2025/02/10 更新

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ヨシザワ　アキヤス
吉沢　明康
YOSHIZAWA Akiyasu
所属
教育研究院 医歯学系 特任准教授
医歯学総合研究科 特任准教授
職名
特任准教授
連絡先
メールアドレス
外部リンク

学位

  • 博士（理学） （ 2007年5月   京都大学 ）

研究キーワード

  • 質量分析

  • バイオインフォマティクス

  • 比較ゲノム

  • データベース

  • プロテオミクス

  • メタボロミクス

  • 生体膜

  • 計算生物学

  • メタデータ

研究分野

  • ライフサイエンス / 生物物理学

  • ライフサイエンス / システムゲノム科学

  • 情報通信 / 生命、健康、医療情報学

経歴（researchmap）

  • 京都大学   大学院薬学研究科／理学研究科   非常勤講師

    2023年10月 - 2024年3月

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    国名：日本国

    備考：薬学研究科医薬創成情報科学専攻／理学研究科生物科学専攻･共通講義、化学研究所バイオインフォマティクスセンター・緒方博之研究室主催

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  • 新潟大学   大学院医歯学総合研究科（医学部）メディカルAIセンター   特任准教授

    2023年5月 - 現在

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    国名：日本国

    備考：バイオインフォーマティクス分野（奥田修二郎研究室）

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  • 富山国際大学   現代社会学部   特任研究員

    2022年4月 - 2023年3月

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    国名：日本国

    備考：（河野信研究室）

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  • 京都大学   大学院薬学研究科   特定助教

    2018年4月 - 2022年3月

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    国名：日本国

    備考：製剤機能解析学分野（石濱泰研究室）

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  • 岡山大学   大学院医歯薬学総合研究科   非常勤講師

    2018年4月 - 2020年3月

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    国名：日本国

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  • 京都大学   大学院薬学研究科   特定研究員   特任助教

    2017年4月 - 2018年3月

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    国名：日本国

    備考：製剤機能解析学分野（石濱泰研究室）

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  • 京都大学   化学研究所 バイオインフォマティクスセンター   特定研究員

    2015年6月 - 2017年3月

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    国名：日本国

    備考：バイオインフォマティクスセンター・化学生命科学研究領域（緒方博之研究室）（受入教員：五斗進准教授）

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  • （株）島津製作所   田中耕一記念質量分析研究所   研究員（嘱託）

    2014年10月 - 2015年3月

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    国名：日本国

    備考：組織改組に伴う異動（組織名変更）

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  • （株）島津製作所   田中最先端研究所   研究員（嘱託）

    2014年4月 - 2014年9月

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    国名：日本国

    備考：FIRST研究員としては平成26年4月まで、その後は島津製作所の自己資金による雇用

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  • （株）島津製作所   田中最先端研究所   内閣府FIRSTプログラム研究員（嘱託）

    2011年4月 - 2014年3月

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    国名：日本国

    備考：内閣府・最先端研究開発支援プログラム（FIRSTプログラム）『次世代質量分析システム開発と創薬・診断への貢献』（田中耕一プロジェクト）研究員

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  • 徳島大学   疾患酵素学研究センター 疾患プロテオミクス研究部門   学術研究員   特任助教

    2009年1月 - 2011年3月

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    国名：日本国

    備考：疾患プロテオミクス研究部門（谷口寿章研究室）

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  • 独立行政法人産業技術総合研究所   年齢軸生命工学研究センター 健康インフォマティクスチーム   特別研究員

    2007年4月 - 2008年12月

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    国名：日本国

    備考：つくば中央第6事業所

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  • 京都大学   化学研究所 バイオインフォマティクスセンター   教務補佐員

    2002年4月 - 2005年3月

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    国名：日本国

    備考：生命知識システム研究領域（金久實研究室）

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  • 聖泉短期大学   情報社会学科   非常勤講師

    1995年4月 - 1997年3月

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    備考：情報処理講義・演習（共通科目）

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  • 京都女子大学   文学部・短期大学部・全学一般教育   非常勤講師

    1992年10月 - 2007年3月

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    国名：日本国

    備考：理科実験・自然科学講義（文学部教育学科）・情報処理演習（全学共通科目・家政学部食物栄養学科・文学部教育学科）

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  • 京都女子大学   文学部   非常勤講師

    1991年10月 - 1992年3月

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    備考：化学実験（文学部教育学科）

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経歴

  • 新潟大学   教育研究院 医歯学系   特任准教授

    2023年5月 - 現在

  • 新潟大学   医歯学総合研究科   特任准教授

    2023年5月 - 現在

学歴

  • 京都大学   大学院理学研究科（博士後期課程）   生物科学専攻

    1999年4月 - 2002年3月

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    国名： 日本国

    備考： 編入学／研究指導認定（単位取得退学）

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  • 京都大学   大学院理学研究科（博士後期課程）   生物物理学専攻

    1989年4月 - 1995年3月

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    国名： 日本国

    備考： 進学／研究指導認定（単位取得退学）

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  • 京都大学   大学院理学研究科（修士課程）   生物物理学専攻

    1987年4月 - 1989年3月

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    国名： 日本国

    備考： 入学／修了

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  • 京都大学   理学部

    1983年4月 - 1987年3月

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    国名： 日本国

    備考： 入学／卒業

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所属学協会

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論文

  • jPOST environment accelerates the reuse and reanalysis of public proteome mass spectrometry data 査読 国際誌

    Okuda S†, Yoshizawa AC†, Kobayashi D, Takahashi Y, Watanabe Y, Moriya Y, Hatano A, Takami T, Matsumoto M, Araki N, Tabata T, Iwasaki M, Sugiyama N, Kodera Y, Tanaka S, Goto S, Kawano S, Ishihama Y

    Nucleic Acids Research   53 ( D1 )   D462 - D467   2024年11月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oxford University Press  

    [†...First two authors are equally contributed]
    ページ番号、巻、号なしのPDFが2024年11月11日公開
    ページ番号、巻、号を付与して2025年1月6日公開

    DOI： 10.1093/nar/gkae1032

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  • UniScore, a unified and universal measure for peptide identification by multiple search engines 国際誌

    Tabata T, Yoshizawa AC, Ogata K, Chang C, Araki N, Sugiyama N, Ishihama Y

    BioRχiv   2024.10.09.617445   2024年10月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（その他学術会議資料等）   出版者・発行元：Cold Spring Harbor Laboratory  

    ［論文プレプリント］

    DOI： 10.1101/2024.10.09.617445

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  • Insights into predicting small molecule retention times in liquid chromatography using deep learning 査読 国際誌

    Liu Y, Yoshizawa AC, Ling Y, Okuda S

    Journal of Cheminformatics   16   113   2024年10月

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    記述言語：英語  

    DOI： 10.1186/s13321-024-00905-1

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  • The jPOST Repository as a Public Data Repository for Shotgun Proteomics 招待 査読 国際誌

    Watanabe Y, Yoshizawa AC, Ishihama Y, Okuda S

    Methods in Molecular Biology   2259   309 - 322   2021年3月

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    記述言語：英語   掲載種別：論文集(書籍)内論文   出版者・発行元：Humana Press (Springer US)  

    DOI： 10.1007/978-1-0716-1178-4_20

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    その他リンク： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33687724/

  • Aberrant splicing isoforms detected by full-length transcriptome sequencing as transcripts of potential neoantigens in non-small cell lung cancer 査読 国際誌

    Oka M, Xu L, Suzuki T, Yoshikawa T, Sakamoto H, Uemura H, Yoshizawa AC, Suzuki Y, Nakatsura T, Ishihama Y, Suzuki A, Seki M

    Genome Biology   22   9   2021年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC  

    DOI： 10.1186/s13059-020-02240-8

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    その他リンク： http://link.springer.com/article/10.1186/s13059-020-02240-8/fulltext.html

  • Japan Computational Mass Spectrometry Meeting 2020 Activity Report 査読

    Yamamoto H, Hayakawa E, Tsugawa H, Moriya Y, Fukusaki E, Goto S, Hasunuma T, Miura N, Yoshizawa AC

    Journal of Proteome Data and Methods   2   5   2020年12月

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    担当区分：最終著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.14889/jpdm.2020.0005

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  • jPOST Tools (I): Utilities for Peak List Processing 査読

    Tabata T, Yoshizawa AC, Ishihama Y

    Journal of Proteome Data and Methods   2   4   2020年12月

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    担当区分：責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.14889/jpdm.2020.0004

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  • BioHackathon 2015: Semantics of data for life sciences and reproducible research 査読 国際共著 国際誌

    Vos RA, Katayama T., Mishima H., Kawano S., Kawashima S., Kim J-D., Moriya Y., Tokimatsu T., Yamaguchi A., Yamamoto Y., Wu H., Amstutz P., Antezana E., Aoki NP, Arakawa K., Bolleman JT, Bolton E., Bonnal RJP, Bono H., Burger K., Chiba H., Cohen KB, Deutsch EW, Fernandez-Breis JT, Fu G., Fujisawa T., Fukushima A., Garcia A., Goto N., Groza T., Hercus C., Hoehndorf R., Itaya K., Juty N., Kawashima T., Kim J-H., Kinjo AR, Kotera M., Kozaki K., Kumagai S., Kushida T., Lutteke T., Matsubara M., Miyamoto J., Mohsen A., Mori H., Naito Y., Nakazato T., Nguyen-Xuan J., Nishida K., Nishida N., Nishide H., Ogishima S., Ohta T., Okuda S., Paten B., Perret J-L., Prathipati P., Prins P., Queralt-Rosinach N., Shinmachi D., Suzuki S., Tabata T., Takatsuki T., Taylor K., Thompson M., Uchiyama I., Vieira B., Wei C-H., Wilkinson M., Yamada I., Yamanaka R., Yoshitake K., Yoshizawa AC, Dumontier M., Kosaki K., Takagi T.

    F1000Research   9   136   2020年2月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    <ns4:p>We report on the activities of the 2015 edition of the BioHackathon, an annual event that brings together researchers and developers from around the world to develop tools and technologies that promote the reusability of biological data. We discuss issues surrounding the representation, publication, integration, mining and reuse of biological data and metadata across a wide range of biomedical data types of relevance for the life sciences, including chemistry, genotypes and phenotypes, orthology and phylogeny, proteomics, genomics, glycomics, and metabolomics. We describe our progress to address ongoing challenges to the reusability and reproducibility of research results, and identify outstanding issues that continue to impede the progress of bioinformatics research. We share our perspective on the state of the art, continued challenges, and goals for future research and development for the life sciences Semantic Web.</ns4:p>

    DOI： 10.12688/f1000research.18236.1

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  • The jPOST environment: an integrated proteomics data repository and database. 査読

    Moriya Y, Kawano S, Okuda S, Watanabe Y, Matsumoto M, Takami T, Kobayashi D, Yamanouchi Y, Araki N, Yoshizawa AC, Tabata T, Iwasaki M, Sugiyama N, Tanaka S, Goto S, Ishihama Y

    Nucleic acids research   47 ( D1 )   D1218 - D1224   2019年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/nar/gky899

    PubMed

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  • Meeting Report of the International Life Science Integration Workshop 2018 査読 国際共著 国際誌

    Yamada I, Akase S, Angata K, Aoki NP, Arita M, Campbell MP, Edwards N, Fujita A, Garcia L, Goto S, Henrissat B, Hosoda M, Ishihama Y, Kawasaki T, Kuoka T, Kurisu G, Lee S, Lisacek F, Mariethoz J, Narimatsu H, Neelamegham S, Okuda S, Ono T, Packer NH, Ranzinger R, Shinmachi D, Shiota M, Toukach P, Tsuchiya S, Watanabe Y, Yoshizawa AC, Aoki-Kinoshita KF

    Glycobiology   28 ( 8 )   552 - 555   2018年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）  

    [No authors listed; listed as contributors]

    DOI： 10.1093/glycob/cwy056

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  • jPOSTrepo: an international standard data repository for proteomes 査読

    Okuda S, Watanabe Y, Moriya Y, Kawano S, Yamamoto T, Matsumoto M, Takami T, Kobayashi D, Araki N, Yoshizawa AC, Tabata T, Sugiyama N, Goto S and Ishihama Y

    Nucleic acids research   45 ( D1 )   D1107 - D1111   2017年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：OXFORD UNIV PRESS  

    Major advancements have recently been made in mass spectrometry-based proteomics, yielding an increasing number of datasets from various proteomics projects worldwide. In order to facilitate the sharing and reuse of promising datasets, it is important to construct appropriate, high-quality public data repositories. jPOSTrepo (https://repository.jpostdb.org/) has successfully implemented several unique features, including high-speed file uploading, flexible file management and easy-to-use interfaces. This repository has been launched as a public repository containing various proteomic datasets and is available for researchers worldwide. In addition, our repository has joined the ProteomeXchange consortium, which includes the most popular public repositories such as PRIDE in Europe for MS/MS datasets and PASSEL for SRM datasets in the USA. Later MassIVE was introduced in the USA and accepted into the ProteomeXchange, as was our repository in July 2016, providing important datasets from Asia/Oceania. Accordingly, this repository thus contributes to a global alliance to share and store all datasets from a wide variety of proteomics experiments. Thus, the repository is expected to become a major repository, particularly for data collected in the Asia/Oceania region.

    DOI： 10.1093/nar/gkw1080

    Web of Science

    PubMed

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  • どのデータベースを使うか ～データベース検索と配列解析・誤解と難題～ 招待 査読

    吉沢 明康

    Proteome Letters （日本プロテオーム学会誌）   1 ( 2 )   63 - 80   2016年9月

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    担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者   記述言語：日本語   出版者・発行元：日本プロテオーム学会  

    質量分析法によるプロテオミクス解析では，他のオミックス科学と同様，データのコンピュータ解析の過程が必須である．しかしゲノム科学やトランスクリプトーム解析に比べれば，質量分析法やプロテオミクスのためのバイオインフォマティクス，或いは解析手法・ソフトウェアは未だ発展途上であり，未解決の問題が多数残されている．更に，この状況に起因する多くの誤解や，特に実験系の研究者には扱いにくい技術的な問題も生じている．本稿ではこれらの問題を踏まえて，タンパク質の同定過程，特にデータベース検索法とそれに関連する基本的な事項について，プロテオミクス初心者を念頭に解説する．具体的には，de novoシークエンシング法とデータベース検索法の対比，PTM探知のための手法が検索結果に及ぼす影響，生命科学データベースの概観とデータベース解析への応用上での要注意点などについて述べる．

    DOI： 10.14889/jpros.1.2_63

    CiNii Article

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  • Identification of human basic fetoprotein as glucose-6-phosphate isomerase by using N- and C-terminal sequence tags and terminal tag database. 査読

    Kuyama H, Yoshizawa AC, Nakajima C, Hosako M, Tanaka K

    Journal of pharmaceutical and biomedical analysis   112   116 - 125   2015年8月

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    担当区分：責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.jpba.2015.04.032

    PubMed

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  • GlycanAnalysis Plug-in: a database search tool for N-glycan structures using mass spectrometry. 査読

    Morimoto K, Nishikaze T, Yoshizawa AC, Kajihara S, Aoshima K, Oda Y, Tanaka K

    Bioinformatics (Oxford, England)   31 ( 13 )   2217 - 2219   2015年7月

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    担当区分：責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/bioinformatics/btv110

    PubMed

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  • Computational survey of sequence specificity for protein terminal tags covering nine organisms and its application to protein identification. 査読

    Yoshizawa AC, Fukuyama Y, Kajihara S, Kuyama H, Tanaka K

    Journal of proteome research   14 ( 2 )   756 - 767   2015年2月

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1021/pr500793h

    PubMed

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  • A simple peak detection and label-free quantitation algorithm for chromatography-mass spectrometry 査読

    Aoshima K, Takahashi K, Ikawa M, Kimura T, Fukuda M, Tanaka S, Parry HE, Fujita Y, Yoshizawa AC, Utsunomiya S, Kajihara S, Tanaka K, Oda Y

    BMC Bioinformatics   15   376   2014年11月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：BIOMED CENTRAL LTD  

    Background: Label-free quantitation of mass spectrometric data is one of the simplest and least expensive methods for differential expression profiling of proteins and metabolites. The need for high accuracy and performance computational label-free quantitation methods is still high in the biomarker and drug discovery research field. However, recent most advanced types of LC-MS generate huge amounts of analytical data with high scan speed, high accuracy and resolution, which is often impossible to interpret manually. Moreover, there are still issues to be improved for recent label-free methods, such as how to reduce false positive/negatives of the candidate peaks, how to expand scalability and how to enhance and automate data processing. AB3D (A simple label-free quantitation algorithm for Biomarker Discovery in Diagnostics and Drug discovery using LC-MS) has addressed these issues and has the capability to perform label-free quantitation using MS1 for proteomics study.
    Results: We developed an algorithm called AB3D, a label free peak detection and quantitative algorithm using MS1 spectral data. To test our algorithm, practical applications of AB3D for LC-MS data sets were evaluated using 3 datasets. Comparisons were then carried out between widely used software tools such as MZmine 2, MSight, SuperHirn, OpenMS and our algorithm AB3D, using the same LC-MS datasets. All quantitative results were confirmed manually, and we found that AB3D could properly identify and quantify known peptides with fewer false positives and false negatives compared to four other existing software tools using either the standard peptide mixture or the real complex biological samples of Bartonella quintana (strain JK31). Moreover, AB3D showed the best reliability by comparing the variability between two technical replicates using a complex peptide mixture of HeLa and BSA samples. For performance, the AB3D algorithm is about 1.2-15 times faster than the four other existing software tools.
    Conclusions: AB3D is a simple and fast algorithm for label-free quantitation using MS1 mass spectrometry data for large scale LC-MS data analysis with higher true positive and reasonable false positive rates. Furthermore, AB3D demonstrated the best reproducibility and is about 1.2-15 times faster than those of existing 4 software tools.

    DOI： 10.1186/s12859-014-0376-0

    Web of Science

    PubMed

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  • 計算プロテオミクス : データベースを利用したタンパク質翻訳後修飾の同定 招待 査読

    吉沢 明康, 田畑 剛, 木村 剛之, 青島 健, 福山 裕子, 梶原 茂樹, 九山 浩樹, 小田 吉哉, 田中 耕一

    新潟医学会雑誌   128 ( 10 )   504 - 509   2014年10月

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（大学，研究機関等紀要）   出版者・発行元：新潟医学会  

    （シンポジウム「生命システムの理解に向けたバイオインフォーマティクス」 : 第694回新潟医学会）

    質量分析計のデータを解釈してプロテオームのデータを作り出すComputational Proteomicsの新手法とそのためのデータベース2件, 「MSPTM-DB」と「ProteinCarta」について述べる. タンパク質の既知の翻訳後修飾(PTM)情報を基に, PTMがある場合とない場合の配列を事前に作成してデータベースMSPTM-DBに収録し, これを検索対象にすることによって, 従来からのPTM検索法の問題点である信頼性の低下を回避し, かつ検索速度を3倍以上に増加させた(MSPTM-DB法). また, タンパク質のN/C両末端部分の配列合計8残基以上があれば, ヒトの場合ほぼ全てのタンパク質が同定可能であることが計算機実験で明らかになり, 同定に用いるためのデータベースProteinCartaを構築した. これらのデータベースはwebからフリーで利用できる.

