3
System name：Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Research category：Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Awarding organization：Japan Society for the Promotion of Science
Yoshizawa Akiyasu, TABATA Tsuyoshi, IWASAKI Mio, KAWANO Shin, GOTO Susumu, ISHIHAMA Yasushi, TAKIGAWA Ichigaku
Authorship：Principal investigator Grant type：Competitive
Grant amount：\4680000 （ Direct Cost: \3600000 、 Indirect Cost：\1080000 ）
We developed a novel method of “peak picking,” an indispensable step in mass spectrometry data analysis, by deep learning in neural network. Mass peaks used for training data were those that were picked and identified as peptides with high scores by conventional methods. The current implementation of our classifier has almost equal detection performance as the conventional methods, and can also detect mass peaks that could not be detected by conventional methods.
Comprehensive analysis of eukaryotic operons using proteomic information and comparative genomics
Grant number：23510245
2011.4 - 2012.3
System name：Grant-in-Aid for Scientific Research (C) [Declined after adoption]
Research category：Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Awarding organization：JSPS
Yoshizawa, AC, Yamada, L, Okuda, S, Moriya,Y
Authorship：Principal investigator Grant type：Competitive
Grant amount：\5590000 （ Direct Cost: \4300000 、 Indirect Cost：\1290000 ）
Declined after adoption due to the bylaws of the company
資格：情報処理技術者試験（第二種情報処理技術者）合格
資格：情報処理技術者試験（初級システムアドミニストレータ）合格
書籍：問題集 ジャイロ基本問題集 物理IA 新課程用
書籍：教科書レーダー 啓林館版準拠 高等学校標準数学B
書籍：教科書レーダー 啓林館版準拠 高等学校標準数学A
書籍：教科書レーダー 啓林館版準拠 高等学校物理IA
書籍：問題集 冬期Ｖテキスト 中3理科
免許：高等学校教諭専修免許状（理科）
免許：高等学校教諭二級免許状（数学）
免許：中学校教諭一級免許状（理科）
免許：中学校教諭一級免許状（数学）
免許：高等学校教諭二級免許状（理科）
Theory of Bioinformatics/Advanced Bioinformatics
Level：Postgraduate Country：Japan
Advanced Fundamental Physical Chemistry I, II/Advanced Pharmaceutical Research II
Level：Graduate (liberal arts) Country：Japan
研究方法論（臨床研究・ゲノムインフォマティクス実践論）
Information and Communication (General literacy/Spread sheet)
Level：Undergraduate (liberal arts)
Basic Exercises in Pedagogy (Lectures on Physics and Chemistry)
Level：Undergraduate (specialized)
Information Processing
Level：Undergraduate (liberal arts)
Introduction to Computer Science
Level：Undergraduate (specialized)
Programming Exercise I, II 1
Level：Undergraduate (specialized)
Elementary Science (Lectures on Physics and Chemistry)
Level：Undergraduate (specialized)
Specialized pedagogy in Science (chemistry/physics experiment)
Level：Undergraduate (specialized)
メタオミクスワークショップ in 京都 2019
Role(s)： Planner, Organizing member
京都大学融合チーム研究プロジェクトSPIRITS・メタプロテオミクスプロジェクト 2019.3
Mass++ユーザー会公開ワークショップ
Role(s)： Planner, Organizing member
Mass++ユーザー会（オープンソース・プロジェクト） 2015.8
Mass++ Users Group (Founder & Organizer)
Role(s)： Planner, Organizing member
Mass++ Users Group (An Open-Source Software Project) 2015.6
JCompMS 9th Workshop in 2024 "New findings from mass spectrometry! Understanding requisite information bases and the current state of technologies"
Role(s)： Planning, management, etc., Panel moderator, session chair, etc.
JCompMS （ RIKEN Yokohama Campus, Yokohama ） 2024.5
2nd Meet-Up on Computational Mass Spectrometry in Kyoto (2024)
Role(s)： Panel moderator, session chair, etc.
JCompMS （ Kyoto ） 2024.3
質量分析インフォマティクス研究会・第8回公開ワークショップ（2023年）「構造生物学に質量分析で挑む」
Role(s)： Planning, management, etc., Panel moderator, session chair, etc.
質量分析インフォマティクス研究会 2023.5
第1回・質量分析インフォマティクス沖縄ミートアップ（2023年）
Role(s)： Panel moderator, session chair, etc.
質量分析インフォマティクス研究会 2023.2
質量分析インフォマティクス研究会・第7回公開ワークショップ ONLINE（2022年）「質量分析オミクスデータを深く読む」
Role(s)： Planning, management, etc., Panel moderator, session chair, etc.
質量分析インフォマティクス研究会 2022.4
Reviewer, "Proteome Letters"
Role(s)： Peer review
2022
日本プロテオーム学会(JPrOS) 2021年大会・シンポジウム「バイオインフォマティクスが担う多様なオミクス解析」
Role(s)： Planning, management, etc., Panel moderator, session chair, etc.
