2024/12/31 更新

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タカハシ　ユウシ
高橋　悠志
TAKAHASHI Yushi
所属
教育研究院 医歯学系 特任助教
医歯学総合研究科 特任助教
職名
特任助教
外部リンク

学位

  • 博士(工学) （ 2024年3月   創価大学 ）

研究キーワード

  • 糖鎖インフォマティクス

  • バイオインフォマティクス

  • データベース

経歴（researchmap）

  • 新潟大学   医学部メディカル AI センター   特任助教

    2024年4月 - 現在

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経歴

  • 新潟大学   教育研究院 医歯学系   特任助教

    2024年4月 - 現在

  • 新潟大学   医歯学総合研究科   特任助教

    2024年4月 - 現在

 

論文

  • Cooperation of GlycoPOST and UniCarb-DR towards a comprehensive glycomics data repository workflow 査読

    Yushi Takahashi, Niclas G. Karlsson, Shujiro Okuda, Kiyoko F. Aoki-Kinoshita

    Analytical and Bioanalytical Chemistry   2024年11月

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    担当区分：筆頭著者   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1007/s00216-024-05673-3

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  • jPOST environment accelerates the reuse and reanalysis of public proteome mass spectrometry data 査読

    Shujiro Okuda, Akiyasu C Yoshizawa, Daiki Kobayashi, Yushi Takahashi, Yu Watanabe, Yuki Moriya, Atsushi Hatano, Tomoyo Takami, Masaki Matsumoto, Norie Araki, Tsuyoshi Tabata, Mio Iwasaki, Naoyuki Sugiyama, Yoshio Kodera, Satoshi Tanaka, Susumu Goto, Shin Kawano, Yasushi Ishihama

    Nucleic Acids Research   2024年11月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)  

    Abstract

    jPOST (https://jpostdb.org/) comprises jPOSTrepo (https://repository.jpostdb.org/) (over 2000 projects), a repository for proteome mass spectrometry data, the reanalysis of raw proteome data based on a standardised protocol using UniScore, and jPOSTdb (https://globe.jpostdb.org/) (over 600 datasets), a database that integrates the reanalysed data. The jPOST reanalysis protocol rescores MS/MS spectra using a new scale, UniScore, to evaluate the extent to which the spectral peaks correspond to the amino acid sequences identified by search engines. However, the metadata registered in the repository database is insufficient for conducting the reanalysis. To address this issue, the Japanese Proteomics Society launched a data journal, the Journal of Proteome Data and Methods (JPDM), which accepts data descriptor articles detailing metadata that can be reanalysed. Within jPOST, raw proteome data is reanalysed based on the metadata described in the JPDM data descriptor articles, utilising UniScore. The reanalysed data is deposited in jPOSTdb, and a link to the JPDM articles is added to jPOSTrepo. These reanalysis accelerations within the jPOST environment will promote FAIR data principles and open science.

    DOI： 10.1093/nar/gkae1032

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  • GlyComb: A novel glycoconjugate data repository that bridges glycomics and proteomics 査読

    Yushi Takahashi, Masaaki Shiota, Akihiro Fujita, Issaku Yamada, Kiyoko F. Aoki-Kinoshita

    Journal of Biological Chemistry   2024年2月

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    担当区分：筆頭著者   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.jbc.2023.105624

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  • 糖鎖科学ポータルGlyCosmosの利便性向上

    細田 正恵, 山田 一作, 塩田 正明, 高橋 悠志, 新町 大輔, 小野 多美子, 土屋 伸一郎, 松原 正陽, 木村 直貴, 瀬野 瑛, 藤田 昌大, 金 進東, 岡谷 千晶, 久野 敦, 藤田 典昭, 安形 清彦, 梶 裕之, 成松 久, 奥田 修二郎, 木下 聖子

    トーゴーの日2021   1   2021年10月

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    出版者・発行元：バイオサイエンスデータベースセンター  

    DOI： 10.18908/togo2021.p033

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  • MCAW-DB: A glycan profile database capturing the ambiguity of glycan recognition patterns 査読

    Masae Hosoda, Yushi Takahashi, Masaaki Shiota, Daisuke Shinmachi, Renji Inomoto, Shinichi Higashimoto, Kiyoko F. Aoki-Kinoshita

    Carbohydrate Research   2018年7月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.carres.2018.05.003

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MISC

  • MB-POST: A novel data repository for storing high-quality spectral data in metabolomics mass spectrometry

    Yushi Takahashi, Akiyasu C. Yoshizawa, Takato Kiuchi, Fumio Matsuda, Shujiro Okuda

    第97回日本生化学会大会 要旨集   2024年11月

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  • Development of a new glycan-related pathway repository: GlycoPathwayRepo

    Sunmyoung Lee, Tamiko Ono, Masaaki Shiota, Yushi Takahashi, Kiyoko Aoki-Kinoshita

    1st Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference (APBJC) 要旨集 (Web) [24-VIII-2]   2024年10月