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    その他リンク： https://niigata-u.repo.nii.ac.jp/records/8815

  • Mass++: A Visualization and Analysis Tool for Mass Spectrometry 査読 国際誌

    Tanaka S, FujitaY, Parry HE, Yoshizawa AC, Morimoto K, Murase M, Yamada Y, Yao J, Utsunomiya S, Kajihara S, Fukuda M, Ikawa M, Tabata T, Takahashi K, Aoshima K, Nihei Y, Nishioka T, Oda Y, Tanaka K

    Journal of proteome research   13 ( 8 )   3846 - 3853   2014年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：AMER CHEMICAL SOC  

    We have developed Mass++, a plug-in style visualization and analysis tool for mass spectrometry. Its plug-in style enables users to customize it and to develop original functions. Mass++ has several kinds of plug-ins, including rich viewers and analysis methods for proteomics and metabolomics. Plug-ins for supporting vendors' raw data are currently available; hence, Mass++ can read several data formats. Mass++ is both a desktop tool and a software development platform. Original functions can be developed without editing the Mass++ source code. Here, we present this tool's capability to rapidly analyze MS data and develop functions by providing examples of label-free quantitation and implementing plug-ins or scripts. Mass++ is freely available at http://www.first-ms3d.jp/english/.

    DOI： 10.1021/pr500155z

    Web of Science

    PubMed

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  • Integrated proteomics identified novel activation of dynein IC2-GR-COX-1 signaling in neurofibromatosis type I (NF1) disease model cells. 査読

    Hirayama M, Kobayashi D, Mizuguchi S, Morikawa T, Nagayama M, Midorikawa U, Wilson MM, Nambu AN, Yoshizawa AC, Kawano S, Araki N

    Molecular & cellular proteomics : MCP   12 ( 5 )   1377 - 1394   2013年5月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1074/mcp.M112.024802

    PubMed

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  • KEGG OC: a large-scale automatic construction of taxonomy-based ortholog clusters. 査読 国際誌

    Nakaya A, Katayama T, Itoh M, Hiranuka K, Kawashima S, Moriya Y, Okuda S, Tanaka M, Tokimatsu T, Yamanishi Y, Yoshizawa AC, Kanehisa M, Goto S

    Nucleic acids research   41 ( Database issue )   D353 - 7   2013年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/nar/gks1239

    PubMed

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    その他リンク： https://dblp.uni-trier.de/db/journals/nar/nar41.html#NakayaKIHKMOTTYYKG13

  • CIPRO 2.5: Ciona intestinalis protein database, a unique integrated repository of large-scale omics data, bioinformatic analyses and curated annotation, with user rating and reviewing functionality 査読 国際誌

    Endo T, Ueno K, Yonezawa K, Mineta K, Hotta K, Satou Y, Yamada L, Ogasawara M, Takahashi H, Nakajima A, Nakachi M, Nomura M, Yaguchi J, Sasakura Y, Yamasaki C, Sera M, Yoshizawa AC, Imanishi T, Taniguchi H, and Inaba K

    Nucleic Acids Research   39 ( SUPPL. 1 (Database issue) )   D807 - D814   2011年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oxford University Press  

    The Ciona intestinalis protein database (CIPRO) is an integrated protein database for the tunicate species C. intestinalis. The database is unique in two respects: first, because of its phylogenetic position, Ciona is suitable model for understanding vertebrate evolution; and second, the database includesoriginal large-scale transcriptomic and proteomic data. Ciona intestinalis has also been a favorite ofdevelopmental biologists. Therefore, large amounts of data exist on its development and morphology, along with a recent genome sequence and geneexpression data. The CIPRO database is aimed at collecting those published data as well as providing unique information from unpublished experimental data, such as 3D expression profiling, 2D-PAGE and mass spectrometry-based large-scale analysesat various developmental stages, curated annotation data and various bioinformatic data, to facilitate research in diverse areas, including developmental, comparative and evolutionary biology. For medical and evolutionary research, homologs in humans and major model organisms are intentionally included. The current database is based on a recently developed KH model containing 36 034 unique sequences, but for higher usability it covers 89 683 all known and predicted proteins from all gene models for this species. Of these sequences, more than 10 000 proteins have been manually annotated. Furthermore, to establish a community-supported protein database, these annotations are open to evaluation by users through the CIPRO website. CIPRO 2.5 is freely accessible at http://cipro.ibio.jp/2.5.

    DOI： 10.1093/nar/gkq1144

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  • ODB: a database for operon organizations, 2011 update 査読 国際誌

    Okuda S, Yoshizawa AC

    Nucleic acids research   39 ( SUPPL. 1 (Database issue) )   D552 - D555   2011年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：OXFORD UNIV PRESS  

    ODB (Operon DataBase) aims to collect data of all known and conserved operons in completely sequenced genomes. Three newly updated features of this database have been added as follows: (i) Data from included operons were updated. The genome-wide analysis of transcription and transcriptional units has become popular recently and ODB successfully integrates these high-throughput operon data, including genome-wide transcriptional units of five prokaryotes and two eukaryotes. The current version of our database contains information from about 10 000 known operons in more than 50 genomes, and more than 400 000 conserved operons obtained from more than 1000 bacterial genomes. (ii) ODB proposes the idea of reference operons as a new operon prediction tool. A reference operon, a set of possible orthologous genes that organize operons, is defined by clustering all known operons. A large number of known operons, including the recently added genome-wide analysis of operons, allowed us to define more reliable reference operons. (iii) ODB also provides new graphical interfaces. One is for comparative analyses of operon structures in multiple genomes. The other is for visualization of possible operons in multiple genomes obtained from the reference operons. The 2011 updated version of ODB is now available at http://operondb.jp/.

    DOI： 10.1093/nar/gkq1090

    Web of Science

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  • Crystal structure of aminomethyltransferase in complex with dihydrolipoyl-H-protein of the glycine cleavage system: implications for recognition of lipoyl protein substrate, disease-related mutations, and reaction mechanism. 査読

    Okamura-Ikeda K, Hosaka H, Maita N, Fujiwara K, Yoshizawa AC, Nakagawa A, Taniguchi H

    The Journal of biological chemistry   285 ( 24 )   18684 - 18692   2010年6月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1074/jbc.M110.110718

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  • An age-related homeostasis mechanism is essential for spontaneous amelioration of hemophilia B Leyden. 査読

    Kurachi S, Huo JS, Ameri A, Zhang K, Yoshizawa AC, Kurachi K

    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America   106 ( 19 )   7921 - 7926   2009年5月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1073/pnas.0902191106

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  • Comprehensive analysis of glycosyltransferases in eukaryotic genomes for structural and functional characterization of glycans. 査読

    Hashimoto K, Tokimatsu T, Kawano S, Yoshizawa AC, Okuda S, Goto S, Kanehisa M

    Carbohydrate research   344 ( 7 )   881 - 887   2009年5月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.carres.2009.03.001

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  • 老年医学の展望 老化・老年病と年齢軸生命工学 査読

    倉地 幸徳, 倉地 須美子, 浜田 俊幸, 末永 恵美, 吉沢 明康

    日本老年医学会雑誌   45 ( 2 )   126 - 131   2008年3月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：日本老年医学会  

    CiNii Article

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  • The repertoire of desaturases and elongases reveals fatty acid variations in 56 eukaryotic genomes. 査読

    Hashimoto K, Yoshizawa AC, Okuda S, Kuma K, Goto S, Kanehisa M

    Journal of lipid research   49 ( 1 )   183 - 191   2008年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1194/jlr.M700377-JLR200

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  • KAAS: an automatic genome annotation and pathway reconstruction server. 査読

    Moriya Y, Itoh M, Okuda S, Yoshizawa AC, Kanehisa M

    Nucleic acids research   35 ( Web Server issue )   W182 - 5   2007年7月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/nar/gkm321

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  • SNARE蛋白質からの配列モチーフ抽出とSNARE依存小胞輸送系の進化的特徴 査読

    吉沢明康

    京都大学博士学位論文   2007年5月

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    担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：学位論文（博士）  

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    その他リンク： https://repository.kulib.kyoto-u.ac.jp/dspace/bitstream/2433/136968/1/yrigr01490.pdf

  • Extracting sequence motifs and the phylogenetic features of SNARE-dependent membrane traffic. 査読

    Yoshizawa AC, Kawashima S, Okuda S, Fujita M, Itoh M, Moriya Y, Hattori M, Kanehisa M

    Traffic (Copenhagen, Denmark)   7 ( 8 )   1104 - 1118   2006年8月

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1111/j.1600-0854.2006.00451.x

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  • The repertoire of desaturases for unsaturated fatty acid synthesis in 397 genomes. 査読 国際誌

    Hashimoto K, Yoshizawa AC, Saito K, Yamada T, Kanehisa M

    Genome informatics. International Conference on Genome Informatics   17 ( 1 )   173 - 183   2006年7月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）  

    DOI： 10.11234/gi1990.17.173

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  • 一般教養としての情報教育の視点 ［再収載］ 招待

    吉沢 明康

    教育学論説資料 （学校論・教師論）   21 ( 3 )   328 - 333   2004年

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    担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：論文集(書籍)内論文   出版者・発行元：論説資料保存会  

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  • The Construction of a Database for Ubiquitin Signaling Cascade 国際誌

    Sakiyama T, Kawashima S, Yoshizawa AC, Kanehisa M

    Genome Informatics   14   653 - 654   2003年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）  

    DOI： 10.11234/gi1990.14.653

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  • Metabolic pathway reconstruction for malaria parasite Plasmodium falciparum 国際誌

    Limviphuvadh V, Okuno Y, Katayama T, Goto S, Yoshizawa AC, Kanehisa M

    Genome Informatics   14   368 - 369   2003年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）  

    DOI： 10.11234/gi1990.14.368

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  • Extraction of Organism Groups from Whole Genome Comparisons 国際誌

    Yamanishi Y, Yoshizawa AC, Itoh M, Katayama T, Kanehisa M

    Genome Informatics   14   438 - 439   2003年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）  

    DOI： 10.11234/gi1990.14.438

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  • Analysis of Domain Combinations in Eukaryotic Genomes 国際誌

    Itoh M, Yoshizawa AC, Okuda S, Goto S, Kanehisa M

    Genome Informatics   14   434 - 435   2003年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）  

    DOI： 10.11234/gi1990.14.434

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  • Comprehensive Survey of Intracellular Transport System-Related Proteins in Complete Genomes and Draft Genomes 国際誌

    Yoshizawa AC, Itoh M, Okuda S, Limviphuvadh V, Sakiyama T, Kawashima S, Kanehisa M

    Genome Informatics   14   436 - 437   2003年12月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）  

    DOI： 10.11234/gi1990.14.436

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  • Comparative analysis of Rab GTPases and SNAREs in eukaryotic genomes 国際誌

    Yoshizawa AC, Kawashima S, Kanehisa M

    Genome Informatics   13   404 - 405   2002年12月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）  

    DOI： 10.11234/gi1990.13.404

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  • Indirect relations in yeast protein interactome 国際誌

    Nakaya A, Yoshizawa AC, Goto S, Kanehisa M

    Genome Informatics   13   328 - 329   2002年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）  

    DOI： 10.11234/gi1990.13.328

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  • Extraction of related genes in the vesicular transport by simultaneous comparison of two-hybrid and microarray data 国際誌

    Yoshizawa AC, Nakaya A, Goto S, Kanehisa M

    Genome Informatics   12   243 - 244   2001年12月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）  

    DOI： 10.11234/gi1990.12.243

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  • The construction of a database on the intracellular vesicular transport 国際誌

    Yoshizawa AC, Kawashima S, Kanehisa M

    Genome Informatics   11   276 - 277   2000年12月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）  

    DOI： 10.11234/gi1990.11.276

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  • 一般教養としての情報教育の視点

    吉沢 明康

    京都女子大学教育学科紀要   39   131 - 142   1999年

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    担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（大学，研究機関等紀要）  

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  • 女子大生の意識調査に見る情報教育の課題（I）

    吉沢 明康

    京都女子大学教育学科紀要   38   78 - 87   1998年

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    担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（大学，研究機関等紀要）  

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  • 女子大生の意識調査に見る情報教育の課題（II） －インターネットの利用について－

    吉沢 明康

    京都女子大学教育学科紀要   38   88 - 93   1998年

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    担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（大学，研究機関等紀要）  

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  • Development of a Streak-Camera-Based Time-Resolved Microscope Fluorimeter and Its Application to Studies of Membrane Fusion in Single Cells 査読

    Kusumi A, Tsuji A, Murata M, Sako Y, Yoshizawa AC, Kagiwada S, Hayakawa T, and Ohnishi S

    Biochemistry   30   6517 - 6527   1991年7月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    A time-resolved microscope fluorimeter based on a synchroscan streak camera and a fast pulsed laser system has been developed to measure the fluorescence lifetime decay under the fluorescence microscope. This system allows one to measure the nanosecond fluorescence lifetimes of fluorophores in a small spot (0.8-6.3 μm diameter) in single cultured cells under a fluorescence microscope, while the cells are being viewed under a high-power objective lens. A signal acquisition time between a second and a minute was usually sufficient to obtain fluorescence decay curves with good quality for 103-10sfluorophores localized in 1 μm2domain. A signal-to-noise ratio better than 30 was obtained for =30 000 fluorescein-labeled band 3 molecules in a 2 μm2region in a single human erythrocyte ghost after signal accumulation for 30 s. The measured lifetimes for a variety of fluorescent probes attached to proteins in solution and lipids in liposomes showed a good agreement with those measured in a cuvette under standard conditions by time-correlated single photon counting. With the development of this instrument, microscope fluorimetry has become a practical, straightforward, quantitative technique for investigation of molecular processes in single cells in culture. Time-resolved microscope fluorimetry has been applied to observe fusion of liposomes in vitro and that of endosomes in single cells by monitoring resonance energy transfer. Inspection of individual liposomes and endosomes revealed the extent of fusion for each vesicle. Since the use of time-resolved microscope fluorimetry eliminates the need for subcellular fractionation or the complex correction procedures in steady-state microfluorimetry, it greatly simplifies the assay for endosome fusion in vivo. The results showed that extensive fusion of sequentially formed endosomes takes place all over the cell matrix in cultured cells. This suggests that extensive fusion with incoming endosomes takes place in many endosomal compartments, possibly sorting organelles, or that the early endosomes fuse with the preexisting network of tubular cisternae of the endosomal compartment at many points in the network. It is concluded that time-resolved microscope fluorimetry is a powerful noninvasive technique for studies of in situ biochemistry and biophysics using cells and tissues. © 1991, American Chemical Society. All rights reserved.

    DOI： 10.1021/bi00240a024

    Scopus

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  • 両親媒性ペプチドによる膜融合の分子機構の研究 －膜小胞の曲率が膜融合に及ぼす影響の考察－ 査読

    吉沢明康

    京都大学修士論文   1989年3月

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    担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：学位論文（修士）  

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  • Development of a Time-Resolved Microfluorimeter with a Synchroscan Streak Camera and Its Application to Studies of Cell Membranes 査読 国際誌

    Kusumi A, Tsuji A, Murata M, Sako Y, Yoshizawa AC, Hayakawa T, Ohnishi S

    Time-Resolved Laser Spectroscopy in Biochemistry (Proceedings of SPIE)   0909   350 - 351   1988年6月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）   出版者・発行元：SPIE (The International Society for Optical Engineering)  

    DOI： 10.1117/12.945412

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書籍等出版物

  • 遺伝学の百科事典 : 継承と多様性の源 査読

    日本遺伝学会（ 担当： 分担執筆 ,  範囲: 9-19 プロテオーム解析）

    丸善出版  2022年1月  （ ISBN:9784621306604 ）

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    総ページ数：xvii, 668p   記述言語：日本語 著書種別：事典・辞書

    CiNii Books

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  • よくわかるバイオインフォマティクス入門 (KS生命科学専門書) 査読

    岩部 直之, 川端 猛, 浜田 道昭, 門田 幸二, 須山 幹太, 光山 統泰, 黒川 顕, 森 宙史, 東 光一, 吉沢 明康, 片山 俊明, 藤 博幸（ 担当： 分担執筆 ,  範囲: 第10章 プロテオーム解析）

    講談社  2018年11月  （ ISBN:4065138213 ）

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    総ページ数：208   記述言語：日本語 著書種別：学術書

    ASIN

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  • 老年医学 update 2009-10 査読

    日本老年医学会雑誌編集委員会（ 担当： 分担執筆 ,  範囲: III 老年医学の展望，老化・老年病と年齢軸生命工学）

    メジカルビュー  2009年6月  （ ISBN:9784758304801 ）

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    記述言語：日本語 著書種別：学術書

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  • ゲノミクス・プロテオミクスの新展開 : 生物情報の解析と応用（今中 忠行・加藤 郁之進 監修） 査読

    吉沢明康, 五斗進, 金久實（ 担当： 分担執筆 ,  範囲: 第３編バイオインフォマティクス，第１章データベース，第６節 代謝データベース）

    エヌ・ティー・エス  2004年4月  （ ISBN:4860430492 ）

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    記述言語：日本語 著書種別：学術書

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MISC

  • タンパク質言語モデルによる代謝回転率予測と精度関連因子の解析

    石野公基, 劉鈺婷, 吉沢明康, 奥田修二郎

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   47th   2024年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • jPOSTの10年間:プロテオーム統合データベースの未来に向けて

    吉沢明康, 高橋悠志, 小林大樹, 守屋勇樹, 幡野敦, 高見知代, 松本雅記, 荒木令江, 田畑剛, 岩崎未央, 杉山直幸, 小寺義男, 福島敦史, 田中聡, 五斗進, 河野信, 河野信, 奥田修二郎, 石濱泰

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   47th   2024年11月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

    J-GLOBAL

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  • MB-POST: A novel data repository for storing high-quality spectral data in metabolomics mass spectrometry

    Yushi Takahashi, Akiyasu C. Yoshizawa, Takato Kiuchi, Fumio Matsuda, Shujiro Okuda

    第97回日本生化学会大会 要旨集   2024年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • Mass spectrometry data repositories facilitate the multi-omics experimental data accumulation and reanalysis 国際誌

    Yushi Takahashi, Akiyasu C. Yoshizawa, Fumio Matsuda, Kiyoko F. Aoki-Kinoshita, Yasushi Ishihama, Shujiro Okuda

    1st Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference (APBJC) 要旨集 (Web) [24-VIII-3]   2024年10月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • JPDMデータ論文のメタデータを用いたjPOSTデータ再解析の加速

    高橋悠志, 吉沢明康, 小林大樹, 守屋勇樹, 幡野敦, 高見知代, 松本雅記, 荒木令江, 田畑剛, 岩崎未央, 杉山直幸, 小寺義男, 福島敦史, 田中聡, 五斗進, 河野信, 奥田修二郎, 石濱泰

    日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集   2024 (Web)   2024年6月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • シン・マスバンクプロジェクト:MassBankレコード拡充に向けたスペクトル平均化法の開発

    松田史生, 平山明由, 早坂亮祐, 高橋政友, 吉沢明康, 西田孝三, 鳥越大平, 木内貴仁, 松沢佑紀, 津川裕司, 奥田修二郎, 和泉自泰

    質量分析総合討論会講演要旨集   72nd   2024年5月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • メタボロミクス用質量分析データリポジトリMB-POSTの構築とその運用

    奥田修二郎, 木内貴仁, 吉沢明康, 松田史生

    質量分析総合討論会講演要旨集   72nd   2024年5月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • jPOST&JPDM:プロテオームデータベースとデータ論文ジャーナル

    吉沢明康, 小林大樹, 守屋勇樹, 幡野敦, 高見知代, 松本雅記, 荒木令江, 田畑剛, 岩崎未央, 杉山直幸, 小寺義男, 田中聡, 五斗進, 河野信, 奥田修二郎, 石濱泰

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   46th   2023年11月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • DIAプロテオミクスにおける混合MS/MSスペクトログラム分解法の開発

    町田和典, 上村京也, 田畑剛, 小形公亮, 吉沢明康, 吉井和佳, 田中利幸, 石濱泰

    日本薬学会年会要旨集(Web)   142nd   2022年3月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • マススペクトルに於けるペプチドイオンピークの深層学習による検出法の開発

    吉沢明康

    日本臨床プロテオゲノミクス研究会要旨集(Web)   2021   2021年5月

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    担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • ショットガンプロテオミクスにおけるマススペクトログラムの階層クラスタリングによるタンパク質同定