日本プロテオーム学会 2021.7
質量分析インフォマティクス研究会・第6回公開ワークショップ ONLINE（2021年）「質量分析情報で代謝を理解する」
Role(s)： Planning, management, etc.
質量分析インフォマティクス研究会 2021.6
質量分析インフォマティクス研究会・第5回公開ワークショップ ONLINE（2020年）「質量分析とデータ科学で生命に迫る」
Role(s)： Planning, management, etc., Panel moderator, session chair, etc.
質量分析インフォマティクス研究会 2020.8
jPOSTデータ解析ショートコース
Role(s)： Planning, management, etc.
JPrOS2019/JES2019合同大会（日本プロテオーム学会・日本電気泳動学会合同大会）サテライトイベント 2019.7
第3回質量分析インフォマティクス・ハッカソン（2019年）
Role(s)： Planning, management, etc.
質量分析インフォマティクス研究会（DBCLS国内版バイオハッカソン(BH19.7)と共同開催） 2019.7
質量分析インフォマティクス研究会・第4回公開ワークショップ（2019年）「データ科学が拡大する質量分析の地平線」
Role(s)： Planning, management, etc., Panel moderator, session chair, etc.
質量分析インフォマティクス研究会 2019.3
Reviewer & Curator, "Journal of Proteome Data and Methods" International contribution
Role(s)： Planning/Implementing academic research, Peer review
2019
BoFセッション「質量情報から生物情報へ」（第7回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2018: 2018年日本バイオインフォマティクス学会(JSBi)年会））
Role(s)： Planning, management, etc., Panel moderator, session chair, etc.
日本バイオインフォマティクス学会 2018.9
第2回質量分析インフォマティクス・ハッカソン（2018年）
Role(s)： Planning, management, etc., Panel moderator, session chair, etc.
質量分析インフォマティクス研究会（DBCLS国内版バイオハッカソン(BH18.7)と共同開催） 2018.7
International Proteogenome Workshop 2018
Role(s)： Planning, management, etc.
MSP2018 (Mass Spectrometry and Proteomics 2018) Satellite Workshop 2018.5
4C-O2-P「情報科学から迫る質量分析・オミクスの世界」
Role(s)： Planning, management, etc., Panel moderator, session chair, etc.
MSP2018（Mass Spectrometry and Proteomics 2018: 日本質量分析学会(MSSJ)・日本プロテオーム学会(JPrOS)・アジアオセアニア・ヒトプロテオーム機構(AOHUPO)合同大会） 2018.5
質量分析インフォマティクス研究会・第3回公開ワークショップ（2018年）「質量分析法とオミクス計算処理」
Role(s)： Planning, management, etc., Panel moderator, session chair, etc.
質量分析インフォマティクス研究会 2018.4
ワークショップ2PW23「オミクス研究から実用的システム生物学の構築へ」
Role(s)： Planning, management, etc., Panel moderator, session chair, etc.
2017年度生命科学系学会合同年次大会(ConBio2017)(第40回日本分子生物学会年会）2 2017.12
第1回質量分析インフォマティクス・ハッカソン（2017年）
Role(s)： Planning, management, etc., Panel moderator, session chair, etc.
質量分析インフォマティクス研究会（DBCLS国内版バイオハッカソン(BH17.11)と共同開催） 2017.11 - 2017.12
BoFセッション「質量分析とケモインフォマティクスの実りある連携」
Role(s)： Planning, management, etc., Panel moderator, session chair, etc.
第6回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2017: 2017年日本バイオインフォマティクス学会(JSBi)年会） 2017.9
質量分析インフォマティクス研究会・第2回公開ワークショップ（2017年）「質量分析研究に於ける情報処理の現在と今後」
Role(s)： Planning, management, etc., Panel moderator, session chair, etc.
質量分析インフォマティクス研究会 2017.2
質量分析インフォマティクス研究会・第1回公開ワークショップ（2016年度）「質量分析データ解析のための計算科学」
Role(s)： Planning, management, etc., Panel moderator, session chair, etc.
質量分析インフォマティクス研究会 2016.10
質量分析インフォマティクス研究会（JCompMS, 旧ms-bio.info） 設立（発起人・世話人）
Role(s)： Planning, management, etc.
（日本バイオインフォマティクス学会） 2016.4
BoFセッション「質量分析インフォマティクスとデータベース」
Role(s)： Planning, management, etc., Panel moderator, session chair, etc.
第4回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2015: 2015年日本バイオインフォマティクス学会(JSBi)年会） 2015.10
日本プロテオーム学会2015年会（JHUPO第13回大会）トレーニングコース
Role(s)： Planning, management, etc.
日本プロテオーム学会2015年会（JHUPO第13回大会） 2015.7
Reviewer, "Current Protein and Peptide Science" International contribution
Role(s)： Peer review
2010
Reviewer, "International Journal of Molecular Sciences" International contribution
Role(s)： Peer review
2010