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  • Mass spectrometry data repositories facilitate the multi-omics experimental data accumulation and reanalysis

    Yushi Takahashi, Akiyasu C. Yoshizawa, Fumio Matsuda, Kiyoko F. Aoki-Kinoshita, Yasushi Ishihama, Shujiro Okuda

    1st Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference (APBJC) 要旨集 (Web) [24-VIII-3]   2024年10月

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  • JPDMデータ論文のメタデータを用いたjPOSTデータ再解析の加速

    高橋悠志, 吉沢明康, 小林大樹, 守屋勇樹, 幡野敦, 高見知代, 松本雅記, 荒木令江, 田畑剛, 田畑剛, 岩崎未央, 杉山直幸, 小寺義男, 福島敦史, 田中聡, 五斗進, 河野信, 奥田修二郎, 石濱泰

    日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集   2024 (Web)   2024年6月

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  • GlyComb: A novel glycoconjugate data repository towards an infrastructure of multi-omics data analyses

    Yushi Takahashi, Masaaki Shiota, Akihiro Fujita, Kiyoko F. Aoki-Kinoshita

    26th International Symposium on Glycoconjugates (Glyco26) 要旨集   2023年8月

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  • 微生物糖鎖関連情報キュレーションシステム「MicroGlycoCurator」の開発

    内野敦斗, 高橋悠志, LEE Sunmyoung, 木下聖子

    日本糖質学会年会要旨集   42nd   2023年

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  • 糖鎖関連パスウェイリポジトリの開発:GlycoPathwayRepo

    LEE Sunmyoung, 小野多美子, 高橋悠志, 塩田正明, 藤田晶大, 木下聖子, 木下聖子

    日本糖質学会年会要旨集   42nd   2023年

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  • A comprehensive glycomics data repository workflow by strengthening collaboration between UniCarb-DR and GlycoPOST

    Yushi Takahashi, Shujiro Okuda, Kiyoko F. Aoki-Kinoshita

    The 4th Australasian Glycoscience Symposium and 9th Warren Workshop for Glycoanalytics 要旨集   2022年11月

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  • Integration of UniCarb-DR and GlycoPOST towards a comprehensive glycomics data repository workflow

    高橋悠志, 奥田修二郎, 木下聖子

    第11回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2022) 要旨集   2022年9月

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  • 糖鎖とオミクスデータを統合化したGlyCosmos糖鎖科学ポータル

    木下聖子, 塩田正明, 高橋悠志, 新町大輔, 小野多美子, 土屋伸一郎, 松原正陽, 木村直貴, 瀬野瑛, 細田正恵, 藤田昌大, KIM Jin-Dong, 岡谷千晶, 久野敦, 藤田典昭, 安形清彦, 梶裕之, 成松久, 奥田修二郎, 山田一作

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   44th   2021年

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  • 糖鎖科学ポータルGlyCosmos2021

    山田一作, 塩田正明, 高橋悠志, 新町大輔, 小野多美子, 土屋伸一郎, 松原正陽, 木村直貴, 瀬野瑛, 細田正恵, 藤田昌大, KIM Jin-Dong, 岡谷千晶, 久野敦, 藤田典昭, 安形清彦, 梶裕之, 成松久, 奥田修二郎, 木下聖子

    日本糖質学会年会要旨集   40th   2021年

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  • 糖鎖アレイ実験データを解析した結果のMCAW-DBデータベース構築

    細田正恵, 細田正恵, 高橋悠志, 塩田正明, 新町大輔, 天笠英治郎, 木下聖子, 木下聖子, 木下聖子

    日本糖質学会年会要旨集   38th   2019年

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  • RINGSツールのHTML5を用いた開発

    井本蓮二, 東本伸一, 高橋悠志, 細田正恵, 木下聖子

    日本糖質学会年会要旨集   36th   2017年

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  • 木編集距離を用いた糖鎖の多重配列アラインメントツールの開発

    高橋悠志, 木下聖子

    日本糖質学会年会要旨集   35th   2016年9月

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  • A new glycan multiple alignment algorithm using tree edit distance

    Yushi Takahashi, Kiyoko F. Aoki-Kinoshita

    6th Charles Warren Workshop 2016 要旨集   2016年8月

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  • 糖鎖関連情報活用に向けたGlycomeAtlasの機能拡張

    高橋悠志, 関本里紗, 木下聖子

    日本糖質学会年会要旨集   34th   2015年

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共同研究・競争的資金等の研究

  • 糖ペプチド類似度計算法の開発による疾患関連糖鎖修飾パターンの解明

    研究課題/領域番号：24K23887

    2024年7月 - 2026年3月

    制度名：科学研究費助成事業

    研究種目：研究活動スタート支援

    提供機関：日本学術振興会

    高橋 悠志

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    配分額：2860000円 （ 直接経費：2200000円 、 間接経費：660000円 ）

    researchmap

 

担当経験のある授業科目（researchmap）

  • アルゴリズム論

    2016年4月
    -
    2016年8月
    機関名：創価大学

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