    疋田拓也, 木部航希, 吉沢明康, 田畑剛, 吉井和佳, 石濱泰

    日本薬学会年会要旨集(Web)   141st   2021年3月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • 第3回質量分析インフォマティクス・ハッカソン（質量分析インフォマティクス研究会）〔地域部会・公募研究会の活動報告〕 招待

    守屋 勇樹, 吉沢 明康

    日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター   ( 37 )   18 - 19   2020年3月

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    担当区分：最終著者   記述言語：日本語   掲載種別：会議報告等   出版者・発行元：日本バイオインフォマティクス学会  

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  • トリプシン消化ペプチドの衝突誘起解離スペクトルの予測とショットガンプロテオミクスへの応用

    橘本哲志, 吉沢明康, 吉井和佳, 石濱泰, 石濱泰

    日本薬学会年会要旨集(Web)   140th   2020年3月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • マススペクトログラムの階層クラスタリングに基づくタンパク質同定

    木部航希, 吉沢明康, 田畑剛, 吉井和佳, 石濱泰

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   42nd   2019年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • 配列タグを用いたタンパク質配列超高速検索システムの開発

    吉沢明康, 内藤雄樹, 早川英介, 五斗進, 石濱泰

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   42nd   2019年11月

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • 深層学習を用いたペプチド由来質量分析イオンピークの検出法の開発

    守屋勇樹, 田畑剛, 岩崎未央, 河野信, 五斗進, 石濱泰, 瀧川一学, 吉沢明康

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   42nd   2019年11月

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    担当区分：最終著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • 質量分析インフォマティクス研究会〔地域部会・公募研究会の活動報告〕 招待

    守屋 勇樹, 吉沢 明康

    日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター   ( 36 )   13 - 14   2019年8月

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    担当区分：最終著者   記述言語：日本語   掲載種別：会議報告等   出版者・発行元：日本バイオインフォマティクス学会  

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  • プロテオゲノミクスのための解析プラットフォーム開発

    上村駿人, 吉沢明康, 杉山直幸, 奥田修二郎, 石濱泰

    日本分析化学会年会講演要旨集(Web)   68th   2019年8月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • 事後ペプチドシーケンスタグの利用によるタンパク質同定の精度向上 国際共著

    吉沢明康, 田畑剛, 岩崎未央, 杉山直幸, Käll, Lukas, 石濱泰

    日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集   2019   2019年7月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • 事後ペプチドシーケンスタグの利用によるタンパク質同定の精度向上 国際共著

    吉沢 明康, 田畑 剛, 岩崎 未央, 杉山 直幸, Käll, Lukas, 石濱 泰

    電気泳動   63 ( Suppl. )   245 - 245   2019年7月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）   出版者・発行元：日本電気泳動学会  

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  • 深層学習に基づくペプチド由来イオンピークの新規検出手法

    守屋勇樹, 田畑剛, 岩崎未央, 河野信, 五斗進, 石濱泰, 瀧川一学, 吉沢明康

    質量分析総合討論会講演要旨集   67th   2019年5月

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    担当区分：最終著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • 事後ペプチドシーケンスタグを利用する高精度タンパク質同定 国際共著

    田畑剛, 吉沢明康, 岩崎未央, 杉山直幸, Käll, Lukas, 石濱泰

    質量分析総合討論会講演要旨集   67th   2019年5月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • 質量分析インフォマティクス研究会〔地域部会・公募研究会の活動報告〕 招待

    早川 英介, 守屋 勇樹, 山本 博之, 吉沢 明康

    日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター   ( 35 )   14 - 15   2019年4月

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    担当区分：最終著者   記述言語：日本語   掲載種別：会議報告等   出版者・発行元：日本バイオインフォマティクス学会  

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  • jPOSTプロジェクトが提供するプロテオミクスデータとその解析ツール

    五斗進, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡邉由, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 山ノ内祥訓, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 岩崎未央, 杉山直幸, 田中聡, 石濱泰

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   41st   2018年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • マウス臓器および糞便のメタプロテオミクス

    坂本悠太, 伊藤麻里子, 柏木陽一郎, 野崎剛徳, 村上伸也, 吉沢明康, 杉山直幸, 石濱泰

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   41st   2018年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • プロテオーム統合データベースの機能深化

    守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡邉由, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 山ノ内祥訓, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 岩崎未央, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   41st   2018年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • マススペクトルにおけるペプチド同位体比の精確性

    木部航希, 吉沢明康, 田畑剛, 吉井和佳, 石濱泰

    質量分析総合討論会講演要旨集   66th   2018年4月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • jPOST:質量分析生データを最大限に活用するためのメタデータキュレーション

    KOBAYASHI D., ARAKI N., OKUDA S., WATANABE Y., MORIYA Y., KAWANO S., YAMAMOTO T., MATSUMOTO M., TAKAMI T., YOSHIZAWA A. C., TABATA T., IWASAKI M., SUGIYAMA N., TANAKA S., GOTO S., ISHIHAMA Y.

    質量分析総合討論会講演要旨集   66th   2018年4月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • Application of Non-negative Matrix Factorization in Mass Spectrometry-Based Shotgun Proteomics

    TAECHAWATTANANANT Pasrawin, YOSHIZAWA Akiyasu C., YOSHII Kazuyoshi, YOSHII Kazuyoshi, ISHIHAMA Yasushi

    質量分析総合討論会講演要旨集   66th   2018年4月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • メタプロテオミクスのためのデータ解析ワークフロー開発

    上村 駿人, 伊藤 麻里子, 吉沢 明康, 杉山 直幸, 石濱 泰

    日本薬学会年会要旨集   138年会 ( 2 )   240 - 240   2018年3月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）   出版者・発行元：(公社)日本薬学会  

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  • jPOST:同定結果のFDR改善を目指す再解析プロトコルの開発

    吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

    日本生化学会大会(Web)   90th   ROMBUNNO.3P‐0172 (WEB ONLY) - 0172   2017年11月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）   出版者・発行元：生命科学系学会合同年次大会運営事務局  

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  • jPOST:プロテオーム統合データベースプロジェクト

    奥田修二郎, 渡辺由, 守屋勇樹, 河野信, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

    日本生化学会大会(Web)   90th   ROMBUNNO.3P‐0171 (WEB ONLY) - 0171   2017年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）   出版者・発行元：生命科学系学会合同年次大会運営事務局  

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  • jPOST:プロテオームデータベースの開発

    守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

    日本生化学会大会(Web)   90th   ROMBUNNO.3P‐0173 (WEB ONLY) - 0173   2017年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）   出版者・発行元：生命科学系学会合同年次大会運営事務局  

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  • 同定結果はどこまで信頼できるか-データベース検索の落とし穴- 招待

    吉沢明康

    日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集   2017   2017年7月

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    担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • プロテオーム統合データベースjPOST:質量分析データ・リポジトリ

    奥田修二郎, 渡辺由, 守屋勇樹, 河野信, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

    日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集   2017   2017年7月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • jPOST再解析プロトコル:偽陽性と偽陰性の同時減少を目指す

    吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

    日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集   2017   2017年7月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • プロテオミクスデータ解析/演習 招待

    石濱泰, 小林大樹, 吉沢明康

    BMSコンファレンス講演要旨集   44th   2017年7月

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    記述言語：日本語   掲載種別：講演資料等（セミナー，チュートリアル，講習，講義他）  

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  • jPOST:プロテオーム統合データベースの開発

    守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石澤泰

    日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集   2017   2017年7月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • データベース検索エンジンを用いたタンパク質同定における特異性向上

    吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

    質量分析総合討論会講演要旨集   65th   2017年4月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • プロテオーム・データベースの構築

    吉沢 明康

    京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステム研究成果報告書   2016   27 - 27   2017年3月

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    担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：機関テクニカルレポート，技術報告書，プレプリント等   出版者・発行元：京都大学化学研究所  

    平成28年度 京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書

    CiNii Article

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  • プロテオーム統合データベースjPOST:質量分析データ・リポジトリの公開

    奥田修二郎, 渡辺由, 守屋勇樹, 河野信, 山本格, 松本雅記, 高見知世, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 五斗進, 石濱泰

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   39th   2016年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • jPOST:プロテオームデータベースプロジェクト

    守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知世, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 五斗進, 石濱泰

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   39th   2016年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • プロテオーム統合データベースjPOST:再解析プロトコルの開発

    吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知世, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 五斗進, 石濱泰

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   39th   2016年11月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • プロテオーム統合データベースjPOST:再解析プロトコルの開発

    吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡邉由, 山本格, 松本雅記, 高見知世, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 五斗進, 石濱泰

    日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集   2016   2016年7月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • プロテオーム統合データベースjPOSTの開発

    五斗進, 奥田修二郎, 渡邉由, 守屋勇樹, 河野信, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 石濱泰

    日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集   2016   2016年7月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • オープンソース版Mass++:ピーク検出機能の拡充

    田中聡, 太田悠葵, 村瀬雅樹, 津元裕樹, 草野麻衣子, 吉沢明康, 三浦ゆり, 川崎ナナ, 五斗進

    質量分析総合討論会講演要旨集   64th   2016年5月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • 質量スペクトルはデータベース検索“グレーゾーン”を明瞭化するか

    吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 山本格, 松本雅記, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 五斗進, 石濱泰

    質量分析総合討論会講演要旨集   64th   2016年5月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • プロテオーム・データベースの構築

    吉沢 明康

    京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステム研究成果報告書   2015   23 - 23   2016年3月

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    担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：機関テクニカルレポート，技術報告書，プレプリント等   出版者・発行元：京都大学化学研究所  

    平成27年度 京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書

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  • jPOST:プロテオーム解析ワークフローの標準化

    守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 山本格, 松本雅記, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 五斗進, 田畑剛, 杉山直幸, 石濱泰

    日本生化学会大会(Web)   88th   3P0417 (WEB ONLY) - [3P0417]   2015年12月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）   出版者・発行元：(公社)日本生化学会  

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  • オープンソース版Mass++によるオミックス解析

    田中聡, 津元裕樹, 太田悠葵, 村瀬雅樹, 吉沢明康, 川崎ナナ, 五斗進

    日本生化学会大会(Web)   88th   2015年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • オープンソース版Mass++とプロテオーム解析

    田中聡, 村瀬雅樹, 吉沢明康, 五斗進

    日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集   2015 (Web)   2015年7月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • どのデータベースを使うか~データベース検索と配列解析・誤解と難題~ 招待

    吉沢明康

    日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集   2015 (Web)   2015年7月

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    担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • 日本発の高品質プロテオームデータベース:jPOST

    守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 山本格, 松本雅記, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 五斗進, 田畑剛, 杉山直幸, 石濱泰

    日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集   2015 (Web)   2015年7月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • 融合プロテオミクスのデータ統合ツールiPEACHによるグリオーマ幹細胞の維持と分化に関わるネットワーク解析

    山崎義宗, 南部晶子, 吉沢明康, 水口惣平, 小林大樹, 長山慈, 永井美奈子, SILSIRIVANIT Atit, 河野信, 佛淵尚人, 荒木令江

    日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集   2015 (Web)   2015年7月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • オープンソース版Mass++

    田中聡, 吉沢明康, 五斗進

    質量分析総合討論会講演要旨集   63rd   2015年6月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • Mass++:同定機能と翻訳後修飾文献DBとの連携

    田中聡, 吉沢明康, 田畑剛, 草野麻衣子, 青島健, 宇都宮眞一, 梶原茂樹, 小田吉哉, 田中耕一

    質量分析総合討論会講演要旨集   62nd   2014年5月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • 質量分析ソフトウェアMass++を用いたN型糖鎖負イオンMS/MSスペクトルの解析

    森本健太郎, 西風隆司, 吉沢明康, 梶原茂樹, 青島健, 小田吉哉, 田中耕一

    質量分析総合討論会講演要旨集   62nd   2014年5月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • タンパク質末端配列の種間比較と末端配列データベース構築

    吉沢明康, 福山裕子, 梶原茂樹, 九山浩樹, 田中耕一

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   36th   2013年11月

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • ヒトタンパク質末端配列データベースの構築と末端配列の一意性の推定

    吉沢明康, 福山裕子, 梶原茂樹, 九山浩樹, 田中耕一

    質量分析総合討論会講演要旨集   61st   2013年9月

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • 質量分析用データ解析ソフトウェアMass++とマススペクトルデータベースMassBank連携プラグインの開発

    青島健, 福田充, 井川幹之, 高橋健太郎, 木村剛之, 梶原茂樹, 宇都宮眞一, 田中聡, 吉沢明康, 田中耕一, 池田奨, 二瓶義人, 西岡孝明, 小田吉哉

    質量分析総合討論会講演要旨集   61st   2013年9月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • Mass++:質量分析データの一括解析

    田中聡, 藤田雄一郎, 吉沢明康, 福田充, 宇都宮眞一, 梶原茂樹, 青島健, 小田吉哉, 田中耕一

    質量分析総合討論会講演要旨集   61st   2013年9月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • 液体マトリックス3AQ/CHCAを用いたがんマーカータンパク質BFPの構造解析

    寶迫睦美, 九山浩樹, 中島ちひろ, 福山裕子, 吉沢明康, 川畑慎一郎, 田中耕一

    質量分析総合討論会講演要旨集   61st   2013年9月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • ユーザーによる処理の追加可能なproteome解析プラットフォームJobRequestと,それを利用したタンパク質同定ツールProteoAnalysis

    田畑剛, 吉沢明康, 山本昇, 青島健, 小田吉哉, 梶原茂樹, 田中耕一

    質量分析総合討論会講演要旨集   61st   2013年9月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • Mass++、MassBankを用いた脂質同定システムの構築

    田中 聡, 吉沢 明康, 草野 麻衣子, 藤田 雄一郎, 福田 充, 宇都宮 眞一, 梶原 茂樹, 田畑 剛, 高橋 健太郎, 青島 健, 小田 吉哉, 二瓶 義人, 西岡 孝明, 田中 耕一

    JSBMS Letters   38 ( Suppl. )   95 - 95   2013年8月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）   出版者・発行元：(一社)日本医用マススペクトル学会  

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  • 融合プロテオミクスによる神経線維腫症1型(NF1)病態モデル細胞内活性化シグナルDynein IC2-GR-COX-1の同定

    小林大樹, 平山未央, 水口惣平, 森川崇, 長山慈, 緑川宇一, WILSON-MORIFUJI Masayo, 南部(新堀)晶子, 吉沢明康, 河野信, 荒木令江

    日本生化学会大会(Web)   86th   2013年8月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • 既知翻訳後修飾情報データベースMSPTM-DBとweb実行環境ProteoAnalysis

    吉沢明康, 田畑剛, 木村剛之, 青島健, 小田吉哉, 梶原茂樹, 田中耕一

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   35th   2012年11月

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • KEGG OC:系統関係に基づいた大規模オーソログクラスタの自動生成

    守屋勇樹, 中谷明弘, 片山俊明, 伊藤真純, 平糠和志, 川島秀一, 奥田修二郎, 田中道廣, 時松敏明, 山西芳裕, 吉沢明康, 金久實, 五斗進

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   35th   2012年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • 質量分析データベース検索への翻訳後修飾情報の利用

    吉沢明康, 田畑剛, 木村剛之, 青島健, 小田吉哉, 梶原茂樹, 田中耕一

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   34th   2011年11月

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • データベース検索における翻訳後修飾情報の利用

    YOSHIZAWA A. C., TABATA T., KIMURA T., AOSHIMA K., ODA Y., KAJIHARA S., TANAKA K.

    質量分析総合討論会講演要旨集   59th   2011年9月

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • Crystal structure of T-H protein complex of the glycine cleavage system 国際誌

    Okamura-Ikeda, K, Hosaka, H, Maita, N, Fujiwara, K, Yoshizawa, A.C, Nakagawa, A, Taniguchi, H

    Acta Crystallographica Section A Foundations of Crystallography   67 ( a1 )   C434 - C435   2011年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）   出版者・発行元：International Union of Crystallography (IUCr)  

    DOI： 10.1107/s0108767311089082

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  • CIPRO 2.5: Ciona intestinalis Protein integrated database with large-scale omics data, bioinformatic analyses and curated annotation, with ability for user rating and comments 国際誌

    Endo, T., Ueno, K., Yonezawa, K., Mineta, K., Hotta, K., Satou, Y., Yamada, L., Ogasawara, M., Takahashi, H., Nakajima, A., Nakachi, M., Nomura, M., Yaguchi, J., Konno, A., Sasakura, Y., Yoshizawa, AC, Taniguchi, H., Yamasaki, C., Sera, M., Imanishi, T., Inaba, K.

    Nature Precedings, Biocuration 2010   2011年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）   出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC  

    DOI： 10.1038/npre.2010.5435.1

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    その他リンク： https://www.nature.com/articles/npre.2010.5435.1

  • 構造解析から明らかになったグリシン開裂酵素系T蛋白質によるアミノメチル転移の新たな反応機構

    池田和子, 保坂晴美, 真板宣夫, 藤原和子, 吉沢明康, 中川敦史, 谷口寿章

    生化学   2010年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • 仮想ゲルを用いたLC/MSデータの表示とタンパク質修飾の探索プログラム

    吉沢明康, 山田力志, 谷口寿章

    生化学   2010年11月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • セルロース生合成関連遺伝子ファミリーのゲノムコンテキスト

    河野信, 吉沢明康

    生化学   2010年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • CIPRO 2.5: Ciona intestinalis Protein Database - a unique integrated repository of large-scale omics data, bioinformatic analyses, and curated annotation, with ability for user rating and comments 国際誌

    Endo, T, Ueno, K, Yonezawa, K, Mineta, K, Hotta, K, Satou, Y, Yamada, L, Ogasawara, M, Takahashi, H, Nakajima, A, Nakachi, M, Nomura, M, Yaguchi, J, Konno, A, Sasakura, Y, Yoshizawa, A.C, Taniguchi, H, Yamasaki, C, Sera, M, Imanishi, T, Inaba, K

    Genome Biology   11 ( S1 )   2010年10月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）   出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC  

    DOI： 10.1186/gb-2010-11-s1-p11

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    その他リンク： http://link.springer.com/article/10.1186/gb-2010-11-s1-p11/fulltext.html

  • セルロース合成関連遺伝子群のゲノムコンテキスト解析

    河野信, 橋本浩介, 吉沢明康

    セルロース学会年次大会講演要旨集   17th   2010年7月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • KEGG OC:全生物種ゲノムにおけるオーソログ遺伝子のバリエーションと高速検索技術

    片山俊明, 伊藤真純, 奥田修二郎, 川島秀一, 田中道廣, 時松敏明, 中谷明弘, 平糠和志, 守屋勇樹, 山西芳裕, 吉沢明康, 金久實

    生化学   80 ( 抄録CD )   4T9-4 - 4   2008年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）   出版者・発行元：(公社)日本生化学会  

    BMB2008（第81回日本生化学会・第31回日本分子生物学会合同年会）

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  • マウス肝臓蛋白質発現の年齢依存変化のGene Ontology解析

    吉沢明康, BOLOTOVA Tatiana, 倉地幸徳, 倉地須美子

    生化学   2008年11月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • KEGG OC:オーソログクラスターのマニュアルアノテーション

    川島秀一, 伊藤真純, 奥田修二郎, 片山俊明, 田中道廣, 時松敏明, 中谷明弘, 平糠和志, 守屋勇樹, 山西芳裕, 吉沢明康, 金久實

    生化学   2008年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • KEGG OC:網羅的なオーソログクラスターの自動生成

    中谷明弘, 伊藤真純, 奥田修二郎, 川島秀一, 田中道廣, 時松敏明, 片山俊明, 平糠和志, 守屋勇樹, 山西芳裕, 吉沢明康, 金久實

    生化学   2008年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • 老年医学の展望 老化・老年病と年齢軸生命工学

    倉地幸徳, 倉地須美子, 浜田俊幸, 末永恵美, 吉沢明康

    日本老年医学会雑誌   45 ( 2 )   2008年3月

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    記述言語：日本語   掲載種別：記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）  

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  • DesaturaseとElongaseの網羅的探索及びその組合せによる脂肪酸予測

    橋本浩介, 吉沢明康, 奥田修二郎, 隈啓一, 五斗進, 金久實

    生化学   2007年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • 遺伝子エレメントASE結合核蛋白質の同定 年齢軸恒常性分子機構の確立に向けて

    倉地 須美子, 笠間 絵美, 田中 拓, 吉沢 明康, 倉地 幸徳

    日本血栓止血学会誌   18 ( 5 )   460 - 460   2007年10月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）   出版者・発行元：(一社)日本血栓止血学会  

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  • 真核細胞内輸送機構の進化的解析

    吉沢明康

    京都大学 スーパーコンピューターラボラトリー 平成18年度 研究成果報告書   2007年3月

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    担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：機関テクニカルレポート，技術報告書，プレプリント等  

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  • Analysis of Tissue Specific Expression Patterns of Isozymes 国際誌

    Takarabe, M, Tsuchida, A, Fujita, M, Okuda, S, Yoshizawa, AC, Yamada, T, Itoh, M, Goto, S, Kanehisa, M

    Genome Informatics, GIW 2006 Poster Abstracts   17   2006年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）  

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  • 真核細胞内輸送の解析

    吉沢明康

    京都大学化学研究所スーパーコンピューターラボラトリー 平成17年度 研究成果報告書   96 - 97   2006年3月

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    担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：機関テクニカルレポート，技術報告書，プレプリント等  

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  • 細胞内輸送関与蛋白質のパラログ数変化に基づく真核細胞内輸送経路の多様化の考察

    吉沢明康, 奥田修二郎, 守屋勇樹, 伊藤真純, 川島秀一, 五斗進, 金久實

    日本分子生物学会年会講演要旨集   28th   2005年11月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • 選択的スプライシングとタンパク質の機能の多様化の関連解析

    重水大智, 奥田修二郎, 吉沢明康, 伊藤真純, 服部正泰, 五斗進, 金久實

    日本分子生物学会年会講演要旨集   28th   2005年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • 細胞内小胞輸送パスウェイの解析

    吉沢明康

    京都大学化学研究所スーパーコンピューターラボラトリー 平成16年度 研究成果報告書   65 - 66   2005年3月

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    担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：機関テクニカルレポート，技術報告書，プレプリント等  

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  • Functional Classification of Coiled-Coil Proteins in Multiple Genomes 国際誌

    Yoshizawa, AC, Okuda, S, Moriya, Y, Itoh, M, Katayama, T, Kawano, S, Okamoto, S, Kawashima, S, Kanehisa, M

    Genome Informatics, GIW 2004 Poster Abstracts   15   2004年12月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）  

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  • Automatic generation of KEGG OC (Ortholog Cluster) and its assignment to draft genomes 国際誌

    Moriya, Y, Katayama, T, Nakaya, A, Itoh, M, Yoshizawa, AC, Okuda, S, Kanehisa, M

    Genome Informatics, GIW 2004 Poster Abstracts   15   2004年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）  

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  • Functional Categorization of Multiple Genomes using KEGG OC in the Genome Indices 国際誌

    Okuda, S, Yoshizawa, AC, Moriya, Y, Itoh, M, Katayama, T, Goto, S, Kanehisa, M

    Genome Informatics, GIW 2004 Poster Abstracts   15   2004年12月

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  • Analysis of the bacterial sequences recognized by RNA-binding proteins and compounds 国際誌

    Muto, A, Yoshizawa, AC, Okuda, S, Itoh, M, Hattori, M, Kanehisa, M

    Genome Informatics, GIW 2004 Poster Abstracts   15   2004年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）  

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  • SNARE分子のパラログ数変化に基づく真核細胞内輸送経路の多様化の考察

    吉沢明康, 奥田修二郎, 伊藤真純, 守屋勇樹, 川島秀一, 五斗進, 金久實

    日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集   27th   2004年11月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • ゲノムを特徴づける種々の指標のデータベース化とそれらによる生物種進化の考察

    奥田修二郎, 吉沢明康, 守屋勇樹, 伊藤真純, 五斗進, 金久實

    日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集   27th   2004年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • Integration of Biological Features of Multiple Genomes - The Construction of "Genome Indices" database - 国際誌

    Okuda, S, Yoshizawa, AC, Moriya, Y, Itoh, M, Goto, S, Kanehisa, M

    Genome Informatics, IBSB 2004 Poster Abstracts   15   2004年5月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）  

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  • Prediction and Comparison of Coiled-Coil Proteins in Multiple Genomes 国際誌

    Yoshizawa, AC, Okuda, S, Itoh, M, Katayama, S, Kawashima, S, Kanehisa, M

    Genome Informatics, IBSB 2004 Poster Abstracts   15   2004年5月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）  

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  • 細胞内小胞輸送蛋白質の解析

    吉沢明康

    京都大学化学研究所スーパーコンピューターラボラトリー 平成15年度 研究成果報告書   73 - 74   2004年3月

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    担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：機関テクニカルレポート，技術報告書，プレプリント等  

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  • SNARE分子の分類とデータベース構築

    吉沢明康, 五斗進, 川島秀一, 金久實

    日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集   26th   2003年11月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • 細胞内小胞輸送系の解析

    吉沢明康

    京都大学化学研究所スーパーコンピューターラボラトリー 平成14年度 研究成果報告書   66 - 68   2003年3月

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    担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：機関テクニカルレポート，技術報告書，プレプリント等  

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  • Bioinformatics Center - Bioknowledge Systems -

    (著者名表示なし)

    京都大学化学研究所英文年報 2002年度   13   50 - 51   2003年2月

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    記述言語：日本語   掲載種別：機関テクニカルレポート，技術報告書，プレプリント等  

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  • 細胞内小胞輸送過程の解析

    吉沢明康

    京都大学化学研究所スーパーコンピューターラボラトリー 平成13年度 研究成果報告書   80 - 82   2002年3月

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    担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：機関テクニカルレポート，技術報告書，プレプリント等  

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  • 細胞内小胞輸送過程のデータベース化と解析

    吉沢明康

    京都大学化学研究所スーパーコンピューターラボラトリー 平成12年度 研究成果報告書   2001年3月

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    担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：機関テクニカルレポート，技術報告書，プレプリント等  

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講演・口頭発表等

  • jPOSTの10年間：プロテオーム統合データベースの未来に向けて

    吉沢明康, 高橋悠志, 小林大樹, 守屋勇樹, 幡野敦, 高見知代, 松本雅記, 荒木令江, 田畑剛, 岩崎未央, 杉山直幸, 小寺義男, 福島敦史, 田中聡, 五斗進, 河野信, 奥田修二郎, 石濱泰

    第47回日本分子生物学会年会  2024年11月  日本分子生物学会

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    開催年月日： 2024年11月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    国名：日本国  

    2P-248

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  • タンパク質言語モデルによる代謝回転率予測と精度関連因子の解析

    石野公基, 劉鈺婷, 吉沢明康, 奥田修二郎

    第47回日本分子生物学会年会  2024年11月  日本分子生物学会

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    開催年月日： 2024年11月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：福岡  

    2P-273

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  • 大規模言語モデルを用いたタンパク質代謝回転予測

    石野公基, 吉沢明康, 奥田修二郎

    第97回日本生化学会大会  2024年11月  日本生化学会

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    開催年月日： 2024年11月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：パシフィコ横浜ノース   国名：日本国  

    2P-412

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  • プロテオーム統合データベースjPOSTとデータジャーナルJPDM

    吉沢明康, 高橋悠志, 小林大樹, 守屋勇樹, 幡野敦, 高見知代, 松本雅記, 荒木令江, 田畑剛, 岩崎未央, 杉山直幸, 小寺義男, 福島敦史, 田中聡, 五斗進, 河野信, 奥田修二郎, 石濱泰

    第97回日本生化学会大会  2024年11月  日本生化学会

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    開催年月日： 2024年11月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：パシフィコ横浜ノース   国名：日本国  

    1P-426

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  • MB-POST: A novel data repository for storing high-quality spectral data in metabolomics mass spectrometry

    Takahashi, Y, Yoshizawa, AC, Kiuchi, T, Matsuda, F, Okuda, S

    第97回日本生化学会大会  2024年11月  日本生化学会

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    開催年月日： 2024年11月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：パシフィコ横浜ノース   国名：日本国  

    1P-427

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  • Mass spectrometry data repositories facilitate the multi-omics experimental data accumulation and reanalysis 国際会議

    Takahashi, Y, Yoshizawa, AC, Matsuda, F, Aoki-Kinoshita, KF, Ishihama, Y, Okuda, S

    APBJC 2024 (Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference 2024)  2024年10月 

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    開催年月日： 2024年10月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • From JPDM to jPOST：データ論文を用いたデータ再解析の半自動化

    吉沢明康, 高橋悠志, 小林大樹, 守屋勇樹, 幡野敦, 高見知代, 松本雅記, 荒木令江, 田畑剛, 岩崎未央, 杉山直幸, 小寺義男, 福島敦史, 田中聡, 五斗進, 河野信, 奥田修二郎, 石濱泰

    トーゴーの日シンポジウム2024  2024年10月  JST NBDC事業推進室

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    開催年月日： 2024年10月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：品川ザ･グランドホール   国名：日本国  

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  • マルチオミクス質量分析データの蓄積と再解析を支えるデータリポジトリ基盤

    高橋悠志, 吉沢明康, 松田史生, 木下聖子, 石濱泰, 奥田修二郎

    トーゴーの日シンポジウム2024  2024年10月  JST NBDC事業推進室

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    開催年月日： 2024年10月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：品川ザ･グランドホール   国名：日本国  

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  • jPOST meets JPDM

    吉沢明康, 高橋悠志, 小林大樹, 守屋勇樹, 幡野敦, 高見知代, 松本雅記, 荒木令江, 田畑剛, 岩崎未央, 杉山直幸, 小寺義男, 福島敦史, 田中聡, 五斗進, 河野信, 奥田修二郎, 石濱泰

    統合化推進プログラム(DICP)研究交流会  2024年10月  JST NBDC事業推進室

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    開催年月日： 2024年10月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：JST東京本部（サイエンス･プラザ）   国名：日本国  

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  • Shin-MassBank project: Generation of high-quality spectra from human metabolome datasets 国際会議

    Matsuda, F, Hirayama, A, Hayasaka, R, Takahashi, M, Yoshizawa, AC, Nishida, K, Torigoe, T, Kiuchi, T, Matsuzawa, Y, Tsugawa, H, Okuda, S, Izumi, Y

    25th International Mass Spectrometry Conference  2024年8月 

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    開催年月日： 2024年8月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：メルボルン，メルボルン･コンベンション･展示センター  

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  • JPDM データ論文のメタデータを用いたjPOSTデータ再解析の加速

    高橋悠志, 吉沢明康, 小林大樹, 守屋勇樹, 幡野敦, 高見知代, 松本雅記, 荒木令江, 田畑剛, 岩崎未央, 杉山直幸, 小寺義男, 福島敦史, 田中聡, 五斗進, 河野信, 奥田修二郎, 石濱泰

    日本プロテオーム学会2024年大会・第20回日本臨床プロテオゲノミクス学会合同大会  2024年6月 

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    開催年月日： 2024年6月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • The Shin-MassBank project: Enrichment of MassBank records using human metabolome datasets 国際会議

    Matsuda, F, Hirayama, A, Hayasaka, R, Takahashi, M, Yoshizawa, AC, Nishida, K, Torigoe, T, Kiuchi, T, Matsuzawa, Y, Tsugawa, H, Okuda, S, Izumi, Y

    Metabolomics2024 (20th Annual International Conference of the Metabolomics Society)  2024年6月 

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    開催年月日： 2024年6月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：大阪，ATCホール  

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  • メタボロミクス用質量分析データレポジトリ MB-POST の構築とその運用

    奥田修二郎, 木内貴仁, 吉沢明康, 松田史生

    第72回質量分析総合討論会  2024年6月 

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    開催年月日： 2024年6月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：つくば，つくば国際会議場  

    [2B-S] スペクトルデータの収集・利活用によるオミクス科学の開拓

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  • シン・マスバンクプロジェクト：MassBankレコード拡充に向けたスペクトル平均化法の開発

    松田史生, 平山明由, 早坂亮祐, 高橋政友, 吉沢明康, 西田孝三, 鳥越大平, 木内貴仁, 松沢佑紀, 津川裕司, 奥田修二郎, 和泉自泰

    第72回質量分析総合討論会  2024年6月 

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    開催年月日： 2024年6月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：つくば，つくば国際会議場  

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  • Mass++ ver.4 Gold (official release), an Open-Source MS Data Viewer 国際会議

    Tanaka, S, Murase, M, Kato, M, Yamamoto, H, Matsubara, M, Tabata, T, Kusano, M, Kawano, S, Okuda, S, Yoshizawa, AC

    ASMS 2024 (72th ASMS (American Society for Mass Spectrometry) Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics)  2024年6月 

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    開催年月日： 2024年6月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • The Shin-MassBank project: Enrichment of MassBank records using human metabolome datasets 国際会議

    Matsuda, F, Hirayama, A, Hayasaka, R, Takahashi, M, Yoshizawa, AC, Nishida, K, Torigoe, T, Kiuchi, T, Matsuzawa, Y, Tsugawa, H, Okuda, S, Izumi, Y

    ASMS 2024 (72th ASMS (American Society for Mass Spectrometry) Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics)  2024年6月 

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    開催年月日： 2024年6月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：アナハイム，アナハイム･コンベンションセンター  

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  • jPOST & JPDM：プロテオームデータベースとデータ論文ジャーナル

    吉沢明康, 小林大樹, 守屋勇樹, 幡野敦, 高見知代, 松本雅記, 荒木令江, 田畑剛, 岩崎未央, 杉山直幸, 小寺義男, 田中聡, 五斗進, 河野信, 奥田修二郎, 石濱泰

    第46回日本分子生物学会年会  2023年12月  日本分子生物学会

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    開催年月日： 2023年12月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：神戸   国名：日本国  

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  • メタボロームデータリポジトリMB-POSTの開発状況

    吉沢明康

    2023年度統合化推進プログラム（DICP）研究交流会  2023年10月  JST NBDC事業推進部

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    開催年月日： 2023年10月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：日本未来館、東京  

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  • 質量情報から配列情報へ－どこまで信頼できるのか 招待

    吉沢 明康

    質量分析インフォマティクス研究会・第7回公開ワークショップ ONLINE「質量分析オミクスデータを深く読む」  2022年4月 

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    開催年月日： 2022年4月

    記述言語：日本語   会議種別：シンポジウム・ワークショップ パネル（指名）  

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  • マススペクトルに於けるペプチドイオンピークの深層学習による検出法の開発 招待

    吉沢 明康

    第17回日本臨床プロテオゲノミクス研究会  2021年5月  日本臨床プロテオゲノミクス研究会

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    開催年月日： 2021年5月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：オンライン   国名：日本国  

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  • ショットガンプロテオミクスにおけるマススペクトログラムの階層クラスタリングによるタンパク質同定

    疋田拓也, 木部航希, 吉沢明康, 田畑剛, 吉井和佳, 石濱泰

    第2回生体分子分析ワークショップ  2021年3月 

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    開催年月日： 2021年3月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：オンライン   国名：日本国  

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  • ショットガンプロテオミクスにおけるマススペクトログラムの階層クラスタリングによるタンパク質同定

    疋田拓也,木部航希,吉沢明康,田畑剛,吉井和佳,石濱泰

    日本薬学会第141年会  2021年3月  日本薬学会

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    開催年月日： 2021年3月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：オンライン   国名：日本国  

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  • 質量分析インフォマティクスの世界：どこから来て、何者で、どこに向かうのか 招待

    吉沢 明康

    第9回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2020: 2020年日本バイオインフォマティクス学会(JSBi)年会）  2020年9月  日本バイオインフォマティクス学会

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    開催年月日： 2020年9月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    開催地：オンライン  

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  • An extension of Mass++ ver.4, a data viewer, for proteome analysis 国際会議

    Tanaka, S., Murase, M., Kato, M., Tabata, T., Kusano, M., Kawano, S., Goto, S., Ishihama, Y., Yoshizawa, A.C.

    ASMS 2020 Reboot (68th ASMS (American Society for Mass Spectrometry) Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics)  2020年6月  アメリカ質量分析学会

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    開催年月日： 2020年6月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：オンライン   国名：アメリカ合衆国  

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  • jPOST統合環境の機能深化と連携基盤強化

    守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 山ノ内祥訓, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 岩崎未央, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

    トーゴーの日シンポジウム2019  2019年10月  バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC)

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    開催年月日： 2019年10月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：東京  

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  • Development of a Time-Resolved Microfluorimeter with a Synchroscan Streak Camera and Its Application to Studies of Cell Membranes 国際会議

    Kusumi, A, Tsuji, A, Murata, M, Sako, Y, Yoshizawa, A.C, Hayakawa, T, Ohnishi, S

    1988 Los Angels Symposium of SPIE (The International Society for Optical Engineering)  1988年1月  SPIE (The International Society for Optical Engineering)

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    開催年月日： 1988年1月

    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：ロサンゼルス   国名：アメリカ合衆国  

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  • 大規模言語モデルに基づいたタンパク質ターンオーバー予測

    石野公基, 吉沢明康, 劉鈺婷, 奥田修二郎

    文部科学省 科学研究費補助金 学術変革領域研究（A）「タンパク質寿命が制御するシン・バイオロジー」第3回班会議  2024年9月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • Mass++ ver.4 - An open-source MS data viewer with enhanced basic functions and easy implementation of external software 国際会議

    Tanaka, S, Murase, M, Kato, M, Yamamoto, H, Tabata, T, Kusano, M, Kawano, S, Goto, S, Ishihama, Y, Yoshizawa, AC

    ASMS 2023 (71th ASMS (American Society for Mass Spectrometry) Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics)  2023年6月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • Temporal Analysis of Proteome and Phosphoproteomeof the SARS-CoV-2 Infected Cell 国際会議

    Watanabe, Y, Muramoto, Y, Oda, Y, Ogata, K, Yoshizawa, A, Sugiyama, N, Noda, T, Toyoshima, F, Ishihama, Y

    第6回京都生体質量分析研究会(KBMSS)国際シンポジウム・国際質量分析イメージングシンポジウム2023京都  2023年1月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • Mass++ ver.4 -MS data viewer meets online databases- 国際会議

    Tanaka, S, Murase, M, Kato, M, Yamamoto, H, Tabata, T, Kusano, M, Kawano, S, Goto, S, Ishihama, Y, Yoshizawa, AC

    Human Proteome Organization World Congress (HUPO2022)  2022年12月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • jPOST:「コミュニティ・ベース論文調査」によるメタデータキュレーションの加速

    吉沢明康, 守屋勇樹, 小林大樹, 張智翔, 奥田修二郎, 田畑剛, 河野信, 幡野敦, 高見知代, 松本雅記, 山ノ内祥訓, 荒木令江, 岩崎未央, 杉山直幸, 福島敦史, 田中聡, 五斗進, 石濱 泰

    トーゴーの日シンポジウム2022  2022年10月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • jPOST にまつわる五つの疑問 招待

    吉沢 明康

    日本プロテオーム学会2022年大会（JHUPO第20回大会）  2022年8月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • DIAプロテオミクスにおける混合MS/MSスペクトログラム分解法の開発

    町田和典, 上村京也, 田畑剛, 小形公亮, 吉沢明康, 吉井和佳, 田中利幸, 石濱泰

    第3回生体分子分析ワークショップ  2022年3月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • DIAプロテオミクスにおける混合MS/MSスペクトログラム分解法の開発

    町田和典, 上村京也, 田畑剛, 小形公亮, 吉沢明康, 吉井和佳, 田中利幸, 石濱泰

    日本薬学会第142年会  2022年3月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • jPOSTrepoメタデータのSDRF化

    有馬佳奈美, 岡本瑠璃, 小林大樹, 吉沢明康, 河野信

    トーゴーの日シンポジウム2021  2021年10月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • jPOSTdb: COVID-19データベースの構築

    吉沢明康, 守屋勇樹, 小林大樹, 張智翔, 奥田修二郎, 田畑剛, 河野信, 幡野敦, 高見知代, 松本雅記, 山ノ内祥訓, 荒木令江, 岩崎未央, 杉山直幸, 福島敦史, 田中聡, 五斗進, 石濱 泰

    トーゴーの日シンポジウム2021  2021年10月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • jPOSTリポジトリの機能強化

    渡辺由, 奥田修二郎, 守屋勇樹, 河野信, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 幡野敦, 山ノ内祥訓, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 岩崎未央, 杉山直幸, 田中聡, 石濱泰

    トーゴーの日シンポジウム2020  2020年10月  バイオサイエンスデータベースセンター

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：オンライン  

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  • トリプシン消化ペプチドの衝突誘起解離スペクトルの予測とショットガンプロテオミクスへの応用

    橘本哲志, 吉沢明康, 吉井和佳, 石濱泰

    日本薬学会第140年会（大会開催中止、要旨web公開を以て発表成立と規定）  2020年3月  日本薬学会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    COVID-19対応のため、web要旨公開を以て発表成立扱い

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  • Statistical Joint Protein and Peptide Quantification Based on Hierarchical Clustering of Mass Spectrograms 国際会議

    木部航希, 吉沢明康, 田畑剛, 吉井和佳, 石濱泰

    第4回京都生体質量分析研究会(KBMSS)シンポジウム  2020年2月  KBMSS

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：京都  

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  • プロテオミクスとデータベース 招待

    吉沢 明康

    熊本大学 大学院生命科学研究部 プロテオミクスセミナー  2019年12月  熊本大学医学部腫瘍医学講座

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    記述言語：日本語   会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等  

    開催地：熊本市  

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  • マススペクトログラムの階層クラスタリングに基づくタンパク質同定

    木部航希, 吉沢明康, 田畑剛, 吉井和佳, 石濱泰

    第42回日本分子生物学会年会  2019年12月  日本分子生物学会

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：福岡市  

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  • 配列タグを用いたタンパク質配列超高速検索システムの開発

    吉沢明康, 内藤雄樹, 早川英介, 五斗進, 石濱泰

    第42回日本分子生物学会年会  2019年12月  日本分子生物学会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：福岡市  

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  • 深層学習を用いたペプチド由来質量分析イオンピークの検出法の開発

    守屋勇樹, 田畑剛, 岩崎未央, 河野信, 五斗進, 石濱泰, 瀧川一学, 吉沢明康

    第42回日本分子生物学会年会  2019年12月  日本分子生物学会

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：福岡市  

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  • プロテオームデータベースjPOSTの挑戦

    石濱泰, jPOST project

    トーゴーの日シンポジウム2019  2019年10月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • Peptide end sequence information in HCD spectra for protein identification 国際会議

    Yoshizawa, A.C, Tabata, T, Sugiyama, N, Ishihama, Y

    18th Human Proteome Organization World Congress (HUPO2019)  2019年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • Mass++ ver.4: an open-source, simple and extensible MS data viewer 国際会議

    Tanaka, S, Murase, M, Kato, M, Tabata, T, Kusano, M, Kawano, S, Goto, S, Ishihama, Y, Yoshizawa, A

    18th Human Proteome Organization World Congress (HUPO2019)  2019年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • Network analysis of proteogenomics data in lung cancer cell lines 国際会議

    Watanabe Y, Ling Y, Uemura H, Yoshizawa, A.C, Ishihama Y, Okuda S

    18th Human Proteome Organization World Congress (HUPO2019)  2019年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • UniScore, a universal measure for annotated peptide product ion spectra 国際会議

    Tabata, T, Yoshizawa, A.C, Sugiyama, N, Ishihama, Y

    18th Human Proteome Organization World Congress (HUPO2019)  2019年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • プロテオゲノミクスのための解析プラットフォーム開発

    上村駿人, 吉沢明康, 杉山直幸, 奥田修二郎, 石濱泰

    日本分析化学会 第68年会  2019年9月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • SPARQLと配列クラスターを用いたアノテーション支援ツールの開発

    吉沢 明康

    第8回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2019)（日本バイオインフォマティクス学会2019年年会）  2019年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • 階層クラスタリングを用いたLC/MS/MSマススペクトログラムのタンパク質同定

    木部航希, 吉沢明康, 田畑剛, 吉井和佳, 石濱泰

    PPF2019 第17回次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム  2019年9月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • 事後ペプチドシーケンスタグの利用によるタンパク質同定の精度向上

    吉沢明康, 田畑剛, 岩崎未央, 杉山直幸, Lukas Käll, 石濱泰

    日本プロテオーム学会2019年大会  2019年7月  日本プロテオーム学会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：宮崎市  

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  • 偽客（サクラ）と囮（おとり） ～計算プロテオミクスの品質保証～ 招待

    吉沢 明康

    第3回質量分析インフォマティクス・ハッカソン・プレ・ミーティング  2019年7月  質量分析インフォマティクス研究会（日本バイオインフォマティクス学会）

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    開催地：鹿児島県指宿市  

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  • The sushi proteome project towards unveiling dietary metaproteomes without genomic information 国際会議

    Nishida, H, Yoshizawa, A.C, Tabata, T, Sugiyama, N, Okuda, S, Ishihama, Y

    67th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics  2019年6月  アメリカ質量分析学会 (ASMS)

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：米ジョージア州アトランタ  

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  • 事後ペプチドシーケンスタグを利用する高精度タンパク質同定 国際共著

    田畑剛, 吉沢明康, 岩崎未央, 杉山直幸, Käll, Lukas, 石濱泰

    第67回質量分析総合討論会  2019年5月  日本質量分析学会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：つくば  

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  • 深層学習に基づくペプチド由来イオンピークの新規検出手法

    守屋勇樹, 田畑剛, 岩崎未央, 河野信, 五斗進, 石濱泰, 瀧川一学, 吉沢明康

    第67回質量分析総合討論会  2019年5月  日本質量分析学会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：つくば  

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  • Development of a metaproteomics platform for microbe analysis 国際会議

    坂本悠太, 伊藤麻里子, 柏木陽一郎, 野崎剛徳, 村上伸也, 吉沢明康, 杉山直幸, 石濱泰

    第3回KBMSSシンポジウム  2019年2月  京都生体質量分析研究会

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：京都  

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  • Metaproteomics of Mouse Tissues and Feces (3P-0081)

    坂本悠太, 伊藤麻里子, 柏木陽一郎, 野崎剛徳, 村上伸也, 吉沢明康, 杉山直幸, 石濱泰

    第41回日本分子生物学会年会  2018年11月  日本分子生物学会

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • プロテオーム統合データベースの機能深化

    守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 山ノ内祥訓, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 岩崎未央, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

    第41回日本分子生物学会年会  2018年11月  日本分子生物学会

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • Metaproteomics of Mouse Tissues and Feces (1PW1-02-3)

    坂本悠太, 伊藤麻里子, 柏木陽一郎, 野崎剛徳, 村上伸也, 吉沢明康, 杉山直幸, 石濱泰

    第41回日本分子生物学会年会  2018年11月  日本分子生物学会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • jPOSTプロジェクトが提供するプロテオミクスデータとその解析ツール 招待

    五斗進, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 山ノ内祥訓, 荒木令江, 吉沢 明康, 田畑剛, 岩崎未央, 杉山直幸, 田中聡, 石濱泰

    第41回日本分子生物学会年会  2018年11月  日本分子生物学会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • プロテオーム質量分析データの解析 招待

    吉沢 明康

    臨床質量分析共用プラットフォーム 第3回 質量分析トレーニングコース  2018年11月  文部科学省 先端研究基盤共用促進事業（共用プラットフォーム形成支援プログラム）

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • 機械学習に基づくペプチド由来イオンピークの新規検出手法

    守屋勇樹, 田畑剛, 岩崎未央, 河野信, 五斗進, 石濱泰, 瀧川一学, 吉沢明康

    第21回情報論的学習理論ワークショップ (IBIS2018)  2018年11月  電子情報通信学会 情報論的学習理論と機械学習研究会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    国名：日本国  

    D1-53

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  • jPOST統合環境の開発

    奥田修二郎, 渡辺由, 守屋勇樹, 河野信, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 山ノ内祥訓, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 岩崎未央, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

    トーゴーの日シンポジウム2018  2018年10月  JST バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC)

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • 質量分析法 meets ゲノム情報 招待

    吉沢 明康

    第7回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2018)  2018年9月  日本バイオインフォマティクス学会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • LC/MS/MSマススペクトログラムの階層クラスタリングに基づくタンパク質同定

    木部航希, 吉沢明康, 田畑剛, 吉井和佳, 石濱泰

    第7回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2018)  2018年9月  日本バイオインフォマティクス学会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • Mass++ ver.4: an open-source, quick and simple data viewer 国際会議

    Satoshi Tanaka, Masaki Murase, Tsuyoshi Takahashi, Masaki Kato, Maiko Kusano, Shin Kawano, Akiyasu C. Yoshizawa, Susumu Goto, Yasushi Ishihama

    66th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics (ASMS2018)  2018年6月  アメリカ質量分析学会 (ASMS)

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • Utilizing peptide sequence tags for controlling false discovery rates in database search 国際会議

    Akiyasu C. Yoshizawa, Tsuyoshi Tabata, Mio Iwasaki, Naoyuki Sugiyama, Yasushi Ishihama

    66th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics (ASMS2018)  2018年6月  アメリカ質量分析学会 (ASMS)

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • プロテオミクスは環境化学に貢献できるか？ 招待

    吉沢 明康

    第27回環境化学討論会  2018年5月  日本環境化学会・質量分析インフォマティクス研究会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • Application of Non-negative Matrix Factorization in Mass Spectrometry-Based Shotgun Proteomics (4P-40) 国際会議

    Taechawattananant, P, Yoshizawa, AC, Yoshii, K, Ishihama, Y

    MSP2018  2018年5月  日本質量分析学会・日本プロテオーム学会・AOHUPO

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • Application of Non-negative Matrix Factorization in Mass Spectrometry-Based Shotgun Proteomics (4C-O2-P-1605) 国際会議

    Pasrawin Taechawattananant, Akiyasu C. Yoshizawa, Kazuyoshi Yoshii, Yasushi Ishihama

    MSP2018  2018年5月  日本質量分析学会・日本プロテオーム学会・AOHUPO

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • Metadata Curation for fully utilizing raw MS data in jPOST repository 国際会議

    Kobayashi, D, Araki, N, Okuda, S, Watanabe, Y, Moriya, Y, Kawano, S, Yamamoto, T, Matsumoto, T, Takami, T, Yoshizawa, A.C, Tabata, T, Iwasaki, M, Sugiyama, N, Tanaka, S, Goto, S, Ishihama, Y

    MSP2018  2018年5月  日本質量分析学会・日本プロテオーム学会・AOHUPO

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • マススペクトルにおけるペプチド同位体比の精確性（2P-43） 国際会議

    木部航希, 吉沢明康, 田畑剛, 吉井和佳, 石濱泰

    MSP2018  2018年5月  日本質量分析学会・日本プロテオーム学会・AOHUPO

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • マススペクトルにおけるペプチド同位体比の精確性（2B-O3-M-1805） 国際会議

    木部航希, 吉沢明康, 田畑剛, 吉井和佳, 石濱泰

    MSP2018  2018年5月  日本質量分析学会・日本プロテオーム学会・AOHUPO

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • Non-negative Matrix Factorization for Mass Spectrometry-Based Protein Identification 国際会議

    Pasrawin Taechawattananant, Akiyasu C. Yoshizawa, Kazuyoshi Yoshii, Yasushi Ishihama

    RECOMB2018  2018年4月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • メタプロテオミクスのためのデータ解析ワークフロー開発

    上村駿人, 伊藤麻里子, 吉沢明康, 杉山直幸, 石濱泰

    日本薬学会年会  2018年3月  日本薬学会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • Posting more precisive pictures of proteomes 招待 国際会議

    YOSHIZAWA Akiyasu C

    International Life Science Integration Workshop  2018年3月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • L1-Regularized Nonnegative Matrix Factorization for Mass Spectrometry-Based Shotgun Proteomics 国際会議

    Pasrawin, T, Yoshizawa, A.C, Yoshii, K, Ishihama, Y

    第2回京都生体質量分析研究会 (KBMSS) シンポジウム  2018年2月  京都生体質量分析研究会 (KBMSS)

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • jPOST: プロテオームデータベースの開発

    守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

    ConBio2017  2017年12月  日本分子生物学会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    国名：日本国  

    3P-0173

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  • jPOST：プロテオーム統合データベースプロジェクト

    奥田修二郎, 渡辺由, 守屋勇樹, 河野信, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

    ConBio2017  2017年12月  日本分子生物学会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    国名：日本国  

    3P-0171

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  • jPOST: 同定結果のFDR改善を目指す再解析プロトコルの開発

    吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

    ConBio2017  2017年12月  日本分子生物学会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    国名：日本国  

    3P-0172

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  • jPOST: メタデータのキュレーション

    小林大樹, 荒木令江, 奥田修二郎, 渡辺由, 守屋勇樹, 河野信, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

    トーゴーの日シンポジウム2017  2017年10月  JST バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC)

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • jPOST: タンパク質発現絶対量sliceの開発

    松本雅記, 高見知代, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

    トーゴーの日シンポジウム2017  2017年10月  JST バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC)

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • jPOST データベースの開発

    守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

    トーゴーの日シンポジウム2017  2017年10月  JST バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC)

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • jPOST: 再解析プロトコルによる同定結果の質的向上

    吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

    トーゴーの日シンポジウム2017  2017年10月  JST バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC)

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • jPOST：プロテオーム統合データベースプロジェクト

    奥田修二郎, 渡辺由, 守屋勇樹, 河野信, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

    トーゴーの日シンポジウム2017  2017年10月  JST バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC)

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • Controlling FalseDiscovery Rates on Large-scale Proteome Datasets in jPOST 国際会議

    Ishihama, Y, Yoshizawa, A, Tabata, T, Moriya, Y, Kawano, S, Okuda, S, Watanabe, Y, Yamamoto, T, Matsumoto, M, Takami, T, Kobayashi, D, Araki, N, Sugiyama, N, Tanaka, S, Goto, S

    16th Human Proteome Organization World Congress 2017 (HUPO2017)  2017年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • jPOST provides a global public data repository for a wide variety of proteomics experiments 国際会議

    Watanabe, Y, Okuda, S, Moriya, Y, Kawano,S, Yamamoto, T, Matsumoto, M, Takami, T, Kobayashi, D, Araki, N, Yoshizawa, A.C, Tabata, T, Sugiyama, N, Tanaka, S, Goto, S, Ishihama, Y

    16th Human Proteome Organization World Congress  2017年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • Development of integrated proteomics database: jPOST 国際会議

    Moriya, Y, Kawano,S, Okuda, S, Watanabe, Y, Yamamoto, T, Matsumoto, M, Takami, T, Kobayashi, D, Araki, N, Yoshizawa, A.C, Tabata, T, Sugiyama, N, Tanaka, S, Goto, S, Ishihama, Y

    16th Human Proteome Organization World Congress  2017年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • Reducing false positive identifications for proteome datasets accumulated in jPOST repository 国際会議

    Yoshizawa, A.C, Tabata, T, Moriya, Y, Kawano, S, Okuda, S, Watanabe, Y, Yamamoto, T, Matsumoto, M, Takami, T, Kobayashi, D, Araki, N, Sugiyama, N, Tanaka, S, Goto, S, Ishihama, Y

    16th Human Proteome Organization World Congress  2017年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • 質量から配列へ、同定結果からデータベースへ 招待

    吉沢 明康

    JASIS2017コンファレンス  2017年9月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • プロテオーム統合データベース jPOST：質量分析データ・リポジトリ（2P-16）

    奥田修二郎, 渡辺由, 守屋勇樹, 河野信, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

    日本プロテオーム学会2017年大会（JHUPO第15回大会）  2017年7月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • jPOST: プロテオーム統合データベースの開発（2P-18）

    守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

    日本プロテオーム学会2017年大会（JHUPO第15回大会）  2017年7月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • プロテオーム統合データベースjPOST:質量分析データ・リポジトリ（2S-2-2）

    奥田修二郎, 渡辺由, 守屋勇樹, 河野信, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

    日本プロテオーム学会大会  2017年7月  日本プロテオーム学会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • jPOST再解析プロトコル:偽陽性と偽陰性の同時減少を目指す 招待

    吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

    日本プロテオーム学会大会  2017年7月  日本プロテオーム学会

    　詳細を見る

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • jPOST:プロテオーム統合データベースの開発（2S-2-4）

    守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石澤泰

    日本プロテオーム学会大会  2017年7月  日本プロテオーム学会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • 同定結果はどこまで信頼できるか―データベース検索の落とし穴― 招待

    吉沢明康

    日本プロテオーム学会大会  2017年7月  日本プロテオーム学会

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    記述言語：日本語   会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等  

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  • プロテオミクスデータ解析2「Computational ProteomicsからProteome Informaticsへ」／演習 招待

    吉沢明康

    BMSコンファレンス  2017年7月  日本質量分析学会 BMS部会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • Controlling false discovery rate in accumulated public proteome dataset 国際会議

    Yoshizawa, A.C, Tabata, T, Moriya, Y, Kawano, S, Okuda, S, Watanabe, Y, Yamamoto, T, Matsumoto, M, Takami, T, Kobayashi, D, Araki, N, Sugiyama, N, Tanaka, S, Goto, S, Ishihama, Y

    65th ASMS(American Society for Mass Spectrometry) Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics  2017年6月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • データベース検索エンジンを用いたタンパク質同定における特異性向上

    吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

    質量分析総合討論会  2017年5月  日本質量分析学会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • Challenges in standardization of database search: development of the jPOST repository and the re-analysis protocol 招待 国際会議

    YOSHIZAWA, AC

    第1回京都生体質量分析研究会(KBMSS)シンポジウム  2017年2月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • プロテオーム統合データベースjPOST:再解析プロトコルの開発

    吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 五斗進, 石濱泰

    第39回日本分子生物学会年会  2016年12月  日本分子生物学会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：横浜  

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  • プロテオーム統合データベースjPOST:質量分析データ・リポジトリの公開（2P-0039）

    奥田修二郎, 渡辺由, 守屋勇樹, 河野信, 山本格, 松本雅記, 高見知世, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 五斗進, 石濱泰

    第39回日本分子生物学会年会  2016年12月  日本分子生物学会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • プロテオーム統合データベースjPOST：質量分析データ・リポジトリの公開（1PS7-4）

    奥田修二郎, 渡辺由, 守屋勇樹, 河野信, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 五斗進, 石濱泰

    第39回日本分子生物学会年会  2016年11月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • jPOST:プロテオームデータベースプロジェクト

    守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知世, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 五斗進, 石濱泰

    第39回日本分子生物学会年会  2016年11月  日本分子生物学会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • jPOST: 再解析考え中です

    吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 五斗進, 石濱泰

    トーゴーの日シンポジウム2016  2016年10月  JST バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC)

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • jPOST: リポジトリ始めました

    奥田修二郎, 渡辺由, 守屋勇樹, 河野信, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 五斗進, 石濱泰

    トーゴーの日シンポジウム2016  2016年10月  JST バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC)

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • jPOST: 今こんな感じです

    守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 五斗進, 石濱泰

    トーゴーの日シンポジウム2016  2016年10月  JST バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC)

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • 実はタンパク質は測定していない ～ プロテオミクスと質量分析法 ～ 招待

    吉沢 明康

    第5回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2016)  2016年9月  日本バイオインフォマティクス学会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • jPOST: repository and re-analysis protocol

    Moriya, Y, Yoshizawa, A.C, Tabata, T, Kawano, S, Watanabe, Y, Okuda, S, Yamamoto, T, Matsumoto, M, Takami, T, Kobayashi, D, Araki, N, Sugiyama, N, Goto, S, Ishihama, Y

    第5回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2016)  2016年9月  日本バイオインフォマティクス学会

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • jPOST for Asia and Oceania: Repository Opened (P03-01) 国際会議

    Okuda, S, Watanabe, Y, Moriya, Y, Kawano, S, Yamamoto, T, Matsumoto, M, Takami, T, Kobayashi, D, Araki, N, Yoshizawa, AC, Tabata, T, Sugiyama, N, Goto, S, Ishihama, Y

    The 8th Asia Oceania Human Proteome Organization (AOHUPO) Congress  2016年9月  AOHUPO

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • A Novel Data Integration Tool iPEACH Identified the Specific Molecular Networks of Cancer Stem Cells 国際会議

    Yamasaki, Y, Nambu,A, Silsirivanit, A, Kobayashi, D, Yoshizawa, A, Kawano, S, Araki, N

    The 8th Asia Oceania Human Proteome Organization (AOHUPO) Congress  2016年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • jPOST for Asia and Oceania: Re-analysis Protocol 国際会議

    Yoshizawa, A.C, Tabata, T, Moriya, Y, Kawano, S, Okuda, S, Watanabe, Y, Yamamoto, T, Matsumoto, M, Takami, T, Kobayashi, D, Araki, N, Sugiyama, N, Goto, S, Ishihama, Y

    The 8th Asia Oceania Human Proteome Organization (AOHUPO) Congress  2016年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • jPOST for Asia and Oceania: Repository Opened (S03-01) 国際会議

    Okuda, S, Watanabe, Y, Moriya, Y, Kawano, S, Yamamoto, T, Matsumoto, M, Takami, T, Kobayashi, D, Araki, N, Yoshizawa, A.C, Tabata, T, Sugiyama, N, Goto, S, Ishihama, Y

    The 8th Asia Oceania Human Proteome Organization (AOHUPO) Congress  2016年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • jPOST for Asia and Oceania: Current status in 2016 国際会議

    Moriya, Y, Kawano, S, Watanabe, Y, Okuda, S, Yamamoto, T, Matsumoto, M, Takami, T, Kobayashi, D, Araki, N, Yoshizawa, A.C, Goto, S, Tabata, T, Sugiyama, N, Ishihama, Y

    The 8th Asia Oceania Human Proteome Organization (AOHUPO) Congress  2016年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • jPOST: Re-analysis Protocol 国際会議

    Yoshizawa, A.C, Tabata, T, Moriya, Y, Kawano, S, Okuda, S, Watanabe, Y, Yamamoto, T, Matsumoto, M, Takami, T, Kobayashi, D, Araki, N, Sugiyama, N, Goto, S, Ishihama, Y

    15th Human Proteome Organization World Congress (HUPO2016)  2016年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • Analysis of the specific molecular networks of cancer stem cells using a novel data integration tool iPEACH 国際会議

    Yamasaki, Y, Nambu,A, Silsirivanit, A, Kobayashi, D, Yoshizawa, A, Kawano, S, Araki, N

    15th Human Proteome Organization World Congress (HUPO2016)  2016年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • jPOST: repository opened 国際会議

    Okuda, S, Watanabe, Y, Moriya, Y, Kawano, S, Yamamoto, T, Matsumoto, M, Takami, T, Kobayashi, D, Araki, N, Yoshizawa, A, Tabata, T, Sugiyama, N, Goto, S, Ishihama, Y

    15th Human Proteome Organization World Congress (HUPO2016)  2016年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • jPOST: Current status in 2016 国際会議

    Moriya, Y, Kawano, S, Watanabe, Y, Okuda, S, Yamamoto, T, Matsumoto, M, Takami, T, Kobayashi, D, Araki, N, Yoshizawa, A.C, Goto, S, Tabata, T, Sugiyama, N, Ishihama, Y

    15th Human Proteome Organization World Congress (HUPO2016)  2016年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • プロテオーム統合データベースjPOSTの開発 招待

    五斗進, 奥田修二郎, 渡邉由, 守屋勇樹, 河野信, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 石濱泰

    日本プロテオーム学会大会  2016年7月  日本プロテオーム学会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • プロテオーム統合データベースjPOST:再解析プロトコルの開発

    吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡邉由, 山本格, 松本雅記, 高見知世, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 五斗進, 石濱泰

    日本プロテオーム学会大会  2016年7月  日本プロテオーム学会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • ポストだけれど葉書じゃない、タンパクだけど淡泊じゃない 招待

    吉沢 明康

    第2回バイオインフォマティクスアゴラ  2016年7月 

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    記述言語：日本語   会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等  

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  • オープンソース版Mass++:ピーク検出機能の拡充

    田中聡, 太田悠葵, 村瀬雅樹, 津元裕樹, 草野麻衣子, 吉沢明康, 三浦ゆり, 川崎ナナ, 五斗進

    質量分析総合討論会  2016年5月  日本質量分析学会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • 質量スペクトルはデータベース検索“グレーゾーン”を明瞭化するか

    吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 山本格, 松本雅記, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 五斗進, 石濱泰

    質量分析総合討論会  2016年5月  日本質量分析学会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • jPOST:プロテオーム解析ワークフローの標準化

    守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 山本格, 松本雅記, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 五斗進, 田畑剛, 杉山直幸, 石濱泰

    BMB2015  2015年12月  日本分子生物学会・日本生化学会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • オープンソース版Mass++によるオミックス解析

    田中聡, 津元裕樹, 太田悠葵, 村瀬雅樹, 吉沢明康, 川崎ナナ, 五斗進

    BMB2015  2015年12月  日本分子生物学会・日本生化学会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • jPOST: Development of a high-quality proteome database

    Moriya, Y, Kawano, S, Okuda, S, Yamamoto, T, Matsumoto, M, Kobayashi, D, Araki, N, Yoshizawa, AC, Goto, S, Tabata, T, Sugiyama, N, Ishihama, Y

    第4回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2015)  2015年10月  日本バイオインフォマティクス学会

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • Open-sourced Mass++ for Mass Spectrometric Data Analysis

    村瀬雅樹, 田中聡, 吉沢明康, 五斗進

    第4回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2015)  2015年10月  日本バイオインフォマティクス学会

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • Search space reduction by utilizing known modification information for proteomic database search

    Yoshizawa, AC, Tabata, T, Moriya, Y, Kawano, S, Goto, S, Ishihama, Y

    第4回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2015)  2015年10月  日本バイオインフォマティクス学会

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • タンパク質同定とデータベース

    吉沢 明康

    jPOST Workshop: Computational Proteomics  2015年10月 

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    記述言語：日本語   会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等  

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  • jPOST (Japan Proteome Standard Repository/Database)：プロテオーム・データの標準化と統合

    守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 山本格, 松本雅記, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 五斗進, 田畑剛, 杉山直幸, 石濱泰

    トーゴーの日シンポジウム2015  2015年10月  JST バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC)

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • jPOST: Development of Japan ProteOme STandard repository/database 国際会議

    Kawano, S, Moriya, Y, Okuda, S, Yamamoto, T, Matsumoto, M, Kobayashi, D, Araki, N, Yoshizawa, A.C, Tabata, T, Sugiyama, N, Goto, S, Ishihama, Y

    14th Human Proteome Organization World Congress (HUPO2015)  2015年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • 融合プロテオミクスの統合ソフトウェア iPEACH によるグリオーマ幹細胞の維持と分化に関わるネットワーク解析

    山崎義宗, 河野信, 吉沢明康, 南部晶子, 水口惣平, 小林大樹, 長山慈, 永井美奈子, Silsirivanit Atit, 佛淵尚人, 荒木令江

    日本プロテオーム学会2015年会（JHUPO第13回大会）  2015年7月  日本プロテオーム学会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • 日本発の高品質プロテオームデータベース：jPOST

    守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 山本格, 松本雅記, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 五斗進, 田畑剛, 杉山直幸, 石濱泰

    日本プロテオーム学会2015年会（JHUPO第13回大会）  2015年7月  日本プロテオーム学会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • オープンソース版Mass++とプロテオーム解析

    田中 聡, 村瀬雅樹, 吉沢明康, 五斗 進

    日本プロテオーム学会2015年会（JHUPO第13回大会）  2015年7月  日本プロテオーム学会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • どのデータベースを使うか ～データベース検索と配列解析・誤解と難題～ 招待

    吉沢 明康

    日本プロテオーム学会2015年会  2015年7月  日本プロテオーム学会

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    記述言語：日本語   会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等  

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  • データベースを使ったタンパク質同定 招待

    吉沢 明康

    JHUPO2015プロテオミクストレーニングコース  2015年7月 

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    記述言語：日本語   会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等  

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  • オープンソース版Mass++

    田中聡, 吉沢明康, 五斗進

    質量分析総合討論会講演要旨集  2015年6月  日本質量分析学会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • 質量分析ソフトウェアMass++を用いたN型糖鎖負イオンMS/MSスペクトルの解析

    森本健太郎, 西風隆司, 吉沢明康, 梶原茂樹, 青島健, 小田吉哉, 田中耕一

    質量分析総合討論会講演要旨集  2014年5月  日本質量分析学会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • Mass++:同定機能と翻訳後修飾文献DBとの連携

    田中聡, 吉沢明康, 田畑剛, 草野麻衣子, 青島健, 宇都宮眞一, 梶原茂樹, 小田吉哉, 田中耕一

    質量分析総合討論会講演要旨集  2014年5月  日本質量分析学会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • タンパク質末端配列の種間比較と末端配列データベース構築

    吉沢明康, 福山裕子, 梶原茂樹, 九山浩樹, 田中耕一

    日本分子生物学会年会  2013年12月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • 計算プロテオミクス：データベースを利用したタンパク質翻訳後修飾の同定 招待

    吉沢明康, 田畑剛, 木村剛之, 青島健, 福山裕子, 梶原茂樹, 九山浩樹, 小田吉哉, 田中耕一

    第694回新潟医学会シンポジウム「生命システムの理解に向けたバイオインフォーマティクス」  2013年11月  新潟医学会

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • Mass++, MassBank を用いた脂質同定システムの構築

    田中聡, 吉沢明康, 草野麻衣子, 藤田雄一郎, 福田充, 宇都宮眞一, 梶原茂樹, 田畑剛, 高橋健太郎, 青島健, 小田吉哉, 二瓶義人, 西岡孝明, 田中耕一

    日本医用マススペクトル学会第38回年会  2013年9月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • 融合プロテオミクスによる神経線維腫症1型(NF1)病態モデル細胞内活性化シグナルDynein IC2‐GR‐COX‐1の同定

    小林大樹, 平山未央, 水口惣平, 森川崇, 長山慈, 緑川宇一, WILSON‐MORIFUJI Masayo, 南部(新堀)晶子, 吉沢明康, 河野信, 荒木令江

    日本生化学会大会(Web)  2013年9月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • Mass++:質量分析データの一括解析

    田中聡, 藤田雄一郎, 吉沢明康, 福田充, 宇都宮眞一, 梶原茂樹, 青島健, 小田吉哉, 田中耕一

    質量分析総合討論会講演要旨集  2013年9月  日本質量分析学会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • ユーザーによる処理の追加可能なproteome解析プラットフォームJobRequestと,それを利用したタンパク質同定ツールProteoAnalysis

    田畑剛, 吉沢明康, 山本昇, 青島健, 小田吉哉, 梶原茂樹, 田中耕一

    質量分析総合討論会講演要旨集  2013年9月  日本質量分析学会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • ヒトタンパク質末端配列データベースの構築と末端配列の一意性の推定

    吉沢明康, 福山裕子, 梶原茂樹, 九山浩樹, 田中耕一

    質量分析総合討論会講演要旨集  2013年9月  日本質量分析学会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • 質量分析用データ解析ソフトウェアMass++とマススペクトルデータベースMassBank連携プラグインの開発

    青島健, 福田充, 井川幹之, 高橋健太郎, 木村剛之, 梶原茂樹, 宇都宮眞一, 田中聡, 吉沢明康, 田中耕一, 池田奨, 二瓶義人, 西岡孝明, 小田吉哉

    質量分析総合討論会講演要旨集  2013年9月  日本質量分析学会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • 液体マトリックス3AQ/CHCAを用いたがんマーカータンパク質BFPの構造解析

    寶迫睦美, 九山浩樹, 中島ちひろ, 福山裕子, 吉沢明康, 川畑慎一郎, 田中耕一

    質量分析総合討論会講演要旨集  2013年9月  日本質量分析学会

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • Development of ProteomeTools - a web application suite for proteomics experiment 国際会議

    Tabata, T, Yoshizawa, A.C, Ohta, Y, Kusano, M, Yamamoto, N, Aoshima, K, Kajihara, S, Oda, Y, Tanak,a K

    Human Proteome Organization 12th Annual World Congress (HUPO2013)  2013年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • Cross-organism comparison of the uniqueness in protein terminal region sequences 国際会議

    Yoshizawa, A.C, Fukuyama, Y, Kajihara, S, Kuyama, H, Tanaka, K

    Human Proteome Organization 12th Annual World Congress (HUPO2013)  2013年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • A simple and fast label-free quantitation algorithm for LC-MS 国際会議

    Aoshima, K, Ikawa, M, Kimura, T, Fukuda, M, Takahashi, K, Tanaka, S, Fujita, Y, Yoshizawa, A.C, Utsunomiya, S, Kajihara, S, Tanaka, K, Oda, Y

    Human Proteome Organization 12th Annual World Congress (HUPO2013)  2013年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • iPEACH: Integrated Protein/Gene Expression Analysis Chart 国際会議

    Kawano, S, Yoshizawa, A.C, Mizuguchi, S, Araki, N

    Human Proteome Organization 12th Annual World Congress (HUPO2013)  2013年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • Integrated Proteomics Identified Novel Activation of Dynein IC2-GR-COX-1 Signaling by Suppression of NF1 Tumor Suppressor Gene Product, Neurofibromin, in Neuronal Cells 国際会議

    Kobayashi, D, Hirayama, M, Mizuguchi, S, Morikawa, T, Nagayama, M, Midorikawa, U, Wilson-Morifuji, M, Nambu-Niibori, A, Yoshizawa, A.C, Kawano, S, Araki, N

    Human Proteome Organization 12th Annual World Congress (HUPO2013)  2013年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • Identification and label-free quantitation of mass spectrometric data via freely available plug-in software, Mass++ 国際会議

    Tanaka, S, Fujita, Y, Yoshizawa, A.C, Utsunomiya, S, Kajihara, S, Fukuda, M, Ikawa, M, Takahashi, K, Tabata, T, Aoshima, K, Oda, Y, Tanaka, K

    Human Proteome Organization 12th Annual World Congress (HUPO2013)  2013年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • 既知翻訳後修飾情報データベースMSPTM-DBとweb実行環境ProteoAnalysis

    吉沢明康, 田畑剛, 木村剛之, 青島健, 小田吉哉, 梶原茂樹, 田中耕一

    日本分子生物学会年会  2012年12月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • KEGG OC:系統関係に基づいた大規模オーソログクラスタの自動生成

    守屋勇樹, 中谷明弘, 片山俊明, 伊藤真純, 平糠和志, 川島秀一, 奥田修二郎, 田中道廣, 時松敏明, 山西芳裕, 吉沢明康, 金久 實, 五斗 進

    日本分子生物学会年会  2012年12月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • JobRequest - an easy-to-use software platform for proteomic analysis - and ProteoAnalysis, its application for protein identification 国際会議

    Tabata, T, Yoshizawa, A.C, Kimura, T, Nakamura, T, Aoshima, K, Oda, Y, Kajihara, S, Tanaka, K

    19th International Mass Spectrometry Conference (IMSC2012)  2012年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • MSPTM-DB: a known PTM database for high-speed and accurate search available on the "ProteoAnalysis" web site 国際会議

    19th International Mass Spectrometry Conference (IMSC2012)  2012年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • 計算プロテオミクス手法を用いたタンパク質翻訳後修飾の同定 招待

    吉沢 明康

    熊本大学拠点形成研究Bセミナー「プロテオミクスを基盤とした病態システムズバイオロジー教育研究拠点の構築」  2012年6月 

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    記述言語：日本語   会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等  

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  • 質量分析データベース検索への翻訳後修飾情報の利用

    吉沢明康, 田畑剛, 木村剛之, 青島健, 小田吉哉, 梶原茂樹, 田中耕一

    日本分子生物学会年会  2011年12月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • データベース検索における翻訳後修飾情報の利用

    吉沢明康, 田畑剛, 木村剛之, 青島健, 小田吉哉, 梶原茂樹, 田中耕一

    第59回質量分析総合討論会  2011年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • Crystal structure of T-H protein complex of the glycine cleavage system 国際会議

    Okamura-Ikeda, K, Hosaka, H, Maita, N, Fujiwara, K, Yoshizawa, A.C, Nakagawa, A, Taniguchi, H

    XXII Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography  2011年8月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • セルロース生合成関連遺伝子ファミリーのゲノムコンテキスト

    河野 信, 吉沢明康

    BMB2010  2010年12月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • 仮想ゲルを用いたLC/MSデータの表示とタンパク質修飾の探索プログラム

    吉沢明康, 山田力志, 谷口寿章

    BMB2010  2010年12月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • 構造解析から明らかになったグリシン開裂酵素系T蛋白質によるアミノメチル転移の新たな反応機構

    池田和子, 保坂晴美, 真板宣夫, 藤原和子, 吉沢明康, 中川敦史, 谷口寿章

    BMB2010  2010年12月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • プロテオミクス解析データのデータベース化 招待

    吉沢 明康

    疾患酵素学研究センターセミナー  2010年11月 

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    記述言語：日本語   会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等  

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  • CIPRO 2.5: Ciona intestinalis Protein Database, a unique integrated repository of large-scale omics data, bioinformatic analyses, and curated annotation, with ability for user rating and comments 国際会議

    Endo, T, Ueno, K, Yonezawa, K, Mineta, K, Hotta, K, Satou, Y, Yamada, L, Ogasawara, M, Takahashi, H, Nakajima, A, Nakachi, M, Nomura, M, Yaguchi, J, Konno, A, Sasakura, Y, Yoshizawa, A.C, Taniguchi, H, Yamasaki, C, Sera, M, Imanishi, T, Inaba, K

    Beyond the Genome 2010  2010年10月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • CIPRO 2.5: Ciona intestinalis Protein integrated database with large-scale omics data, bioinformatic analyses and curated annotation, with ability for user rating and comments 国際会議

    Endo, T, Ueno, K, Yonezawa, K, Mineta, K, Hotta, K, Satou, Y, Yamada, L, Ogasawara, M, Takahashi, H, Nakajima, A, Nakachi, M, Nomura, M, Yaguchi, J, Konno, A, Sasakura, Y, Yoshizawa, A.C, Taniguchi, H, Yamasaki, C, Sera, M, Imanishi, T, Inaba, K

    Biocuration 2010  2010年10月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • CIONA INTESTINALIS PROTEIN DATABASE CIPRO SHOWS A VARIETY OF PROTEOMES FOR A SINGLE SPECIES

    遠藤俊徳, 上野恵介, 米澤弘毅, 峯田克彦, 堀田耕司, 佐藤ゆたか, 山田力志, 小笠原道生, 高橋弘樹, 中島綾子, 中地美都, 野村守, 谷口順子, 紺野在, 笹倉靖徳, 吉沢明康, 谷口寿章, 今西規, 稲葉一男

    Computational Biology Research Center Workshop 2010 (CBRC2010)  2010年7月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • セルロース合成関連遺伝子群のゲノムコンテキスト解析

    河野信, 橋本浩介, 吉沢明康

    セルロース学会年次大会講演要旨集  2010年7月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • Western Blot-like Presentation of Gel-enhanced LC/MS Data and Software-based Detection of Protein Modifications 国際会議

    Yoshizawa, A.C, Yamada, L, Taniguchi, H

    RECOMB(Research in Computational Molecular Biology) Satellite Conference on Computational Proteomics 2010  2010年3月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • Global protein profiling of ascidian C. intestinalis: toward the comprehensive understanding at the protein level 国際会議

    Yamada, L, Yoshizawa, A.C, Taniguchi, H

    5th International Tunicate Meeting  2009年6月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • Ascidian Adult Body Map: A proteomic view of adult ascidian tissues 国際会議

    Yoshizawa, A.C, Yamada, L, Nakachi, M, Inaba, K, Ogasawara, M, Taniguchi, H

    5th International Tunicate Meeting  2009年6月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • Ascidian Adult Body Map：質量分析によるホヤ・プロテオーム・データベースの構築

    吉沢明康, 山田力志, 中地美都, 稲葉一男, 小笠原道生, 谷口寿章

    日本分子生物学会第9回春季シンポジウム  2009年5月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • KEGG OC: 全生物種ゲノムにおけるオーソログ遺伝子のバリエーションと高速検索技術（4P-0985）

    片山俊明, 伊藤真純, 奥田修二郎, 川島秀一, 田中道廣, 時松敏明, 中谷明弘, 平糠和志, 守屋勇樹, 山西芳裕, 吉沢明康, 金久 實

    第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会(BMB2008)  2008年12月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • マウス肝臓蛋白質発現の年齢依存変化のGene Ontology解析

    吉沢明康, BOLOTOVA Tatiana, 倉地幸徳, 倉地須美子

    BMB2008  2008年12月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • KEGG OC:全生物種ゲノムにおけるオーソログ遺伝子のバリエーションと高速検索技術（4T9-4）

    片山俊明, 伊藤真純, 奥田修二郎, 川島秀一, 田中道廣, 時松敏明, 中谷明弘, 平糠和志, 守屋勇樹, 山西芳裕, 吉沢明康, 金久實

    BMB2008  2008年12月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • KEGG OC:網羅的なオーソログクラスターの自動生成

    中谷明弘, 伊藤真純, 奥田修二郎, 川島秀一, 田中道廣, 時松敏明, 片山俊明, 平糠和志, 守屋勇樹, 山西芳裕, 吉沢明康, 金久實

    BMB2008  2008年12月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • KEGG OC:オーソログクラスターのマニュアルアノテーション

    川島秀一, 伊藤真純, 奥田修二郎, 片山俊明, 田中道廣, 時松敏明, 中谷明弘, 平糠和志, 守屋勇樹, 山西芳裕, 吉沢明康, 金久實

    BMB2008  2008年12月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • 網羅的データの解析による生物学的知識の抽出

    吉沢 明康

    疾患酵素学研究センターセミナー  2008年9月 

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    記述言語：日本語   会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等  

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  • ゲノム決定済み生物種からの多糖類生合成酵素の網羅的抽出

    河野 信, 吉沢明康, 橋本浩介, 高木利久

    セルロース学会第15回年次大会  2008年7月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • Global analyses of age-related expression profiles of mouse liver proteins and database construction 国際会議

    Kurachi, S, Bolotova, T, Suenaga, E, Yoshizawa, AC, Kurachi, K

    The Joint 4th AOHUPO (Asian Oceania Human Proteome Organisation) and PRICPS (Pacific Rim International Conference on Protein Science)  2008年6月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • マウス肝臓における遺伝子発現の年齢依存変化

    吉沢明康, 末永恵美, 倉地須美子, 倉地幸徳

    日本分子生物学会第8回春季シンポジウム  2008年5月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • Pseudo-clique extraction method towards comprehensive clusters of orthologous genes in KEGG

    中谷明弘, 片山俊明, 川島秀一, 伊藤真純, 山西芳裕, 奥田修二郎, 守屋勇樹, 吉沢明康, 金久 實

    2007年日本バイオインフォマティクス学会年会  2007年12月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • DesaturaseとElongaseの網羅的探索及びその組合せによる脂肪酸予測

    橋本浩介, 吉沢明康, 奥田修二郎, 隈啓一, 五斗進, 金久實

    BMB2007  2007年12月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • 遺伝子エレメントASE結合核蛋白質の同定:年齢軸恒常性分子機構の確立に向けて

    倉地須美子, 笠間絵美, 田中拓, 吉沢明康, 倉地幸徳

    日本血栓止血学会誌  2007年10月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • Analysis of Tissue Specific Expression Patterns of Isozymes 国際会議

    Takarabe, M, Tsuchida, A, Fujita, M, Okuda, S, Yoshizawa, A.C, Yamada, T, Itoh, M, Goto, S, Kanehisa, M

    The 17th International Conference on Genome Informatics (GIW)  2006年12月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • 不飽和脂肪酸伸長酵素「Fatty Acid Elongase」の網羅的探索

    橋本浩介, 吉沢明康, 金久 實

    日本分子生物学会2006フォーラム  2006年12月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • Coiled-coil structures in E.coli interactome 国際会議

    Luban, S, Yoshizawa, A, Kihara, D

    Third Annual Indiana Bioinformatics Conference  2006年5月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • 細胞内輸送関与蛋白質のパラログ数変化に基づく真核細胞内輸送経路の多様化の考察

    吉沢明康, 奥田修二郎, 守屋勇樹, 伊藤真純, 川島秀一, 五斗進, 金久實

    日本分子生物学会年会  2005年12月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • 選択的スプライシングとタンパク質の機能の多様化の関連解析

    重水大智, 奥田修二郎, 吉沢明康, 伊藤真純, 服部正秦, 五斗進, 金久實

    日本分子生物学会年会講演要旨集  2005年12月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • Automatic generation of KEGG OC (Ortholog Cluster) and its assignment to draft genomes 国際会議

    Moriya, Y, Katayama, T, Nakaya, A, Itoh, M, Yoshizawa, A.C, Okuda, S, Kanehisa, M

    The 15th International Conference on Genome Informatics (GIW)  2004年12月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • Analysis of the bacterial sequences recognized by RNA-binding proteins and compounds 国際会議

    Muto, A, Yoshizawa, A.C, Okuda, S, Itoh, M, Hattori, M, Kanehisa, M

    The 15th International Conference on Genome Informatics (GIW)  2004年12月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • Functional Categorization of Multiple Genomes using KEGG OC in the Genome Indices 国際会議

    Okuda, S, Yoshizawa, A.C, Moriya, Y, Itoh, M, Katayama, T, Goto, S, Kanehisa, M

    The 15th International Conference on Genome Informatics (GIW)  2004年12月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • Functional Classification of Coiled-Coil Proteins in Multiple Genomes 国際会議

    Yoshizawa, A.C, Okuda, S, Moriya, Y, Itoh, M, Katayama, T, Kawano, S, Okamoto, S, Kawashima, S, Kanehisa, M

    The 15th International Conference on Genome Informatics (GIW)  2004年12月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • Genome Wide Profiling of Glycosyltransferases and Predicted Glycan Structures from Complete and Draft Eukaryote Genomes

    河野 信, 吉沢明康, 五十嵐芳暢, 檜作好之, 金久 實

    第27回日本分子生物学会年会  2004年12月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • ゲノムを特徴づける種々の指標のデータベース化とそれらによる生物種進化の考察

    奥田修二郎, 吉沢明康, 守屋勇樹, 伊藤真純, 五斗進, 金久實

    日本分子生物学会年会  2004年12月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • SNARE分子のパラログ数変化に基づく真核細胞内輸送経路の多様化の考察

    吉沢明康, 奥田修二郎, 伊藤真純, 守屋勇樹, 川島秀一, 五斗進, 金久實

    日本分子生物学会年会  2004年12月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • Integration of Biological Features of Multiple Genomes - The Construction of "Genome Indices" database - 国際会議

    Okuda, S, Yoshizawa, A.C, Moriya, Y, Itoh, M, Goto, S, Kanehisa, M

    The Fourth International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB)  2004年5月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • Prediction and Comparison of Coiled-Coil Proteins in Multiple Genomes 国際会議

    Yoshizawa, A.C, Okuda, S, Itoh, M, Katayama, S, Kawashima, S, Kanehisa, M

    The Fourth International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB)  2004年5月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • SNARE分子の分類とデータベース構築

    吉沢明康, 五斗進, 川島秀一, 金久實

    日本分子生物学会年会  2003年12月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • Comprehensive Survey of Intracellular Transport System-Related Proteins in Complete Genomes and Draft Genomes 国際会議

    Yoshizawa, A.C, Itoh, M, Okuda, S, Limviphuvadh, V, Sakiyama, T, Kawashima, S, Kanehisa, M

    The 14th International Conference on Genome Informatics (GIW)  2003年12月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • Extraction of Organism Groups from Whole Genome Comparisons 国際会議

    Yamanishi, Y, Yoshizawa, A.C, Itoh, M, Katayama, T, Kanehisa, M

    The 14th International Conference on Genome Informatics (GIW)  2003年12月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • Metabolic pathway reconstruction for malaria parasite Plasmodium falciparum 国際会議

    Limviphuvadh, V, Okuno, Y, Katayama, T, Goto, S, Yoshizawa, A.C, Kanehisa, M

    The 14th International Conference on Genome Informatics (GIW)  2003年12月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • The Construction of a Database for Ubiquitin Signaling Cascade 国際会議

    Sakiyama, T, Kawashima, S, Yoshizawa, AC, Kanehisa, M

    The 14th International Conference on Genome Informatics (GIW)  2003年12月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • Analysis of Domain Combinations in Eukaryotic Genomes 国際会議

    Itoh, M, Yoshizawa, A.C, Okuda, S, Goto, S, Kanehisa, M

    The 14th International Conference on Genome Informatics (GIW)  2003年12月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • 配列解析に基づくSNARE分子の分類と配列モチーフ抽出

    吉沢 明康

    京都大学大学院生命科学研究科 生命科学セミナー21  2003年6月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • SNARE分子の結合特異性を反映する配列モチーフ

    吉沢明康, 川島秀一, 金久 實

    第25回日本分子生物学会年会  2002年12月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • Indirect relations in yeast protein interactome 国際会議

    Nakaya, A, Yoshizawa, A.C, Goto, S, Kanehisa, M

    The 13th International Conference on Genome Informatics (GIW)  2002年12月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • Comparative analysis of Rab GTPases and SNAREs in eukaryotic genomes 国際会議

    Yoshizawa, A.C, Kawashima, S, Kanehisa, M

    The 13th International Conference on Genome Informatics (GIW)  2002年12月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • Two-hybrid法・Microarray法のデータ同時比較による細胞内小胞輸送関連遺伝子の抽出

    吉沢明康, 中谷明弘, 五斗 進, 金久 實

    京都大学化学研究所第101回研究発表会  2001年12月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • Extraction of related genes in the vesicular transport by simultaneous comparison of two-hybrid and microarray data 国際会議

    Yoshizawa, A.C, Nakaya, A, Goto, S, Kanehisa, M

    The Twelfth International Conference on Genome Informatics (GIW)  2001年12月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • The construction of a database on the intracellular vesicular transport 国際会議

    Yoshizawa, A.C, Kawashima, S, Kanehisa, M

    The Eleventh Workshop on Genome Informatics (GIW)  2000年12月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • pathway databaseの現状

    吉沢 明康

    第21回蛋白質核酸構造理論勉強会  1999年6月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • High Resolution Cryo-Electron Microscopy Gives Clues to Transient and Metastable Structures of Subcellular Organization 国際会議

    Kume, N.P, Yuba, A.D, Yoshizawa, A.C, Sato, S.B, Miyazu, M, Yamazaki, M

    The 13th International Congress for Electron Microscopy  1994年7月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • 極低温高分解能電子顕微鏡による生体膜融合過程の観察

    吉沢明康, 山岸秀夫

    日本電子顕微鏡学会超低温技術研究部会  1991年12月 

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    記述言語：日本語  

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  • 極低温電子顕微鏡によって観察した膜融合現象の諸相

    吉沢明康, 弓場亜紀子, 山岸秀夫, 高橋信之, 久米直明

    日本生物物理学会第29回年会  1991年 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • 極低温電子顕微鏡を用いたインフルエンザウイルス膜融合過程の観察

    吉沢 明康, 弓場 亜紀子, 佐藤 智, 山岸 秀夫, 大西 俊一, 久米 直明

    日本生物物理学会年会講演予稿集  1990年9月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • High Resolution Cryo-Electron Microscopy Sheds a New Light upon Biomembrane Architecture 国際会議

    Kume, N.P, Yuba, A.D, Yoshizawa, A.C, Sato,S.B, Fujiyoshi, Y

    The 12th International Congress for Electron Microscopy  1990年8月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • 極低温高分解能電子顕微鏡による生体膜融合過程追跡の試み

    弓場亜紀子, 吉沢明康, 佐藤 智, 久米直明

    日本電子顕微鏡学会第46回学術講演会  1990年5月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • 膜小胞の曲率が膜融合活性に及ぼす影響

    吉沢明康, 村田昌之, 大西俊一

    日本生物物理学会第26回年会  1988年 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • 時間分解顕微蛍光光度計の開発と細胞膜の動的構造研究への応用

    楠見明弘, 辻 明彦, 村田昌之, 佐甲靖志, 吉沢明康, 早川 毅, 大西俊一

    日本生物物理学会第25回年会  1987年 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • IB-7 時間分解顕微蛍光光度計の開発と細胞膜研究への応用

    楠見 明弘, 辻 明彦, 村田 昌之, 佐甲 靖志, 吉沢 明康, 早川 毅

    日本組織細胞化学会総会プログラムおよび抄録集  1987年 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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産業財産権

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Works（作品等）

  • Shin-MassBank: MB-POST

    Matsuda, F, Hirayama, A, Hayasaka, R, Takahashi, M, Yoshizawa, AC, Nishida, K, Torigoe, T, Kiuchi, T, Matsuzawa, Y, Tsugawa, H, Okuda, S, Izumi, Y

    2024年12月
    -
    現在

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    作品分類：Web Service  

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    その他リンク： http://repository.mbpostdb.org/

  • Mass++ ver.4

    Tanaka, S, Murase, M, Kato, M, Yamamoto, H, Matsubara, M, Tabata, T, Kusano, M, Kawano, S, Okuda, S, Yoshizawa, AC

    2019年9月
    -
    現在

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    作品分類：ソフトウェア  

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  • jPOST（repoitory (jPOSTrepo), database (jPOSTdb), 再解析）

    Okuda, S, Yoshizawa,AC, Kobayashi,D, Takahashi,Y, Watanabe,Y, Moriya,Y, Hatano,A, Takami,T, Matsumoto,M, Araki,N, Tabata,T, Iwasaki,M, Sugiyama,N, Kodera,Y, Tanaka,S, Goto,S, Kawano,S, Ishihama,Y

    2016年
    -
    現在

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    作品分類：データベース  

    DOI： 10.1093/nar/gkae1032

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  • ProteinCarta

    Yoshizawa, AC, Fukuyama, Y, Kajihara, S, Kuyama, H, Tanaka, K

    2014年6月
    -
    2024年9月

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    作品分類：Web Service  

    サイトを管理していた島津製作所の都合で2024年9月頃に閉鎖（閉鎖決定後に連絡をもらったので詳細不明）。

    DOI： 10.1021/pr500793h

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  • Mass++ ver.2.7.4/2.7.5

    Tanaka, S, Fujita,Y, Parry, H.E, Yoshizawa, AC, Morimoto, K, Murase, M, Yamada, Y, Yao, J, Utsunomiya, S, Kajihara, S, Fukuda, M, Ikawa, M, Tabata, T, Takahashi, K, Aoshima, K, Nihei, Y, Nishioka, T, Oda, Y, Tanaka, K

    2014年
    -
    現在

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    作品分類：ソフトウェア  

    DOI： 10.1021/pr500155z

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  • KEGG OC

    Nakaya, A, Katayama, T, Itoh, M, Hiranuka, K, Kawashima, S, Moriya, Y, Okuda, S, Tanaka, M, Tokimatsu, T, Yamanishi, Y, Yoshizawa, AC, Kanehisa, M, Goto, S

    2012年6月
    -
    現在

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    作品分類：データベース  

    DOI： 10.1093/nar/gks1239

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    その他リンク： https://www.genome.jp/kegg/kegg4.html

  • CIPRO (Ciona intestinalis Protein Database)

    Endo, T, Ueno, K, Yonezawa, K, Mineta, K, Hotta, K, Satou, Y, Yamada, L, Ogasawara, M, Takahashi, H, Nakajima, A, Nakachi, M, Nomura, M, Yaguchi, J, Sasakura, Y, Yamasaki, C, Sera, M, Yoshizawa, AC, Imanishi, T, Taniguchi, H, Inaba, K

    2009年
    -
    現在

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    作品分類：データベース  

    DOI： 10.1093/nar/gkq1144

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  • The SNARE Map

    2003年
    -
    2007年

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    作品分類：データベース  

    （閉鎖）主要部分はKEGG PATHWAYのマップに引き継がれた

    DOI： 10.1111/j.1600-0854.2006.00451.x

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共同研究・競争的資金等の研究

  • 質量分析オミックスデータの解釈を促すエンリッチメント解析基盤の構築

    研究課題/領域番号：023RP2024

    2024年6月 - 2025年3月

    制度名：公募型共同研究「ROIS-DS-JOINT」・一般共同研究

    提供機関：情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設

    福島敦史, 守屋勇樹, 三浦信明, 吉沢明康

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    資金種別：競争的資金

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  • オミクス解析のための自動簡易アノテーションツールと系統情報表示ツールの開発

    研究課題/領域番号：015RP2024

    2024年6月 - 2025年3月

    制度名：公募型共同研究「ROIS-DS-JOINT」・一般共同研究

    提供機関：情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設

    吉沢明康, 守屋勇樹, 荒木令江, 白濱 陽一郎

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    担当区分：研究代表者  資金種別：競争的資金

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  • 精密メタプロテオーム解析を実現する高度情報科学基盤の構築

    研究課題/領域番号：24H00740

    2024年4月 - 2027年3月

    制度名：科学研究費助成事業

    研究種目：基盤研究(A)

    提供機関：日本学術振興会

    奥田 修二郎, 石濱 泰, 吉沢 明康, 凌 一葦, 三浦 信明

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    担当区分：研究分担者  資金種別：競争的資金

    配分額：48230000円 （ 直接経費：37100000円 、 間接経費：11130000円 ）

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  • オミクス解析のための自動簡易アノテーションツールの開発

    研究課題/領域番号：050RP2023

    2023年6月 - 2024年3月

    制度名：公募型共同研究「ROIS-DS-JOINT」・一般共同研究

    提供機関：情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設

    吉沢明康, 守屋勇樹

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    担当区分：研究代表者  資金種別：競争的資金

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  • 文字列高速検索技術を用いた配列情報取得ツールと全ゲノム・アミノ酸配列同定リソースの開発

    研究課題/領域番号：029RP2022

    2022年6月 - 2023年3月

    制度名：公募型共同研究「ROIS-DS-JOINT」・一般共同研究

    提供機関：情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設

    吉沢明康, 内藤雄樹, 五斗進

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    担当区分：研究代表者  資金種別：競争的資金

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  • 文字列高速検索技術を用いた全ゲノム・アミノ酸配列同定リソースの開発

    研究課題/領域番号：018RP2021

    2021年7月 - 2022年3月

    制度名：公募型共同研究「ROIS-DS-JOINT」・一般共同研究

    提供機関：情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設

    吉沢明康, 内藤雄樹, 五斗進

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    担当区分：研究代表者  資金種別：競争的資金

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  • 文字列高速検索技術を用いた全ゲノム・アミノ酸配列同定リソースの開発

    研究課題/領域番号：019RP2020

    2020年7月 - 2021年3月

    制度名：公募型共同研究「ROIS-DS-JOINT」・一般共同研究

    提供機関：情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設

    吉沢明康, 内藤雄樹, 五斗進

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    担当区分：研究代表者  資金種別：競争的資金

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  • 質量分析によるアミノ酸配列de novo決定のための新規手法開発

    研究課題/領域番号：20H03245

    2020年4月 - 2023年3月

    制度名：科学研究費助成事業

    研究種目：基盤研究(B)

    提供機関：日本学術振興会

    河野 信, 岩崎 未央, 小林 大樹, 吉沢 明康

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    担当区分：研究分担者  資金種別：競争的資金

    配分額：17680000円 （ 直接経費：13600000円 、 間接経費：4080000円 ）

    本研究の目的は、アミノ酸配列の配列データベースを用いない同定（de novo sequencing）を行うにあたって、通常はアルゴリズムを用いて（情報学的に）行われてきた配列候補の絞り込み（枝刈り）を、新規の実験系などから取得した物性情報などの実験情報に基づく枝刈りに替え、既存手法の問題点を回避した新規手法を開発することである。ただし本年度も昨年度に引き続き、「8.進捗状況」にも記載したようにCOVID-19蔓延の影響を受けて出張やオンサイトでの会合などがほぼ不可能で、オミクロン株の流行が一段落した年度末まで研究遂行が妨げられた。具体的には以下の項目を実施した。
    ・情報学的研究：de novo sequencingを行うためのアミノ酸配列seedの決定用に、短いアミノ酸配列（配列タグ）を機械学習で決定する方針を固め、機械学習を行うための準備を行った。
    ・情報学的研究：アミノ酸配列の絞り込み（枝刈り）を行うのに有効と思われる物性情報として、アミノ酸組成に加え、高速液体クロマトグラフィーの保持時間予測（近年深層学習の利用によって劇的な精度向上が見られた）を利用できる、と結論した。
    ・情報学的研究：昨年度に開発に着手した、本手法実装公開用のオープンソース・ソフトウェア・プラットフォーム（Mass++ ver.4）の開発を継続し、プラットフォーム部分のベータ版を公開した（本件は、本研究グループ以外との共同開発である）。
    ・実験的研究：複数の合成ペプチドに対して複数の酵素を用いて消化実験を行い、マススペクトルおよび液体クロマトグラフィーの保持時間情報の取得を行った。さらに、新手法の有用性を示すために既存のde novo検索ソフトによる検索を行った。

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  • 文字列高速検索技術とRDFを用いたタンパク質配列同定リソースの開発とその応用

    研究課題/領域番号：017RP2019

    2019年7月 - 2020年3月

    制度名：公募型共同研究「ROIS-DS-JOINT」・一般共同研究

    提供機関：情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設

    吉沢明康, 内藤雄樹, 守屋勇樹, 河野信, 田畑剛, 石濱泰, 五斗進

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    担当区分：研究代表者  資金種別：競争的資金

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  • 質量分析インフォマティクス・ハッカソン・プレ・ミーティング

    研究課題/領域番号：005RM2019

    2019年7月 - 2020年3月

    制度名：公募型共同研究「ROIS-DS-JOINT」・共同研究集会

    提供機関：情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設

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    担当区分：研究代表者  資金種別：競争的資金

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  • 文字列高速検索技術とRDFを用いたタンパク質及び塩基配列同定リソースの開発とその応用

    研究課題/領域番号：005RP2018

    2018年6月 - 2019年3月

    制度名：公募型共同研究「ROIS-DS-JOINT」・一般共同研究

    提供機関：情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設

    吉沢明康, 内藤雄樹, 加藤雅樹, 守屋勇樹, 田畑剛, 内山郁夫, 河野信, 石濱泰, 五斗進

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    担当区分：研究代表者  資金種別：競争的資金

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  • 質量分析インフォマティクス・ハッカソン・シンポジウム

    研究課題/領域番号：002RM2018

    2018年6月 - 2019年3月

    制度名：公募型共同研究「ROIS-DS-JOINT」・共同研究集会

    提供機関：情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設

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    担当区分：研究代表者  資金種別：競争的資金

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  • 第2回・質量分析インフォマティクス・ハッカソン

    2018年4月 - 2019年3月

    制度名：学会等開催助成

    提供機関：公益財団法人・加藤記念バイオサイエンス振興財団

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    担当区分：研究代表者  資金種別：競争的資金

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  • 質量分析インフォマティクス・ハッカソン・プレ・ミーティング

    研究課題/領域番号：006RM2017

    2017年11月 - 2018年3月

    制度名：公募型共同研究「ROIS-DS-JOINT」・共同研究集会

    提供機関：情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設

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    担当区分：研究代表者  資金種別：競争的資金

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  • 文字列高速検索技術とRDFを用いたタンパク質同定リソースの開発

    研究課題/領域番号：013RP2017

    2017年10月 - 2018年3月

    制度名：公募型共同研究「ROIS-DS-JOINT」・一般共同研究

    提供機関：情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設

    吉沢明康, 内藤雄樹, 守屋勇樹, 河野信, 田畑剛, 石濱泰, 五斗進

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    担当区分：研究代表者  資金種別：競争的資金

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  • 質量分析インフォマティクス・ハッカソン

    2017年4月 - 2018年3月

    制度名：学会等開催助成

    提供機関：公益財団法人・加藤記念バイオサイエンス振興財団

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    担当区分：研究代表者  資金種別：競争的資金

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  • 深層学習による質量ピーク探知法の開発

    研究課題/領域番号：16K00390

    2016年4月 - 2019年3月

    制度名：科学研究費助成事業 基盤研究(C)

    研究種目：基盤研究(C)

    提供機関：日本学術振興会

    吉沢 明康, 守屋 勇樹, 田畑 剛, 岩崎 未央, 河野 信, 五斗 進, 石濱 泰, 瀧川 一学

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    担当区分：研究代表者  資金種別：競争的資金

    配分額：4680000円 （ 直接経費：3600000円 、 間接経費：1080000円 ）

    質量分析のデータ解析で必須のプロセスである「ピーク検出」を、ニューラルネットの深層学習に基づいて行う方法を開発した。教師用データとしては、ペプチド実測データから既存の手法で検出されたピークのうち、従来法によって高いスコアでペプチドが同定できたピークを採用した。我々の作成した判定器は現在までに、従来法と同等の検出性能を持ち、従来法では検出できなかったピークを少数ながら検出できるようになっている。

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  • プロテオミクス情報と比較ゲノム手法を用いた真核生物オペロンの網羅的解析

    研究課題/領域番号：23510245

    2011年4月 - 2012年3月

    制度名：科学研究費助成事業 基盤研究(C) ［採択後辞退］

    研究種目：基盤研究(C)

    提供機関：日本学術振興会

    吉沢 明康, 山田力志, 奥田修二郎, 守屋勇樹

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    担当区分：研究代表者  資金種別：競争的資金

    配分額：5590000円 （ 直接経費：4300000円 、 間接経費：1290000円 ）

    勤務先の内規により採択後辞退

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その他研究活動

  • 資格：情報処理技術者試験（第二種情報処理技術者）合格

    1999年12月

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  • 資格：情報処理技術者試験（初級システムアドミニストレータ）合格

    1998年12月

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  • 書籍：問題集 ジャイロ基本問題集 物理IA 新課程用

    1996年3月

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    【中学・高等学校用教育図書】（問題集）
    新興出版社啓林館（著者名表示なし）
    〔分担執筆・担当範囲〕第1部 光と音・第4部 情報とその処理・第5部 物理学の影響

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  • 書籍：教科書レーダー 啓林館版準拠 高等学校標準数学B

    1994年9月

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    【中学・高等学校用教育図書】（教科書ガイド）
    新興出版社啓林館（著者名表示なし）
    〔分担執筆・担当範囲〕第5章 算法とコンピュータ

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  • 書籍：教科書レーダー 啓林館版準拠 高等学校標準数学A

    1994年2月

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    【中学・高等学校用教育図書】（教科書ガイド）
    新興出版社啓林館（著者名表示なし）
    〔分担執筆・担当範囲〕第5章 計算とコンピュータ

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  • 書籍：教科書レーダー 啓林館版準拠 高等学校物理IA

    1994年2月

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    【中学・高等学校用教育図書】（教科書ガイド）
    新興出版社啓林館（著者名表示なし）
    〔分担執筆・担当範囲〕第2部 物体の運動・第4部 情報とその処理

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  • 書籍：問題集 冬期Ｖテキスト 中3理科

    1989年11月

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    【中学・高等学校用教育図書】（学習塾用問題集）
    文研出版（著者名表示なし）
    〔分担執筆・担当範囲〕化学・生物分野

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  • 免許：高等学校教諭専修免許状（理科）

    1989年4月

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  • 免許：高等学校教諭二級免許状（数学）

    1987年3月

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  • 免許：中学校教諭一級免許状（理科）

    1987年3月

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  • 免許：中学校教諭一級免許状（数学）

    1987年3月

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  • 免許：高等学校教諭二級免許状（理科）

    1987年3月

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担当経験のある授業科目（researchmap）

  • バイオインフォマティクス理論／バイオインフォマティクス特論

    2021年10月
    -
    現在
    機関名：京都大学 大学院薬学研究科／理学研究科

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    科目区分：大学院専門科目  国名：日本国

    薬学・理学合同講義、隔年開講（2021年，2023年）
    担当：「計算質量分析学とプロテオーム情報解析」

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  • 基盤物理化学特論I, II／薬学研究特論II

    2018年4月
    -
    2020年9月
    機関名：京都大学 大学院薬学研究科

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    科目区分：大学院教養科目  国名：日本国

    担当：「プロテオーム質量分析データの情報解析」

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  • 研究方法論（臨床研究・ゲノムインフォマティクス実践論）

    2018年4月
    -
    2019年9月
    機関名：岡山大学 大学院医歯薬学総合研究科

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    科目区分：大学院専門科目  国名：日本国

    担当:「プロテオーム解析のバイオインフォマティクス」

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  • 情報コミュニケーション （リテラシー全般／表計算）

    2001年4月
    -
    2007年3月
    機関名：京都女子大学

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    科目区分：学部教養科目 

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  • 教科教育学基礎演習 （物理・化学講義）

    1996年4月
    -
    2001年3月
    機関名：京都女子大学

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    科目区分：学部専門科目 

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  • 情報処理

    1995年4月
    -
    2002年3月
    機関名：京都女子大学短期大学部

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    科目区分：学部教養科目 

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  • コンピュータ科学入門

    1995年4月
    -
    1997年3月
    機関名：聖泉短期大学

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    科目区分：学部専門科目 

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  • プログラミング演習I・II

    1995年4月
    -
    1997年3月
    機関名：聖泉短期大学

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    科目区分：学部専門科目 

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  • 基礎理科 （物理・化学講義）

    1993年4月
    -
    1996年3月
    機関名：京都女子大学

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    科目区分：学部専門科目 

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  • 教科専門理科 （化学・物理実験）

    1991年10月
    -
    2001年3月
    機関名：京都女子大学

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    科目区分：学部専門科目 

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社会貢献活動

  • メタオミクスワークショップ in 京都 2019

    役割：企画,　運営参加・支援

    京都大学融合チーム研究プロジェクトSPIRITS・メタプロテオミクスプロジェクト  2019年3月

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    対象： 大学生,　大学院生,　研究者

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  • Mass++ユーザー会公開ワークショップ

    役割：企画,　運営参加・支援

    Mass++ユーザー会（オープンソース・プロジェクト）  2015年8月

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    対象： 研究者,　社会人・一般

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  • Mass++ユーザー会 設立（発起人・世話人）

    役割：企画,　運営参加・支援

    Mass++ユーザー会（オープンソース・プロジェクト）  2015年6月 - 現在

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    対象： 研究者,　社会人・一般

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学術貢献活動

  • 質量分析インフォマティクス研究会・第9回公開ワークショップ（2024年）「質量分析で新発見！必要な情報基盤と現状の理解」

    役割：企画立案・運営等,　パネル司会・セッションチェア等

    質量分析インフォマティクス研究会  （ 横浜，理化学研究所横浜事業所 ） 2024年5月

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    種別：学会・研究会等 

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  • 第2回・質量分析インフォマティクス・ミートアップ in 京都（2024年）

    役割：パネル司会・セッションチェア等

    質量分析インフォマティクス研究会  （ 京都 ） 2024年3月

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    種別：学会・研究会等 

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  • 質量分析インフォマティクス研究会・第8回公開ワークショップ（2023年）「構造生物学に質量分析で挑む」

    役割：企画立案・運営等,　パネル司会・セッションチェア等

    質量分析インフォマティクス研究会  2023年5月

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    種別：大会・シンポジウム等 

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  • 第1回・質量分析インフォマティクス沖縄ミートアップ（2023年）

    役割：パネル司会・セッションチェア等

    質量分析インフォマティクス研究会  2023年2月

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    種別：大会・シンポジウム等 

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  • 質量分析インフォマティクス研究会・第7回公開ワークショップ ONLINE（2022年）「質量分析オミクスデータを深く読む」

    役割：企画立案・運営等,　パネル司会・セッションチェア等

    質量分析インフォマティクス研究会  2022年4月

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    種別：大会・シンポジウム等 

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  • "Proteome Letters" 査読者

    役割：査読

    2022年 - 現在

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    種別：査読等 

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  • 日本プロテオーム学会(JPrOS) 2021年大会・シンポジウム「バイオインフォマティクスが担う多様なオミクス解析」

    役割：企画立案・運営等,　パネル司会・セッションチェア等

    日本プロテオーム学会  2021年7月

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    種別：大会・シンポジウム等 

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  • 質量分析インフォマティクス研究会・第6回公開ワークショップ ONLINE（2021年）「質量分析情報で代謝を理解する」

    役割：企画立案・運営等

    質量分析インフォマティクス研究会  2021年6月

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    種別：大会・シンポジウム等 

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  • 質量分析インフォマティクス研究会・第5回公開ワークショップ ONLINE（2020年）「質量分析とデータ科学で生命に迫る」

    役割：企画立案・運営等,　パネル司会・セッションチェア等

    質量分析インフォマティクス研究会  2020年8月

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    種別：大会・シンポジウム等 

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  • jPOSTデータ解析ショートコース

    役割：企画立案・運営等

    JPrOS2019/JES2019合同大会（日本プロテオーム学会・日本電気泳動学会合同大会）サテライトイベント  2019年7月

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    種別：大会・シンポジウム等 

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  • 第3回質量分析インフォマティクス・ハッカソン（2019年）

    役割：企画立案・運営等

    質量分析インフォマティクス研究会（DBCLS国内版バイオハッカソン(BH19.7)と共同開催）  2019年7月

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    種別：大会・シンポジウム等 

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  • 質量分析インフォマティクス研究会・第4回公開ワークショップ（2019年）「データ科学が拡大する質量分析の地平線」

    役割：企画立案・運営等,　パネル司会・セッションチェア等

    質量分析インフォマティクス研究会  2019年3月

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    種別：大会・シンポジウム等 

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  • "Journal of Proteome Data and Methods" 査読者，curator 国際学術貢献

    役割：学術調査立案・実施,　査読

    2019年 - 現在

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    種別：査読等 

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  • BoFセッション「質量情報から生物情報へ」（第7回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2018: 2018年日本バイオインフォマティクス学会(JSBi)年会））

    役割：企画立案・運営等,　パネル司会・セッションチェア等

    日本バイオインフォマティクス学会  2018年9月

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    種別：大会・シンポジウム等 

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  • 第2回質量分析インフォマティクス・ハッカソン（2018年）

    役割：企画立案・運営等,　パネル司会・セッションチェア等

    質量分析インフォマティクス研究会（DBCLS国内版バイオハッカソン(BH18.7)と共同開催）  2018年7月

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    種別：大会・シンポジウム等 

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  • International Proteogenome Workshop 2018

    役割：企画立案・運営等

    MSP2018 (Mass Spectrometry and Proteomics 2018) Satellite Workshop  2018年5月

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    種別：大会・シンポジウム等 

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  • 4C-O2-P「情報科学から迫る質量分析・オミクスの世界」

    役割：企画立案・運営等,　パネル司会・セッションチェア等

    MSP2018（Mass Spectrometry and Proteomics 2018: 日本質量分析学会(MSSJ)・日本プロテオーム学会(JPrOS)・アジアオセアニア・ヒトプロテオーム機構(AOHUPO)合同大会）  2018年5月

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    種別：大会・シンポジウム等 

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  • 質量分析インフォマティクス研究会・第3回公開ワークショップ（2018年）「質量分析法とオミクス計算処理」

    役割：企画立案・運営等,　パネル司会・セッションチェア等

    質量分析インフォマティクス研究会  2018年4月

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    種別：大会・シンポジウム等 

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  • ワークショップ2PW23「オミクス研究から実用的システム生物学の構築へ」

    役割：企画立案・運営等,　パネル司会・セッションチェア等

    2017年度生命科学系学会合同年次大会(ConBio2017)(第40回日本分子生物学会年会）2  2017年12月

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    種別：大会・シンポジウム等 

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  • 第1回質量分析インフォマティクス・ハッカソン（2017年）

    役割：企画立案・運営等,　パネル司会・セッションチェア等

    質量分析インフォマティクス研究会（DBCLS国内版バイオハッカソン(BH17.11)と共同開催）  2017年11月 - 2017年12月

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    種別：大会・シンポジウム等 

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  • BoFセッション「質量分析とケモインフォマティクスの実りある連携」

    役割：企画立案・運営等,　パネル司会・セッションチェア等

    第6回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2017: 2017年日本バイオインフォマティクス学会(JSBi)年会）  2017年9月

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    種別：大会・シンポジウム等 

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  • 質量分析インフォマティクス研究会・第2回公開ワークショップ（2017年）「質量分析研究に於ける情報処理の現在と今後」

    役割：企画立案・運営等,　パネル司会・セッションチェア等

    質量分析インフォマティクス研究会  2017年2月

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    種別：大会・シンポジウム等 

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  • 質量分析インフォマティクス研究会・第1回公開ワークショップ（2016年度）「質量分析データ解析のための計算科学」

    役割：企画立案・運営等,　パネル司会・セッションチェア等

    質量分析インフォマティクス研究会  2016年10月

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    種別：大会・シンポジウム等 

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  • 質量分析インフォマティクス研究会（JCompMS, 旧ms-bio.info） 設立（発起人・世話人）

    役割：企画立案・運営等

    （日本バイオインフォマティクス学会）  2016年4月 - 現在

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    種別：学会・研究会等 

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  • BoFセッション「質量分析インフォマティクスとデータベース」

    役割：企画立案・運営等,　パネル司会・セッションチェア等

    第4回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2015: 2015年日本バイオインフォマティクス学会(JSBi)年会）  2015年10月

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    種別：大会・シンポジウム等 

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  • 日本プロテオーム学会2015年会（JHUPO第13回大会）トレーニングコース

    役割：企画立案・運営等

    日本プロテオーム学会2015年会（JHUPO第13回大会）  2015年7月

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    種別：大会・シンポジウム等 

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  • "Current Protein and Peptide Science" 査読者 国際学術貢献

    役割：査読

    2010年

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    種別：査読等 

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  • "International Journal of Molecular Sciences"査読者 国際学術貢献

    役割：査読

    2010年

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    種別：査読等 

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